Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PGSELPQMVQQLNSPDQQELQSALRKLSQIASGGNEQIQAVIDAGALPALVQLLSSPNEQILQEALWALSNIASGGNEQI
QAVIDAGALPALVQLLSSPNEQILQEALWALRNIASGGNEQIQAVIDAGALPALVQLLSSPNEQILSSALGALSNIASGG
NEQIQAVIDAGALPALVQLLSSPNEQILQLALWALSNIASGGNEQIQAVIDAGALPALVQLLSSPNEQILQEALWALSNI
ASGGNEQIQAVIDAGALPALVQLLSSPNEQILQEALWALSNIASGGNEQKQAVKEAGALEKLEQLQSHENEKIQKEAQEA
LEKLQSHGSGGSGKRKRKLKFKR

The query sequence (length=343) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6s9o:F 343 343 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 5aei:A, 5aei:B, 5aei:C, 5mfd:A, 5mfd:C, 5mfd:E, 5mfd:I, 5mfd:G, 5mfd:J, 5mfd:K, 5mfd:L, 5mfe:A, 5mfe:B, 5mfe:C, 5mfe:D, 5mff:A, 5mff:B, 5mff:C, 5mff:D, 5mfg:A, 5mfh:A, 5mfh:B, 5mfh:C, 5mfh:D, 5mfl:A, 5mfl:B, 5mfl:C, 5mfm:A, 5mfm:B, 5mfm:C, 5mfm:E, 5mfm:D, 5mfm:F, 5mfn:B, 5mfn:A, 5mfo:A, 5mfo:C, 5mfo:E, 6s9l:A, 6s9l:B, 6s9m:A, 6s9m:E, 6s9m:B, 6s9m:C, 6s9m:D, 6s9m:F, 6s9n:A, 6s9n:E, 6s9n:B, 6s9n:C, 6s9n:F, 6s9n:D, 6s9o:A, 6s9o:B, 6s9o:C, 6s9o:D, 6s9o:E
2 6sa8:A 665 308 0.8192 0.4226 0.9123 3.67e-176 7dne:B, 5mfg:C, 5mfg:D, 5mfg:B
3 6sa8:A 665 298 0.7784 0.4015 0.8960 4.68e-165 7dne:B, 5mfg:C, 5mfg:D, 5mfg:B
4 6sa8:A 665 275 0.7143 0.3684 0.8909 9.51e-149 7dne:B, 5mfg:C, 5mfg:D, 5mfg:B
5 6sa8:A 665 257 0.6589 0.3398 0.8794 8.84e-135 7dne:B, 5mfg:C, 5mfg:D, 5mfg:B
6 4plr:A 289 281 0.7405 0.8789 0.9039 1.59e-160 4plr:B, 4pls:A, 4pls:C, 4pls:D, 4pls:B, 4v3o:A, 4v3o:D, 4v3o:B, 4v3o:C, 4v3q:A, 4v3q:B, 4v3q:C, 4v3q:D
7 4plr:A 289 279 0.7230 0.8581 0.8889 3.05e-156 4plr:B, 4pls:A, 4pls:C, 4pls:D, 4pls:B, 4v3o:A, 4v3o:D, 4v3o:B, 4v3o:C, 4v3q:A, 4v3q:B, 4v3q:C, 4v3q:D
8 4db8:B 239 240 0.6297 0.9038 0.9000 3.32e-132
9 4db8:B 239 238 0.6035 0.8661 0.8697 3.85e-126
10 4db8:B 239 236 0.5685 0.8159 0.8263 3.43e-115
11 5mfo:F 201 200 0.5277 0.9005 0.9050 1.35e-109 5mfo:B, 5mfo:D
12 5mfo:F 201 196 0.5190 0.8856 0.9082 1.60e-108 5mfo:B, 5mfo:D
13 5mfo:F 201 196 0.4840 0.8259 0.8469 1.61e-96 5mfo:B, 5mfo:D
14 5mfo:F 201 196 0.4840 0.8259 0.8469 1.61e-96 5mfo:B, 5mfo:D
15 5mfi:B 240 235 0.4315 0.6167 0.6298 1.89e-91 4d49:A, 4d49:B, 4d49:E, 4d49:F, 5mfi:A, 5mfj:A, 5mfj:B, 5mfk:A
16 5mfi:B 240 238 0.4023 0.5750 0.5798 6.37e-82 4d49:A, 4d49:B, 4d49:E, 4d49:F, 5mfi:A, 5mfj:A, 5mfj:B, 5mfk:A
