Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
PDMDTSFVGLTGGQIFNEMMSRQNVDTVFGYPGGAILPVYDAIHNSDKFNFVLPKHEQGAGHMAEGYARASGKPGVVLVT
SGPGATNVVTPMADAFADGIPMVVFTGQVPTSAIGTDAFQEADVVGISRSCTKWNVMVKSVEELPLRINEAFEIATSGRP
GPVLVDLPKDVTAAILRNPIPTKTTLPSSRAQDEFVMQSINKAADLINLAKKPVLYVGAGILNHADGPRLLKELSDRAQI
PVTTTLQGLGSFDQEDPKSLDMLGMHGCATANLAVQNADLIIAVGARFDDRVTGNISKFAPEARRAAAEGRGGIIHFEVS
PKNINKVVQTQIAVEGDATTNLGKMMSKIFPVKERSEWFAQINKWKKEYPYAYMEETPGSKIKPQTVIKKLSKVANDTGR
HVIVTTGVGQHQMWAAQHWTWRNPHTFITSGGLGTMGYGLPAAIGAQVAKPESLVIDIDGDASFNMTLTELSSAVQAGTP
VKILILNNEEQGMVTQWQSLFYEHRYSHTHQLNPDFIKLAEAMGLKGLRVKKQEELDAKLKEFVSTKGPVLLEVEVDKKV
PVLPMVAGGSGLDEFINFDPEVERQQTELRHKRTGGKH

The query sequence (length=598) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 6u9d:B 607 605 1.0000 0.9852 0.9884 0.0 6bd3:A, 6bd3:B, 6bd9:A, 6bd9:B, 5fem:A, 5fem:B, 5ims:A, 5ims:B, 1jsc:A, 1jsc:B, 1n0h:A, 1n0h:B, 1t9a:A, 1t9a:B, 1t9b:B, 1t9c:A, 1t9c:B, 1t9d:A, 1t9d:D, 6u9d:A, 6u9d:E, 6u9d:F, 6u9d:I, 6u9d:J, 6u9d:M, 6u9d:N, 6u9d:Q, 6u9d:U, 6u9d:V, 5wkc:A, 5wkc:D, 5wkc:B, 5wkc:E
2 1t9b:A 583 596 0.9749 1.0000 0.9782 0.0 1t9d:B, 1t9d:C
3 6deq:A 601 596 0.7408 0.7371 0.7433 0.0 6dek:A, 6del:A, 6dem:A, 6den:A, 6deo:A, 6dep:A, 6der:A, 6des:A
4 7egv:A 590 597 0.6605 0.6695 0.6616 0.0 7egv:B, 7ehe:A, 7ehe:B
5 6u9d:R 416 562 0.6890 0.9904 0.7331 0.0
6 6wo1:A 551 575 0.5686 0.6171 0.5913 0.0
7 5k2o:A 585 583 0.4214 0.4308 0.4322 7.04e-154 3e9y:A, 3ea4:A, 8et4:A, 8et5:A, 5k3s:A, 5k6q:A, 5k6r:A, 5k6t:A, 7stq:A, 7tzz:A, 7u1d:A, 7u1u:A, 7u25:A, 6u9h:A, 6u9h:B, 6u9h:H, 6u9h:I, 6u9h:L, 6u9h:M, 6u9h:P, 6u9h:Q, 6vz8:E, 6vz8:I, 6vz8:M, 6vz8:Q, 5wj1:A, 1ybh:A, 1yhy:A, 1yhz:A, 1yi0:A, 1yi1:A, 1z8n:A
8 6lpi:B 539 568 0.3896 0.4323 0.4102 1.60e-147 6lpi:A, 6lpi:C, 6lpi:D
9 6vz8:D 531 557 0.3997 0.4501 0.4291 4.01e-143 6vz8:H, 6vz8:L, 6vz8:P
