Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PHDNLVLIRMKPDENGRFGFNVKGGYDQKMPVIVSRVAPGTPADLCVPRLNEGDQVVLINGRDIAEHTHDQVVLFIKASC
GELMLLVRPN

The query sequence (length=90) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5ez0:D 95 94 1.0000 0.9474 0.9574 8.22e-61 5eyz:A, 5eyz:B, 5eyz:C, 5eyz:D, 5ez0:A, 5ez0:C, 5ez0:B, 3nfk:A, 3nfk:B, 3nfl:A, 3nfl:B, 3nfl:C, 3nfl:D, 7vze:A, 7vze:B, 7vze:C, 7vze:D
2 6hks:B 94 88 0.6778 0.6489 0.6932 6.68e-42 8cqy:A, 6hks:A, 6hks:C, 6hks:D, 6hks:E, 6hks:F, 8oep:A, 8oep:C, 6t36:A
3 2pdz:A 86 81 0.2889 0.3023 0.3210 4.89e-12
4 7p70:A 407 81 0.3000 0.0663 0.3333 1.39e-10 7pc4:A, 7qql:A
5 4e34:A 87 74 0.2556 0.2644 0.3108 4.73e-09 4e34:B, 4e35:A, 4e35:B, 5ic3:A, 5ic3:B, 4joe:A, 4joe:B, 4jof:A, 4jof:B, 4jog:A, 4jog:B, 4joh:A, 4joh:B, 4joj:A, 4joj:B, 4jok:A, 4jok:B, 4jop:A, 4jop:B, 4jor:A, 4jor:B, 7jzo:A, 7jzo:B, 7jzp:A, 7jzp:B, 7jzq:A, 7jzr:A, 7jzr:B, 5k4f:A, 5k4f:B, 4k6y:A, 4k6y:B, 4k72:A, 4k72:B, 4k75:A, 4k76:A, 4k76:B, 4k76:C, 4k76:D, 4k78:A, 2lob:A, 4nmo:A, 4nmo:B, 4nmp:A, 4nmp:B, 4nmq:A, 4nmq:B, 4nmr:A, 4nmr:B, 4nms:A, 4nms:B, 4nmt:A, 4nmt:B, 4nmv:A, 4nmv:B, 6ov7:A, 6ov7:B, 4q6h:A, 4q6s:A, 4q6s:B, 6v84:A, 6v84:B, 6xnj:A
6 4ydp:A 83 73 0.2889 0.3133 0.3562 5.32e-09 4ydp:B
7 5heb:A 119 70 0.2556 0.1933 0.3286 7.08e-07 1be9:A, 5d13:B, 5d13:A, 5d13:C, 5d13:D, 5hed:A, 5hey:A, 5hf1:A, 5hfb:A, 5hfc:A, 5hfe:A, 5hff:A, 1tp3:A, 1tp5:A
8 7qqn:C 414 72 0.2667 0.0580 0.3333 8.77e-07 7pc7:A, 7pc7:B, 7pc8:A, 7pc8:B, 7qql:C, 7qql:B, 7qqn:A
9 2m0u:A 117 70 0.2778 0.2137 0.3571 4.33e-06
10 3jxt:A 96 60 0.2444 0.2292 0.3667 9.97e-06 3jxt:B
11 2l4t:A 124 91 0.2889 0.2097 0.2857 1.74e-05 3diw:A, 3diw:B, 4e3b:A, 4e3b:B, 3gj9:A, 3gj9:B, 4nnl:A, 4nnl:B, 4nnm:A, 4nnm:B, 3sfj:A, 3sfj:C, 2vz5:A
12 2r4h:C 98 71 0.2222 0.2041 0.2817 2.04e-05
13 7d6f:A 87 78 0.2667 0.2759 0.3077 2.07e-05
14 6xa7:B 96 76 0.2778 0.2604 0.3289 2.24e-05 7qrt:A, 7qrt:B, 6xa7:A, 6xa7:C, 6xa7:D
15 4wyu:A 201 85 0.3111 0.1393 0.3294 2.30e-05 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
16 5wou:A 95 56 0.2444 0.2316 0.3929 1.09e-04
17 7p73:A 420 67 0.2889 0.0619 0.3881 1.12e-04 8ael:A, 7p74:A, 7pc9:A, 7pc9:B, 7r2m:A, 7r2m:D, 7r2t:A