17 5mfi:B 240 233 0.3936 0.5625 0.5794 5.24e-80 4d49:A, 4d49:B, 4d49:E, 4d49:F, 5mfi:A, 5mfj:A, 5mfj:B, 5mfk:A
18 1un0:A 439 340 0.3936 0.3075 0.3971 1.46e-65 1bk6:A, 1bk6:B, 1ee4:A, 1ee4:B, 1ee5:A, 5h2w:A, 5h2w:C, 5h2x:A, 4pvz:B, 1un0:B, 4xzr:B
19 6bvv:A 416 371 0.3848 0.3173 0.3558 1.49e-64 6bw9:A, 6bwa:A, 6bwb:A, 8fub:A, 8fzm:A, 8fzm:C, 8hkw:A, 8hkw:B, 7jjl:A, 7lf4:A, 7lf4:C, 7lfc:A, 7rfy:A, 7rg5:A, 5xzx:A
20 6bvv:A 416 326 0.3557 0.2933 0.3742 3.38e-52 6bw9:A, 6bwa:A, 6bwb:A, 8fub:A, 8fzm:A, 8fzm:C, 8hkw:A, 8hkw:B, 7jjl:A, 7lf4:A, 7lf4:C, 7lfc:A, 7rfy:A, 7rg5:A, 5xzx:A
21 8gai:C 434 377 0.3878 0.3065 0.3528 2.42e-64 5b56:A, 5b56:B, 4ba3:A, 3btr:C, 6bw0:E, 6bw1:E, 7cru:A, 7cru:C, 5ctt:A, 5d5k:C, 5e6q:B, 8ech:E, 1ejl:I, 1ejy:I, 5ekf:A, 5ekg:A, 8f2q:A, 5fc8:E, 8fk3:A, 8fua:A, 8fuc:B, 8fzk:C, 8g8q:A, 8g8r:A, 8g8s:A, 8gai:A, 5gxw:A, 5h43:A, 8he0:A, 8he3:A, 5hhg:E, 4htv:A, 5huw:C, 5huy:C, 1iq1:C, 6iu7:A, 6iua:A, 6iw8:C, 6iwa:C, 7jjm:B, 7jk7:B, 7jvo:A, 6k06:C, 5k9s:A, 5klr:B, 5klt:B, 3knd:A, 7l04:E, 3l3q:A, 7leq:E, 7let:E, 7leu:E, 7m60:A, 6mjl:B, 4mz5:E, 4mz6:E, 7n8j:A, 7n9h:C, 4oih:A, 3oqs:A, 6p6a:B, 6p6e:A, 1pjm:B, 1pjn:B, 1q1s:C, 1q1t:C, 3q5u:A, 8q8k:A, 8q8k:B, 8qxw:A, 8qxx:A, 7rfx:A, 7rfz:A, 7rg0:A, 7rg1:A, 7rg2:A, 7rg3:A, 7rg4:E, 7rg6:A, 3rz9:A, 3rzx:A, 8sg7:B, 8sud:A, 5svz:A, 8sv0:B, 7tmx:I, 7tmy:I, 3tpm:A, 8tuq:A, 8tur:A, 8tus:A, 8tut:A, 8tuu:A, 8tuv:A, 8u36:A, 4u54:A, 4u58:A, 4u5l:A, 4u5n:A, 4u5o:A, 4u5s:A, 4u5u:A, 4u5v:A, 5u5p:A, 5u5r:A, 3ukw:B, 3ukx:B, 3uky:B, 3ukz:B, 3ul0:B, 3ul1:B, 5umz:B, 7umi:E, 3uvu:A, 5v5o:C, 5v5p:C, 3ve6:A, 8vpr:A, 8vpu:A, 5w41:A, 5w4e:B, 5w4f:B, 5w4g:B, 6wba:A, 6wbb:I, 6wbc:A, 5wum:A, 5wun:A, 4wv6:A, 6wx7:A, 5x8n:A, 1y2a:C, 4yi0:C, 2ynr:A, 4zdu:A, 3zin:A, 3zio:A, 3zip:A, 3ziq:A, 3zir:A
22 8gai:C 434 306 0.3499 0.2765 0.3922 3.57e-55 5b56:A, 5b56:B, 4ba3:A, 3btr:C, 6bw0:E, 6bw1:E, 7cru:A, 7cru:C, 5ctt:A, 5d5k:C, 5e6q:B, 8ech:E, 1ejl:I, 1ejy:I, 5ekf:A, 5ekg:A, 8f2q:A, 5fc8:E, 8fk3:A, 8fua:A, 8fuc:B, 8fzk:C, 8g8q:A, 8g8r:A, 8g8s:A, 8gai:A, 5gxw:A, 5h43:A, 8he0:A, 8he3:A, 5hhg:E, 4htv:A, 5huw:C, 5huy:C, 1iq1:C, 6iu7:A, 6iua:A, 6iw8:C, 6iwa:C, 7jjm:B, 7jk7:B, 7jvo:A, 6k06:C, 5k9s:A, 5klr:B, 5klt:B, 3knd:A, 7l04:E, 3l3q:A, 