Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
PGATLCLGHHAVPNGTLVKTITDDQIEVTNATELVQSSSTGKICNNPHRILDGIDCTLIDALLGDPHCDVFQNETWDLFV
ERSKAFSNCYPYDVPDYASLRSLVASSGTLEFITEGFTWTGVTQNGGSNACKRGPGSGFFSRLNWLTKSGSTYPVLNVTM
PNNDNFDKLYIWGVHHPSTNQEQTSLYVQASGRVTVSTRRSQQTIIPNIGSRPWVRLSSSRISIYWTIVKPGDVLVINSN
GNLIAPRGYFKMRTGKSSIMRSDAPIDTCISECITPNGSIPNDKPFQNVNKITYGACPKYVKQNTLKLATGMRNVPEKQT
R

The query sequence (length=321) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 1hge:A 328 318 0.9782 0.9573 0.9874 0.0 1hge:C, 1hge:E, 1hgg:A, 1hgg:C, 1hgg:E, 1hgh:A, 1hgh:C, 1hgh:E, 1hgi:A, 1hgi:C, 1hgi:E, 1hgj:A, 1hgj:C, 1hgj:E, 4hmg:A, 4hmg:C, 4hmg:E, 5hmg:A, 5hmg:C, 5hmg:E
2 4wa2:A 491 314 0.9003 0.5886 0.9204 0.0 6bkq:A, 6bkq:C, 6bkq:E, 6cex:A, 6cex:C, 6cex:E, 1mqm:A, 1mqm:D, 1mqm:G, 1mqn:A, 1mqn:D, 5t6n:A, 5t6n:E, 5t6n:C, 6tzb:A, 6tzb:C, 6tzb:E, 2vir:C, 2vis:C, 2vit:C, 5vtq:A, 5vtq:C, 5vtq:E, 5vtr:A, 5vtr:C, 5vtr:E, 5vtv:A, 5vtv:C, 5vtv:E, 5vtw:C, 5vtw:E, 5vtw:A, 5vty:A, 5vty:C, 5vty:E, 5vu4:A, 5vu4:C, 5vu4:E, 4wa2:B, 4wa2:C, 4wa2:E, 6y5j:E, 2ypg:A, 2ypg:C, 2ypg:E
3 8tj4:A 317 317 0.8847 0.8959 0.8959 0.0 8tj4:C, 8tj4:E, 8tj4:G, 8tj6:A, 8tj6:C, 8tj6:E, 8tj6:G, 8tj7:A
4 4uny:C 330 319 0.8411 0.8182 0.8464 0.0 4unx:A, 4unx:C, 4unx:E, 4uny:A, 4uny:E, 4unz:A, 4unz:C, 4unz:E, 4uo1:A, 4uo1:C, 4uo1:E, 4uo2:A, 4uo2:C, 4uo2:E, 4uo5:A, 4uo5:C, 4uo5:E, 4uo6:A, 4uo7:A, 4uo7:C, 4uo7:E, 4uo8:A
5 8tj8:A 317 317 0.8349 0.8454 0.8454 0.0
6 5xrs:G 321 318 0.8162 0.8162 0.8239 0.0 5xrs:A, 5xrs:C
7 6wzt:A 494 319 0.7913 0.5142 0.7962 0.0 6aos:A, 6aot:A, 6aou:A, 6aov:A, 6bkr:A, 6bks:A, 6bkt:A, 6cex:D, 6cex:B, 3eym:B, 3eym:D, 3eym:F, 8faw:A, 1hgg:B, 1hgg:D, 1hgg:F, 1hgh:B, 1hgh:D, 1hgh:F, 1htm:B, 1htm:D, 1htm:F, 6nsa:A, 6nsb:A, 6nsf:A, 6nsg:A, 5t6n:B, 5t6n:D, 5t6n:F, 8tj6:B, 8tj9:A, 8tja:A, 8tjb:A, 4uny:D, 4uo0:D, 8uwa:B, 4wea:A, 2yp3:A, 2yp4:A, 2yp5:A, 2yp8:A, 2yp9:A
8 5xla:A 490 315 0.5452 0.3571 0.5556 7.82e-130 3eyk:B, 5xl3:B, 5xl3:A, 5xl4:A, 5xl4:B, 5xl6:A, 5xl7:A, 5xl7:B, 5xl9:A, 5xla:B, 5xlc:A, 5xlc:B, 5xld:A, 5xld:B
