Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PKYTKSVLKKGDKTNFPKKGDVVHCWYTGTLQDGTVFDTNIQTSAKKKKNAKPLSFKVGVGKVIRGWDEALLTMSKGEKA
RLEIEPEWAYGKKGQPDAKIPPNAKLTFEVELVDID

The query sequence (length=116) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5d75:A 120 116 1.0000 0.9667 1.0000 2.59e-82 5gpg:A, 3kz7:A, 1pbk:A
2 6vrx:A 108 109 0.4310 0.4630 0.4587 2.92e-27 6vct:A, 6vrx:B, 6vrx:C, 6vrx:D
3 5hua:A 113 109 0.4224 0.4336 0.4495 7.36e-27 1yat:A
4 7u0s:A 124 113 0.4310 0.4032 0.4425 8.76e-27 5hwc:A, 6tz7:C, 7u0s:B, 7u0u:B, 6vcv:A, 6vcv:B
5 4nnr:A 102 99 0.4052 0.4608 0.4747 7.84e-26 4nnr:B
6 6tz8:C 111 109 0.4052 0.4234 0.4312 1.44e-24 6tz8:F
7 8xi9:A 201 106 0.3879 0.2239 0.4245 8.67e-24 1a7x:A, 1a7x:B, 1bkf:A, 1bl4:A, 1bl4:B, 8chi:A, 8chi:B, 8chj:A, 8chj:B, 8chj:C, 8chj:D, 8chk:A, 8chk:B, 8chk:C, 8chl:A, 8chl:B, 8chm:A, 1d7i:A, 1d7i:B, 1d7j:A, 1d7j:B, 2dg3:A, 2dg4:A, 2dg9:A, 4dh0:A, 8er6:A, 8er6:C, 8er6:E, 8er7:A, 8er7:C, 8er7:E, 8era:B, 1f40:A, 1fap:A, 2fap:A, 3fap:A, 4fap:A, 1fkb:A, 1fkd:A, 1fkf:A, 1fkg:A, 1fkh:A, 1fki:A, 1fki:B, 1fkj:A, 1fkl:A, 2fke:A, 1j4h:A, 1j4i:A, 1j4r:A, 1j4r:B, 1j4r:D, 6m4u:A, 6m4u:E, 6m4v:B, 6m4v:D, 6m4w:D, 6m4w:E, 6m4w:F, 1nsg:A, 6oqa:A, 6oqa:B, 6oqa:E, 6oqa:F, 8pdf:A, 8ppz:A, 1qpf:A, 1qpf:D, 1qpl:A, 1qpl:C, 1tco:C, 7u0t:B, 7u8d:A, 7u8d:B, 6vcu:A, 6vcu:C, 6vcu:D, 6vcu:B, 6yf0:A, 6yf1:A, 6yf2:A, 6yf3:A
8 1c9h:A 107 109 0.3793 0.4112 0.4037 1.63e-23 5hkg:A
9 4lax:A 237 119 0.4569 0.2236 0.4454 1.14e-22 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
10 4lax:A 237 111 0.2586 0.1266 0.2703 1.10e-07 4drj:A, 4lay:A, 6rcy:A, 4tw8:A, 4tw8:B
11 5b8i:C 119 122 0.4483 0.4370 0.4262 3.20e-21
12 5hw8:B 122 121 0.4224 0.4016 0.4050 3.62e-21 5hw8:A, 5hw8:C, 5hw8:D, 5hw8:E, 5hw8:F, 5hw8:G, 5hw8:H, 6tz6:C, 6tz6:F
13 7f2j:A 117 97 0.3534 0.3504 0.4227 3.69e-19 7f2j:B, 6j2m:A
14 6mke:A 117 109 0.3621 0.3590 0.3853 4.34e-19 6mke:B, 6mke:C, 6mke:D
