Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
PDGTREFLTFEVPLNDSAGLGVSVKGNRSKEADLGIFVKSIINGGAASKDGRLRVNDQLIAVNGESLLGKANQEAMETLR
RSMSTERGMIQLIVARRIS

The query sequence (length=99) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 2koh:A 111 106 0.9899 0.8829 0.9245 9.68e-60 9imp:A, 9imp:B, 9imp:C, 9imp:D, 9imp:E, 9imp:F, 6jue:L, 2k20:A
2 2exg:A 101 81 0.3333 0.3267 0.4074 3.36e-13 2ain:A, 7qcr:B, 7qcr:A
3 4xhv:A 94 78 0.3232 0.3404 0.4103 5.85e-12
4 2m0z:A 97 76 0.3333 0.3402 0.4342 1.69e-10 1d5g:A, 3lny:A, 2m10:A, 1vj6:A, 7xty:A, 7xty:B
5 8cn1:H 101 84 0.3333 0.3267 0.3929 2.22e-10 8cn1:C, 8cn1:G, 8cn1:J, 8cn1:L, 8cn1:F, 8cn1:K, 8cn1:I, 3rl7:B
6 4wyu:A 201 87 0.3434 0.1692 0.3908 3.12e-10 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
7 4wyu:A 201 70 0.2222 0.1095 0.3143 1.90e-04 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
8 2kaw:A 90 77 0.2929 0.3222 0.3766 6.08e-10 6lcb:A, 2mx6:A
9 8c1t:A 90 76 0.2828 0.3111 0.3684 2.47e-09 8c1t:D, 8c1t:B, 8c1t:C
10 2ka9:A 189 84 0.3333 0.1746 0.3929 2.64e-09 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
11 2ka9:A 189 68 0.2727 0.1429 0.3971 9.29e-09 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
12 8bq8:C 93 84 0.3232 0.3441 0.3810 2.82e-09 8bq8:A, 8bq8:B
13 1l6o:A 95 77 0.2828 0.2947 0.3636 4.67e-09 2f0a:B, 2f0a:D, 1l6o:B, 1l6o:C, 6zbq:B, 6zbz:A, 6zbz:B, 6zbz:C, 6zbz:D, 6zc3:A, 6zc3:B, 6zc4:B, 6zc6:A, 6zc7:A, 6zc7:B, 6zc8:A, 6zc8:B
14 7pc3:A 405 67 0.2828 0.0691 0.4179 5.20e-09 2awu:B, 2aww:A, 2awx:B, 8cn3:A, 8cn3:B, 2g2l:A, 2g2l:B, 4g69:A, 2i0l:A, 2i0l:B, 2m3m:A, 4oaj:A, 2oqs:A, 3rl8:B
15 5zys:A 90 73 0.2525 0.2778 0.3425 1.09e-08
16 8b82:A 108 79 0.3131 0.2870 0.3924 2.31e-08 8b82:B, 8b87:A, 8b87:B, 8bia:A, 8cd3:B, 6ms1:A, 6ms1:B, 6mtu:B, 6mtu:A, 6mtv:A, 6mtv:B, 6mye:A, 7qrs:B, 7qrs:A, 7qs9:A, 7qs9:B, 7qto:A, 7qto:B, 7qtp:A, 5vwk:D, 5vwk:C, 5vwk:B, 5vwk:A, 6xa8:B, 6xa8:A
17 2pdz:A 86 67 0.2525 0.2907 0.3731 5.67e-08
18 3jxt:A 96 68 0.2626 0.2708 0.3824 3.00e-07 3jxt:B
19 7p73:A 420 81 0.2727 0.0643 0.3333 9.05e-07 8ael:A, 7p74:A, 7pc9:A, 7pc9:B, 7r2m:A, 7r2m:D, 7r2t:A
20 7weg:B 96 76 0.2626 0.2708 0.3421 1.38e-06 7weg:A