7leq:E, 7let:E, 7leu:E, 7m60:A, 6mjl:B, 4mz5:E, 4mz6:E, 7n8j:A, 7n9h:C, 4oih:A, 3oqs:A, 6p6a:B, 6p6e:A, 1pjm:B, 1pjn:B, 1q1s:C, 1q1t:C, 3q5u:A, 8q8k:A, 8q8k:B, 8qxw:A, 8qxx:A, 7rfx:A, 7rfz:A, 7rg0:A, 7rg1:A, 7rg2:A, 7rg3:A, 7rg4:E, 7rg6:A, 3rz9:A, 3rzx:A, 8sg7:B, 8sud:A, 5svz:A, 8sv0:B, 7tmx:I, 7tmy:I, 3tpm:A, 8tuq:A, 8tur:A, 8tus:A, 8tut:A, 8tuu:A, 8tuv:A, 8u36:A, 4u54:A, 4u58:A, 4u5l:A, 4u5n:A, 4u5o:A, 4u5s:A, 4u5u:A, 4u5v:A, 5u5p:A, 5u5r:A, 3ukw:B, 3ukx:B, 3uky:B, 3ukz:B, 3ul0:B, 3ul1:B, 5umz:B, 7umi:E, 3uvu:A, 5v5o:C, 5v5p:C, 3ve6:A, 8vpr:A, 8vpu:A, 5w41:A, 5w4e:B, 5w4f:B, 5w4g:B, 6wba:A, 6wbb:I, 6wbc:A, 5wum:A, 5wun:A, 4wv6:A, 6wx7:A, 5x8n:A, 1y2a:C, 4yi0:C, 2ynr:A, 4zdu:A, 3zin:A, 3zio:A, 3zip:A, 3ziq:A, 3zir:A
23 4bqk:A 424 374 0.3936 0.3184 0.3610 1.37e-63 4b8o:A, 4b8p:A, 4b8p:B, 4bpl:A, 4bqk:B, 2yns:A, 2yns:B
24 4bqk:A 424 338 0.3936 0.3184 0.3994 6.27e-59 4b8o:A, 4b8p:A, 4b8p:B, 4bpl:A, 4bqk:B, 2yns:A, 2yns:B
25 4rxh:B 421 375 0.3761 0.3064 0.3440 1.21e-58 5vqi:B
26 4rxh:B 421 327 0.3615 0.2945 0.3792 1.32e-57 5vqi:B
27 4b18:A 427 353 0.3673 0.2951 0.3569 1.41e-56 6wx9:A
28 4b18:A 427 373 0.3732 0.2998 0.3432 5.15e-48 6wx9:A
29 4b18:A 427 108 0.1137 0.0913 0.3611 7.18e-13 6wx9:A
30 6kbn:C 504 275 0.2391 0.1627 0.2982 9.96e-24 6kbm:A, 6kbn:A
31 6kbn:C 504 297 0.2595 0.1766 0.2997 2.12e-20 6kbm:A, 6kbn:A
32 6kbn:C 504 244 0.2128 0.1448 0.2992 1.39e-17 6kbm:A, 6kbn:A
33 1qz7:A 524 328 0.2566 0.1679 0.2683 1.39e-21 7afw:A, 7ar4:AAA, 4djs:A, 8ei9:A, 8eia:A, 8eib:A, 8eic:A, 2gl7:A, 2gl7:D, 1i7w:A, 1i7w:C, 1jpp:A, 1jpp:B, 1jpw:A, 1jpw:B, 1jpw:C, 3ouw:A, 8ru3:A, 8ru4:A, 8ru4:B, 3sl9:A, 3sl9:E, 3sl9:B, 3sl9:G, 1t08:A, 7uwi:A, 7uwo:A, 8y0p:A, 8y0p:B, 8z10:A
34 3l6x:A 434 311 0.2041 0.1613 0.2251 3.21e-07 3l6y:A, 3l6y:C, 3l6y:E
35 3l6x:A 434 88 0.0758 0.0599 0.2955 1.5 3l6y:A, 3l6y:C, 3l6y:E
36 3l6x:A 434 88 0.0758 0.0599 0.2955 7.7 3l6y:A, 3l6y:C, 3l6y:E
37 5zhx:A 469 260 0.2012 0.1471 0.2654 6.25e-06 5zhx:B, 5zhx:C, 5zhx:D
38 5zhx:A 469 278 0.2157 0.1578 0.2662 3.21e-04 5zhx:B, 5zhx:C, 5zhx:D
39 5zhx:A 469 35 0.0408 0.0299 0.4000 9.6 5zhx:B, 5zhx:C, 5zhx:D
40 5iz8:A 343 304 0.2332 0.2332 0.2632 2.58e-04 5b6g:A, 7f6m:A, 7f7o:A, 8gsj:A, 5iz6:A, 5iz8:B, 5iz9:A, 5iza:A, 3nmx:A, 3nmx:B, 3nmx:C, 3qhe:A, 3qhe:C, 4yje:A, 4yjl:A, 4yjl:C, 4yjl:D, 4yjl:E, 4yjl:B, 4yjl:F, 4yk6:A, 5z8h:A
