Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PMYEDRVDLYGADGKLLEEDVPLEAVSPLKNPTIANLVSDVKRSVAVNLAGIEGSLRKAALGGKSNFIPGREVDLPIVEN
AEAIAEKIKKLVQTSEDDDTNIRLINNGQQILVQVPTTRMGVAADYTVSALVTGAAVVQAIIDEFDVDMFDANAVKTAVM
GRYPQTVDFTGANLSTLLGPPVLLEGLGYGLRNIMANHVVAITRKNTLNASALSSILEQTAMFETGDAVGAFERMHLLGL
AYQGLNANNLLFDLVKENGKGTVGTVIASLVERAIEDRVIKVAKEMTSGYKMYEPADWALWNAYAATGLLAATIVNVGAA
RAAQGVASTVLYYNDILEYETGLPGVDFGRAMGTAVGFSFFSHSIYGGGGPGIFHGNHVVTRHSKGFALPCVAAAMCLDA
GTQMFSVEKTSGLIGSVYSEIDYFREPIVNVAKGAAEIKDQL

The query sequence (length=442) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5a8r:B 442 442 0.9751 0.9751 0.9751 0.0 5a8r:E, 5a8r:H, 5a8r:K, 5a8w:B, 5a8w:E, 5a8w:H, 5a8w:K
2 5n28:B 443 441 0.6765 0.6749 0.6780 0.0 5n28:E, 5n2a:B
3 5n1q:B 442 440 0.6652 0.6652 0.6682 0.0 5n1q:E
4 5a0y:E 442 441 0.6787 0.6787 0.6803 0.0 5a0y:B, 5a8k:B, 5a8k:E, 7b2h:B, 7b2h:E, 5g0r:E, 5g0r:B, 1hbm:B, 1hbm:E, 1hbn:B, 1hbn:E, 1hbo:B, 1hbo:E, 1hbu:B, 1hbu:E, 3m1v:E, 3m1v:B, 3m2r:E, 3m2r:B, 3m2u:E, 3m2u:B, 3m2v:E, 3m2v:B, 3m30:E, 3m30:B, 3m32:B, 3m32:E, 1mro:E, 1mro:B, 3pot:E, 3pot:B, 7suc:b, 7suc:B, 7sxm:E, 7sxm:B
5 1e6v:E 436 434 0.6131 0.6216 0.6244 0.0 1e6v:B
6 1e6y:E 433 430 0.5837 0.5958 0.6000 2.60e-175 1e6y:B
7 8gf5:C 429 429 0.5724 0.5897 0.5897 3.30e-170
8 7nkg:B 432 429 0.5747 0.5880 0.5921 8.86e-169 7nkg:E, 7nkg:H, 7nkg:K
9 7b1s:B 466 464 0.5023 0.4764 0.4784 2.15e-144 7b1s:E, 7b2c:B, 7b2c:E
10 3sqg:B 431 432 0.4548 0.4664 0.4653 9.26e-118 3sqg:E, 3sqg:H
11 4hea:9 180 24 0.0249 0.0611 0.4583 0.49 2fug:9, 2fug:G, 2fug:P, 2fug:Y, 4hea:O, 6i0d:9, 6i0d:O, 6i1p:9, 6i1p:O, 3i9v:9, 3i9v:G, 3iam:9, 3iam:G, 3ias:9, 3ias:G, 3ias:P, 3ias:Y, 3m9s:9, 3m9s:G, 6q8o:9, 6q8o:O, 6q8w:9, 6q8w:O, 6q8x:9, 6q8x:O, 6y11:9, 6y11:O, 2ybb:8, 6ziy:9, 6zjl:9, 6zjn:9, 6zjy:9
12 3odm:C 530 138 0.0814 0.0679 0.2609 0.74 3odm:A, 3odm:D, 3odm:E, 3odm:H
13 3htx:D 795 42 0.0339 0.0189 0.3571 5.2 3htx:A