10 8i01:A 594 593 0.3110 0.3131 0.3137 5.37e-82 8beo:A, 8beo:B, 8beo:C, 8beo:E, 8beo:D, 8beo:F, 8i01:B, 8i01:C, 8i01:E, 8i01:D, 8i01:F, 8i05:A, 8i05:B, 8i05:C, 8i05:E, 8i05:D, 8i05:F, 8i07:A, 8i07:B, 8i07:C, 8i07:E, 8i07:D, 8i07:F, 8i08:A, 8i08:B, 8i08:C, 8i08:E, 8i08:D, 8i08:F, 2pan:A, 2pan:B, 2pan:C, 2pan:D, 2pan:E, 2pan:F
11 5ahk:A 555 572 0.2910 0.3135 0.3042 1.32e-71 5ahk:B
12 4rji:C 555 555 0.2659 0.2865 0.2865 8.09e-62 4rji:A, 4rji:B, 4rji:D, 4rjj:A, 4rjj:B, 4rjj:C, 4rjj:D, 4rjj:E, 4rjj:F, 4rjj:G, 4rjj:H, 4rjk:A, 4rjk:B, 4rjk:C, 4rjk:D, 4rjk:E, 4rjk:F, 4rjk:G, 4rjk:H
13 8rph:D 608 565 0.2542 0.2500 0.2690 1.50e-58 8rph:A, 8rph:B, 8rph:C, 8rph:E, 8rpi:A, 8rpi:B, 8rpi:C, 8rpi:D, 8rpi:E, 8rpi:F, 8rpj:A, 8rpj:B, 8rpj:C, 8rpj:E, 8rpj:D, 8rpj:F
14 5dx6:B 557 553 0.2592 0.2783 0.2803 1.65e-52 5d6r:B, 5d6r:M, 5dx6:A, 1ozf:A, 1ozf:B, 1ozg:A, 1ozg:B, 1ozh:A, 1ozh:B, 1ozh:C, 1ozh:D, 5wdg:A, 5wdg:B
15 3ey9:A 571 549 0.2408 0.2522 0.2623 3.63e-48 3ey9:B, 3eya:A, 3eya:B, 3eya:C, 3eya:D, 3eya:E, 3eya:F, 3eya:G, 3eya:H, 3eya:I, 3eya:J, 3eya:K, 3eya:L
16 2dji:A 590 567 0.2341 0.2373 0.2469 8.96e-45 1v5e:A, 1v5f:A, 1v5g:A
17 4fee:A 586 551 0.2341 0.2389 0.2541 3.73e-44 2ez4:A, 2ez4:B, 2ez8:A, 2ez8:B, 2ez9:A, 2ez9:B, 2ezt:A, 2ezt:B, 2ezu:A, 2ezu:B, 4fee:B, 4feg:A, 4feg:B, 6haf:A, 6haf:B, 4kgd:A, 4kgd:B, 1pow:A, 1pow:B, 1pox:A, 1pox:B, 1y9d:B
18 6a50:A 527 549 0.2458 0.2789 0.2678 5.86e-42 6a50:B, 1bfd:A, 5dei:A, 5dei:C, 5dei:D, 5dei:B, 5dgd:A, 5dgt:A, 3f6b:X, 3f6e:X, 2fn3:A, 3fsj:X, 2fwn:A, 3fzn:A, 3fzn:B, 3fzn:D, 3fzn:C, 4gg1:A, 4gm0:A, 4gm1:A, 4gm4:A, 4gp9:A, 4gpe:A, 4jd5:A, 4ju8:A, 4ju9:A, 4jua:A, 4jub:A, 4jub:D, 4jub:B, 4jub:C, 4juc:A, 4juc:C, 4juc:B, 4juc:D, 4jud:X, 4juf:A, 4juf:C, 4juf:B, 4juf:D, 4k9k:A, 4k9l:A, 4k9m:A, 4k9n:A, 4k9n:C, 4k9n:B, 4k9n:D, 4k9o:A, 4k9o:C, 4k9o:B, 4k9o:D, 4k9p:A, 4k9p:C, 4k9p:B, 4k9p:D, 6m2y:A, 6m2z:A, 1mcz:A, 1mcz:B, 1mcz:C, 1mcz:D, 1mcz:E, 1mcz:F, 1mcz:G, 1mcz:H, 1mcz:I, 1mcz:J, 1mcz:K, 1mcz:L, 1mcz:M, 1mcz:N, 1mcz:O, 1mcz:P, 4mpj:A, 4mpp:A, 4mpr:A, 4mq5:A, 4mzx:A, 1pi3:A, 1po7:A, 1q6z:A, 4qel:A, 2v3w:A, 2v3w:C, 2v3w:B, 2v3w:D, 1yno:A
