Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PHMATGQDRVVALVDMDCFFVQVEQRQNPHLRNKPCAVVQYKSWKGGGIIAVSYEARAFGVTRSMWADDAKKLCPDLLLA
QVRESRGKANLTKYREASVEVMEIMSRFAVIERASIDEAYVDLTSAVQERLQKLQGQPISADLLPSTYIEGLPQGVQKEG
MRKQGLFQWLDSLQIDNLTSPDLQLTVGAVIVEEMRAAIERETGFQCSAGISHNKVLAKLACGLNKPNRQTLVSHGSVPQ
LFSQMPIRKIRSLGGKLGASVIEILGIEYMGELTQFTESQLQSHFGEKNGSWLYAMCRGIEHDPVKPRQLPKTIGCSKNF
PGKTALATREQVQWWLLQLAQELEERLTKDRNDNDRVATQLVVSIRVQGDKRLSSLRRCCALTRYDAHKMSHDAFTVIKN
CNIQTEWSPPLTMLFLCATKFS

The query sequence (length=422) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4ecw:A 432 429 1.0000 0.9769 0.9837 0.0 9chw:A, 9ci9:A, 9cih:A, 9ciq:A, 9cj9:A, 6d0m:A, 6d0z:A, 5dg7:A, 5dg8:A, 5dg9:A, 5dga:A, 5dgb:A, 4dl2:A, 4dl3:A, 4dl4:A, 4dl5:A, 4dl6:A, 4dl7:A, 5dlf:A, 5dlg:A, 5dqg:A, 5dqh:A, 5dqi:A, 8e85:A, 8e86:A, 8e87:A, 8e88:A, 8e89:A, 8e8a:A, 8e8b:A, 8e8c:A, 8e8d:A, 8e8e:A, 8e8f:A, 8e8g:A, 8e8h:A, 8e8j:A, 8e8k:A, 4ecq:A, 4ecr:A, 4ecs:A, 4ect:A, 4ecu:A, 4ecv:A, 4ecx:A, 4ecy:A, 4ecz:A, 4ed0:A, 4ed1:A, 4ed2:A, 4ed3:A, 4ed6:A, 4ed7:A, 4ed8:A, 4eey:A, 8eve:A, 8evf:A, 5ewe:A, 5ewf:A, 5ewg:A, 5f9l:A, 5f9n:A, 8fn3:A, 8fog:A, 8g8h:A, 8g8j:A, 8gbf:A, 8gkr:A, 8gml:A, 4j9k:A, 4j9l:A, 4j9m:A, 4j9n:A, 4j9o:A, 4j9p:A, 4j9q:A, 4j9r:A, 4j9s:A, 3jaa:A, 5jum:A, 5kfa:A, 5kfb:A, 5kfc:A, 5kfd:A, 5kfe:A, 5kff:A, 5kfg:A, 5kfh:A, 5kfi:A, 5kfj:A, 5kfk:A, 5kfl:A, 5kfm:A, 5kfn:A, 5kfo:A, 5kfp:A, 5kfq:A, 5kfr:A, 5kfs:A, 5kft:A, 5kfu:A, 5kfv:A, 5kfw:A, 5kfx:A, 5kfy:A, 5kfz:A, 5kg0:A, 5kg1:A, 5kg2:A, 5kg3:A, 5kg4:A, 5kg5:A, 5kg6:A, 5kg7:A, 5l1i:A, 5l1j:A, 5l1k:A, 5l1l:A, 7l69:A, 5l9x:A, 7lcd:A, 6m7o:A, 6m7p:A, 6m7t:A, 6m7u:A, 6m7v:A, 7m7l:A, 7m7m:A, 7m7n:A, 7m7o:A, 7m7p:A, 7m7q:A, 7m7r:A, 7m7s:A, 7m7t:A, 7m7u:A, 7m7y:A, 7m7z:A, 7m80:A, 7m81:A, 7m82:A, 7m83:A, 7m84:A, 7m85:A, 7m86:A, 7m87:A, 7m88:A, 7m89:A, 7m8a:A, 7m8b:A, 7m8c:A, 7m8d:A, 6mp3:A, 6mq8:A, 3mr2:A, 3mr3:A, 3mr5:A, 3mr6:A, 6mxo:A, 4o3n:A, 4o3o:A, 4o3p:A, 4o3q:A, 4o3r:A, 4o3s:A, 6pl7:A, 6pl8:A, 6plc:A, 6pz3:A, 6q02:A, 4q8e:A, 4q8f:A, 4rnm:A, 4rnn:A, 4rno:A, 4ru9:A, 3si8:A, 8ski:A, 3tq1:A, 7u72:A, 7u73:A, 7u74:A, 7u75:A, 7u76:A, 7u77:A, 7u78:A, 7u79:A, 7u7a:A, 7u7b:A, 7u7c:A, 7u7d:A, 7u7e:A, 7u7f:A, 7u7g:A, 7u7i:A, 7u7j:A, 7u7k:A, 7u7l:A, 7u7r:A, 7u7s:A, 7u7t:A, 7u7u:A, 7u7v:A, 7u7w:A, 7u7x:A, 7u7y:A, 7u7z:A, 7u80:A, 7u81:A, 7u82:A, 7u83:A, 7u84:A, 6ui2:A, 8ujt:A, 8ujv:A, 8ujx:A, 8uk4:A, 6uqi:A, 6v5k:A, 8v7a:A, 8v7b:A, 8v7c:A, 8v7d:A, 8v7e:A, 8v7f:A, 8v7g:A, 8v7h:A, 8v7i:A, 8v7j:A, 8v7k:A, 6w5x:A, 6wk6:A, 4yp3:A, 4yqw:A, 4yr0:A, 4yr2:A, 4yr3:A
