Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PELPEVETVRRELEKRIVGQKIISIEATYPRMVLTGFEQLKKELTGKTIQGISRRGKYLIFEIGDDFRLISHLRMEGKYR
LATLDAPREKHDHLTMKFADGQLIYADVRKFGTWELISTDQVLPYFLKKKIGPEPTYEDFDEKLFREKLRKSTKKIKPYL
LEQTLVAGLGNIYVDEVLWLAKIHPEKETNQLIESSIHLLHDSIIEILQKAIKLGGSSIRTYSALGSTGKMQNELQVYGK
TGEKCSRCGAEIQKIKVAGRGTHFCPVCQQK

The query sequence (length=271) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4pd2:A 272 272 0.9963 0.9926 0.9926 0.0 3c58:A, 4cis:A, 4cis:B, 6fl1:A, 6h0s:A, 1kfv:A, 1kfv:B, 1nnj:A, 4pcz:A, 4pdg:A, 4pdi:A, 1pji:A, 1pjj:A, 1pm5:A, 6rnm:A, 6rno:A, 6rnr:A, 6ro2:A, 6rok:A, 6rp0:A, 6rp7:A, 1tdz:A, 1xc8:A, 2xzf:A, 2xzu:A
2 2f5q:A 273 274 0.4207 0.4176 0.4161 8.22e-69 2f5p:A, 2f5s:A, 4g4q:A, 3gpy:A, 3gq4:A, 3jr4:A, 3jr5:A, 1l1t:A, 1l1z:A, 1l2b:A, 1l2c:A, 1l2d:A, 1r2y:A, 1r2z:A
3 4g4n:A 253 273 0.3875 0.4150 0.3846 2.72e-58 2f5n:A, 2f5o:A, 4g4o:A, 4g4r:A, 3go8:A, 3gp1:A, 3gpp:A, 3gpu:A, 3gpx:A, 3gq3:A, 3gq5:A, 3sar:A, 3sas:A, 3sat:A, 3sau:A, 3sav:A, 3saw:A, 3sbj:A, 3u6c:A, 3u6d:A, 3u6e:A, 3u6l:A, 3u6m:A, 3u6o:A, 3u6p:A, 3u6q:A, 3u6s:A
4 1k82:A 260 271 0.3542 0.3692 0.3542 2.62e-52 1k82:B, 1k82:C, 1k82:D
5 1ee8:A 266 273 0.3542 0.3609 0.3516 1.39e-48 1ee8:B
6 6tc9:A 259 280 0.3506 0.3668 0.3393 7.45e-41 6tc6:A, 6tc6:C, 6tc9:C
7 3twm:A 261 274 0.3026 0.3142 0.2993 6.80e-25 3twm:B
8 8tjg:A 250 275 0.2768 0.3000 0.2727 2.67e-18
9 1q3b:A 259 280 0.2288 0.2394 0.2214 3.95e-18 2ea0:A, 6fbu:A, 1k3w:A, 1k3x:A, 2opf:A, 2oq4:A, 2oq4:B, 1q39:A, 1q3c:A
10 6lwg:G 205 149 0.1624 0.2146 0.2953 1.48e-08
11 3a46:A 288 209 0.2140 0.2014 0.2775 2.15e-08 3a46:B, 4nrw:A, 4nrw:B, 3vk7:A, 3vk7:B, 3vk8:A, 3vk8:B
12 6vji:A 255 291 0.2620 0.2784 0.2440 2.83e-08 8th9:A, 6vji:B
13 5itt:A 271 188 0.1808 0.1808 0.2606 7.18e-08 8ftj:A, 5itr:A, 5itr:B, 5itr:C, 5itt:B, 5itt:C, 5itu:A, 5itu:B, 5itu:C, 5itx:A, 5itx:B, 5itx:E, 5ity:A, 5ity:B, 5ity:C, 6lwa:A, 6lwa:D, 6lwb:A, 6lwb:D, 6lwc:A, 6lwc:D, 6lwd:A, 6lwd:D, 6lwf:A, 6lwf:D, 6lwg:A, 6lwg:D, 6lwh:A, 6lwh:D, 6lwi:A, 6lwi:D, 6lwj:A, 6lwj:D, 6lwk:A, 6lwk:D, 6lwl:A, 6lwl:D, 6lwm:A, 6lwm:D, 6lwn:A, 6lwn:D, 6lwo:A, 6lwo:D, 6lwp:A, 6lwp:D, 6lwq:A, 6lwq:D, 6lwr:A, 6lwr:E
