Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PFPWNKIRLPEYVIPVHYDLLIHANLTTLTFWGTTKVEITASQPTSTIILHSHHLQISRATLRKGLSEEPLQVLEHPRQE
QIALLAPEPLLVGLPYTVVIHYAGNLSETFHGFYKSTYRTKEGELRILASTQFEPTAARMAFPCFDEPAFKASFSIKIRR
EPRHLAISNMPLVKSVTVAEGLIEDHFDVTVKMSTYLVAFIISDFESVSKITKSGVKVSVYAVPDKINQADYALDAAVTL
LEFYEDYFSIPYPLPKQDLAAIPDFQSGAMENWGLTTYRESALLFDAEKSSASSKLGITMTVAHELAHQWFGNLVTMEWW
NDLWLNEGFAKFMEFVSVSVTHPELKVGDYFFGKCFDAMEVDALNSSHPVSTPVENPAQIREMFDDVSYDKGACILNMLR
EYLSADAFKSGIVQYLQKHSYKNTKNEDLWDSMASIGGGGVDVKTMMNTWTLQKGFPLITITVRGRNVHMKQEHYMKGDT
GYLWHVPLTFITSKSDMVHRFLLKTKTDVLILPEEVEWIKFNVGMNGYYIVHYEDDGWDSLTGLLKGTHTAVSSNDRASL
INNAFQLVSIGKLSIEKALDLSLYLKHETEIMPVFQGLNELIPMYKLMEKRDMNEVETQFKAFLIRLLRDLIDKQTWTDE
GSVSERMLRSQLLLLACVHNYQPCVQRAEGYFRKWKESNGNLSLPVDVTLAVFAVGAQSTEGWDFLYSKYQFSLSSTEKS
QIEFALCRTQNKEKLQWLLDESFKGDKIKTQEFPQILTLIGRNPVGYPLAWQFLRKNWNKLVQKFELGSSSIAHMVMGTT
NQFSTRTRLEEVKGFFSSLKENGSQLRCVQQTIETIEENIGWMDKNFDKIRVWLQSEKLER

The query sequence (length=861) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6rqx:A 862 866 0.9930 0.9919 0.9873 0.0 6m8p:A, 6m8p:B, 6m8p:C, 6m8p:D, 6m8p:E, 6m8p:F, 6m8p:G, 6m8p:H, 6m8p:I, 6m8p:J, 6m8p:K, 6m8p:L, 6m8p:M, 6m8p:N, 6m8p:O, 6m8p:P, 6m8p:Q, 6m8p:R, 6m8p:S, 6m8p:T, 6m8p:U, 6m8p:V, 3mdj:B, 6mgq:A, 6mgq:B, 6mgq:C, 6q4r:A, 3qnf:A, 3qnf:B, 3qnf:C, 6ryf:A, 6t6r:A, 2yd0:A, 7z28:A
2 3mdj:C 819 858 0.9431 0.9915 0.9464 0.0 3mdj:A
3 7nup:D 884 873 0.5366 0.5226 0.5292 0.0 5ab0:C, 5ab2:B, 4e36:A, 4e36:B, 6ea4:A, 6ea4:B, 5j6s:B, 4jbs:A, 4jbs:B, 7nsk:B, 7nup:C, 7p7p:B, 7pfs:B, 3se6:A, 3se6:B
4 7pfs:A 916 898 0.5401 0.5076 0.5178 0.0 5ab0:A, 5ab2:A, 5j6s:A, 5k1v:A, 7nsk:A, 7nup:A, 7nup:B, 7p7p:A, 7sh0:A
5 5k1v:B 849 862 0.5308 0.5383 0.5302 0.0 7sh0:B
6 5mj6:A 870 863 0.4808 0.4759 0.4797 0.0 5c97:A, 5c97:B, 8cgp:A, 8cgp:B, 8cgw:A, 8cgw:B, 5mj6:B, 8p0i:A, 8p0i:B, 4p8q:A, 4p8q:B, 4pj6:A, 4pj6:B, 6ydx:A, 6ydx:B, 4z7i:A, 4z7i:B, 7zyf:A, 7zyf:B
7 4kx7:A 875 874 0.3473 0.3417 0.3421 4.02e-171 4kx8:A, 4kx9:A, 4kxa:A, 4kxb:A, 4kxc:A, 4kxd:A
