Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PFTCLDGTATIPFDQVNDDYCDCKDGSDEPGTAACPNGSFHCTNTGYKPLYILSSRVNDGVCDCCDGTDEYNSGTVCENT
CR

The query sequence (length=82) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8d43:B 100 82 0.9268 0.7600 0.9268 1.79e-52 8emr:B, 5f0e:B, 5h9o:B, 5h9o:D, 5hjo:B, 5hjo:D, 5hjr:B, 5hjr:D, 5ied:B, 5iee:B, 5ief:B, 5ieg:B, 7jty:B, 7jty:D, 7k9n:B, 7k9n:D, 7k9o:B, 7k9o:D, 7k9q:B, 7k9q:D, 7k9t:B, 7k9t:D, 7kad:B, 7kad:D, 7kb6:B, 7kb6:D, 7kb8:B, 7kb8:D, 7kbj:B, 7kbj:D, 7kbr:B, 7kbr:D, 7kry:B, 7kry:D, 7l9e:B, 7l9e:D
2 5jqp:B 131 111 0.5854 0.3664 0.4324 7.57e-15
3 8em7:A 4378 77 0.3659 0.0069 0.3896 0.002 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
4 8em7:A 4378 53 0.2805 0.0053 0.4340 0.016 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
5 8em7:A 4378 72 0.3171 0.0059 0.3611 0.018 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
6 8em7:A 4378 73 0.3537 0.0066 0.3973 0.038 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
7 8em7:A 4378 76 0.3415 0.0064 0.3684 0.043 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
8 8em7:A 4378 74 0.3537 0.0066 0.3919 0.048 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
9 8em7:A 4378 76 0.3293 0.0062 0.3553 0.10 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
10 8em7:A 4378 75 0.3415 0.0064 0.3733 0.18 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
11 8em7:A 4378 57 0.2683 0.0050 0.3860 0.82 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
12 8em7:A 4378 77 0.3659 0.0069 0.3896 2.4 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
13 8em7:A 4378 51 0.2561 0.0048 0.4118 3.1 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
14 8em7:A 4378 75 0.3049 0.0057 0.3333 3.7 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
15 8em7:A 4378 85 0.3415 0.0064 0.3294 4.1 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
16 8em7:A 4378 73 0.3293 0.0062 0.3699 5.4 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
17 8em7:A 4378 56 0.2561 0.0048 0.3750 5.5 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
18 8em7:A 4378 74 0.3049 0.0057 0.3378 8.8 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
19 8em4:A 3818 77 0.3659 0.0079 0.3896 0.003 8em4:B
20 8em4:A 3818 72 0.3171 0.0068 0.3611 0.025 8em4:B
21 8em4:A 3818 73 0.3537 0.0076 0.3973 0.040 8em4:B
22 8em4:A 3818 76 0.3415 0.0073 0.3684 0.058 8em4:B
23 8em4:A 3818 70 0.3293 0.0071 0.3857 0.065 8em4:B
24 8em4:A 3818 76 0.3293 0.0071 0.3553 0.12 8em4:B
25 8em4:A 3818 57 0.2683 0.0058 0.3860 1.0 8em4:B
26 8em4:A 3818 51 0.2561 0.0055 0.4118 2.8 8em4:B
27 8em4:A 3818 75 0.3049 0.0065 0.3333 4.7 8em4:B
28 8em4:A 3818 73 0.3293 0.0071 0.3699 7.8 8em4:B
29 8jxc:A 1337 77 0.3537 0.0217 0.3766 0.011 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
30 8jxc:A 1337 73 0.3659 0.0224 0.4110 0.012 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
31 8jxc:A 1337 75 0.3171 0.0194 0.3467 0.49 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
32 8jxc:A 1337 57 0.2805 0.0172 0.4035 0.52 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
33 8jxc:A 1337 71 0.3171 0.0194 0.3662 2.3 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
34 8jxc:A 1337 31 0.1829 0.0112 0.4839 2.3 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
35 1f5y:A 85 74 0.3171 0.3059 0.3514 0.23
36 7qbg:D 81 75 0.3293 0.3333 0.3600 0.47 7qbd:C, 7qbd:D, 7qbf:C, 4zrp:C, 4zrp:D, 4zrq:C, 4zrq:D
37 7oik:A 4426 55 0.2073 0.0038 0.3091 0.61 7oim:A, 6tax:A, 6tay:A
38 1jrf:A 47 46 0.2073 0.3617 0.3696 0.75
39 3hhs:A 669 18 0.1098 0.0135 0.5000 1.3
40 8jxd:B 156 74 0.2805 0.1474 0.3108 1.3
41 8jxj:A 570 72 0.3415 0.0491 0.3889 1.5 8jxj:B
42 2xrc:C 454 69 0.2927 0.0529 0.3478 2.9
43 2xrc:B 485 69 0.2927 0.0495 0.3478 3.1 5o32:D, 5o32:H, 2xrc:A, 2xrc:D
44 3gzc:A 403 22 0.1220 0.0248 0.4545 8.9 3gzc:B, 3gzd:A, 3gzd:B, 3gzd:C, 3gzd:D
45 2ixu:A 338 33 0.1463 0.0355 0.3636 9.1 2ixv:A, 2j8f:A, 2j8g:A, 1oba:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218