19 6xn8:A 540 568 0.2475 0.2741 0.2606 6.93e-41 6xn8:B
20 1y9d:D 560 546 0.2224 0.2375 0.2436 3.05e-40 1y9d:A, 1y9d:C
21 8rph:F 520 562 0.2425 0.2788 0.2580 3.59e-38
22 7orx:CCC 531 557 0.2408 0.2712 0.2585 1.86e-36 7orx:AAA, 7orx:BBB, 7orx:DDD
23 4d5e:B 587 589 0.2408 0.2453 0.2445 5.29e-36 4d5e:A, 4d5g:A, 4d5g:B, 2pgn:A, 2pgn:B, 2pgo:A, 2pgo:B
24 6qsi:A 525 554 0.2391 0.2724 0.2581 2.64e-34 6qsi:B
25 4qq8:C 569 574 0.2508 0.2636 0.2613 3.66e-34 2ag0:A, 2ag0:B, 2ag0:C, 2ag0:D, 2ag1:A, 2ag1:B, 2ag1:C, 2ag1:D, 3d7k:A, 3d7k:B, 3iae:A, 3iae:B, 3iaf:A, 3iaf:B, 3iaf:C, 3iaf:D, 4qpz:A, 4qpz:B, 4qpz:C, 4qpz:D, 4qpz:E, 4qpz:F, 4qpz:G, 4qpz:H, 4qq8:A, 4qq8:B, 4qq8:D, 2uz1:A, 2uz1:B, 2uz1:C, 2uz1:D
26 7pt4:B 584 563 0.2308 0.2363 0.2451 1.34e-33 7pt1:A, 7pt1:B, 7pt2:A, 7pt2:B, 7pt3:A, 7pt3:B, 7pt4:A
27 2ihv:A 563 539 0.2441 0.2593 0.2709 1.57e-33 2iht:A, 2iht:B, 2iht:C, 2iht:D, 2ihu:A, 2ihu:B, 2ihu:C, 2ihu:D, 2ihv:B, 2ihv:C, 2ihv:D, 1upa:A, 1upa:B, 1upa:C, 1upa:D, 1upb:A, 1upb:B, 1upb:C, 1upb:D, 1upc:A, 1upc:B, 1upc:C, 1upc:D, 1upc:E, 1upc:F
28 2q28:A 550 579 0.2341 0.2545 0.2418 3.19e-31 2q27:A, 2q27:B, 2q28:B, 2q29:A, 2q29:B
29 9ev3:A 577 560 0.2224 0.2305 0.2375 4.73e-30 9ev5:A, 9ev5:B, 9ev5:C, 9ev5:D, 9ev6:A, 9ev6:B, 9ev6:C, 9ev6:D
30 2ji6:A 559 575 0.2375 0.2540 0.2470 5.48e-29 2c31:A, 2c31:B, 2ji6:B, 2ji7:A, 2ji7:B, 2ji8:A, 2ji8:B, 2ji9:A, 2ji9:B, 2jib:A, 2jib:B
31 9ev4:A 553 560 0.2140 0.2315 0.2286 2.21e-25
32 7b2e:A 548 565 0.2040 0.2226 0.2159 2.77e-25 7ayg:A, 7ayg:B, 7ayg:C, 7ayg:D, 7ayg:E, 7ayg:F, 7ayg:G, 7ayg:H, 7b2e:B, 7b2e:C, 7b2e:D, 7b2e:E, 7b2e:F, 7b2e:G, 7b2e:H
33 2vbf:B 546 490 0.1873 0.2051 0.2286 3.50e-22 2vbf:A, 2vbg:A, 2vbg:B
34 6vgs:BBB 543 491 0.1973 0.2173 0.2403 2.55e-21 6vgs:AAA, 6vgs:CCC, 6vgs:DDD
35 2q5l:A 538 545 0.2023 0.2249 0.2220 3.02e-21 2nxw:A, 2nxw:B, 2q5j:A, 2q5j:B, 2q5l:B, 2q5o:A, 2q5o:B, 2q5q:A, 2q5q:B