18 7pcb:A 415 93 0.3444 0.0747 0.3333 1.41e-04 7e0b:A, 5elq:A, 5elq:B, 5em9:A, 5ema:A, 5emb:A, 7p72:A, 3qgl:A, 3qgl:B, 3qgl:C, 3qgl:D, 3qgl:E, 4z8j:A
19 1rzx:A 98 65 0.2222 0.2041 0.3077 4.38e-04 5i7z:A, 1x8s:A
20 2qt5:A 194 78 0.2556 0.1186 0.2949 5.51e-04 2qt5:B
21 2qt5:A 194 81 0.2444 0.1134 0.2716 0.011 2qt5:B
22 1ihj:B 95 48 0.1778 0.1684 0.3333 7.40e-04 1ihj:A
23 7qqm:A 413 77 0.2444 0.0533 0.2857 0.003
24 2egn:A 83 79 0.2556 0.2771 0.2911 0.005
25 2i0i:A 81 47 0.1889 0.2099 0.3617 0.010 2i0i:B, 2i0i:C
26 6ezi:A 86 82 0.2778 0.2907 0.3049 0.014 3tmh:A, 3tmh:E, 3tmh:I
27 1n7t:A 103 88 0.2444 0.2136 0.2500 0.015 7lul:A, 1mfg:A, 1mfl:A, 6q0m:A, 6q0n:A, 6q0n:B, 6q0u:A, 6q0u:B, 6ubh:A, 6ubh:B, 6ubh:C, 6ubh:D
28 8blu:B 195 75 0.2444 0.1128 0.2933 0.022 5a2p:A, 5a2p:B, 5a2p:D, 5a2p:C, 8aai:A, 8aai:B, 8aai:C, 8aai:D, 8aak:A, 8aak:B, 8aao:A, 8aao:B, 8aap:A, 8aap:B, 6ak2:A, 6ak2:B, 8blu:C, 8blu:D, 8blv:A, 8blv:B, 7fsg:B, 7fsg:C, 7fsg:D, 7fsh:B, 7fsh:C, 7fsh:D, 7fsi:B, 7fsi:C, 7fsi:D, 7fsj:A, 7fsj:B, 7fsj:C, 7fsj:D, 7fsk:B, 7fsk:C, 7fsk:D, 7fsl:A, 7fsl:B, 7fsl:C, 7fsl:D, 7fsm:A, 7fsm:B, 7fsm:C, 7fsm:D, 7fsn:A, 7fsn:B, 7fsn:C, 7fsn:D, 7fso:B, 7fso:C, 7fso:D, 7fsp:B, 7fsp:C, 7fsp:D, 7fsq:B, 7fsq:A, 7fsq:C, 7fsq:D, 7fsr:B, 7fsr:C, 7fsr:D, 7fss:A, 7fss:B, 7fss:C, 7fss:D, 7fst:B, 7fst:C, 7fst:D, 7fsu:B, 7fsu:C, 7fsu:D, 7fsv:A, 7fsv:B, 7fsv:C, 7fsv:D, 7fsw:A, 7fsw:B, 7fsw:C, 7fsw:D, 7fsx:B, 7fsx:C, 7fsx:D, 7fsy:A, 7fsy:B, 7fsy:C, 7fsy:D, 7fsz:B, 7fsz:C, 7fsz:D, 7ft0:B, 7ft0:C, 7ft0:D, 7ft1:B, 7ft1:C, 7ft1:D, 7ft2:B, 7ft2:C, 7ft2:D, 7ft3:B, 7ft3:A, 7ft3:C, 7ft3:D, 7ft4:A, 7ft4:B, 7ft4:C, 7ft4:D, 7ft5:A, 7ft5:B, 7ft5:C, 7ft5:D, 7ft6:B, 7ft6:C, 7ft6:D, 7ft7:A, 7ft7:B, 7ft7:C, 7ft7:D, 7ft8:B, 7ft8:C, 7ft8:D, 7ft9:B, 7ft9:C, 7ft9:D, 7fta:B, 7fta:C, 7fta:D, 7ftb:B, 7ftb:C, 7ftb:D, 7ftc:B, 7ftc:C, 7ftc:D, 7ftd:A, 7ftd:C, 7ftd:B, 7ftd:D, 5g1d:B, 5g1d:A, 8hck:A, 8hu2:A, 1obx:A, 1oby:A, 1oby:B, 1obz:A, 6r9h:A, 6r9h:C, 6rlc:A, 6rlc:B, 6rlc:C, 6rlc:D, 1v1t:B, 1v1t:A, 1w9e:A, 1w9e:B, 1w9o:B, 1w9o:A, 1w9q:B, 1ybo:A, 1ybo:B, 4z33:A, 4z33:B
29 3bpu:A 86 76 0.2778 0.2907 0.3289 0.026
30 7x2e:A 163 63 0.2333 0.1288 0.3333 0.033 2kbs:A
31 2ejy:A 85 41 0.1667 0.1765 0.3659 0.055
