Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PKLMVVVGGQAPKAIRSVECYDFKEERWHQVAELPSRRCRAGMVYMAGLVFAVGGFNGSLRVRTVDSYDPVKDQWTSVAN
MRDRRSTLGAAVLNGLLYAVGGFDGSTGLSSVEAYNIKSNEWFHVAPMNTRRSSVGVGVVGGLLYAVGGYDVASRQCLST
VECYNATTNEWTYIAEMSTRRSGAGVGVLNNLLYAVGGHDGPLVRKSVEVYDPTTNAWRQVADMNMCRRNAGVCAVNGLL
YVVGGDDGSCNLASVEYYNPTTDKWTVVSSCMSTGRSYAGVTVIDK

The query sequence (length=286) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4chb:A 286 286 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 4chb:B
2 5nkp:B 289 286 0.8392 0.8304 0.8392 2.24e-179 4ch9:A, 4ch9:B, 5nkp:A
3 7ong:A 299 283 0.4790 0.4582 0.4841 2.86e-81 8p2u:A
4 7ong:A 299 251 0.4371 0.4181 0.4980 3.36e-72 8p2u:A
5 6gy5:A 285 285 0.4371 0.4386 0.4386 1.24e-65
6 6gy5:A 285 238 0.3881 0.3895 0.4664 2.77e-63
7 7c60:A 297 286 0.4231 0.4074 0.4231 1.05e-63 8a46:A, 3ade:A, 7c5e:A, 5cgj:A, 2dyh:A, 7eca:A, 8ehv:B, 8ejr:B, 8ejs:B, 2flu:X, 6fmp:A, 6fmp:B, 6fmq:A, 6fmq:B, 5fnq:A, 5fnr:A, 5fns:A, 5fnt:A, 5fnu:A, 5fzj:A, 5fzn:A, 6hws:A, 4ifl:X, 4ifn:X, 4in4:A, 4in4:B, 4in4:C, 8in0:A, 4iqk:A, 8ivg:A, 8ivr:A, 8ixs:A, 7k28:B, 7k29:A, 7k2a:A, 7k2b:B, 7k2c:A, 7k2d:B, 7k2e:A, 7k2f:A, 7k2g:B, 7k2h:B, 7k2i:B, 7k2j:B, 7k2k:B, 7k2l:A, 7k2m:A, 7k2n:A, 7k2o:A, 7k2p:A, 7k2q:B, 7k2r:A, 7k2s:A, 4l7b:B, 4l7c:A, 4l7c:B, 4l7c:C, 4l7d:A, 4l7d:B, 4l7d:C, 6lrz:A, 4n1b:A, 4n1b:B, 4n1b:C, 7of8:A, 7of9:A, 7ofa:A, 7ofb:A, 7ofc:A, 7ofd:A, 7ofe:A, 7off:A, 7p58:A, 7p5e:A, 7p5f:A, 7p5i:A, 7p5k:A, 7p5n:A, 7p5p:A, 8pku:B, 8pkv:B, 8pkw:B, 8pkx:B, 8q1q:A, 8q1r:A, 7q5h:A, 7q6q:A, 7q6s:A, 7q6s:B, 7q8r:A, 7q96:A, 6qmc:A, 6qmd:A, 6qme:A, 6qmj:A, 6qmk:A, 6sp1:A, 6sp4:A, 6sp4:B, 6sp4:C, 6sp4:D, 6sp4:E, 6sp4:F, 6t7v:A, 6t7z:A, 6tg8:AAA, 6tym:A, 6typ:A, 6uf0:A, 6uf0:B, 6v6z:A, 6v6z:B, 6v6z:C, 6v6z:D, 3vng:A, 3vnh:A, 3wdz:A, 5wfv:A, 5wg1:A, 5whl:A, 5who:A, 5wiy:A, 3wn7:A, 3wn7:L, 1x2r:A, 5x54:A, 5x54:B, 8xgk:A, 8xgv:A, 4xmb:A, 7xm2:X, 7xm3:A, 7xm4:A, 7xm5:A, 7xot:A, 7yen:A, 2z32:A, 6z6a:A, 6zew:A, 6zex:A, 6zey:A, 6zez:A, 6zf0:A, 6zf1:A, 6zf2:A, 6zf3:A, 6zf4:A, 6zf5:A, 6zf6:A, 6zf7:A, 6zf8:A, 3zgc:A, 4zy3:A, 4zy3:B