41 7dvq:K 188 66 0.0554 0.1011 0.2879 0.003
42 7dvq:K 188 105 0.0729 0.1330 0.2381 0.004
43 7dvq:K 188 105 0.0700 0.1277 0.2286 0.007
44 7dvq:K 188 39 0.0350 0.0638 0.3077 0.79
45 3lww:C 871 147 0.1108 0.0436 0.2585 0.028 1f59:A, 1f59:B, 1m5n:S, 1o6o:A, 1o6o:C, 1o6o:B, 1o6p:B, 1o6p:A, 1qgr:A
46 3lww:C 871 176 0.1195 0.0471 0.2330 0.19 1f59:A, 1f59:B, 1m5n:S, 1o6o:A, 1o6o:C, 1o6o:B, 1o6p:B, 1o6p:A, 1qgr:A
47 5wbj:A 1058 197 0.1399 0.0454 0.2437 0.049 5wbk:A, 5wbl:A
48 2q5d:B 845 148 0.1166 0.0473 0.2703 0.092
49 2q5d:B 845 177 0.1254 0.0509 0.2429 0.55
50 7t3p:A 2066 173 0.1370 0.0227 0.2717 0.62 7t3p:B, 7t3p:C, 7t3p:D
51 7t3p:A 2066 179 0.1341 0.0223 0.2570 3.6 7t3p:B, 7t3p:C, 7t3p:D
52 6dr0:C 2193 180 0.1195 0.0187 0.2278 2.5 6dqj:A, 6dqj:B, 6dqj:C, 6dqj:D, 6dqn:A, 6dqn:B, 6dqn:C, 6dqn:D, 6dqs:A, 6dqs:B, 6dqs:C, 6dqs:D, 6dqv:A, 6dqv:B, 6dqv:C, 6dqv:D, 6dqz:A, 6dqz:B, 6dqz:D, 6dqz:C, 6dr0:A, 6dr0:B, 6dr0:D, 6dr2:A, 6dr2:B, 6dr2:C, 6dr2:D, 6dra:A, 6dra:B, 6dra:C, 6dra:D, 6drc:A, 6drc:B, 6drc:C, 6drc:D
53 3v7p:A 409 98 0.0933 0.0782 0.3265 2.9 4m51:A
54 8tua:A 1329 73 0.0787 0.0203 0.3699 3.6 5d3x:A, 5d3x:B, 5d3y:A, 5d3y:B, 5fi0:A, 5fi0:C, 5fi0:E, 5fi0:G
55 6xu2:A 1091 109 0.0700 0.0220 0.2202 4.1 6xte:A
56 6xu2:A 1091 98 0.0612 0.0192 0.2143 8.8 6xte:A
57 8tl9:D 2034 182 0.1195 0.0202 0.2253 5.0 8tla:D
58 8tkf:A 2272 190 0.1224 0.0185 0.2211 6.0 8tkf:D, 8tkf:B, 8tkf:C
59 7t3r:A 2130 64 0.0641 0.0103 0.3438 6.0 7t3r:B, 7t3r:C, 7t3r:D, 7t3t:A, 7t3t:B, 7t3t:C, 7t3t:D
60 8tkd:A 2249 180 0.1195 0.0182 0.2278 7.2 8tkd:B, 8tkd:C, 8tkd:D, 8tke:A, 8tke:B, 8tke:C, 8tke:D, 8tkg:A, 8tkg:B, 8tkg:C, 8tkg:D, 8tl9:A, 8tl9:B, 8tla:A, 8tla:B
61 5m5w:B 1183 92 0.0641 0.0186 0.2391 7.9 4c2m:B, 4c2m:Q, 4c3h:B, 4c3i:B, 4c3j:B, 5g5l:B, 6h67:B, 6h68:B, 6hko:B, 6hlq:B, 6hlr:B, 5m3f:B, 5m3m:B, 5m5x:B, 5m5y:B, 5m64:B, 5n5y:B, 5n5z:B, 5n60:B, 5n61:B, 5oa1:B, 6rqh:B, 6rql:B, 6rqt:B, 6rrd:B, 6rui:B, 6ruo:B, 6rwe:B, 6tps:B, 5w5y:B, 5w64:B, 5w65:B, 5w66:B, 4ym7:AB, 4ym7:BB, 4ym7:CB, 4ym7:DB, 4ym7:EB, 4ym7:FB
62 7t3u:A 2020 190 0.1283 0.0218 0.2316 9.4 7t3u:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218