2 1t3n:A 388 299 0.2488 0.2706 0.3512 4.24e-41 2alz:A, 2dpi:A, 2dpj:A, 4ebc:A, 4ebd:A, 4ebe:A, 3epg:A, 3epi:A, 4eyh:B, 4eyi:B, 2fll:A, 2fln:A, 2flp:A, 4fs1:A, 4fs2:A, 3g6v:A, 3g6x:A, 3g6y:A, 3gv5:B, 3gv5:D, 3gv7:B, 3gv8:B, 3h40:A, 3h4b:A, 3h4d:A, 5kt2:A, 5kt3:A, 5kt4:A, 5kt5:A, 5kt6:A, 5kt7:A, 3ngd:A, 3osn:A, 3q8p:B, 3q8q:B, 3q8r:B, 3q8s:B, 1t3n:B, 5ulw:A, 5ulx:A, 1zet:A
3 5c5j:F 342 352 0.2559 0.3158 0.3068 6.50e-32 5c5j:A, 6ig1:F, 6ig1:A, 4ir1:F, 4ir1:A, 4ir9:F, 4ir9:A, 4irc:F, 4irc:A, 4ird:F, 4ird:A, 4irk:B, 4irk:A, 6jup:F, 6jup:A, 6juq:F, 6juq:A, 4q43:A, 4q43:F, 4q44:A, 4q44:F, 4q45:F, 4q45:A, 4r8u:A, 4r8u:B, 5yur:F, 5yur:A, 5yus:F, 5yus:A, 5yut:F, 5yut:A, 5yuu:F, 5yuu:A, 5yuv:F, 5yuv:A, 5yuw:A, 5yuw:F, 5yux:F, 5yux:A, 5yuy:F, 5yuy:A, 5yuz:F, 5yuz:A, 5yv0:F, 5yv0:A, 5yv1:F, 5yv1:A, 5yv2:F, 5yv2:A, 5yv3:F, 5yv3:A, 5yyd:F, 5yyd:A, 5yye:F, 5yye:A, 5zlv:F, 5zlv:A
4 7yll:A 329 345 0.2322 0.2979 0.2841 2.96e-29
5 6cst:A 446 349 0.2322 0.2197 0.2808 5.30e-25 6brx:A, 6brx:B, 6bs1:A, 6bs1:B, 6cst:B, 3in5:A, 3in5:B, 7nv0:A, 7nv1:A, 2oh2:A, 2oh2:B, 3pzp:A, 3pzp:B, 5t14:A, 5t14:B, 4u6p:A, 4u6p:B, 4u7c:A, 4u7c:B, 5w2a:A, 5w2a:B, 5w2c:A, 5w2c:B, 2w7o:B, 2w7o:A, 2w7p:B, 2w7p:A
6 3gqc:B 440 380 0.2251 0.2159 0.2500 6.32e-25 3gqc:A, 3gqc:D, 3gqc:C
7 4f4z:A 342 318 0.1919 0.2368 0.2547 1.29e-22 4f4z:B
8 2imw:P 348 343 0.2014 0.2443 0.2478 2.83e-22 2ago:A, 2agp:A, 2agp:B, 2agq:A, 2asd:A, 2asd:B, 2asj:A, 2asj:B, 2asl:A, 2asl:B, 2atl:A, 2atl:B, 2au0:A, 2au0:B, 2bq3:A, 2bqr:A, 2bqu:A, 2br0:A, 2c22:A, 2c28:A, 2c2d:A, 2c2e:A, 2c2r:A, 5edw:A, 4fbt:A, 4fbu:A, 4fbu:B, 4g3i:A, 4g3i:B, 4gc6:A, 4gc7:A, 4gc7:B, 3gii:A, 3gij:A, 3gij:B, 3gik:A, 3gil:A, 3gil:B, 3gim:A, 2ia6:A, 2ia6:B, 2ibk:A, 2j6s:A, 2j6t:A, 2j6u:A, 2jef:A, 2jeg:A, 2jei:A, 2jej:A, 4juz:A, 4jv0:A, 4jv1:A, 4jv2:A, 1jx4:A, 1jxl:A, 3khg:A, 3khg:B, 3khh:A, 3khh:B, 3khl:A, 3khl:B, 3khr:A, 3khr:B, 7kle:A, 7klf:A, 6l84:A, 6l97:A, 