8 7c60:A 297 247 0.3741 0.3603 0.4332 1.78e-51 8a46:A, 3ade:A, 7c5e:A, 5cgj:A, 2dyh:A, 7eca:A, 8ehv:B, 8ejr:B, 8ejs:B, 2flu:X, 6fmp:A, 6fmp:B, 6fmq:A, 6fmq:B, 5fnq:A, 5fnr:A, 5fns:A, 5fnt:A, 5fnu:A, 5fzj:A, 5fzn:A, 6hws:A, 4ifl:X, 4ifn:X, 4in4:A, 4in4:B, 4in4:C, 8in0:A, 4iqk:A, 8ivg:A, 8ivr:A, 8ixs:A, 7k28:B, 7k29:A, 7k2a:A, 7k2b:B, 7k2c:A, 7k2d:B, 7k2e:A, 7k2f:A, 7k2g:B, 7k2h:B, 7k2i:B, 7k2j:B, 7k2k:B, 7k2l:A, 7k2m:A, 7k2n:A, 7k2o:A, 7k2p:A, 7k2q:B, 7k2r:A, 7k2s:A, 4l7b:B, 4l7c:A, 4l7c:B, 4l7c:C, 4l7d:A, 4l7d:B, 4l7d:C, 6lrz:A, 4n1b:A, 4n1b:B, 4n1b:C, 7of8:A, 7of9:A, 7ofa:A, 7ofb:A, 7ofc:A, 7ofd:A, 7ofe:A, 7off:A, 7p58:A, 7p5e:A, 7p5f:A, 7p5i:A, 7p5k:A, 7p5n:A, 7p5p:A, 8pku:B, 8pkv:B, 8pkw:B, 8pkx:B, 8q1q:A, 8q1r:A, 7q5h:A, 7q6q:A, 7q6s:A, 7q6s:B, 7q8r:A, 7q96:A, 6qmc:A, 6qmd:A, 6qme:A, 6qmj:A, 6qmk:A, 6sp1:A, 6sp4:A, 6sp4:B, 6sp4:C, 6sp4:D, 6sp4:E, 6sp4:F, 6t7v:A, 6t7z:A, 6tg8:AAA, 6tym:A, 6typ:A, 6uf0:A, 6uf0:B, 6v6z:A, 6v6z:B, 6v6z:C, 6v6z:D, 3vng:A, 3vnh:A, 3wdz:A, 5wfv:A, 5wg1:A, 5whl:A, 5who:A, 5wiy:A, 3wn7:A, 3wn7:L, 1x2r:A, 5x54:A, 5x54:B, 8xgk:A, 8xgv:A, 4xmb:A, 7xm2:X, 7xm3:A, 7xm4:A, 7xm5:A, 7xot:A, 7yen:A, 2z32:A, 6z6a:A, 6zew:A, 6zex:A, 6zey:A, 6zez:A, 6zf0:A, 6zf1:A, 6zf2:A, 6zf3:A, 6zf4:A, 6zf5:A, 6zf6:A, 6zf7:A, 6zf8:A, 3zgc:A, 4zy3:A, 4zy3:B
9 7c60:A 297 155 0.2098 0.2020 0.3871 5.08e-24 8a46:A, 3ade:A, 7c5e:A, 5cgj:A, 2dyh:A, 7eca:A, 8ehv:B, 8ejr:B, 8ejs:B, 2flu:X, 6fmp:A, 6fmp:B, 6fmq:A, 6fmq:B, 5fnq:A, 5fnr:A, 5fns:A, 5fnt:A, 5fnu:A, 5fzj:A, 5fzn:A, 6hws:A, 4ifl:X, 4ifn:X, 4in4:A, 4in4:B, 4in4:C, 8in0:A, 4iqk:A, 8ivg:A, 8ivr:A, 8ixs:A, 7k28:B, 7k29:A, 7k2a:A, 7k2b:B, 7k2c:A, 7k2d:B, 7k2e:A, 7k2f:A, 7k2g:B, 7k2h:B, 7k2i:B, 7k2j:B, 7k2k:B, 7k2l:A, 7k2m:A, 7k2n:A, 7k2o:A, 7k2p:A, 7k2q:B, 7k2r:A, 7k2s:A, 4l7b:B, 4l7c:A, 4l7c:B, 4l7c:C, 4l7d:A, 4l7d:B, 4l7d:C, 6lrz:A, 