21 6xa7:B 96 71 0.2424 0.2500 0.3380 2.44e-06 7qrt:A, 7qrt:B, 6xa7:A, 6xa7:C, 6xa7:D
22 5heb:A 119 69 0.2525 0.2101 0.3623 2.88e-06 1be9:A, 5d13:B, 5d13:A, 5d13:C, 5d13:D, 5hed:A, 5hey:A, 5hf1:A, 5hfb:A, 5hfc:A, 5hfe:A, 5hff:A, 1tp3:A, 1tp5:A
23 3vqg:A 85 92 0.2929 0.3412 0.3152 4.06e-06
24 7p70:A 407 64 0.2424 0.0590 0.3750 4.82e-06 7pc4:A, 7qql:A
25 6zbq:A 89 77 0.2727 0.3034 0.3506 5.99e-06 6zc4:A
26 8bv7:A 95 52 0.1919 0.2000 0.3654 1.46e-05 8buw:A, 8buw:B
27 1n7f:A 86 79 0.2424 0.2791 0.3038 1.57e-05 1n7f:B
28 7pc5:A 405 76 0.2525 0.0617 0.3289 2.00e-05
29 7qct:A 90 33 0.1515 0.1667 0.4545 2.31e-05 7qct:B
30 1zub:A 109 86 0.2626 0.2385 0.3023 2.72e-05
31 4xh7:A 110 68 0.1919 0.1727 0.2794 4.21e-05
32 1n7t:A 103 79 0.2626 0.2524 0.3291 7.62e-05 7lul:A, 1mfg:A, 1mfl:A, 6q0m:A, 6q0n:A, 6q0n:B, 6q0u:A, 6q0u:B, 6ubh:A, 6ubh:B, 6ubh:C, 6ubh:D
33 6kz1:A 97 79 0.2525 0.2577 0.3165 1.90e-04 6y38:A, 6y38:B, 6y9n:A, 6y9o:A, 6y9p:A, 6y9p:B, 6y9p:I, 6y9p:E, 6y9p:G, 6y9p:K, 6y9q:B
34 1b8q:A 127 62 0.2222 0.1732 0.3548 2.30e-04
35 1u38:A 89 34 0.1313 0.1461 0.3824 2.47e-04
36 1rzx:A 98 49 0.1818 0.1837 0.3673 3.24e-04 5i7z:A, 1x8s:A
37 5oak:A 90 56 0.1919 0.2111 0.3393 4.18e-04 5oak:C
38 7qqm:A 413 96 0.2727 0.0654 0.2812 4.39e-04
39 2ejy:A 85 75 0.2020 0.2353 0.2667 4.83e-04
40 2qt5:A 194 83 0.2424 0.1237 0.2892 5.26e-04 2qt5:B
41 8bp4:A 93 81 0.2828 0.3011 0.3457 6.50e-04 8bp4:C, 8bp4:B
42 3ch8:A 190 76 0.2525 0.1316 0.3289 8.94e-04 2qbw:A
43 2kpl:A 129 64 0.1818 0.1395 0.2812 0.001
44 2i0i:A 81 47 0.2020 0.2469 0.4255 0.001 2i0i:B, 2i0i:C
45 6q0m:B 94 78 0.2525 0.2660 0.3205 0.001
46 1ihj:B 95 48 0.1414 0.1474 0.2917 0.002 1ihj:A
47 8blu:B 195 58 0.2121 0.1077 0.3621 0.002 5a2p:A, 5a2p:B, 5a2p:D, 5a2p:C, 8aai:A, 8aai:B, 8aai:C, 8aai:D, 8aak:A, 8aak:B, 8aao:A, 8aao:B, 8aap:A, 8aap:B, 6ak2:A, 6ak2:B, 8blu:C, 8blu:D, 8blv:A, 8blv:B, 7fsg:B, 7fsg:C, 7fsg:D, 7fsh:B, 7fsh:C, 7fsh:D, 7fsi:B, 7fsi:C, 7fsi:D, 7fsj:A, 7fsj:B, 7fsj:C, 7fsj:D, 7fsk:B, 7fsk:C, 7fsk:D, 7fsl:A, 7fsl:B, 7fsl:C, 7fsl:D, 7fsm:A, 7fsm:B, 7fsm:C, 7fsm:D, 7fsn:A, 7fsn:B, 7fsn:C, 7fsn:D, 7fso:B, 7fso:C, 