9 6twi:E 323 317 0.4174 0.4149 0.4227 7.05e-84 4cyw:A, 4cyw:C, 4cyw:E, 4cyz:A, 4cyz:E, 4cz0:A, 4cz0:E, 4cz0:C, 4d00:A, 4d00:C, 4d00:E, 4qy1:E, 4qy1:G, 4qy1:I, 4qy1:U, 4qy2:E, 5tgu:C, 5tgu:E, 5tgu:A, 5tgv:A, 5tgv:C, 5tgv:E, 5th1:A, 5th1:C, 5th1:E, 5thc:E, 5thc:C, 6tva:A, 6tva:C, 6tva:E, 6tvb:A, 6tvb:C, 6tvb:E, 6tvd:A, 6tvd:C, 6tvd:E, 6tvd:G, 6tvd:I, 6tvd:K, 6tvf:A, 6tvf:C, 6tvf:E, 6tvf:G, 6tvf:K, 6tvf:I, 6tvr:K, 6tvs:C, 6tvs:E, 6tvs:K, 6tvt:A, 6tvt:C, 6tvt:E, 6twi:A, 6twi:C, 6twv:C, 6twv:E, 6twv:K, 6twv:G, 6twv:I, 6txo:A, 6txo:C, 6txo:E, 6ty1:A, 6ty1:C, 6ty1:E, 6ty1:G, 6ty1:I, 6ty1:K, 4xqo:A, 4xqo:C, 4xqu:A, 4xqu:C, 4xqu:E
10 3m5h:A 310 322 0.4081 0.4226 0.4068 3.47e-78 3m5h:C, 3m5h:E, 3m5i:A, 3m5i:C, 3m5i:E, 3m5j:A, 3m5j:C, 3m5j:E
11 5tg9:A 325 323 0.3863 0.3815 0.3839 1.79e-76 5tg9:C
12 4n5k:A 318 316 0.3738 0.3774 0.3797 9.54e-76 4bsb:A, 4bsc:A, 4bsd:A, 4bse:A, 4bsf:A, 4bsh:A, 4bsi:A, 6d8d:A, 6d8d:C, 6d8d:E, 4dj7:A, 4dj7:C, 4dj7:E, 4dj8:A, 4dj8:C, 4dj8:E, 6idb:A, 6idz:A, 4kom:A, 4kon:A, 4lkg:A, 4lkg:C, 4lkg:E, 4lkh:A, 4lkj:A, 4lkk:A, 4ln6:A, 4ln6:C, 4ln6:E, 4ln6:G, 4ln6:I, 4ln6:K, 4ln8:A, 4ln8:C, 4ln8:E, 4ln8:G, 4ln8:I, 4ln8:K, 4n5k:C, 4n60:A, 4n60:C, 4n61:A, 4n61:C, 4n62:A, 4n62:C, 4n63:A, 4n63:C, 4n64:A, 4n64:C, 5t6s:A, 5t6s:C, 5t6s:E, 5t6s:I, 5t6s:K, 5t6s:G, 5vjl:A, 5vjm:A
13 7t1v:A 315 315 0.3863 0.3937 0.3937 2.33e-75 7t1v:C, 7t1v:E
14 1rv0:L 324 328 0.3894 0.3858 0.3811 8.12e-74 1rvt:H, 1rvt:J, 1rvt:L
15 5e34:A 323 322 0.3894 0.3870 0.3882 1.56e-72 5e35:A
16 6cf7:A 322 325 0.3707 0.3696 0.3662 6.93e-71 6lks:A, 6lks:K, 6lks:G, 6lks:I
17 8txm:A 326 329 0.3863 0.3804 0.3769 1.24e-70 4jtv:A, 4jtv:C, 4jtv:E, 4jtv:I, 4jtv:K, 4jtv:G, 4ju0:A, 4ju0:C, 4ju0:E, 4ju0:G, 4ju0:I, 4ju0:K, 4lvh:G, 4lvh:J, 3ube:A, 3ube:C, 3ube:E, 3ube:I, 3ube:K, 3ube:G, 3ubj:C, 3ubj:G, 3ubj:I, 3ubj:K, 3ubn:A, 3ubn:C, 3ubn:E, 3ubn:G, 3ubn:I, 3ubn:K, 3ubq:C, 3ubq:I, 3ubq:K, 6xq0:D, 6xq0:A
18 3htp:A 324 326 0.3769 0.3735 0.3712 4.18e-70 4gxx:A, 3htq:A, 3htt:A, 4juh:A, 4juj:A, 4juj:C, 5vmc:A, 5vmc:C, 5vmc:E, 5vmf:A, 5vmf:C, 5vmf:E, 5vmg:A, 5vmg:C, 5vmg:E, 5vmj:A, 5vmj:C, 5vmj:E, 2wrg:J, 2wrh:H, 2wrh:J, 2wrh:L
19 5bqy:A 324 323 0.3925 0.3889 0.3901 4.08e-69 5bqy:E, 5bqz:A, 5bqz:E
20 8vql:A 325 328 0.3676 0.3631 0.3598 2.10e-68 1rvx:A, 1rvx:C, 1rvx:E, 1rvx:G, 1rvx:I, 1rvx:K, 1rvz:A, 1rvz:C, 1rvz:E, 1rvz:G, 1rvz:I, 1rvz:K, 8sd2:A, 8sd4:A, 8vqm:A, 8vqn:A, 8vqq:A, 5w5s:A, 5w5u:A, 5w6i:A, 5w6r:A, 5w6r:C, 5w6r:E, 5w6r:G, 5w6t:A, 5w6u:A, 6wcr:A
