Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PFVKDFKPQALGDTNLFKPIKIGNNELLHRAVIPPLTRMRAQHPGNIPNRDWAVEYYAQRAQRPGTLIITEGTFPSPQSG
GYDNAPGIWSEEQIKEWTKIFKAIHENKSFAWVQLWVLGWAAFPDTLARDGLRYDSASDNVYMNAEQEEKAKKANNPQHS
ITKDEIKQYVKEYVQAAKNSIAAGADGVEIHSANGYLLNQFLDPHSNNRTDEYGGSIENRARFTLEVVDAVVDAIGPEKV
GLRLSPYGVFNSMSGGAETGIVAQYAYVLGELERRAKAGKRLAFVHLVEPRVTNPFLTEGEGEYNGGSNKFAYSIWKGPI
IRAGNFALHPEVVREEVKDPRTLIGYGRFFISNPDLVDRLEKGLPLNKYDRDTFYKMSAEGYIDYPTYEEALKLGW

The query sequence (length=396) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1bwk:A 399 395 0.9167 0.9098 0.9190 0.0 7bn7:A, 7bn7:B, 7bn7:C, 7bn7:D, 1bwl:A, 4gbu:A, 4ge8:A, 4gwe:A, 4gxm:A, 4h4i:A, 4h6k:A, 1k02:A, 1k03:A, 4k7v:A, 4k7y:A, 4k8e:A, 4k8h:A, 1oya:A, 1oyb:A, 1oyc:A, 3rnd:A, 3tx9:A, 3txz:A, 4yil:A, 4ync:A
2 5v4v:A 397 396 0.8157 0.8136 0.8157 0.0 5v4p:A, 5v4p:B, 5v4v:B
3 4tmc:A 399 392 0.7121 0.7068 0.7194 0.0 4tmb:A, 4tmb:B, 4tmb:C, 4tmb:D, 4tmc:B, 4tmc:C, 4tmc:D
4 4rnu:C 385 290 0.6717 0.6909 0.9172 0.0 4rnu:A, 4rnu:B, 4rnu:D, 4rnv:A, 4rnv:B, 4rnv:C, 4rnv:D, 4rnw:A, 4rnw:B
5 4rnu:C 385 91 0.2146 0.2208 0.9341 1.96e-54 4rnu:A, 4rnu:B, 4rnu:D, 4rnv:A, 4rnv:B, 4rnv:C, 4rnv:D, 4rnw:A, 4rnw:B
6 4rnx:A 390 243 0.5758 0.5846 0.9383 1.15e-157 4rnx:B
7 4rnx:A 390 143 0.3232 0.3282 0.8951 1.34e-91 4rnx:B
8 6agz:A 386 387 0.4495 0.4611 0.4599 7.82e-107 6agz:B
9 4df2:A 404 382 0.4116 0.4035 0.4267 1.15e-98 4m5p:A, 4qai:A, 4qai:B, 4qai:C, 4qai:D, 4qai:E, 4qai:F, 3tjl:A, 3upw:A
10 4qnw:A 369 387 0.4015 0.4309 0.4109 4.45e-86
11 6s32:D 352 375 0.3939 0.4432 0.4160 8.65e-81 6s32:A, 6s32:B, 6s32:C
12 2gou:A 365 388 0.3611 0.3918 0.3686 5.18e-74 4aws:A, 4awt:A, 4awu:A, 2gq8:A, 2gq9:A, 2gqa:A
13 1icp:A 358 376 0.3712 0.4106 0.3910 1.33e-72 3hgr:A, 3hgr:B, 1icp:B, 1icq:A, 1icq:B, 1ics:A, 1ics:B
14 7bn6:B 381 372 0.3712 0.3858 0.3952 3.07e-72 7bn6:A, 7bo0:A, 7bo0:B, 6s0g:B, 6s23:A, 6s23:B, 6s31:A
15 5dy2:A 378 389 0.3763 0.3942 0.3830 3.21e-72 5dxx:A, 5dxy:A, 5dy3:A
