Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PFTMAAYTIVKEEESPIAPHRLFKALVLERHQVLVKAQPHVFKSGEIIEGDGGVGTVTKITFVDGHPLTYMLHKFDEIDA
ANFYCKYTLFEGDVLRDNIEKVVYEVKLEAVGGGSKGKITVTYHPKPGCTVNEEEVKIGEKKAYEFYKQVEEYLAANPEV
FA

The query sequence (length=162) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5i8f:A 164 162 1.0000 0.9878 1.0000 1.89e-117 4n3e:A, 4n3e:B, 4n3e:Z, 4n3e:b, 4n3e:C, 4n3e:D, 4n3e:E, 4n3e:F, 4n3e:G, 4n3e:H, 4n3e:I, 4n3e:J, 4n3e:K, 4n3e:L, 4n3e:P, 4n3e:M, 4n3e:N, 4n3e:O, 4n3e:Q, 4n3e:S, 4n3e:R, 4n3e:U, 4n3e:V, 4n3e:W, 4n3e:X, 4n3e:Y, 4n3e:a, 6sjj:B, 6sjj:j, 6sjj:A, 6sjj:R, 6sjj:Q, 6sjj:P, 6sjj:O, 6sjj:N, 6sjj:M, 6sjj:L, 6sjj:K, 6sjj:J, 6sjj:I, 6sjj:a, 6sjj:Y, 6sjj:H, 6sjj:G, 6sjj:F, 6sjj:D, 6sjj:f, 6sjj:E, 6sjj:C, 6sjj:e, 6sjj:d, 6sjj:c, 6sjj:b, 6sjj:Z, 6sjj:X, 6sjj:W, 6sjj:V, 6sjj:U, 6sjj:T, 6sjj:S, 6sjj:i, 6sjj:h, 6sjj:g
2 4c94:A 161 153 0.4383 0.4410 0.4641 7.90e-39 4c94:B, 4c94:C, 4c94:D, 4c94:E
3 8h3j:A 162 149 0.3642 0.3642 0.3960 3.73e-34
4 4c9i:F 162 156 0.4198 0.4198 0.4359 3.60e-33
5 2qim:A 157 154 0.3951 0.4076 0.4156 4.61e-32 3e85:A, 5mxb:A, 5mxw:A
6 6v8l:D 152 151 0.3580 0.3816 0.3841 2.35e-28 6v8m:A, 6v8m:B, 6v8s:A, 6v8s:G, 6v8s:B, 6v8s:C, 6v8s:D, 6v8s:F, 6v8s:E, 6v8s:H, 6v8s:I, 6v8s:O, 6v8s:J, 6v8s:K, 6v8s:L, 6v8s:N, 6v8s:M, 6v8s:P
7 4a80:A 159 151 0.3519 0.3585 0.3775 8.07e-27 4a81:A, 4a83:A, 4a84:A, 4a85:A, 4a86:A, 4a87:A, 4a8g:A, 4a8v:A, 1fm4:A, 4mns:A, 4qip:A
8 1txc:A 157 148 0.3272 0.3376 0.3581 2.40e-24 1txc:B
9 6awr:A 156 153 0.3519 0.3654 0.3725 3.09e-24 6awr:B, 6aws:A, 6aws:C, 6awt:A, 6awt:B, 6awt:C, 6awt:D, 6awu:A, 6awu:B, 6awu:C, 6awu:D, 6awv:A, 6awv:B, 6awv:C, 6aww:B, 6aww:E, 6aww:D, 6aww:C, 6ax0:A, 6ax0:B, 6b1d:A, 6b1d:C, 4ma6:A
10 4ryv:A 155 152 0.3580 0.3742 0.3816 1.36e-23
11 7qb6:A 164 162 0.3272 0.3232 0.3272 9.04e-17 4gy9:A, 4jhg:A, 4jhh:A, 4jhi:A
12 2flh:B 153 78 0.1420 0.1503 0.2949 3.76e-04 3c0v:A, 3c0v:B, 3c0v:C, 3c0v:D, 2flh:A, 2flh:C, 2flh:D, 4psb:A
