Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PQAKYRHDYRAPDYQITDIDLTFDLDAQKTVVTAVSQAVRHGASDAPLRLNGEDLKLVSVHINDEPWTAWKEEEGALVIS
NLPERFTLKIINEISPAANTALEGLYQSGDALCTQCEAEGFRHITYYLDRPDVLARFTTKIIADKIKYPFLLSNGNRVAQ
GELENGRHWVQWQDPFPKPCYLFALVAGDFDVLRDTFTTRSGREVALELYVDRGNLDRAPWAMTSLKNSMKWDEERFGLE
YDLDIYMIVAVDFFNMGAMENKGLNIFNSKYVLARTDTATDKDYLDIERVIGHEYFHNWTGNRVTCRDWFQLSLKEGLTV
FRDQEFSSDLGSRAVNRINNVRTMRGLQFAEDASPMAHPIRPDMVIEMNNFYTLTVYEKGAEVIRMIHTLLGEENFQKGM
QLYFERHDGSAATCDDFVQAMEDASNVDLSHFRRWYSQSGTPIVTVKDDYNPETEQYTLTISQRTPATPDQAEKQPLHIP
FAIELYDNEGKVIPLQKGGHPVNSVLNVTQAEQTFVFDNVYFQPVPALLCEFSAPVKLEYKWSDQQLTFLMRHARNDFSR
WDAAQSLLATYIKLNVARHQQGQPLSLPVHVADAFRAVLLDEKIDPALAAEILTLPSVNEMAELFDIIDPIAIAEVREAL
TRTLATELADELLAIYNANYQSEYRVEHEDIAKRTLRNACLRFLAFGETHLADVLVSKQFHEANNMTDALAALSAAVAAQ
LPCRDALMQEYDDKWHQNGLVMDKWFILQATSPAANVLETVRGLLQHRSFTMSNPNRIRSLIGAFAGSNPAAFHAEDGSG
YLFLVEMLTDLNSRNPQVASRLIEPLIRLKRYDAKRQEKMRAALEQLKGLENLSGDLYEKITKALA

The query sequence (length=866) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4xo4:A 870 866 1.0000 0.9954 1.0000 0.0 3b2p:A, 3b2x:A, 3b34:A, 3b37:A, 3b3b:A, 2dq6:A, 2dqm:A, 6g8b:A, 2hpo:A, 2hpt:A, 3ked:A, 5mfr:A, 5mfs:A, 5mft:A, 3puu:A, 4q4e:A, 4q4i:A, 3qjx:A, 4xmt:A, 4xmu:A, 4xmv:A, 4xmw:A, 4xmx:A, 4xmz:A, 4xn1:A, 4xn2:A, 4xn4:A, 4xn5:A, 4xn7:A, 4xn8:A, 4xn9:A, 4xna:A, 4xnb:A, 4xnd:A, 4xo3:A, 4xo5:A, 5yo1:A, 5yq1:A, 5yq2:A, 5yqb:A, 2zxg:A
2 5dll:A 854 871 0.4908 0.4977 0.4879 0.0
3 4qpe:A 867 868 0.4850 0.4844 0.4839 0.0 5dyf:A, 2gtq:A, 4pu2:A, 4pvb:A, 4pw4:A, 4qhp:A, 4qir:A, 4qme:A, 4quo:A
4 6oiu:C 900 897 0.4630 0.4456 0.4470 0.0 6oiu:A, 6oiu:B, 6oiu:D
5 6sbq:A 891 901 0.3637 0.3535 0.3496 2.80e-180 6ea1:A, 6ea2:A, 6eaa:A, 6eab:A, 3ebg:A, 3ebh:A, 3ebi:A, 6ee3:A, 6ee4:A, 6ee6:A, 6eed:A, 8ewz:A, 8ex3:A, 8eyd:A, 8eye:A, 8eyf:A, 8ez2:A, 4j3b:A, 4k5l:A, 4k5m:A, 4k5n:A, 4k5o:A, 4k5p:A, 3q43:A, 3q44:A, 4r5t:A, 4r5v:A, 4r5x:A, 6sbr:A, 8slo:A, 8svl:A, 8t6h:A, 8t7p:A, 3t8v:A, 8t83:A, 4x2u:A, 5xm7:A, 5y19:A, 5y1h:A, 5y1k:A, 5y1q:A, 5y1r:A, 5y1s:A, 5y1t:A, 5y1v:A, 5y1w:A, 5y1x:A, 5y3i:A, 4zqt:A, 4zw3:A, 4zw5:A, 4zw6:A, 4zw7:A, 4zw8:A, 4zx3:A, 4zx4:A, 4zx5:A, 4zx6:A