15 3pa7:A 124 115 0.3621 0.3387 0.3652 4.50e-19 3ihz:A, 3ihz:B, 4itz:A, 4itz:B, 4j4o:A, 4mgv:A
16 8p3c:B 126 98 0.3621 0.3333 0.4286 5.10e-19
17 4qt3:A 125 112 0.3793 0.3520 0.3929 2.78e-18 4j4n:A, 4j4n:B, 4j4n:C, 4qt2:A, 2vn1:A, 2vn1:B
18 5njx:A 413 111 0.3793 0.1065 0.3964 2.68e-17 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
19 5njx:A 413 107 0.2759 0.0775 0.2991 8.47e-07 7a6w:AAA, 7a6w:BBB, 7a6x:AAA, 7aot:A, 7aou:A, 7apq:A, 7aps:A, 7aps:B, 7apt:A, 7apw:A, 7awf:A, 7awx:A, 7awx:B, 7b9y:A, 7b9z:A, 7ba0:A, 8ba6:A, 8baj:A, 5bxj:A, 8cca:A, 8ccb:A, 8ccc:A, 8ccd:A, 8cce:A, 8ccf:A, 8ccg:A, 8cch:A, 8chn:A, 8chp:A, 8chq:A, 8chr:A, 5dit:A, 5diu:A, 5div:A, 4drh:A, 4drh:D, 4dri:A, 4drk:A, 4drk:B, 4drm:A, 4drn:A, 4dro:A, 4drp:A, 4drq:A, 7ett:A, 7etu:A, 7etv:A, 9eu6:A, 9eu7:A, 9eu7:B, 9eu8:A, 9eu8:B, 9eu9:A, 9eu9:B, 9eua:A, 9eua:B, 9eub:A, 9eub:B, 9euc:A, 9euc:B, 9eud:A, 9eud:B, 9eue:A, 9eue:B, 9ey3:A, 9ey4:A, 4jfi:A, 4jfj:A, 4jfk:A, 4jfl:A, 4jfm:A, 3o5f:A, 3o5r:A, 5obk:A, 8pc2:G, 8pc2:H, 8pj8:A, 8pja:A, 7r0l:A, 8r5k:A, 6saf:A, 4tw6:A, 4tw7:A, 4tx0:A, 6tx4:A, 6tx5:A, 6tx6:A, 6tx7:A, 6tx9:A, 6txx:A, 4w9o:A, 4w9o:E, 4w9p:A, 4w9p:E, 4w9q:A
20 4giv:A 192 98 0.3534 0.2135 0.4184 2.77e-17 4dz2:A, 4dz2:B, 4dz3:A, 4dz3:B, 4fn2:A, 4fn2:B, 4g50:A, 4g50:B, 4ggq:C, 4ggq:A, 4ggq:B, 4ggq:D, 4giv:B, 5klx:A, 5klx:B, 5klx:D, 5klx:C, 2ko7:A, 2l2s:A, 6o49:A, 6o49:B, 6o4a:A, 6o4a:B, 6o4a:C, 6o4a:D, 3uf8:A, 3uqa:A, 3uqb:A, 5v8t:A, 5v8t:B, 3vaw:A
21 4msp:A 189 99 0.3276 0.2011 0.3838 4.37e-16 4msp:B
22 8z38:B 113 103 0.3362 0.3451 0.3786 1.21e-15 8z38:A
23 8bk4:A 163 108 0.3534 0.2515 0.3796 5.03e-15 8p3d:A, 8p42:A, 8p42:D
24 1q6i:A 210 103 0.3966 0.2190 0.4466 1.04e-14 1q6i:B
25 8bjd:A 208 101 0.3362 0.1875 0.3861 9.60e-12 8bje:A, 8bk5:A, 2vcd:A
26 1qz2:A 285 111 0.2586 0.1053 0.2703 3.69e-08 1qz2:B
