Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PEGPELHLASQFVNEACRALVFGGCVEKSSVSRNPEVPFESSAYRISASARGKELRLILSPLPGAQPQQEPLALVFRFGM
SGSFQLVPREELPRHAHLRFYTAPPGPRLALCFVDIRRFGRWDLGGKWQPGRGPCVLQEYQQFRENVLRNLADKAFDRPI
CEALLDQRFFNGIGNYLRAEILYRLKIPPFEKARSVLEALQQNPDLLELCHSVPKEVVQLGGRGYGSESPEEDFAAFRAW
LRCYGMPGMSSLQDRHGRTIWFQGDPGPLAP

The query sequence (length=271) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5itt:A 271 271 0.9926 0.9926 0.9926 0.0 8ftj:A, 5itr:A, 5itr:B, 5itr:C, 5itt:B, 5itt:C, 5itu:A, 5itu:B, 5itu:C, 5itx:A, 5itx:B, 5itx:E, 5ity:A, 5ity:B, 5ity:C, 6lwa:A, 6lwa:D, 6lwb:A, 6lwb:D, 6lwc:A, 6lwc:D, 6lwd:A, 6lwd:D, 6lwf:A, 6lwf:D, 6lwg:A, 6lwg:D, 6lwh:A, 6lwh:D, 6lwi:A, 6lwi:D, 6lwj:A, 6lwj:D, 6lwk:A, 6lwk:D, 6lwl:A, 6lwl:D, 6lwm:A, 6lwm:D, 6lwn:A, 6lwn:D, 6lwo:A, 6lwo:D, 6lwp:A, 6lwp:D, 6lwq:A, 6lwq:D, 6lwr:A, 6lwr:E
2 6lwn:G 237 270 0.8745 1.0000 0.8778 2.16e-160 6lwa:G, 6lwb:G, 6lwd:G, 6lwh:G, 6lwi:G, 6lwj:G, 6lwk:G, 6lwl:G, 6lwm:G, 6lwo:G, 6lwp:G, 6lwq:G
3 6lwg:G 205 269 0.7491 0.9902 0.7546 8.44e-125
4 1ee8:A 266 267 0.2952 0.3008 0.2996 5.97e-10 1ee8:B
5 3twm:A 261 236 0.2435 0.2529 0.2797 1.88e-08 3twm:B
6 4pd2:A 272 190 0.1882 0.1875 0.2684 1.60e-07 3c58:A, 4cis:A, 4cis:B, 6fl1:A, 6h0s:A, 1kfv:A, 1kfv:B, 1nnj:A, 4pcz:A, 4pdg:A, 4pdi:A, 1pji:A, 1pjj:A, 1pm5:A, 6rnm:A, 6rno:A, 6rnr:A, 6ro2:A, 6rok:A, 6rp0:A, 6rp7:A, 1tdz:A, 1xc8:A, 2xzf:A, 2xzu:A
7 6vji:A 255 127 0.1513 0.1608 0.3228 3.53e-05 8th9:A, 6vji:B
8 4mb7:A 273 96 0.1107 0.1099 0.3125 1.59e-04
9 3a46:A 288 119 0.1365 0.1285 0.3109 2.90e-04 3a46:B, 4nrw:A, 4nrw:B, 3vk7:A, 3vk7:B, 3vk8:A, 3vk8:B
10 8tjg:A 250 59 0.0812 0.0880 0.3729 0.002
11 1k82:A 260 131 0.1476 0.1538 0.3053 0.003 1k82:B, 1k82:C, 1k82:D
12 1q3b:A 259 48 0.0701 0.0734 0.3958 0.003 2ea0:A, 6fbu:A, 1k3w:A, 1k3x:A, 2opf:A, 2oq4:A, 2oq4:B, 1q39:A, 1q3c:A
13 7z5a:A 264 125 0.1255 0.1288 0.2720 0.006 3w0f:A
14 8b9n:A 239 40 0.0590 0.0669 0.4000 0.017 8b9n:C
15 2f5q:A 273 186 0.1697 0.1685 0.2473 0.30 2f5p:A, 2f5s:A, 4g4q:A, 3gpy:A, 3gq4:A, 3jr4:A, 3jr5:A, 1l1t:A, 1l1z:A, 1l2b:A, 1l2c:A, 1l2d:A, 1r2y:A, 1r2z:A
16 6tc9:A 259 69 0.0738 0.0772 0.2899 1.0 6tc6:A, 6tc6:C, 6tc9:C
17 2rca:A 282 74 0.0923 0.0887 0.3378 2.9 2rca:B, 2rcb:A, 2rcb:B
18 6q2p:B 293 44 0.0554 0.0512 0.3409 3.3 6q2p:A, 6q2q:A, 6q2q:B, 5vsl:A, 5vsl:B, 5vsm:A, 5vsm:B
19 8k1o:B 215 45 0.0554 0.0698 0.3333 3.5 8k1o:C, 8k1p:B, 8k1p:C
20 4g4n:A 253 105 0.1070 0.1146 0.2762 8.3 2f5n:A, 2f5o:A, 4g4o:A, 4g4r:A, 3go8:A, 3gp1:A, 3gpp:A, 3gpu:A, 3gpx:A, 3gq3:A, 3gq5:A, 3sar:A, 3sas:A, 3sat:A, 3sau:A, 3sav:A, 3saw:A, 3sbj:A, 3u6c:A, 3u6d:A, 3u6e:A, 3u6l:A, 3u6m:A, 3u6o:A, 3u6p:A, 3u6q:A, 3u6s:A
21 6eri:BD 199 34 0.0517 0.0704 0.4118 8.9 5mmj:d, 5mmm:d, 4v61:AD, 5x8p:d, 5x8r:d
22 3way:A 787 83 0.0886 0.0305 0.2892 9.8 8c3o:B, 8c3p:A, 8c3p:B, 8c4w:A, 8c7r:A, 5dlv:A, 5dlv:B, 5dlw:A, 5inh:A, 5l0b:A, 5l0b:B, 5l0e:A, 5l0e:B, 5l0k:A, 5l0k:B, 6leh:A, 5lqq:A, 5m0d:A, 5m0e:A, 5m0m:A, 5m0s:A, 7mfh:A, 5mhp:A, 3nkn:A, 3nko:A, 3nkq:A, 3nkr:A, 5ohi:A, 5olb:A, 7p0k:AAA, 7p4j:A, 7p4o:A, 3waw:A, 6y5m:A, 4zg7:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218