6 5zi5:A 850 866 0.3372 0.3435 0.3372 7.82e-149 5zi5:B, 5zi7:A, 5zi7:B, 5zie:A, 5zie:B
7 7v9o:A 860 406 0.1351 0.1360 0.2882 1.70e-27 7v9n:A, 7v9p:A, 7v9p:B, 7v9q:A
8 8t41:A 859 464 0.1443 0.1455 0.2694 1.15e-26
9 8sw0:A 864 387 0.1166 0.1169 0.2610 8.04e-26 8sw1:A
10 4kx7:A 875 367 0.1178 0.1166 0.2779 2.15e-24 4kx8:A, 4kx9:A, 4kxa:A, 4kxb:A, 4kxc:A, 4kxd:A
11 7nup:D 884 469 0.1374 0.1346 0.2537 1.14e-23 5ab0:C, 5ab2:B, 4e36:A, 4e36:B, 6ea4:A, 6ea4:B, 5j6s:B, 4jbs:A, 4jbs:B, 7nsk:B, 7nup:C, 7p7p:B, 7pfs:B, 3se6:A, 3se6:B
12 5mj6:A 870 340 0.1005 0.1000 0.2559 2.84e-23 5c97:A, 5c97:B, 8cgp:A, 8cgp:B, 8cgw:A, 8cgw:B, 5mj6:B, 8p0i:A, 8p0i:B, 4p8q:A, 4p8q:B, 4pj6:A, 4pj6:B, 6ydx:A, 6ydx:B, 4z7i:A, 4z7i:B, 7zyf:A, 7zyf:B
13 5k1v:B 849 428 0.1282 0.1307 0.2593 2.91e-22 7sh0:B
14 3q7j:A 780 450 0.1305 0.1449 0.2511 4.04e-21 3q7j:B, 1z1w:A, 1z5h:A, 1z5h:B
15 7pfs:A 916 497 0.1397 0.1321 0.2435 4.45e-20 5ab0:A, 5ab2:A, 5j6s:A, 5k1v:A, 7nsk:A, 7nup:A, 7nup:B, 7p7p:A, 7sh0:A
16 6rqx:A 862 347 0.1051 0.1056 0.2622 3.91e-19 6m8p:A, 6m8p:B, 6m8p:C, 6m8p:D, 6m8p:E, 6m8p:F, 6m8p:G, 6m8p:H, 6m8p:I, 6m8p:J, 6m8p:K, 6m8p:L, 6m8p:M, 6m8p:N, 6m8p:O, 6m8p:P, 6m8p:Q, 6m8p:R, 6m8p:S, 6m8p:T, 6m8p:U, 6m8p:V, 3mdj:B, 6mgq:A, 6mgq:B, 6mgq:C, 6q4r:A, 3qnf:A, 3qnf:B, 3qnf:C, 6ryf:A, 6t6r:A, 2yd0:A, 7z28:A
17 3mdj:C 819 449 0.1212 0.1282 0.2339 5.06e-18 3mdj:A
18 3b7r:L 610 377 0.1062 0.1508 0.2440 7.59e-16 5aen:A, 7auz:A, 7av0:A, 7av1:A, 7av2:A, 8ava:A, 8awh:A, 3b7s:A, 3b7t:A, 3b7u:X, 5bpp:A, 3cho:A, 3chp:A, 3chq:A, 3chr:A, 3chs:A, 4dpr:A, 6enb:A, 6enc:A, 6end:A, 3fh5:A, 3fh7:A, 3fh8:A, 3fhe:A, 3fts:A, 3ftu:A, 3ftv:A, 3ftw:A, 3ftx:A, 3fty:A, 3ftz:A, 3fu0:A, 3fu3:A, 3fu5:A, 3fu6:A, 3fud:A, 3fue:A, 3fuf:A, 3fuh:A, 3fui:A, 3fuj:A, 3fuk:A, 3ful:A, 3fum:A, 