16 9em0:A 376 381 0.3662 0.3856 0.3806 2.49e-70 8aua:A, 8aua:B, 8aub:A, 8aub:B, 8aue:A, 8aue:B, 8auj:A, 8auj:B, 8aul:A, 8aul:B, 8aum:A, 8aum:B, 8aun:A, 8aun:B, 8auo:B, 8auo:A, 8auq:A, 8auq:B, 9em0:B, 9em2:B, 9em2:A, 9em3:A, 9em4:B, 9em4:A, 9em5:A, 9em6:B, 9em6:A, 3hgo:A, 3hgo:B, 3hgs:A, 3hgs:B, 2hs6:A, 2hs6:B, 2hs8:A, 2hs8:B, 2hsa:B, 2hsa:A, 8qmx:A, 8qmx:B, 8qn1:A, 8qn1:B, 8qn1:C, 8qn1:D, 8qn3:A, 8qn3:B, 8qn9:B, 8s8v:A, 8s8v:B, 8s8y:B, 8s8y:A
17 2q3r:A 351 377 0.3636 0.4103 0.3820 2.50e-69 1vji:A
18 2q3o:B 367 383 0.3636 0.3924 0.3760 1.04e-68 2g5w:A, 2g5w:B, 2q3o:A, 1q45:A, 1q45:B
19 8bpp:A 362 384 0.3662 0.4006 0.3776 5.59e-68 8bpp:B, 8bpp:C, 8bpq:A, 8bpq:B, 8bpq:C
20 4jic:A 370 383 0.3636 0.3892 0.3760 5.76e-68 4jic:B, 4jic:C, 4jip:A, 4jiq:A, 5n6g:A
21 7tmb:A 362 378 0.3611 0.3950 0.3783 2.82e-67 7tmb:B, 7tmb:C, 7tmb:D, 7tmb:E, 7tmb:F
22 6uff:A 362 385 0.3662 0.4006 0.3766 7.85e-66 6uff:B, 6uff:C, 6uff:D, 6uff:E, 6uff:F, 6uff:G, 6uff:H
23 1gvr:A 364 378 0.3510 0.3819 0.3677 1.70e-65 2aba:A, 2abb:A, 3f03:K, 6gi7:A, 6gi8:A, 6gi9:A, 6gia:A, 1gvo:A, 1gvq:A, 1gvs:A, 1h50:A, 1h51:A, 1h60:A, 1h61:A, 1h62:A, 1h63:A, 3kft:A, 3kft:B, 5lgx:A, 5lgz:A, 3p62:A, 3p67:A, 3p74:A, 3p7y:A, 3p80:A, 3p81:A, 3p82:A, 3p84:A, 3p8i:A, 3p8j:A, 1vyp:X, 1vyr:A, 1vys:X
24 1gwj:A 374 384 0.3561 0.3770 0.3672 5.32e-64 3gx9:A, 2r14:A
25 7tnb:AAA 353 381 0.3460 0.3881 0.3596 6.37e-63
26 3gka:B 351 375 0.3510 0.3960 0.3707 2.29e-61 3gka:A
27 4ab4:A 349 388 0.3535 0.4011 0.3608 3.02e-61 4ab4:B, 4aeo:A, 4aeo:B
28 8e5i:A 357 377 0.3258 0.3613 0.3422 2.34e-57
29 4b5n:A 354 364 0.3384 0.3785 0.3681 2.46e-57 5k0r:A, 5k1k:A, 5k1m:A, 5k1q:A, 5k1u:A, 5k1w:A
30 8fw1:A 362 375 0.3258 0.3564 0.3440 3.77e-54 8fw1:B, 8fw1:C, 6myw:A, 6myw:B, 6myw:C, 6myw:D, 6o08:A, 8vcn:A
31 4a3u:A 355 374 0.3056 0.3408 0.3235 6.46e-52 4a3u:B
32 3aty:A 379 398 0.3081 0.3219 0.3065 3.37e-50 3aty:B, 3atz:A, 3atz:B, 3atz:C, 3atz:D, 4e2b:A, 4e2d:A, 4e2d:B, 4e2d:C, 4e2d:D
33 4ot7:A 308 377 0.3030 0.3896 0.3183 4.29e-46
34 8e5h:A 368 383 0.2727 0.2935 0.2820 2.71e-31
35 3kru:A 335 343 0.2652 0.3134 0.3061 3.06e-31 3kru:B, 3kru:C, 3kru:D, 3krz:A, 3krz:B, 3krz:C, 3krz:D
