Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PKQIERYSRFSPSPLSIKQFLDFGRDNACEKTSYMFLRKELPVRLANTMREVNLLPDNLLNRPSVGLVQSWYMQSFLELL
EYENKSPEDPQVLDNFLQVLIKVRNRHNDVVPTMAQGVIEYKEKFGFDPFISTNIQYFLDRFYTNRISFRMLINQHTLLF
GTNPVHPKHIGSIDPTCNVADVVKDAYETAKMLCEQYYLVAPELEVEEFNAKAPDKPIQVVYVPSHLFHMLFELFKNSMR
ATVELYEDRKEGYPAVKTLVTLGKEDLSIKISDLGGGVPLRKIDRLFNYMYSGYGLPISRLYARYFQGDLKLYSMEGVGT
DAVIYLKALSSESFERLPVFNKSAWRHYKTTPEADDWSNPSSEPRDASK

The query sequence (length=369) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1y8p:A 381 380 1.0000 0.9685 0.9711 0.0 2q8i:A, 1y8n:A, 1y8o:A
2 2pnr:B 341 359 0.9187 0.9941 0.9443 0.0
3 3crl:B 383 377 0.6911 0.6658 0.6764 0.0 2bu2:A, 2bu5:A, 2bu6:A, 2bu7:A, 2bu8:A, 3crk:A, 3crk:B, 3crl:A, 7ea0:A, 7eas:A, 7ebh:A, 5j6a:A, 1jm6:A, 1jm6:B, 6lil:A, 6lil:B, 6lin:A, 6lin:B, 6lin:C, 6lin:D, 6lio:A, 6lio:B, 5m4k:A, 5m4m:A, 5m4n:A, 5m4p:A, 4mp2:A, 4mp7:A, 4mpc:A, 4mpe:A, 4mpn:A, 6tmp:AAA, 6tmq:AAA, 6tmz:AAA, 6tn0:AAA, 6tn2:AAA, 4v25:A, 4v26:A, 7vbu:A, 7vbv:A, 7vbv:B, 7vbx:A, 8zm1:A, 8zm2:A
4 2q8g:A 368 378 0.6694 0.6712 0.6534 0.0 2q8h:A
5 5j71:A 338 348 0.6341 0.6923 0.6724 1.15e-172
6 3d2r:B 362 369 0.6179 0.6298 0.6179 2.53e-169 3d2r:A, 2e0a:A, 2e0a:B, 7eat:A, 7eat:B, 7ebb:A, 7ebb:B, 7ebg:B, 2zdx:B, 2zdy:A, 2zdy:B, 2zkj:A, 2zkj:B
7 7ebg:A 337 358 0.5989 0.6558 0.6173 7.98e-164 2zdx:A
8 8f5f:A 326 305 0.2466 0.2791 0.2984 1.36e-39 4dzy:A, 4e00:A, 4e01:A, 4e02:A, 8egd:A, 8egf:A, 8egq:A, 8egu:A, 8f4q:A, 8f5f:B, 8f5j:A, 8f5s:A, 8f5s:B, 1gjv:A, 1gkz:A, 4h7q:A, 4h81:A, 4h85:A, 3tz0:A, 3tz2:A, 3tz4:A, 3tz5:A, 3vad:A
9 3sl2:A 145 120 0.0813 0.2069 0.2500 3.51e-04
10 4pl9:A 150 108 0.0840 0.2067 0.2870 4.11e-04
11 5c93:A 235 66 0.0542 0.0851 0.3030 0.71 5c93:B, 4u7o:A, 4u7o:B, 4zki:B
12 7pc3:A 405 63 0.0569 0.0519 0.3333 0.89 2awu:B, 2aww:A, 2awx:B, 8cn3:A, 8cn3:B, 2g2l:A, 2g2l:B, 4g69:A, 2i0l:A, 2i0l:B, 2m3m:A, 4oaj:A, 2oqs:A, 3rl8:B
13 7nmi:B 488 63 0.0569 0.0430 0.3333 0.93 1j55:A
14 7p73:A 420 63 0.0569 0.0500 0.3333 0.99 8ael:A, 7p74:A, 7pc9:A, 7pc9:B, 7r2m:A, 7r2m:D, 7r2t:A
