Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PLRLPVIDLSMKNLKPGTTSWNSVRTQVREALEEYGCFEAVIDAVSPELQKAVCNKGHELLNLPLETKMLNGNKPEYDGF
TSIPNLNEGMGVGRITDLEKVERFTNLMWPEGNKDFCETVYSYGKRMAEVDHILKMMVFESFGMEKHFDSFCESTNYLLH
FMRYQQPGKDGRSPALSLHKDKSILTIVNQNDVKGLEFETKDGEWILPTADNHIVLLGDCFMAWSNGRLHSPLHRVTLVA
NQARLSTSSFSFPKDIIETPAELVDEEHPLLFNPFEITELLAYCFTKEGAKAVCDLKQYKAYTGALEHHHHHH

The query sequence (length=313) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7e38:A 313 313 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 8ci9:C, 7e37:A, 7e37:B, 7e38:B
2 6kun:A 294 279 0.2652 0.2823 0.2975 5.20e-23 6kun:B
3 6kwa:A 267 277 0.2556 0.2996 0.2888 7.08e-17 6kwa:B, 6kwb:A, 6kwb:B
4 6lsv:A 338 303 0.2492 0.2308 0.2574 1.33e-13 6lsv:B
5 8y4u:A 298 320 0.2843 0.2987 0.2781 1.34e-13
6 5tcv:A 299 167 0.1565 0.1639 0.2934 1.01e-09 1wa6:X
7 6xjj:A 291 284 0.2268 0.2440 0.2500 2.05e-09
8 7ekd:A 343 246 0.1949 0.1778 0.2480 2.33e-09
9 8cvc:A 327 299 0.2204 0.2110 0.2308 4.56e-09 8cv8:A, 8cv9:A, 8cva:A, 8cvb:A, 8cvd:A, 8cve:A, 8cvf:A, 8cvg:A, 8cvh:A
10 5o9w:A 356 299 0.2428 0.2135 0.2542 1.16e-08
11 5c3q:B 311 227 0.1789 0.1801 0.2467 3.19e-08 5c3o:A, 5c3p:D, 5c3q:C, 5c3r:B, 5c3r:C, 5c3s:B, 5c3s:C
12 1gp6:A 349 291 0.2141 0.1920 0.2302 1.57e-07 2brt:A, 1gp4:A, 1gp5:A
13 5gja:A 299 295 0.2300 0.2408 0.2441 2.34e-07 5gj9:A, 5gj9:B, 5gja:B, 5gja:C, 5gja:D, 5gja:E, 5gja:F, 5gja:G, 5gja:H
14 6tto:A 311 203 0.1565 0.1576 0.2414 5.08e-07 6ttm:A, 6ttn:A
15 6ku3:B 318 97 0.0927 0.0912 0.2990 1.09e-06 6ku3:A, 6ku3:D, 6ku3:C
16 5c3q:A 335 246 0.1757 0.1642 0.2236 5.83e-06 5c3p:A, 5c3p:B, 5c3p:C, 5c3q:D, 5c3r:A, 5c3r:D, 5c3s:A, 5c3s:D
17 7w5s:A 302 160 0.1342 0.1391 0.2625 0.002 7w5t:A, 7w5v:A
18 5v2z:A 349 145 0.1118 0.1003 0.2414 0.013 6cba:A, 6cf3:A, 5lsq:A, 5lun:A, 5lun:B, 5lun:C, 5lun:D, 5mof:A, 8uc2:A, 5v2t:A, 5v2x:A, 5v2x:B, 5v2y:A, 5v31:A, 5v32:A, 5v34:A, 5vka:A, 5vkb:A, 6vp4:A, 6vp4:B, 6vp4:C, 6vp4:D, 6vp5:A, 6vp5:B, 6vp5:C, 6vp5:D