36 1z41:A 337 220 0.1995 0.2344 0.3591 9.51e-30 1z41:B, 1z42:A, 1z42:B, 1z44:A, 1z44:B, 1z48:A, 1z48:B
37 5ocs:A 369 234 0.1995 0.2141 0.3376 1.06e-26 5ocs:C
38 7qfx:C 413 256 0.2045 0.1961 0.3164 7.37e-25 7qfx:B, 7qfx:E, 7qfx:G
39 3gr7:A 340 238 0.1970 0.2294 0.3277 2.51e-24 3gr7:B, 3gr8:A, 3gr8:B
40 8auh:A 365 268 0.2045 0.2219 0.3022 5.55e-23 8a8i:B, 8a8i:D, 8au8:A, 8au8:B, 8au9:B, 8au9:A, 8auf:A, 8auf:B, 8aug:A, 8aug:B, 8auh:B, 8aui:A, 8aui:B, 5cpl:A, 5cpl:B, 5cpm:A, 5cpm:B, 5cpn:A, 5cpn:B, 5cpo:A, 5cpo:B, 2h8x:A, 2h8z:A, 2h90:A, 3l5l:A, 3l5m:A, 3l65:A, 3l66:A, 3l67:A, 3l68:A, 5lni:A, 5lnj:A, 3n14:A, 3n19:B, 3n19:D, 5n6q:A, 5n6q:B, 4uth:A, 4uti:A, 4utj:A, 4utk:A, 4utl:A, 4utm:A
41 8pun:A 356 232 0.1717 0.1910 0.2931 6.62e-21 8pun:B, 8pun:C, 8pun:D
42 7blf:A 406 267 0.1869 0.1823 0.2772 1.28e-20 7blf:B
43 8j59:B 388 229 0.1742 0.1778 0.3013 2.57e-19 8j59:A
44 1ps9:A 671 252 0.1717 0.1013 0.2698 6.43e-19
45 1djn:A 729 368 0.2525 0.1372 0.2717 1.64e-18 1djn:B, 1djq:A, 1djq:B, 1o94:A, 1o94:B, 1o95:A, 1o95:B, 2tmd:A, 2tmd:B
46 7o0t:A 354 217 0.1717 0.1921 0.3134 2.09e-17 7o0t:B, 7o0t:C, 7o0t:D
47 6qkg:B 664 242 0.1616 0.0964 0.2645 1.14e-16 6qkg:A, 6qkr:A, 6qkr:B, 6qkx:A
48 7fev:A 443 85 0.0985 0.0880 0.4588 2.08e-16
49 8uat:F 351 231 0.1793 0.2023 0.3074 3.40e-16 3hf3:A, 3hf3:B, 3hf3:C, 3hf3:D, 3hgj:A, 3hgj:B, 3hgj:C, 3hgj:D, 5nux:A, 5nux:B, 5nux:C, 5nux:D, 5ogt:A, 5ogt:B, 5ogt:C, 5ogt:D, 8uaj:A, 8uaj:B, 8uaj:C, 8uaj:D, 8uat:B, 8uat:C, 8uat:D, 8uat:E, 8uat:G, 8uat:H, 8uat:A
50 3k30:A 684 283 0.1995 0.1155 0.2792 5.52e-14 3k30:B
51 6de6:A 689 96 0.0960 0.0552 0.3958 2.63e-12
52 6de6:B 652 96 0.0960 0.0583 0.3958 2.72e-12
53 6l6j:A 669 366 0.2348 0.1390 0.2541 8.12e-10
54 3zxs:A 508 70 0.0556 0.0433 0.3143 3.0 3zxs:B, 3zxs:C
55 6aa8:E 281 30 0.0328 0.0463 0.4333 5.6 6aa8:F
56 5meh:A 438 73 0.0556 0.0502 0.3014 5.6 4ayp:A, 4ayq:A, 4ayr:A, 8b5m:A, 5ne5:A
57 3c4n:A 359 64 0.0455 0.0501 0.2812 6.4 3c4n:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218