Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PKMRLPTRSDMICGYACLKGTAAMRNTKRGSWYIEALAQVFSERACDMHVADMLVKVNALIKDREGYAPGTEFHRCKEMS
EYCSTLCRHLYLFPGHPP

The query sequence (length=98) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1pyo:D 99 98 1.0000 0.9899 1.0000 3.32e-72 1pyo:B, 3r5j:D, 3r5j:B, 3r6g:D, 3r6g:B, 3r6l:D, 3r6l:B, 3r7b:D, 3r7n:D, 3r7n:B, 3rjm:B, 3rjm:D
2 6wi4:B 233 90 0.2857 0.1202 0.3111 4.93e-13 6wi4:A
3 6pdq:B 87 91 0.2653 0.2989 0.2857 1.10e-12 6pdq:E
4 1i4o:A 235 92 0.2449 0.1021 0.2609 1.73e-09 6cl1:A, 6cl1:B, 6cl1:C, 6cl1:D, 6cl2:A, 6cl2:B, 6cl2:C, 6cl2:D, 8dgz:A, 8dgz:B, 8dj3:A, 3edr:A, 3edr:B, 3edr:C, 3edr:D, 1f1j:A, 1f1j:B, 3h1p:A, 3h1p:B, 4hqr:A, 4hqr:B, 1i4o:B, 1i51:A, 1i51:B, 1i51:C, 1i51:D, 3ibc:A, 3ibc:B, 3ibc:C, 3ibc:D, 5ic6:A, 5ic6:B, 5ic6:C, 5ic6:D, 4jj8:A, 4jj8:B, 4jr1:A, 4jr1:B, 4jr2:A, 4jr2:B, 1kmc:A, 1kmc:B, 2ql5:A, 2ql5:B, 2ql5:C, 2ql5:D, 2ql7:A, 2ql7:B, 2ql7:C, 2ql7:D, 2ql9:A, 2ql9:B, 2ql9:C, 2ql9:D, 2qlb:A, 2qlb:B, 2qlb:C, 2qlb:D, 2qlf:A, 2qlf:B, 2qlf:C, 2qlf:D, 2qlj:A, 2qlj:B, 2qlj:C, 2qlj:D, 1shj:A, 5v6u:B, 5v6z:B, 6x8j:A, 6x8j:C, 6x8j:B, 6x8j:D, 6x8l:A, 6x8l:C, 6x8l:B, 6x8l:D, 4zvo:A, 4zvo:B, 4zvo:C, 4zvo:D, 4zvp:A, 4zvp:B, 4zvp:C, 4zvp:D, 4zvq:A, 4zvq:B, 4zvq:C, 4zvq:D, 4zvr:A, 4zvr:B, 4zvr:C, 4zvr:D, 4zvs:A, 4zvs:B, 4zvs:C, 4zvs:D, 4zvt:A, 4zvt:B, 4zvt:C, 4zvt:D, 4zvu:C, 4zvu:D, 4zvu:A, 4zvu:B
5 4pry:A 249 91 0.2449 0.0964 0.2637 3.15e-08 6bdv:A, 6bdv:B, 6bfj:A, 6bfj:B, 6bfk:A, 6bfk:C, 6bfk:B, 6bfk:D, 6bfl:A, 6bfl:B, 6bfo:A, 6bfo:B, 6bg0:A, 6bg0:C, 6bg0:B, 6bg0:D, 6bg1:A, 6bg1:C, 6bg4:A, 6bg4:E, 6bg4:B, 6bg4:F, 6bgk:A, 6bgk:C, 6bgk:B, 6bgk:D, 6bgq:A, 6bgq:B, 6bgq:C, 6bgq:D, 6bgr:A, 6bgr:B, 6bgs:A, 6bgs:C, 6bh9:B, 6bh9:E, 6bh9:A, 6bh9:C, 6bha:A, 6bha:B, 2c1e:A, 2c1e:B, 2c2k:A, 2c2k:B, 2c2m:A, 2c2m:B, 2c2o:A, 2c2o:B, 2cdr:A, 2cdr:B, 2cjx:A, 2cjx:B, 2cjy:A, 