13 4q0k:A 154 68 0.1358 0.1429 0.3235 0.006
14 2vq5:A 173 91 0.1975 0.1850 0.3516 0.055 5non:A, 5non:B, 5non:C, 6rp3:A, 2vq5:B, 6z82:A
15 3nj1:A 182 54 0.0864 0.0769 0.2593 0.079 5jnn:A, 3kaz:B, 3kb0:A, 3kb3:A, 3kdi:A, 4la7:A, 4lg5:A, 4lga:A, 4lgb:A, 7mwn:A, 3nj0:A, 3nj0:B, 3nj0:C, 3nmh:A, 3nmh:B, 3nmh:C, 3nmp:A, 3nmp:B, 3nmp:C, 3nmt:A, 3nmv:A, 3nr4:A, 3nr4:B, 3nr4:C, 3ns2:A, 3ns2:B, 3ns2:C, 3ujl:A, 5vr7:A, 5vro:A, 5vs5:A, 5vsq:A, 5vsr:A, 5vt7:A
16 8p2x:A 750 53 0.1049 0.0227 0.3208 0.44 7a91:D, 7a92:D, 7a94:D, 2ajf:A, 2ajf:B, 8aqs:B, 8b9p:A, 8b9p:B, 8bfw:A, 8bfw:C, 7bh9:A, 8bn1:B, 8bn1:A, 8byj:B, 8byj:A, 3d0g:A, 3d0g:B, 3d0h:A, 3d0h:B, 7ddo:A, 7ddp:A, 8df5:E, 8df5:F, 7dmu:A, 7dmu:C, 7dqa:A, 7drv:A, 7drv:B, 7dwx:B, 7dwx:D, 7e7e:A, 7e7e:B, 8e7m:A, 7ekc:A, 7eke:A, 7ekf:A, 7ekg:A, 7ekh:A, 9fmm:A, 9fmm:B, 8fxc:A, 8h06:A, 8h5c:A, 8i91:A, 8i91:C, 8i92:A, 8i92:C, 8i93:A, 8i93:C, 8if2:A, 8iou:D, 8iov:A, 8jje:A, 8jyn:D, 8jyo:E, 8jyo:D, 8jyp:D, 7l0n:E, 7l0n:F, 7lo4:A, 6lzg:A, 6m0j:A, 6m17:B, 6m17:D, 7p19:A, 7p19:B, 8p2x:B, 8p2y:A, 8p2y:B, 8p30:A, 8p30:B, 8p31:A, 8p31:B, 7r0z:D, 7r10:D, 7r11:D, 7r12:D, 7r1a:D, 7r1a:E, 7r1a:F, 1r42:A, 1r4l:A, 7rpv:A, 3sci:A, 3sci:B, 3scj:A, 3scj:B, 3sck:A, 3sck:B, 3scl:A, 3scl:B, 7sn0:A, 7sn0:B, 8sph:A, 8sph:B, 8spi:A, 8spi:B, 7tn0:E, 8toq:A, 8tor:A, 8tos:A, 8tot:A, 8tot:B, 8tou:A, 7u0n:A, 7u0n:B, 7ufk:A, 7ufk:B, 7ufl:A, 7ufl:B, 8uze:A, 8uze:B, 8uzf:A, 8uzf:B, 7vib:A, 7vib:C, 8vqr:A, 8vqr:B, 7vx4:A, 7vx5:A, 7wbl:A, 7wbp:A, 7wbq:A, 7wbq:C, 8wdr:A, 8wdr:C, 8wds:A, 8wds:C, 8wdy:A, 8wdz:A, 8we0:A, 8we1:A, 8we4:A, 7whh:A, 8whs:D, 8whu:D, 8whu:E, 8whz:A, 7wnm:B, 7wpb:D, 7wpc:D, 8wp8:A, 7xaz:A, 7xaz:C, 7xb0:A, 7xb1:A, 7xbf:A, 7xbf:C, 7xbg:A, 7xbg:C, 7xbh:A, 7xch:D, 7xch:E, 7xci:A, 7xcp:A, 8xlm:D, 8xln:D, 8xn2:A, 8xn3:A, 8xn5:A, 8xnf:A, 8xnk:A, 7xo7:E, 7xo7:F, 7xo8:D, 7xo8:F, 7xo8:E, 7xo9:D, 8xsf:A, 8xsj:A, 7xwa:A, 7xwa:C, 8y16:A, 8y16:E, 8y16:F, 8y18:A, 8y6a:A, 7y75:A, 7y75:C, 7y76:A, 7y76:C, 7y9z:D, 7ya0:D, 7ya0:E, 7ya0:F, 7ya1:A, 7ydi:A, 7yeg:E, 7yeg:J, 7yeg:M, 7yhw:A, 7yj3:A, 7yr2:A, 7yr3:D, 7yr3:G, 7zf7:A