15 7pc5:A 405 63 0.0569 0.0519 0.3333 1.0
16 7qqn:C 414 63 0.0569 0.0507 0.3333 1.0 7pc7:A, 7pc7:B, 7pc8:A, 7pc8:B, 7qql:C, 7qql:B, 7qqn:A
17 7p70:A 407 63 0.0569 0.0516 0.3333 1.0 7pc4:A, 7qql:A
18 5n7d:A 423 63 0.0569 0.0496 0.3333 1.1 2i04:A, 2i04:B, 5n7d:B, 5n7f:A, 5n7f:B, 5n7g:A, 7p71:A, 7p71:B, 6twq:B, 6twq:A, 6twu:B, 6twu:A, 6twx:B, 6twx:A, 6twy:B, 6twy:A
19 7qqm:A 413 63 0.0569 0.0508 0.3333 1.1
20 6t58:A 524 63 0.0569 0.0401 0.3333 1.1 3c1v:A, 3c1v:B, 3c1v:C, 3c1v:D, 4cfq:A, 4cfq:B, 4cfq:C, 4cfq:D, 4cfr:A, 3cga:A, 3cga:B, 7eq7:A, 4eto:B, 4hre:A, 4hre:C, 4hre:B, 4hre:D, 4hsz:A, 4hsz:B, 4hsz:C, 4hsz:D, 2hyu:A, 2hyv:A, 2hyw:A, 2hyw:B, 3ko0:A, 3ko0:C, 3ko0:B, 3ko0:D, 3ko0:J, 3ko0:I, 3ko0:E, 3ko0:H, 3ko0:K, 3ko0:S, 3ko0:L, 3ko0:N, 3ko0:M, 3ko0:P, 3ko0:O, 3ko0:R, 3ko0:T, 5lpu:A, 5lpu:B, 5lpu:C, 5lpu:D, 5lpx:A, 5lq0:A, 5lq0:B, 5lq2:A, 5lq2:B, 3m0w:I, 3m0w:A, 3m0w:E, 3m0w:H, 5n7g:B, 7psp:A, 7psp:B, 7psq:A, 7psq:C, 2q91:A, 2q91:B, 6t58:B, 4x9p:A, 1xjl:A, 1xjl:B, 7zvn:A, 7zvx:A, 7zvx:B, 3zwh:A
21 7pcb:A 415 63 0.0569 0.0506 0.3333 1.2 7e0b:A, 5elq:A, 5elq:B, 5em9:A, 5ema:A, 5emb:A, 7p72:A, 3qgl:A, 3qgl:B, 3qgl:C, 3qgl:D, 3qgl:E, 4z8j:A
22 4jav:A 246 124 0.0732 0.1098 0.2177 1.5 6azr:A, 6azr:C, 2c2a:A, 3dge:A, 3dge:B, 4jas:A, 4jau:A, 4jav:B, 6rfv:A, 6rfv:B, 6rgy:A, 6rgy:B, 6rgz:A, 6rgz:B, 6rh0:A, 6rh0:B, 6rh1:A, 6rh1:B, 6rh2:A, 6rh2:B, 6rh7:A, 6rh7:B, 6rh8:A, 6rh8:B, 5uht:A, 5uht:C
23 8umv:D 329 36 0.0407 0.0456 0.4167 1.9 8ui7:D, 8ui8:D, 8ui9:D, 8uii:D, 8umt:D, 8umw:D, 8umy:D, 8un0:D, 8unj:D, 6vvo:D, 7z6h:D
24 7pqi:A 198 106 0.0732 0.1364 0.2547 2.1 7pql:A, 7pql:B, 7pqm:A, 7pqm:B
25 5d8f:B 108 55 0.0434 0.1481 0.2909 2.7 4oww:B, 4owx:B
26 1jqk:A 610 34 0.0379 0.0230 0.4118 8.7 1jqk:B, 1jqk:C, 1jqk:D, 1jqk:E, 1jqk:F
27 5knn:A 450 36 0.0379 0.0311 0.3889 9.4 5knn:B, 5knn:C, 5knn:D, 5knn:E, 5knn:F, 5knn:G, 5knn:H, 5v59:A, 4xem:A, 4xeo:A, 4xeo:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218