19 8bbb:A 331 159 0.1246 0.1178 0.2453 0.022 8a4g:A, 8ali:A, 8alj:A, 4bb3:A, 8bb9:A, 8bba:A, 8bbc:A, 8bbd:A, 2bjs:A, 1bk0:A, 1blz:A, 8bsv:A, 8bsw:A, 8bsx:A, 8bsy:A, 2bu9:A, 1hb1:A, 1hb2:A, 1hb3:A, 1hb4:A, 1ips:A, 1ips:B, 2ivi:B, 2ivj:A, 2jb4:A, 1obn:A, 1oc1:A, 1odm:A, 1odn:A, 7p3l:A, 8p46:A, 8p47:A, 8p48:A, 8p7o:A, 8p7p:A, 7poy:A, 7psw:A, 8ptv:A, 8py5:A, 8py6:A, 8py7:A, 8py8:A, 8py9:A, 8pya:A, 1qiq:A, 1qje:A, 1qjf:A, 1uzw:A, 2vau:A, 2vbb:A, 2vbd:A, 2vbp:A, 2vcm:A, 2ve1:A, 1w03:A, 1w04:A, 1w05:A, 1w06:A, 1w3v:A, 1w3x:A, 2wo7:A, 6y0o:A, 6y0p:A, 2y60:A, 2y6f:A, 6zae:A, 6zaf:A, 6zag:A, 6zah:A, 6zai:A, 6zaj:A, 6zak:A, 6zal:A, 6zam:A, 6zan:A, 6zao:A, 6zap:A, 6zaq:A, 3zku:A, 3zky:A, 3zoi:A, 7zoe:A, 6zw8:A
20 7v7x:A 276 64 0.0671 0.0761 0.3281 0.024 7fh5:A, 7v52:A, 7v54:A, 7v56:A, 7v57:A
21 6t85:A 459 62 0.0639 0.0436 0.3226 0.55 6t86:A, 6t87:A, 6t88:A
22 1wuf:A 371 88 0.0767 0.0647 0.2727 1.5 1wuf:B
23 2vnt:B 258 42 0.0447 0.0543 0.3333 3.4 6ag2:U, 6ag3:U, 6ag7:U, 6ag9:U, 1c5w:B, 1c5x:B, 1c5y:B, 1c5z:B, 7dzd:U, 1ejn:A, 1f5k:U, 1f5l:A, 1f92:A, 4fu7:A, 4fu8:A, 4fu9:A, 4fub:A, 4fuc:A, 4fud:A, 4fue:A, 4fuf:A, 4fug:A, 4fuh:A, 4fui:A, 4fuj:A, 1fv9:A, 1gi7:B, 1gi8:B, 1gi9:B, 1gj7:B, 1gj8:B, 1gj9:B, 1gja:B, 1gjb:B, 1gjc:B, 1gjd:B, 4gly:A, 4h42:U, 3ig6:B, 3ig6:D, 4jk5:A, 4jk6:A, 6jyp:U, 6jyq:U, 3kgp:A, 3khv:A, 3kid:U, 6l04:U, 6l05:U, 1lmw:B, 1lmw:D, 3m61:U, 3mhw:U, 4mnv:A, 4mnw:A, 4mnx:A, 4mny:A, 4mny:B, 3mwi:U, 6nmb:A, 6nmb:B, 6nmb:C, 6nmb:D, 2nwn:A, 1o3p:B, 1o5a:B, 1o5b:B, 1o5c:B, 2o8w:A, 4os1:A, 4os2:A, 4os4:A, 4os5:A, 4os6:A, 4os7:A, 1owd:A, 1owe:A, 1owh:A, 1owi:A, 1owj:A, 1owk:A, 3ox7:U, 3oy5:U, 3oy6:U, 3qn7:A, 2r2w:U, 1sc8:U, 1sqa:A, 1sqo:A, 1sqt:A, 1u6q:A, 2vin:A, 2vio:A, 2vip:A, 2viq:A, 2viv:A, 2viw:A, 1vj9:U, 1vja:U, 7vm4:U, 7vm5:U, 7vm6:U, 7vm7:U, 2vnt:A, 2vnt:F, 2vnt:C, 2vnt:D, 2vnt:E, 1w0z:U, 1w10:U, 1w11:U, 1w12:U, 1w13:U, 1w14:U, 5wxf:U, 5wxo:U, 5wxp:U, 5wxq:U, 5wxr:U, 5wxs:U, 5wxt:U, 4x0w:U, 4x1n:U, 4x1p:U, 4x1q:U, 4x1r:U, 4x1s:U, 5xg4:U, 6xvd:U, 5yc6:U, 5yc7:U, 5z1c:U, 5za7:U, 5za8:U, 5za9:U, 5zae:U, 5zaf:U, 5zag:U, 5zah:U, 5zaj:U, 5zc5:U, 4zhl:U, 4zhm:U, 4zkn:U, 4zko:U, 4zkr:U, 4zks:U, 7zrr:A, 7zrt:A
24 8i9i:A 468 42 0.0511 0.0342 0.3810 4.1 8i9i:B
25 4rf7:B 700 167 0.1150 0.0514 0.2156 5.1 4rf7:A, 4rf8:A, 4rf8:B, 4rf9:A, 4rf9:B
26 3wsw:A 316 53 0.0607 0.0601 0.3585 5.8 3wsw:B, 3wsw:C, 3wsw:D
27 5ejq:A 498 30 0.0447 0.0281 0.4667 6.0
28 6xhq:A 237 54 0.0479 0.0633 0.2778 6.4 6xhq:B, 6xhs:B, 6xhs:E, 6xht:A, 6xht:B, 6xht:E, 6xht:F
29 3no5:E 275 30 0.0383 0.0436 0.4000 8.1 3no5:A, 3no5:B, 3no5:C, 3no5:D, 3no5:F

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218