36 4q9d:B 519 566 0.2157 0.2486 0.2279 5.55e-21 4q9d:A
37 4k9q:A 531 572 0.2140 0.2411 0.2238 3.65e-20 4k9q:B
38 2vk1:A 562 506 0.2124 0.2260 0.2510 2.75e-18 1pvd:A, 1pvd:B, 1pyd:A, 1pyd:B, 1qpb:A, 1qpb:B, 2vk1:B, 2vk1:C, 2vk1:D, 2vk8:A, 2vk8:B, 2vk8:C, 2vk8:D, 2w93:A, 2w93:B, 2w93:C, 2w93:D
39 6efg:D 537 494 0.2007 0.2235 0.2429 6.79e-18 6efg:A, 6efg:B
40 2vjy:A 562 500 0.2023 0.2153 0.2420 8.57e-18 6efg:E, 6efh:A, 6efh:B, 2vjy:B, 2vjy:C, 2vjy:D, 2vk4:A, 2vk4:B, 2vk4:C, 2vk4:D
41 8hp4:A 540 501 0.2023 0.2241 0.2415 7.90e-17 8hp4:B
42 1ovm:A 535 571 0.2224 0.2486 0.2329 9.20e-17 1ovm:B, 1ovm:C, 1ovm:D
43 5npu:A 547 295 0.1187 0.1298 0.2407 1.71e-12 5npu:B, 5npu:C, 5npu:D
44 5npu:A 547 131 0.0635 0.0695 0.2901 2.16e-06 5npu:B, 5npu:C, 5npu:D
45 5tma:A 567 531 0.1973 0.2081 0.2222 1.94e-08 3oe1:A, 3oe1:B, 3oe1:C, 3oe1:D, 5tma:B, 2wva:A, 2wva:B, 2wva:E, 2wva:F, 2wva:V, 2wva:Z, 2wva:X, 2wva:Y, 2wvg:A, 2wvg:B, 2wvg:E, 2wvg:F, 1zpd:A, 1zpd:B, 1zpd:E, 1zpd:F, 4zp1:A, 4zp1:B, 4zp1:C, 4zp1:D
46 4cok:B 549 132 0.0635 0.0692 0.2879 1.34e-07 4cok:A
47 2vbi:A 554 250 0.0870 0.0939 0.2080 4.10e-07 2vbi:B, 2vbi:C, 2vbi:D, 2vbi:E, 2vbi:F, 2vbi:G, 2vbi:H
48 2vbi:A 554 133 0.0619 0.0668 0.2782 2.75e-06 2vbi:B, 2vbi:C, 2vbi:D, 2vbi:E, 2vbi:F, 2vbi:G, 2vbi:H
49 5euj:E 556 256 0.1087 0.1169 0.2539 1.04e-06 5euj:A, 5euj:B, 5euj:C, 5euj:D, 5euj:F, 5euj:G, 5euj:H, 5euj:I, 5euj:J, 5euj:K, 5euj:L, 5euj:M, 5euj:N, 5euj:O, 5euj:P, 5euj:Q, 5euj:R, 5euj:S, 5euj:T, 5euj:U, 5euj:V, 5euj:W, 5euj:X
50 5euj:E 556 141 0.0635 0.0683 0.2695 1.33e-06 5euj:A, 5euj:B, 5euj:C, 5euj:D, 5euj:F, 5euj:G, 5euj:H, 5euj:I, 5euj:J, 5euj:K, 5euj:L, 5euj:M, 5euj:N, 5euj:O, 5euj:P, 5euj:Q, 5euj:R, 5euj:S, 5euj:T, 5euj:U, 5euj:V, 5euj:W, 5euj:X