2cjy:B, 6ckz:A, 6ckz:B, 6cl0:A, 6cl0:B, 2cnk:A, 2cnk:B, 2cnl:A, 2cnl:B, 2cnn:A, 2cnn:B, 2cno:A, 2cno:B, 1cp3:A, 1cp3:B, 4dcj:A, 4dcj:B, 4dcj:D, 4dcj:E, 4dco:A, 4dco:B, 4dco:D, 4dco:E, 4dcp:A, 4dcp:B, 4dcp:D, 4dcp:E, 3deh:C, 3dei:A, 3dei:C, 3dej:A, 3dej:C, 3dek:A, 2dko:A, 2dko:B, 3edq:A, 3edq:B, 3edq:C, 3edq:D, 4eha:A, 4eha:C, 4ehd:A, 4ehf:A, 4ehh:A, 4ehk:A, 4ehk:C, 4ehl:A, 4ehl:C, 4ehn:A, 1gfw:A, 1gfw:B, 3gjq:A, 3gjq:B, 3gjq:C, 3gjq:D, 3gjr:A, 3gjr:B, 3gjr:C, 3gjr:D, 3gjs:A, 3gjs:B, 3gjs:C, 3gjs:D, 3gjt:A, 3gjt:B, 3gjt:C, 3gjt:D, 3h0e:A, 3h0e:B, 2h5i:A, 2h5i:B, 2h5j:A, 2h5j:B, 2h5j:C, 2h5j:D, 2h65:A, 2h65:B, 2h65:C, 2h65:D, 5i9b:A, 5i9t:C, 5i9t:A, 5iab:C, 5iab:A, 5iae:C, 5iae:A, 5iag:A, 5iaj:A, 5iak:A, 5ian:A, 5iar:A, 5ias:A, 5ibc:A, 5ibp:A, 5ibr:A, 5ibr:C, 5ic4:A, 5ic4:B, 5ic4:C, 5ic4:D, 5ic4:E, 5ic4:F, 5ic4:G, 5ic4:H, 3itn:A, 2j30:A, 2j31:A, 2j32:A, 2j33:A, 4jje:A, 4jr0:A, 4jr0:B, 3kjf:A, 3kjf:B, 1nme:A, 1nme:B, 1nmq:A, 1nmq:B, 1nms:A, 1nms:B, 1pau:A, 1pau:B, 3pcx:A, 3pd0:A, 3pd1:A, 4ps0:A, 4ps0:B, 4qtx:A, 4qty:A, 4qu0:A, 4qu5:A, 4qu8:A, 4qu9:A, 4qua:A, 4qub:A, 4qud:A, 4qud:B, 4que:C, 4que:A, 4qug:A, 4qug:C, 4quh:A, 4quh:C, 4qui:A, 4qui:B, 4quj:A, 4qul:C, 4qul:A, 1re1:A, 1re1:B, 1rhj:A, 1rhj:B, 1rhj:C, 1rhj:D, 1rhk:A, 1rhk:B, 1rhm:A, 1rhm:B, 1rhm:C, 1rhm:D, 1rhq:A, 1rhq:B, 1rhq:D, 1rhq:E, 1rhr:A, 1rhr:B, 1rhu:A, 1rhu:B, 7rn7:A, 7rn7:B, 7rn7:C, 7rn7:D, 7rn8:A, 7rn8:B, 7rn8:C, 7rn8:D, 7rn9:A, 7rn9:B, 7rn9:C, 7rn9:D, 7rna:C, 7rna:D, 7rna:A, 7rna:B, 7rnb:A, 7rnb:B, 7rnb:C, 7rnb:D, 7rnc:A, 7rnc:B, 7rnc:C, 7rnc:D, 7rnd:A, 7rnd:B, 7rnd:C, 7rnd:D, 7rne:A, 7rne:B, 7rne:C, 7rne:D, 7rnf:A, 7rnf:B, 7rnf:C, 7rnf:D, 7rng:A, 7rng:B, 7rng:C, 7rng:D, 7seo:A, 7seo:B, 7seo:C, 7seo:D, 7uso:A, 7uso:B, 7uso:C, 7uso:D, 7usp:A, 7usp:B, 7usp:C, 7usp:D, 7usq:A, 7usq:B, 7usq:C, 7usq:D, 6x8i:A, 6x8i:C, 6x8i:B, 6x8i:D, 6x8k:A, 6x8k:C, 6x8k:B, 6x8k:D, 2xyg:A, 2xyh:A, 2xyp:A, 2xyp:B