27 4odq:A 106 62 0.1983 0.2170 0.3710 1.21e-04 4odp:A, 4odr:A, 4odr:B, 7oxg:A, 7oxg:B
28 7q9e:C 397 42 0.1293 0.0378 0.3571 0.19 7q9e:A, 7q9e:B, 7q9e:D, 7zzl:A, 7zzl:B, 7zzl:C, 7zzl:D
29 8hg9:A 392 42 0.1207 0.0357 0.3333 1.2 8hg9:B
30 6hqw:B 307 50 0.1207 0.0456 0.2800 1.9
31 8wt1:C 651 73 0.1810 0.0323 0.2877 2.3 8wt1:A, 8wt1:B, 8wt1:D, 8wt1:E, 8wt1:F, 8wt1:G, 8wt1:H
32 6hqd:C 415 47 0.1207 0.0337 0.2979 3.0 6hqd:A, 6hqd:B
33 8hge:B 424 47 0.1379 0.0377 0.3404 3.7 5fyf:A, 5fyf:B, 5fyg:A, 5fyg:B, 8hgd:B, 8hgt:A
34 3h0l:B 410 72 0.1638 0.0463 0.2639 4.1 3h0l:E, 3h0l:H, 3h0l:K, 3h0l:N, 3h0l:Q, 3h0l:T, 3h0l:W, 3h0m:B, 3h0m:E, 3h0m:H, 3h0m:K, 3h0m:N, 3h0m:Q, 3h0m:T, 3h0m:W, 3h0r:B, 3h0r:E, 3h0r:H, 3h0r:K, 3h0r:N, 3h0r:Q, 3h0r:T, 3h0r:W
35 8oz1:A 373 46 0.1293 0.0402 0.3261 4.1 6ha9:A, 6ha9:B, 6haa:A, 6haa:B, 5oyd:A, 5oyd:B, 5oye:A, 5oye:B
36 3htp:A 324 50 0.1293 0.0463 0.3000 4.2 4gxx:A, 3htq:A, 3htt:A, 4juh:A, 4juj:A, 4juj:C, 5vmc:A, 5vmc:C, 5vmc:E, 5vmf:A, 5vmf:C, 5vmf:E, 5vmg:A, 5vmg:C, 5vmg:E, 5vmj:A, 5vmj:C, 5vmj:E, 2wrg:J, 2wrh:H, 2wrh:J, 2wrh:L
37 7oxj:A 156 60 0.1466 0.1090 0.2833 5.2 3luo:A, 4odk:A, 4odl:B, 4odl:A, 4odm:A, 4odm:B, 4odm:C, 4odm:D, 4odn:A, 4odo:A, 4odo:C, 4odo:B, 7oxh:A, 7oxi:A, 7oxk:A
38 5o3w:B 717 40 0.1207 0.0195 0.3500 6.2 5o3u:A, 5o3u:B, 5o3u:C, 5o3u:D, 5o3v:B, 5o3v:A, 5o3w:A, 5o3w:C, 5o3w:D, 5uw3:A, 5uw3:B, 5uw3:C, 5uw5:A, 5uw5:B, 5uw5:C, 5uw6:A, 5uw6:B, 5uw6:C, 5uzw:A, 5uzw:B, 5uzw:C
39 2mgz:A 94 38 0.1034 0.1277 0.3158 7.0
40 4wss:E 489 43 0.1121 0.0266 0.3023 7.0 4wss:C, 4wss:F
41 3rwl:A 404 80 0.1810 0.0520 0.2625 7.3
42 5xon:W 329 39 0.1121 0.0395 0.3333 7.8
43 6hqw:A 395 47 0.1121 0.0329 0.2766 8.6
44 5bqy:A 324 43 0.1034 0.0370 0.2791 8.7 5bqy:E, 5bqz:A, 5bqz:E
45 6ir9:W 275 39 0.1121 0.0473 0.3333 9.0 6j4w:W, 6j4x:W, 6j4y:W, 6j4z:W, 6j50:W, 6j51:W, 8jh2:W, 7wbv:W, 7wbw:W, 7wbx:W

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218