17 8xxw:A 561 53 0.1049 0.0303 0.3208 0.51
18 7vjq:A 120 21 0.0617 0.0833 0.4762 1.3 7vjq:B, 8w35:A, 8w35:B
19 7e3j:A 695 53 0.0988 0.0230 0.3019 1.4 7c8d:A, 7w8s:A, 7wa1:A, 7wa3:A, 7wa3:B, 7wsg:A, 7wsh:A, 8xyz:A, 8xzb:A, 8xzd:A
20 1zh8:A 325 44 0.0926 0.0462 0.3409 1.9 1zh8:B
21 7w6u:A 597 53 0.0988 0.0268 0.3019 2.5 7w6r:A, 7xby:A
22 7tn0:F 547 52 0.0988 0.0293 0.3077 2.8
23 7mfm:G 1483 108 0.1852 0.0202 0.2778 3.0 7mfm:H, 7mft:G
24 1agr:A 350 32 0.0864 0.0400 0.4375 3.2 1agr:D, 1as0:A, 1as2:A, 1as3:A, 1bh2:A, 1cip:A, 6crk:A, 3d7m:A, 3ffa:A, 4g5o:A, 4g5o:C, 4g5o:B, 4g5o:D, 4g5q:A, 4g5q:C, 4g5q:B, 4g5q:D, 4g5r:A, 4g5r:B, 4g5r:C, 4g5r:D, 4g5s:A, 4g5s:C, 4g5s:D, 4g5s:B, 2g83:A, 2g83:B, 1gfi:A, 1gg2:A, 1gia:A, 1gil:A, 1git:A, 1gp2:A, 2gtp:A, 2gtp:B, 8gvx:F, 8gvx:E, 8gvx:G, 8gvx:H, 2ihb:A, 2ik8:A, 2ik8:C, 5kdl:A, 5kdl:B, 5kdo:A, 1kjy:A, 1kjy:C, 6m8h:A, 6mhe:A, 6mhf:A, 4n0d:A, 4n0e:A, 2ode:A, 2ode:C, 2om2:A, 2om2:C, 3onw:A, 3onw:B, 8oy1:A, 4pam:A, 4pao:A, 4paq:A, 3qe0:B, 3qe0:A, 3qe0:C, 3qi2:A, 3qi2:B, 7rky:A, 1svk:A, 1svs:A, 5tdh:A, 5tdh:H, 3umr:A, 3ums:A, 2v4z:A, 7x6i:E, 7x6i:F, 7x6i:G, 7x6i:H, 2xns:A, 2xns:B, 1y3a:A, 1y3a:B, 1y3a:C, 1y3a:D, 2zjy:A, 2zjz:A, 2zjz:B
25 3ffb:A 327 32 0.0864 0.0428 0.4375 3.3 1bof:A, 1gdd:A, 4pan:A
26 8rzg:A 659 46 0.1049 0.0258 0.3696 3.8 8rzg:B, 8rzg:C, 8rzg:D, 8rzh:A, 8rzh:B, 8rzh:C, 8rzh:D, 8rzi:A, 8rzi:B, 8rzi:C, 8rzi:D, 8rzj:A, 8rzj:B, 8rzj:C, 8rzj:D, 8rzk:A, 8rzk:B, 8rzk:C, 8rzk:D
27 8pjk:A 222 27 0.0802 0.0586 0.4815 5.4 7e2x:A, 7e2z:A
28 3din:A 816 67 0.1235 0.0245 0.2985 7.4 3din:B, 3jux:A, 4ys0:A
29 1i8q:A 814 37 0.0802 0.0160 0.3514 7.6 1lxm:A
30 3uw1:A 232 64 0.1358 0.0948 0.3438 8.2
31 7c8j:A 707 46 0.0864 0.0198 0.3043 8.3 7c8k:A, 8k4u:B, 8u0t:A, 7xa7:A, 7xa7:C, 7xa7:E, 7xa7:G

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218