14 7p6n:H 366 48 0.0294 0.0355 0.2708 6.3 7jnt:D, 7jov:D
15 6p5m:A 396 48 0.0294 0.0328 0.2708 6.4 6ed6:A, 6ed6:B, 9ep8:A, 9ep8:B, 9ep8:C, 9ep8:D, 2f2u:A, 2f2u:B, 8gds:A, 8gds:B, 8gds:C, 8gds:D, 2h9v:A, 7jnt:A, 7jnt:B, 7jnt:C, 7jnt:E, 7jnt:F, 7jnt:G, 7jnt:H, 7jov:A, 7jov:B, 7jov:C, 7jov:E, 7jov:F, 7jov:G, 7jov:H, 4l6q:A, 4l6q:B, 6p5m:B, 6p5p:A, 6p5p:B, 6p5p:C, 6p5p:D, 7p6n:A, 7p6n:B, 7p6n:C, 7p6n:D, 7p6n:E, 7p6n:F, 7p6n:G, 5u7r:A, 5u7r:B, 5u7r:C, 5u7r:D, 4wot:A, 4wot:B, 4wot:C, 4wot:D
16 6byr:A 405 36 0.0339 0.0370 0.4167 7.1 3ag9:B, 3agl:A, 3agl:B, 3agm:A, 3ama:A, 3amb:A, 1apm:E, 1atp:E, 4axa:A, 7axt:A, 7axv:A, 7axw:A, 7baq:A, 7bar:A, 7bb0:A, 1bkx:A, 3bwj:A, 1bx6:A, 5bx6:A, 5bx7:A, 6byr:C, 6c0u:A, 2c1a:A, 2c1b:A, 4c33:A, 4c34:A, 4c35:A, 4c36:A, 4c37:A, 4c38:A, 1cdk:A, 1cdk:B, 1cmk:E, 2cpk:E, 1ctp:E, 4dfx:E, 4dfz:E, 4dg0:E, 4dg2:E, 4dg3:E, 4dh1:A, 4dh3:A, 4dh5:A, 4dh7:A, 4dh8:A, 4din:A, 3dnd:A, 3dne:A, 7e0z:A, 7e11:A, 7e12:A, 6e21:A, 3e8c:A, 3e8c:B, 3e8c:C, 3e8c:D, 3e8c:E, 3e8c:F, 3e8e:A, 3e8e:B, 3e8e:E, 3e8e:I, 3e8e:L, 3e8e:P, 6e99:A, 6e9l:A, 6egw:A, 6eh2:A, 6eh3:A, 6em2:A, 6em6:A, 6em7:A, 6ema:A, 2erz:E, 6ert:A, 6eru:A, 6erv:A, 6erw:A, 6esa:A, 6f14:A, 2f7e:E, 2f7x:E, 2f7z:E, 8fe2:A, 8fe2:B, 8fe5:A, 8fe5:B, 8fec:A, 8fec:B, 3fhi:A, 3fjq:E, 1fmo:E, 6frx:A, 2gfc:A, 2gnf:A, 2gng:A, 2gnh:A, 2gni:A, 2gnj:A, 2gnl:A, 2gu8:A, 4hpt:E, 4hpu:E, 6i2a:A, 6i2b:A, 6i2c:A, 6i2d:A, 6i2h:A, 4iac:A, 4iad:A, 4iaf:A, 4iai:A, 4iak:A, 4iay:A, 4iaz:A, 4ib0:A, 4ib1:A, 4ib3:A, 3idb:A, 3idc:A, 4ie9:A, 4ij9:A, 5izf:A, 5izj:A, 5izj:B, 5j5x:A, 1jbp:E, 2jds:A, 2jdt:A, 2jdv:A, 1jlu:E, 5jr7:A, 5jr7:C, 3kkv:A, 1l3r:E, 3l9l:A, 3l9l:B, 3l9m:A, 3l9m:B, 3l9n:A, 5lcp:A, 5lcq:A, 5lcr:A, 5lct:A, 5lcu:A, 5m0b:A, 5m0c:A, 5m0l:A, 5m0u:A, 5m6v:A, 5m6y:A, 5m71:A, 5m75:A, 5mhi:A, 6mm5:E, 6mm6:C, 6mm6:E, 6mm7:A, 6mm7:D, 6mm8:C, 3mvj:A, 3mvj:E, 3mvj:B, 5n1d:A, 5n1e:A, 5n1f:A, 5n1g:A, 5n1h:A, 5n1k:A, 