51 5ej4:A 556 118 0.0535 0.0576 0.2712 2.08e-05 5ej4:B, 5ej4:C, 5ej4:D, 5ej4:E, 5ej4:F, 5ej4:G, 5ej4:H, 5ej5:A, 5ej5:B, 5ej5:C, 5ej5:D, 5ej5:E, 5ej5:F, 5ej5:G, 5ej5:H, 5ej6:A, 5ej6:B, 5ej6:C, 5ej6:D, 5ej6:E, 5ej6:F, 5ej6:G, 5ej6:H, 5ej7:A, 5ej7:B, 5ej7:C, 5ej7:D, 5ej7:E, 5ej7:F, 5ej7:G, 5ej7:H, 5ej8:A, 5ej8:B, 5ej8:C, 5ej8:D, 5ej8:E, 5ej8:F, 5ej8:G, 5ej8:H, 5ej9:A, 5ej9:B, 5ej9:C, 5ej9:D, 5ej9:E, 5ej9:F, 5ej9:G, 5ej9:H, 5eja:A, 5eja:B, 5eja:C, 5eja:D, 5eja:E, 5eja:F, 5eja:G, 5eja:H, 5ejm:A, 5ejm:B, 5ejm:C, 5ejm:D, 5ejm:E, 5ejm:F, 5ejm:G, 5ejm:H, 3hww:A, 3hwx:A, 3hwx:B, 3hwx:I, 3hwx:J, 3hwx:R, 3hwx:S, 3hwx:Z, 3hwx:1, 2jla:A, 2jla:B, 2jla:C, 2jla:D, 2jlc:A, 2jlc:B, 5z2p:A, 5z2p:B, 5z2p:C, 5z2p:D, 5z2p:E, 5z2p:G, 5z2p:F, 5z2p:H, 5z2r:A, 5z2r:B, 5z2r:C, 5z2r:D, 5z2r:E, 5z2r:F, 5z2r:G, 5z2r:H, 5z2u:A, 5z2u:H, 5z2u:B, 5z2u:G, 5z2u:C, 5z2u:D, 5z2u:E, 5z2u:F
52 6o0g:B 530 198 0.0803 0.0906 0.2424 2.61e-05 5eso:A, 6o0n:C, 6o0n:D
53 5ess:A 551 197 0.0769 0.0835 0.2335 3.65e-05 5esd:A, 5esd:B, 5esd:C, 5esd:D, 5eso:D, 5eso:B, 5eso:C, 5ess:B, 5ess:C, 5ess:D, 5esu:A, 5esu:B, 5esu:C, 5esu:D, 6o04:A, 6o04:D, 6o04:B, 6o04:C, 6o0g:A, 6o0g:D, 6o0g:C, 6o0j:A, 6o0j:D, 6o0j:B, 6o0j:C, 6o0n:A, 6o0n:B
54 3hww:D 532 109 0.0552 0.0620 0.3028 1.70e-04
55 2x7j:A 579 54 0.0301 0.0311 0.3333 0.010 2x7j:B, 2x7j:C, 2x7j:D
56 2x7j:A 579 45 0.0268 0.0276 0.3556 6.9 2x7j:B, 2x7j:C, 2x7j:D
57 7tin:B 556 119 0.0485 0.0522 0.2437 0.011 7tin:A, 7tin:C, 7tin:D
58 3l7y:A 266 214 0.0836 0.1880 0.2336 2.6
59 8b80:A 474 30 0.0184 0.0232 0.3667 3.6 8b81:A, 8b81:B, 5okb:B, 5okb:C, 5okb:D, 5oke:C, 5oke:D, 5oke:A, 5oke:B, 5okg:C, 5okg:D, 5okg:A, 5okg:B, 5okk:A, 5okk:B, 5okq:A, 5okq:B, 5okr:A, 5okr:B, 5oks:A, 5oks:B, 4zen:A, 4zen:B, 4zep:A, 4zep:B, 4zfm:D, 4zfm:A, 4zfm:B, 4zfm:C
60 3i01:A 673 101 0.0452 0.0401 0.2673 7.4 3i01:B, 3i01:C, 3i01:D, 3i04:A, 3i04:B, 3i04:C, 3i04:D, 1mjg:A, 1mjg:B, 1mjg:C, 1mjg:D, 1oao:A, 1oao:B, 6x5k:A, 6x5k:B, 6x5k:C, 6x5k:D, 2z8y:A, 2z8y:B, 2z8y:C, 2z8y:D
61 3dc2:A 526 64 0.0334 0.0380 0.3125 8.6 3dc2:B, 3ddn:B

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218