8 7u0l:A 904 909 0.3577 0.3407 0.3388 1.35e-160
9 5lhd:C 905 906 0.3600 0.3425 0.3422 1.57e-160 6atk:C, 6atk:A, 6atk:B, 4fyq:A, 4fyr:A, 4fys:A, 4fyt:A, 5lhd:D, 5lhd:A, 5lhd:B, 6u7e:A, 6u7e:B, 6u7f:A, 6u7f:B, 6u7g:A, 6u7g:B, 7vpq:A, 7vpq:C, 7vpq:E
10 7vpp:A 904 912 0.3542 0.3374 0.3344 8.39e-160 6buy:A, 6bv0:A, 6bv1:A, 6bv2:A, 6bv3:A, 6bv4:A, 4f5c:A, 4f5c:B, 4fke:A, 4fkh:A, 4fkk:A, 4hom:A, 5lds:D, 5lds:A, 5lds:B, 5lds:C, 5lg6:A, 5lg6:B, 4naq:A, 4nz8:A, 4ou3:A, 7vpp:C, 5z65:A
11 8sw0:A 864 878 0.3426 0.3414 0.3360 1.92e-140 8sw1:A
12 4wz9:B 887 772 0.2997 0.2909 0.3342 1.04e-120 4wz9:A
13 3q7j:A 780 563 0.2218 0.2449 0.3393 3.57e-93 3q7j:B, 1z1w:A, 1z5h:A, 1z5h:B
14 8t41:A 859 423 0.1545 0.1548 0.3144 1.36e-41
15 7v9o:A 860 347 0.1243 0.1244 0.3084 6.15e-39 7v9n:A, 7v9p:A, 7v9p:B, 7v9q:A
16 5dll:A 854 432 0.1359 0.1370 0.2708 6.87e-29
17 6oiu:C 900 362 0.1185 0.1133 0.2818 3.18e-27 6oiu:A, 6oiu:B, 6oiu:D
18 6sbq:A 891 419 0.1231 0.1190 0.2530 6.86e-23 6ea1:A, 6ea2:A, 6eaa:A, 6eab:A, 3ebg:A, 3ebh:A, 3ebi:A, 6ee3:A, 6ee4:A, 6ee6:A, 6eed:A, 8ewz:A, 8ex3:A, 8eyd:A, 8eye:A, 8eyf:A, 8ez2:A, 4j3b:A, 4k5l:A, 4k5m:A, 4k5n:A, 4k5o:A, 4k5p:A, 3q43:A, 3q44:A, 4r5t:A, 4r5v:A, 4r5x:A, 6sbr:A, 8slo:A, 8svl:A, 8t6h:A, 8t7p:A, 3t8v:A, 8t83:A, 4x2u:A, 5xm7:A, 5y19:A, 5y1h:A, 5y1k:A, 5y1q:A, 5y1r:A, 5y1s:A, 5y1t:A, 5y1v:A, 5y1w:A, 5y1x:A, 5y3i:A, 4zqt:A, 4zw3:A, 4zw5:A, 4zw6:A, 4zw7:A, 4zw8:A, 4zx3:A, 4zx4:A, 4zx5:A, 4zx6:A
19 4qpe:A 867 350 0.1034 0.1027 0.2543 2.11e-21 5dyf:A, 2gtq:A, 4pu2:A, 4pvb:A, 4pw4:A, 4qhp:A, 4qir:A, 4qme:A, 4quo:A
20 3b7r:L 610 352 0.1045 0.1475 0.2557 8.48e-20 5aen:A, 7auz:A, 7av0:A, 7av1:A, 7av2:A, 8ava:A, 8awh:A, 3b7s:A, 3b7t:A, 3b7u:X, 5bpp:A, 3cho:A, 3chp:A, 3chq:A, 3chr:A, 3chs:A, 4dpr:A, 6enb:A, 6enc:A, 6end:A, 3fh5:A, 3fh7:A, 3fh8:A, 3fhe:A, 3fts:A, 3ftu:A, 3ftv:A, 3ftw:A, 3ftx:A, 3fty:A, 3ftz:A, 3fu0:A, 3fu3:A, 3fu5:A, 3fu6:A, 3fud:A, 3fue:A, 3fuf:A, 3fuh:A, 3fui:A, 3fuj:A, 3fuk:A, 3ful:A, 3fum:A, 3fun:A, 