14 6lwn:G 237 207 0.1956 0.2236 0.2560 1.39e-07 6lwa:G, 6lwb:G, 6lwd:G, 6lwh:G, 6lwi:G, 6lwj:G, 6lwk:G, 6lwl:G, 6lwm:G, 6lwo:G, 6lwp:G, 6lwq:G
15 4mb7:A 273 258 0.2214 0.2198 0.2326 3.32e-07
16 8b9n:A 239 113 0.1070 0.1213 0.2566 5.09e-04 8b9n:C
17 7z5a:A 264 113 0.1070 0.1098 0.2566 5.23e-04 3w0f:A
18 1ffy:A 917 44 0.0517 0.0153 0.3182 0.022 1qu2:A, 1qu3:A
19 2g8g:A 524 118 0.1107 0.0573 0.2542 0.039 7thr:A
20 3b7r:L 610 85 0.0849 0.0377 0.2706 0.75 5aen:A, 7auz:A, 7av0:A, 7av1:A, 7av2:A, 8ava:A, 8awh:A, 3b7s:A, 3b7t:A, 3b7u:X, 5bpp:A, 3cho:A, 3chp:A, 3chq:A, 3chr:A, 3chs:A, 4dpr:A, 6enb:A, 6enc:A, 6end:A, 3fh5:A, 3fh7:A, 3fh8:A, 3fhe:A, 3fts:A, 3ftu:A, 3ftv:A, 3ftw:A, 3ftx:A, 3fty:A, 3ftz:A, 3fu0:A, 3fu3:A, 3fu5:A, 3fu6:A, 3fud:A, 3fue:A, 3fuf:A, 3fuh:A, 3fui:A, 3fuj:A, 3fuk:A, 3ful:A, 3fum:A, 3fun:A, 5fwq:A, 1gw6:A, 1h19:A, 1hs6:A, 7kze:A, 7kze:B, 7kze:C, 4l2l:A, 7llq:A, 7llq:B, 7llq:C, 4mkt:A, 4ms6:A, 5n3w:A, 5ni2:A, 5ni4:A, 5ni4:B, 5ni4:C, 5ni6:A, 5nia:A, 5nid:A, 5nie:A, 5nie:B, 5nie:C, 6o5h:A, 6o5h:B, 6o5h:C, 8qow:A, 8qpn:A, 8qq4:A, 2r59:A, 4r7l:A, 4rsy:A, 4rvb:A, 8rx3:A, 8rx7:A, 8rx9:A, 1sqm:A, 8twx:A, 8twx:B, 8twx:C, 3u9w:A, 2vj8:A
21 6bye:A 861 81 0.0923 0.0290 0.3086 2.8 6bye:B, 6byg:A, 6byg:B, 6byi:A, 6byi:B
22 5cvi:B 215 44 0.0517 0.0651 0.3182 3.3 5cvi:A
23 7ywf:B 152 95 0.0775 0.1382 0.2211 5.9 7ywf:A, 7ywf:C
24 4cjx:A 297 29 0.0406 0.0370 0.3793 6.0 4cjx:B
25 5hss:A 366 45 0.0554 0.0410 0.3333 7.2 5g1u:A, 5g1u:B, 5g1u:C, 5g1u:D, 5g1u:E, 5g1w:A, 5g1w:B, 5hss:B, 5hss:E, 5hss:C, 5hss:D, 6tfn:A, 6tfn:D, 6tfn:F, 6tfn:G, 6tfn:H, 6tfn:I, 6tfn:J
26 4a2r:A 247 110 0.1033 0.1134 0.2545 8.2 5an7:A, 4pa8:A, 8xyn:A, 8xyn:B
27 8fnc:5 297 43 0.0590 0.0539 0.3721 9.3 8fn6:5, 8fnf:5, 8fni:5, 8fnk:5

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218