3fun:A, 5fwq:A, 1gw6:A, 1h19:A, 1hs6:A, 7kze:A, 7kze:B, 7kze:C, 4l2l:A, 7llq:A, 7llq:B, 7llq:C, 4mkt:A, 4ms6:A, 5n3w:A, 5ni2:A, 5ni4:A, 5ni4:B, 5ni4:C, 5ni6:A, 5nia:A, 5nid:A, 5nie:A, 5nie:B, 5nie:C, 6o5h:A, 6o5h:B, 6o5h:C, 8qow:A, 8qpn:A, 8qq4:A, 2r59:A, 4r7l:A, 4rsy:A, 4rvb:A, 8rx3:A, 8rx7:A, 8rx9:A, 1sqm:A, 8twx:A, 8twx:B, 8twx:C, 3u9w:A, 2vj8:A
19 4wz9:B 887 356 0.0947 0.0924 0.2303 8.81e-15 4wz9:A
20 4gaa:A 606 480 0.1247 0.1782 0.2250 4.23e-13 4gaa:B
21 5lhd:C 905 211 0.0658 0.0630 0.2701 7.45e-13 6atk:C, 6atk:A, 6atk:B, 4fyq:A, 4fyr:A, 4fys:A, 4fyt:A, 5lhd:D, 5lhd:A, 5lhd:B, 6u7e:A, 6u7e:B, 6u7f:A, 6u7f:B, 6u7g:A, 6u7g:B, 7vpq:A, 7vpq:C, 7vpq:E
22 7vpp:A 904 220 0.0716 0.0686 0.2818 2.51e-12 6buy:A, 6bv0:A, 6bv1:A, 6bv2:A, 6bv3:A, 6bv4:A, 4f5c:A, 4f5c:B, 4fke:A, 4fkh:A, 4fkk:A, 4hom:A, 5lds:D, 5lds:A, 5lds:B, 5lds:C, 5lg6:A, 5lg6:B, 4naq:A, 4nz8:A, 4ou3:A, 7vpp:C, 5z65:A
23 7u0l:A 904 166 0.0554 0.0531 0.2892 4.52e-11
24 2xpy:A 628 455 0.1247 0.1720 0.2374 6.96e-11 2xpz:A, 2xq0:A
25 6koz:A 436 131 0.0335 0.0665 0.2214 0.16 6a8z:A, 6a8z:B, 6iff:A, 6iff:B, 6ifg:A, 6ifg:B, 6koy:A, 6koy:B, 6koz:B, 6kp0:A, 6kp0:B, 6kp1:A, 6kp1:B
26 6j2c:S 475 62 0.0219 0.0400 0.3065 1.2 6j2n:S, 6j2q:S, 6j2x:S, 6j30:S, 5wvi:S
27 5d0u:A 705 145 0.0473 0.0582 0.2828 2.9 5lta:A, 5ltj:A, 5ltk:A, 6qid:A, 6qie:A
28 2qjg:A 272 48 0.0208 0.0662 0.3750 3.6 2qjg:B, 2qjg:C, 2qjg:D, 2qjg:E, 2qjg:K, 2qjg:L, 2qjg:M, 2qjg:N, 2qjg:O, 2qjg:F, 2qjg:G, 2qjg:H, 2qjg:I, 2qjg:J, 2qjg:P, 2qjg:Q, 2qjg:R, 2qjg:S, 2qjg:T
29 8cm5:A 974 75 0.0254 0.0226 0.2933 4.1 8bqg:A, 8bqh:A, 8bqi:A, 8bqj:A, 8bqk:A, 8bql:A, 8cm4:A, 8cm4:C, 8cm5:C, 8cm5:K, 8cm5:R, 8cm6:A, 8cm6:C, 8cm7:A, 8rc8:A, 8rc9:A, 8rca:A, 8rcb:A, 8rcc:A, 8rcg:A, 6sdr:A, 6sdv:A, 7z5o:AAA
30 6za2:B 1083 75 0.0242 0.0194 0.2800 5.5 6za2:A
31 4fmw:A 178 40 0.0139 0.0674 0.3000 7.2 4fmw:B
32 1aqe:A 110 47 0.0185 0.1455 0.3404 7.3 1czj:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218