4n1b:A, 4n1b:B, 4n1b:C, 7of8:A, 7of9:A, 7ofa:A, 7ofb:A, 7ofc:A, 7ofd:A, 7ofe:A, 7off:A, 7p58:A, 7p5e:A, 7p5f:A, 7p5i:A, 7p5k:A, 7p5n:A, 7p5p:A, 8pku:B, 8pkv:B, 8pkw:B, 8pkx:B, 8q1q:A, 8q1r:A, 7q5h:A, 7q6q:A, 7q6s:A, 7q6s:B, 7q8r:A, 7q96:A, 6qmc:A, 6qmd:A, 6qme:A, 6qmj:A, 6qmk:A, 6sp1:A, 6sp4:A, 6sp4:B, 6sp4:C, 6sp4:D, 6sp4:E, 6sp4:F, 6t7v:A, 6t7z:A, 6tg8:AAA, 6tym:A, 6typ:A, 6uf0:A, 6uf0:B, 6v6z:A, 6v6z:B, 6v6z:C, 6v6z:D, 3vng:A, 3vnh:A, 3wdz:A, 5wfv:A, 5wg1:A, 5whl:A, 5who:A, 5wiy:A, 3wn7:A, 3wn7:L, 1x2r:A, 5x54:A, 5x54:B, 8xgk:A, 8xgv:A, 4xmb:A, 7xm2:X, 7xm3:A, 7xm4:A, 7xm5:A, 7xot:A, 7yen:A, 2z32:A, 6z6a:A, 6zew:A, 6zex:A, 6zey:A, 6zez:A, 6zf0:A, 6zf1:A, 6zf2:A, 6zf3:A, 6zf4:A, 6zf5:A, 6zf6:A, 6zf7:A, 6zf8:A, 3zgc:A, 4zy3:A, 4zy3:B
10 6ttk:D 286 287 0.3811 0.3811 0.3798 3.12e-57 8oio:B, 8oio:C, 8oio:D, 8oio:A, 6ttk:B, 6ttk:C, 6ttk:A, 6v7o:A, 6v7o:B
11 6ttk:D 286 51 0.0594 0.0594 0.3333 7.0 8oio:B, 8oio:C, 8oio:D, 8oio:A, 6ttk:B, 6ttk:C, 6ttk:A, 6v7o:A, 6v7o:B
12 6ryx:A 626 61 0.0839 0.0383 0.3934 0.027 6ryv:A, 6ryw:A
13 6ryx:A 626 72 0.0769 0.0351 0.3056 0.19 6ryv:A, 6ryw:A
14 6ryx:A 626 240 0.2133 0.0974 0.2542 0.30 6ryv:A, 6ryw:A
15 5c92:A 481 58 0.0490 0.0291 0.2414 0.35
16 5c92:A 481 77 0.0594 0.0353 0.2208 2.8
17 5c92:A 481 80 0.0664 0.0395 0.2375 4.0
18 1k3i:A 651 79 0.0699 0.0307 0.2532 0.41 2eib:A, 2eic:A, 2eid:A, 2eie:A, 1gof:A, 1gog:A, 2jkx:A, 1t2x:A, 8tx5:A, 8tx5:B, 8tx5:C, 8tx5:D, 8tx6:A, 2vz1:A, 2vz3:A, 2wq8:A, 6xlr:A, 6xls:A, 6xlt:A
19 1k3i:A 651 81 0.0769 0.0338 0.2716 1.3 2eib:A, 2eic:A, 2eid:A, 2eie:A, 1gof:A, 1gog:A, 2jkx:A, 1t2x:A, 8tx5:A, 8tx5:B, 8tx5:C, 8tx5:D, 8tx6:A, 2vz1:A, 2vz3:A, 2wq8:A, 6xlr:A, 6xls:A, 6xlt:A
20 4unm:B 609 129 0.1014 0.0476 0.2248 1.5 5lxz:B, 4unm:A
21 3l2p:A 535 70 0.0664 0.0355 0.2714 5.7
22 5u1o:B 451 59 0.0699 0.0443 0.3390 7.6 5u1o:A, 5u1o:C, 5u1o:D
23 2xe4:A 721 55 0.0699 0.0277 0.3636 8.9

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218