5fwq:A, 1gw6:A, 1h19:A, 1hs6:A, 7kze:A, 7kze:B, 7kze:C, 4l2l:A, 7llq:A, 7llq:B, 7llq:C, 4mkt:A, 4ms6:A, 5n3w:A, 5ni2:A, 5ni4:A, 5ni4:B, 5ni4:C, 5ni6:A, 5nia:A, 5nid:A, 5nie:A, 5nie:B, 5nie:C, 6o5h:A, 6o5h:B, 6o5h:C, 8qow:A, 8qpn:A, 8qq4:A, 2r59:A, 4r7l:A, 4rsy:A, 4rvb:A, 8rx3:A, 8rx7:A, 8rx9:A, 1sqm:A, 8twx:A, 8twx:B, 8twx:C, 3u9w:A, 2vj8:A
21 4gaa:A 606 472 0.1173 0.1667 0.2140 1.04e-18 4gaa:B
22 4xo4:A 870 349 0.1034 0.1023 0.2550 1.61e-18 3b2p:A, 3b2x:A, 3b34:A, 3b37:A, 3b3b:A, 2dq6:A, 2dqm:A, 6g8b:A, 2hpo:A, 2hpt:A, 3ked:A, 5mfr:A, 5mfs:A, 5mft:A, 3puu:A, 4q4e:A, 4q4i:A, 3qjx:A, 4xmt:A, 4xmu:A, 4xmv:A, 4xmw:A, 4xmx:A, 4xmz:A, 4xn1:A, 4xn2:A, 4xn4:A, 4xn5:A, 4xn7:A, 4xn8:A, 4xn9:A, 4xna:A, 4xnb:A, 4xnd:A, 4xo3:A, 4xo5:A, 5yo1:A, 5yq1:A, 5yq2:A, 5yqb:A, 2zxg:A
23 2xpy:A 628 347 0.1022 0.1401 0.2536 3.90e-17 2xpz:A, 2xq0:A
24 6koz:A 436 360 0.1127 0.2225 0.2694 4.00e-16 6a8z:A, 6a8z:B, 6iff:A, 6iff:B, 6ifg:A, 6ifg:B, 6koy:A, 6koy:B, 6koz:B, 6kp0:A, 6kp0:B, 6kp1:A, 6kp1:B
25 5zi5:A 850 341 0.0918 0.0929 0.2317 1.09e-14 5zi5:B, 5zi7:A, 5zi7:B, 5zie:A, 5zie:B
26 6mzm:B 968 203 0.0465 0.0413 0.1970 0.002 7egd:B, 7egh:B, 5fur:I
27 7yym:A 1281 61 0.0232 0.0156 0.3279 2.9 4ngb:A, 4ngc:A, 4ngg:A, 4nh3:A, 4nh5:A, 4nh6:A, 7yyn:A, 7zpi:A, 7zpj:A, 7zpk:A
28 6r4v:C 294 64 0.0221 0.0646 0.2969 5.3 6g31:A, 6g31:B, 6g31:C, 6g31:D, 6g31:F, 6g31:G, 6g31:H, 6g31:I, 6g31:J, 6g31:K, 6g31:L, 2q80:A, 2q80:B, 2q80:C, 2q80:D, 2q80:E, 2q80:F, 6r4v:A, 6r4v:F, 6r4v:E, 6r4v:B, 6r4v:D
29 6c56:B 267 64 0.0221 0.0712 0.2969 5.6 6c57:B, 6g31:E
30 6aj6:A 413 41 0.0163 0.0339 0.3415 9.5 6aj6:C, 6aj8:A, 6aj8:B, 6aja:A, 6aja:B, 6aja:C, 6aja:D, 6ajb:A, 6ajb:B, 6ajb:C, 6ajb:D, 7e3n:A
31 5zqa:A 248 96 0.0290 0.1008 0.2604 9.6 5zqb:A, 5zqb:B, 5zqb:C, 5zqb:D, 5zqc:A, 5zqc:B, 5zqc:C, 5zqc:D, 5zqd:A, 5zqd:B, 5zqd:C, 5zqd:D, 5zqd:E, 5zqd:F, 5zqd:G, 5zqd:H, 5zqe:A, 5zqe:B, 5zqe:C, 5zqe:D, 5zqe:E, 5zqe:F, 5zqe:G, 5zqe:H

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218