21 6ntf:A 491 324 0.3645 0.2383 0.3611 2.84e-65 5ajm:A, 4bgx:A, 4bgy:A, 4bh0:A, 4bh0:C, 4bh0:E, 4bh1:A, 4bh1:C, 4bh1:E, 4bh3:A, 4bh4:A, 6cf5:A, 6cf5:C, 6cf5:E, 6cfg:A, 4cqq:A, 4cqr:A, 4cqu:A, 4cqw:A, 4cqw:C, 4cqw:E, 4cqx:A, 4cqx:C, 4cqx:E, 4cqy:A, 4cqy:C, 4cqy:E, 4cqz:A, 5e2z:C, 5e2z:A, 5e2z:E, 5e30:C, 5e30:A, 5e30:E, 6e7h:C, 2fk0:Q, 1jsn:A, 1jso:A, 4k63:A, 4k63:C, 4k63:E, 4k63:G, 4k64:A, 4k64:C, 4k66:A, 4k66:C, 4k67:A, 4k67:C, 4k67:E, 4k67:G, 4kdn:A, 4kdn:C, 4kdo:C, 4kdo:A, 4n5z:A, 6p3s:U, 6p3s:H, 6vmz:A, 6vmz:C, 6vmz:E, 8zdw:H, 8zdw:C, 8zdw:A, 3znk:A, 3znk:C, 3znk:E, 3znl:A, 3znl:C, 3znl:E, 3znm:A, 3znm:C, 3znm:E, 3zp0:E, 3zp1:E, 3zp2:E, 3zp3:E, 3zp6:E, 3zpb:E
22 5t0b:A 330 331 0.3863 0.3758 0.3746 1.04e-64 5br3:A, 5br3:C, 5br6:A, 5br6:C, 5t0d:A, 5t0e:A, 4wsu:A, 4wsu:C, 4wsv:A, 4wsv:E, 4xke:A, 4xkf:A, 4xkg:A, 4yy1:A, 4yy1:C, 4yy7:A, 4yy7:C, 4yya:A, 4yyb:A
23 8zdv:A 320 317 0.3551 0.3563 0.3596 1.28e-64 8zdv:B, 8zdv:C
24 6n41:A 483 319 0.3520 0.2340 0.3542 2.62e-64 6cf7:B, 7jpd:D, 8sd2:B, 8sd4:B, 7uyi:E, 8vql:B, 8vqm:B, 8vqn:B, 8vqq:B, 5w5s:B, 5w5u:B, 5w6i:B, 5w6r:B, 5w6r:D, 5w6r:F, 5w6r:H, 5w6t:B, 5w6u:B, 6wcr:B, 2wrg:M
25 4wss:E 489 323 0.3925 0.2577 0.3901 3.00e-64 4wss:C, 4wss:F
26 6iig:A 495 326 0.3676 0.2384 0.3620 1.79e-61 6cfg:B, 6ijt:A, 6in5:A, 6vmz:B, 6vmz:D, 6vmz:F, 5z88:A
27 2wr1:B 490 324 0.3707 0.2429 0.3673 2.37e-61 2wr1:C, 2wr2:B, 2wr2:C, 2wr3:A, 2wr4:A, 2wr7:A, 2wrb:A, 2wre:A, 2wre:B, 2wre:C, 2wrf:F, 2wrf:D
28 1jsh:A 317 323 0.3676 0.3722 0.3653 3.53e-58 1jsi:A
29 4kps:A 324 326 0.3271 0.3241 0.3221 2.75e-51 4kps:E
30 4mc5:C 497 325 0.3146 0.2032 0.3108 2.47e-40 8gv7:A, 4k3x:B, 4k3x:D, 4k3x:F, 4mc5:A, 4mc5:B, 7wvg:A
31 4nrk:C 341 347 0.2461 0.2317 0.2277 5.88e-08 4nrk:A, 4nrk:E, 4nrl:A, 4nrl:C, 4nrl:E
32 4m44:A 343 342 0.2430 0.2274 0.2281 1.83e-07 7kqg:A, 4m44:C, 4m44:E, 2rft:A, 2rfu:A
33 1f7r:A 133 29 0.0436 0.1053 0.4828 1.1 1f7k:A, 1f7k:B, 1f7n:A, 1f7n:B, 1f7p:A, 1f7p:C, 1f7p:B, 1f7q:A, 1f7q:C, 1f7q:B
34 6l3a:B 393 45 0.0436 0.0356 0.3111 2.4 6l39:A, 6l39:B, 6l3a:A
35 8emh:B 676 100 0.0810 0.0385 0.2600 4.2 8emh:A, 8emh:C, 8emh:F, 8emh:H, 8emh:I, 8emh:J, 8emh:K
36 4czw:A 609 68 0.0623 0.0328 0.2941 5.3
37 6a0t:B 332 65 0.0592 0.0572 0.2923 5.4 6a0s:B, 6a0s:A, 6a0t:A, 6a0u:B, 6a0u:A, 2ejw:A, 2ejw:B, 2ejw:E, 2ejw:F, 5xdf:A, 5xdf:B

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218