6 5jft:A 238 94 0.2551 0.1050 0.2660 5.65e-08 5jft:B, 7jl7:A, 7jl7:C
7 1jxq:A 242 53 0.1939 0.0785 0.3585 9.87e-07 1jxq:C
8 1m72:C 252 89 0.2551 0.0992 0.2809 6.98e-06 1m72:A, 1m72:B
9 6ppm:B 94 93 0.2653 0.2766 0.2796 8.45e-06 6ppm:H, 6ppm:K, 6ppm:D
10 4fxo:B 227 92 0.2551 0.1101 0.2717 1.40e-05 4fxo:A, 4fxo:C, 4fxo:D
11 4nbl:A 258 91 0.2347 0.0891 0.2527 2.62e-05 8eg5:A, 8eg5:B, 8eg5:C, 8eg5:D, 8eg5:E, 8eg5:F, 8eg5:G, 8eg5:H, 8eg6:A, 8eg6:B, 8eg6:C, 8eg6:D, 8eg6:E, 8eg6:F, 8eg6:G, 8eg6:H, 4ejf:A, 4ejf:C, 4ejf:B, 4ejf:D, 8f78:A, 8f78:B, 8f78:C, 8f78:D, 8f96:A, 8f96:B, 8f96:C, 8f96:D, 8f97:A, 8f97:C, 8f97:D, 8f98:A, 8f98:B, 8f98:D, 8f99:A, 8f99:B, 8f99:C, 8f99:D, 8f9a:B, 8f9a:C, 8f9a:D, 8f9b:A, 8f9b:B, 8f9b:C, 8f9b:D, 8f9c:A, 8f9c:B, 8f9c:C, 8f9c:D, 8f9d:A, 8f9d:B, 8f9d:C, 8f9d:D, 8fbv:A, 8fbv:B, 8fbv:D, 4hva:A, 4hva:B, 4n5d:A, 4n5d:B, 4n6g:A, 4n6g:B, 4n7j:A, 4n7j:B, 4n7m:A, 4n7m:B, 4nbk:A, 4nbk:B, 4nbl:B, 4nbn:A, 4nbn:B, 3od5:A, 3od5:B, 3p4u:A, 3p4u:B, 3p4u:C, 3p4u:D, 3qnw:B, 3qnw:D, 3qnw:H, 3s70:A, 3s70:C
12 4jj7:A 241 62 0.1735 0.0705 0.2742 3.50e-04 2c2z:A, 2c2z:B, 1f9e:A, 1f9e:B, 1f9e:C, 1f9e:D, 1f9e:E, 1f9e:F, 1f9e:G, 1f9e:H, 1f9e:I, 1f9e:J, 1f9e:K, 1f9e:L, 3h11:B, 3kjn:A, 3kjn:B, 3kjq:A, 3kjq:B, 4prz:A, 4ps1:A, 4ps1:B, 4ps1:C, 4ps1:D, 1qdu:A, 1qdu:B, 1qdu:C, 1qdu:D, 1qdu:E, 1qdu:F, 1qdu:G, 1qdu:H, 1qdu:I, 1qdu:J, 1qdu:K, 1qdu:L, 1qtn:A, 1qtn:B, 6x8h:A, 6x8h:B, 2y1l:C, 2y1l:D, 2y1l:A, 2y1l:B
13 1shj:B 209 58 0.1531 0.0718 0.2586 4.30e-04 4fea:B, 1shl:B, 1shl:A
14 4fea:A 170 53 0.1531 0.0882 0.2830 0.001
15 1bmq:B 88 89 0.2755 0.3068 0.3034 0.007 6bz9:B, 3d6f:B, 3d6h:B, 3d6m:B, 6f6r:B, 2fqq:B, 2h48:B, 2h4w:B, 2h4y:B, 2h51:B, 2h54:B, 2hbq:B, 2hbr:B, 2hby:B, 2hbz:B, 1ibc:B, 1ice:B, 5mmv:B, 5mtk:B, 3ns7:B, 6pzp:B, 1rwk:B, 1rwm:B, 1rwn:B, 1rwo:B, 1rwp:B, 1rwv:B, 1rww:B, 1rwx:B