6l97:B, 3m9m:B, 3m9n:B, 3m9o:B, 1n48:A, 1n56:A, 1n56:B, 3pr4:A, 3pr5:B, 3pvx:A, 3pw0:A, 3pw2:A, 3pw4:A, 3pw5:A, 3pw7:A, 3pw7:E, 4qw8:A, 4qw9:A, 4qwa:A, 4qwb:A, 4qwc:A, 4qwc:D, 4qwd:A, 4qwe:A, 3qz7:A, 3qz8:A, 2r8g:A, 2r8h:A, 2r8i:A, 3raq:A, 3raq:B, 3rax:A, 3rax:B, 3rb0:A, 3rb0:B, 3rb3:A, 3rb4:A, 3rb4:B, 3rb6:A, 3rb6:B, 3rbd:A, 3rbd:B, 3rbe:A, 3rbe:B, 2rdj:A, 2rdj:B, 4rua:A, 4ruc:A, 1ryr:A, 1rys:A, 1rys:B, 4rzr:A, 4rzr:D, 1s0m:A, 1s0m:B, 1s0n:A, 1s0o:A, 1s0o:B, 1s10:A, 1s97:A, 1s97:B, 1s97:C, 1s97:D, 1s9f:A, 1s9f:B, 1s9f:C, 1s9f:D, 3t5h:A, 3t5j:A, 3t5k:A, 3t5l:A, 4tqr:A, 4tqs:B, 4tqs:A, 2uvr:A, 2uvu:A, 2uvv:A, 2uvw:A, 2v4q:A, 2v4r:A, 3v6h:B, 3v6h:A, 3v6j:A, 3v6j:J, 3v6k:A, 3v6k:J, 2v9w:A, 2v9w:B, 2va2:A, 2va2:B, 2va3:A, 6vg6:A, 6vg6:D, 6vgm:D, 6vgm:A, 6vkp:A, 6vkp:D, 6vnp:A, 6vnp:D, 6vnp:G, 6vnp:J, 2w8k:A, 2w8l:A, 2w9a:A, 2w9b:A, 2w9b:B, 2w9c:A, 2w9c:B, 2xc9:A, 2xca:A, 2xcp:B, 2xcp:A
9 3oha:A 516 493 0.2630 0.2151 0.2252 3.47e-21 3mfh:A, 3mfi:A, 3ohb:A, 2r8j:A, 2r8j:B, 2r8k:A, 2r8k:B, 5vtp:A, 2wtf:A, 2wtf:B, 2xgp:A, 2xgp:B, 2xgq:A, 2xgq:B
10 4f4w:A 342 343 0.1919 0.2368 0.2362 2.44e-17 4f4w:B, 4f4x:A, 4f50:A
11 3bq1:A 344 300 0.1706 0.2093 0.2400 1.85e-16 3bq0:A, 3bq2:A, 4f4y:B, 4f4y:A, 4hyk:A, 4nlg:A
12 6jul:F 347 220 0.1280 0.1556 0.2455 3.23e-10 6jul:A, 6jum:F, 6jum:A, 6jun:F, 6jun:A, 6juo:A, 6juo:F, 6jur:A, 6jur:F, 6jus:A, 6jus:F
13 6jul:F 347 117 0.0900 0.1095 0.3248 4.91e-06 6jul:A, 6jum:F, 6jum:A, 6jun:F, 6jun:A, 6juo:A, 6juo:F, 6jur:A, 6jur:F, 6jus:A, 6jus:F
14 7t18:A 439 241 0.1256 0.1207 0.2199 2.41e-04 2aq4:A, 3bjy:A, 3osp:A, 7t19:A, 7t1a:A, 7t1b:A, 5wm1:A, 5wm8:A, 5wmb:A, 6x6z:A, 6x70:A, 6x71:A, 6x72:A, 6x73:A, 6x74:A, 6x75:A, 6x76:A, 6x77:A
15 4flu:A 758 133 0.0806 0.0449 0.2556 0.030 4flt:A, 4flv:A, 4flw:A, 4flx:A, 4fly:A, 4flz:A, 4fm0:A, 4fm1:A, 4fm2:A
16 6o8e:A 592 92 0.0592 0.0422 0.2717 3.1 1d9z:A, 2fdc:B, 6o8e:B, 6o8f:A, 6o8f:B, 6o8g:A
17 2fdc:A 505 92 0.0592 0.0495 0.2717 3.6
18 4i4c:A 402 99 0.0592 0.0622 0.2525 6.4 4i4c:B
19 1d5a:A 733 133 0.0782 0.0450 0.2481 7.5
20 5b63:C 553 86 0.0545 0.0416 0.2674 9.5 5yyn:C
21 5yym:A 581 53 0.0379 0.0275 0.3019 9.5 5b63:A, 4oby:A, 5yym:B, 5yyn:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218