32 6ar4:B 87 78 0.2222 0.2299 0.2564 0.083 6ar4:A, 6bjo:A, 6bjo:B, 2pku:A
33 6yx0:B 112 96 0.2889 0.2321 0.2708 0.10 7a00:A, 7a00:B, 1q3p:A, 1q3p:B, 3qjm:A, 3qjm:B, 3qjn:A, 3qjn:B, 3qjn:C, 3qjn:D, 3qjn:E, 3qjn:F, 3qjn:G, 3qjn:H, 8s1r:AAA, 8s1r:BBB, 8s1r:CCC, 8s1r:DDD, 6ywz:B, 6ywz:A, 6yx0:A, 6yx1:A, 6yx1:B, 6yx2:A, 6yx2:B
34 2m0v:A 128 82 0.3000 0.2109 0.3293 0.11
35 6x23:A 89 79 0.2778 0.2809 0.3165 0.13
36 5n7d:A 423 56 0.2111 0.0449 0.3393 0.14 2i04:A, 2i04:B, 5n7d:B, 5n7f:A, 5n7f:B, 5n7g:A, 7p71:A, 7p71:B, 6twq:B, 6twq:A, 6twu:B, 6twu:A, 6twx:B, 6twx:A, 6twy:B, 6twy:A
37 1zub:A 109 75 0.2556 0.2110 0.3067 0.19
38 8bq8:C 93 92 0.2444 0.2366 0.2391 0.28 8bq8:A, 8bq8:B
39 1u38:A 89 44 0.1778 0.1798 0.3636 0.31
40 2kpl:A 129 61 0.2111 0.1473 0.3115 0.34
41 4wsi:A 372 84 0.2556 0.0618 0.2738 0.36 7m4r:A, 7ntj:B, 7ntj:A, 7ntk:A, 7ntk:D, 7ntk:B, 7ntk:F, 7qcs:A, 7qcs:B, 4uu5:A, 4wsi:B
42 3ch8:A 190 79 0.2222 0.1053 0.2532 0.49 2qbw:A
43 3tsz:A 341 58 0.2000 0.0528 0.3103 0.64 3shw:A
44 5ujv:A 192 39 0.1444 0.0677 0.3333 0.66 5ujv:B, 5ujv:C
45 2os6:A 89 69 0.2333 0.2360 0.3043 0.82
46 8bv7:A 95 57 0.1778 0.1684 0.2807 0.86 8buw:A, 8buw:B
47 2m0z:A 97 84 0.2333 0.2165 0.2500 1.2 1d5g:A, 3lny:A, 2m10:A, 1vj6:A, 7xty:A, 7xty:B
48 5t63:A 283 43 0.1667 0.0530 0.3488 2.0 5b6l:A, 5gnd:A
49 3w3w:A 1028 25 0.1111 0.0097 0.4000 2.5 5h2v:A, 3w3x:A, 3w3y:A, 4zj7:A
50 2mnj:B 88 38 0.1111 0.1136 0.2632 2.9
51 7pc3:A 405 65 0.2000 0.0444 0.2769 3.5 2awu:B, 2aww:A, 2awx:B, 8cn3:A, 8cn3:B, 2g2l:A, 2g2l:B, 4g69:A, 2i0l:A, 2i0l:B, 2m3m:A, 4oaj:A, 2oqs:A, 3rl8:B
52 1u96:A 69 22 0.1000 0.1304 0.4091 4.5
53 5tr1:A 606 57 0.1667 0.0248 0.2632 4.5 5tr1:B
54 7wmz:C 292 24 0.1222 0.0377 0.4583 4.6 7wmz:E, 7wmz:A, 7wmz:B, 7wmz:D, 7wmz:F
55 2q5l:A 538 20 0.1222 0.0204 0.5500 6.2 2nxw:A, 2nxw:B, 2q5j:A, 2q5j:B, 2q5l:B, 2q5o:A, 2q5o:B, 2q5q:A, 2q5q:B
56 6agb:J 293 35 0.1222 0.0375 0.3143 8.9 6agb:I, 6ah3:I, 6ah3:J, 7c79:I, 7c79:J, 7c7a:I, 7c7a:J, 6w6v:I, 6w6v:J
57 1kit:A 757 54 0.1778 0.0211 0.2963 9.2 6eks:A, 6eku:A, 1w0o:A, 1w0p:A, 2w68:A, 2w68:B, 2w68:C
58 1php:A 394 32 0.1556 0.0355 0.4375 9.3

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218