16 3av4:A 1140 29 0.1327 0.0114 0.4483 0.52 3av5:A, 3av6:A, 4da4:B, 5gut:A, 5guv:A, 3pt9:A, 6w8v:B, 6w8w:A, 6w8w:B, 5wy1:A
17 3pt6:B 915 29 0.1327 0.0142 0.4483 0.57 4da4:A, 3pt6:A, 6w8v:A
18 6njg:C 76 68 0.1837 0.2368 0.2647 0.97
19 1w0c:A 276 35 0.1327 0.0471 0.3714 3.7 2bf7:A, 2bf7:B, 2bfa:A, 2bfa:B, 2bfm:A, 2bfm:B, 2bfo:A, 2bfo:B, 2bfp:A, 2bfp:B, 1e7w:A, 1e7w:B, 1e92:A, 1e92:B, 1e92:C, 3h4v:A, 3h4v:B, 3h4v:C, 3h4v:D, 3h4v:E, 3h4v:F, 3h4v:G, 3h4v:H, 5l42:A, 5l42:B, 5l4n:C, 5l4n:D, 7pxx:A, 7pxx:B, 2qhx:A, 2qhx:B, 2qhx:D, 6rxc:A, 6rxc:B, 6rxc:C, 1w0c:B, 1w0c:C, 1w0c:E, 1w0c:F, 1w0c:G, 1w0c:H
20 4wz9:B 887 47 0.1735 0.0192 0.3617 4.2 4wz9:A
21 6hhg:A 386 60 0.1837 0.0466 0.3000 4.6 4ejn:A, 6hhf:A, 6hhh:A, 7nh4:A, 7nh5:A, 3o96:A, 6s9x:A
22 6s9w:A 411 61 0.1837 0.0438 0.2951 6.1 6buu:A, 6buu:B, 6ccy:A, 3cqu:A, 3cqw:A, 4ekk:A, 4ekk:B, 4ekl:A, 4gv1:A, 1h10:A, 6hhi:A, 6hhj:A, 3mv5:A, 3mvh:A, 6npz:A, 6npz:B, 3ocb:A, 3ocb:B, 3ow4:A, 3ow4:B, 3qkk:A, 3qkl:A, 3qkm:A, 1unq:A, 2uvm:A, 8uvy:A, 8uw2:A, 8uw7:A, 8uw9:A, 2uzs:A
23 3qp6:A 258 31 0.1122 0.0426 0.3548 6.5 3qp8:A, 3qp8:B, 3qp8:C, 3qp8:D
24 4wxx:B 1178 29 0.1224 0.0102 0.4138 6.8 3epz:A, 3epz:B, 7lmk:A, 7lmk:B, 7lmk:C, 7lmk:D, 7lmm:A, 7lmm:B, 7lmm:C, 7lmm:D, 3pta:A, 7sfc:A, 7sfd:A, 7sfe:A, 7sff:A, 7sfg:A, 5wvo:C, 4wxx:A, 6x9i:A, 6x9j:A, 6x9k:A, 7xi9:A, 7xib:A, 5ydr:B, 4yoc:A
25 3swr:A 965 29 0.1224 0.0124 0.4138 7.1
26 8xmc:B 1082 62 0.1837 0.0166 0.2903 7.9 7eu1:B, 8xmb:B
27 3qp5:A 251 31 0.1122 0.0438 0.3548 7.9 3qp1:A, 3qp2:A, 3qp4:A, 3qp5:B, 3qp5:C, 3qp5:D
28 8xmd:B 1061 62 0.1837 0.0170 0.2903 7.9 7eu0:B, 8hyj:B, 8xme:B
29 3d0e:A 324 48 0.1429 0.0432 0.2917 9.2 3d0e:B, 3e87:A, 3e87:B, 3e88:A, 3e88:B, 3e8d:A, 3e8d:B, 2jdo:A, 2jdr:A, 1o6k:A, 1o6l:A, 2uw9:A, 2x39:A, 2xh5:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218