5n1l:A, 5n1m:A, 5n1n:A, 5n1o:A, 5n23:A, 5n32:A, 5n33:A, 5n36:A, 5n37:A, 5n39:A, 5n3a:A, 5n3b:A, 5n3c:A, 5n3d:A, 5n3e:A, 5n3f:A, 5n3g:A, 5n3h:A, 5n3j:A, 5n3k:A, 5n3l:A, 5n3m:A, 5n3n:A, 5n3o:A, 5n3p:A, 5n3q:A, 5n3r:A, 5n3s:A, 5n3t:A, 5n7p:A, 5n7u:A, 6no7:E, 6no7:G, 4ntt:A, 4ntt:B, 5ntj:A, 5nw8:A, 3nx8:A, 5o0e:A, 4o21:A, 4o22:A, 5o5m:A, 3o7l:B, 3o7l:D, 2oh0:E, 2ojf:E, 5ok3:A, 5ol3:A, 3oog:A, 5ot3:A, 5otg:A, 5oua:A, 5ouc:A, 5ous:A, 3ovv:A, 3ow3:A, 3owp:A, 3oxt:A, 3p0m:A, 7pid:A, 7pie:A, 7pif:A, 7pig:A, 7pih:A, 7pns:A, 3poo:A, 3pvb:A, 1q24:A, 1q61:A, 1q62:A, 1q8t:A, 1q8u:A, 1q8w:A, 3qal:E, 3qam:E, 2qcs:A, 6qj7:A, 2qur:A, 1rdq:E, 1re8:A, 1rej:A, 1rek:A, 8sf8:A, 1smh:A, 6snn:A, 6snx:A, 6sox:A, 6spm:A, 6sps:A, 6spu:A, 6spy:A, 6sq1:A, 1stc:E, 1sve:A, 1svg:A, 1svh:A, 1szm:A, 1szm:B, 3tnq:B, 4uj1:A, 4uj2:A, 4uj9:A, 4uja:A, 4ujb:A, 7ujx:E, 2uvx:A, 2uvy:A, 2uvz:A, 2uw0:A, 2uw3:A, 2uw4:A, 2uw5:A, 2uw6:A, 2uw7:A, 2uw8:A, 2uzt:A, 2uzu:E, 2uzv:A, 2uzw:E, 5uzk:A, 7v0g:E, 1veb:A, 5vhb:A, 5vi9:A, 5vib:A, 2vnw:A, 2vny:A, 2vo0:A, 2vo3:A, 2vo6:A, 2vo7:A, 3vqh:A, 4wb5:A, 4wb6:A, 4wb6:B, 4wb7:A, 4wb7:B, 4wb8:A, 4wbb:B, 4wih:A, 3x2u:A, 3x2v:A, 3x2w:A, 8x5l:A, 8x5l:B, 4x6r:A, 1xh4:A, 1xh5:A, 1xh6:A, 1xh7:A, 1xh8:A, 1xh9:A, 1xha:A, 4xw4:A, 4xw5:A, 4xw6:A, 6y05:A, 6y0b:A, 7y1g:A, 7y1g:B, 6y2o:A, 6y2u:A, 6y89:A, 6y8c:A, 1ydr:E, 1yds:E, 1ydt:E, 6yna:A, 6ynb:A, 6ync:A, 6ynr:A, 6ynt:A, 6yot:A, 6you:A, 6ypp:A, 6yps:A, 6yqi:A, 6yqj:A, 6yqk:A, 4yxr:A, 4yxs:A, 6z08:A, 6z44:A, 4z83:E, 4z84:A, 6zn0:A, 3zo1:A, 3zo2:A, 3zo3:A, 3zo4:A
17 4v61:BQ 122 37 0.0249 0.0902 0.2973 7.9
18 6jgz:B 3485 70 0.0430 0.0055 0.2714 8.9 6jg3:A, 6jg3:B, 6jg3:C, 6jg3:D, 6jgz:D, 6jgz:F, 6jgz:H, 6jh6:B, 6jh6:D, 6jh6:F, 6jh6:H, 6jhn:A, 6jhn:C, 6jhn:E, 6jhn:G, 6ji0:A, 6ji0:C, 6ji0:E, 6ji0:G, 6jrr:A, 6jrr:C, 6jrr:E, 6jrr:G
19 2hei:B 165 82 0.0520 0.1394 0.2805 9.4 2hei:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218