7fso:D, 7fsp:B, 7fsp:C, 7fsp:D, 7fsq:B, 7fsq:A, 7fsq:C, 7fsq:D, 7fsr:B, 7fsr:C, 7fsr:D, 7fss:A, 7fss:B, 7fss:C, 7fss:D, 7fst:B, 7fst:C, 7fst:D, 7fsu:B, 7fsu:C, 7fsu:D, 7fsv:A, 7fsv:B, 7fsv:C, 7fsv:D, 7fsw:A, 7fsw:B, 7fsw:C, 7fsw:D, 7fsx:B, 7fsx:C, 7fsx:D, 7fsy:A, 7fsy:B, 7fsy:C, 7fsy:D, 7fsz:B, 7fsz:C, 7fsz:D, 7ft0:B, 7ft0:C, 7ft0:D, 7ft1:B, 7ft1:C, 7ft1:D, 7ft2:B, 7ft2:C, 7ft2:D, 7ft3:B, 7ft3:A, 7ft3:C, 7ft3:D, 7ft4:A, 7ft4:B, 7ft4:C, 7ft4:D, 7ft5:A, 7ft5:B, 7ft5:C, 7ft5:D, 7ft6:B, 7ft6:C, 7ft6:D, 7ft7:A, 7ft7:B, 7ft7:C, 7ft7:D, 7ft8:B, 7ft8:C, 7ft8:D, 7ft9:B, 7ft9:C, 7ft9:D, 7fta:B, 7fta:C, 7fta:D, 7ftb:B, 7ftb:C, 7ftb:D, 7ftc:B, 7ftc:C, 7ftc:D, 7ftd:A, 7ftd:C, 7ftd:B, 7ftd:D, 5g1d:B, 5g1d:A, 8hck:A, 8hu2:A, 1obx:A, 1oby:A, 1oby:B, 1obz:A, 6r9h:A, 6r9h:C, 6rlc:A, 6rlc:B, 6rlc:C, 6rlc:D, 1v1t:B, 1v1t:A, 1w9e:A, 1w9e:B, 1w9o:B, 1w9o:A, 1w9q:B, 1ybo:A, 1ybo:B, 4z33:A, 4z33:B
48 2m0u:A 117 72 0.2020 0.1709 0.2778 0.004
49 5n7d:A 423 64 0.1818 0.0426 0.2812 0.005 2i04:A, 2i04:B, 5n7d:B, 5n7f:A, 5n7f:B, 5n7g:A, 7p71:A, 7p71:B, 6twq:B, 6twq:A, 6twu:B, 6twu:A, 6twx:B, 6twx:A, 6twy:B, 6twy:A
50 7d6f:A 87 40 0.1212 0.1379 0.3000 0.006
51 4wsi:A 372 60 0.2020 0.0538 0.3333 0.013 7m4r:A, 7ntj:B, 7ntj:A, 7ntk:A, 7ntk:D, 7ntk:B, 7ntk:F, 7qcs:A, 7qcs:B, 4uu5:A, 4wsi:B
52 6nid:B 88 76 0.2323 0.2614 0.3026 0.022 6nid:A, 6nid:C
53 3r0h:D 199 48 0.1212 0.0603 0.2500 0.10 3r0h:A, 3r0h:C, 3r0h:B, 3r0h:E, 3r0h:H, 3r0h:F, 3r0h:G
54 7w6z:A 414 52 0.1919 0.0459 0.3654 0.10 7w6y:A
55 7x2e:A 163 73 0.2222 0.1350 0.3014 0.15 2kbs:A
56 4c2c:A 433 45 0.1717 0.0393 0.3778 0.19 4c2d:A, 4c2d:B, 4c2d:C, 4c2f:A, 4c2g:A
57 6ar4:B 87 62 0.1515 0.1724 0.2419 0.43 6ar4:A, 6bjo:A, 6bjo:B, 2pku:A
58 6cu5:A 314 51 0.1818 0.0573 0.3529 0.44 6cu5:B, 8ft7:A, 8ft7:B
59 5f67:A 98 75 0.2222 0.2245 0.2933 0.44 5f67:B
60 3cyy:B 81 61 0.1717 0.2099 0.2787 0.48 3cyy:A
61 3tsz:A 341 61 0.2121 0.0616 0.3443 1.2 3shw:A
62 8uo8:A 574 65 0.2323 0.0401 0.3538 1.5
63 1k1g:A 122 82 0.1919 0.1557 0.2317 3.9
64 7k01:0 754 22 0.1212 0.0159 0.5455 7.5 8cen:0, 8ceo:0, 6gym:0, 7k04:0, 7m2u:0, 7ml0:0, 7ml1:0, 7ml2:0, 7ml3:0, 7ml4:0, 7o4i:0, 7o4j:0, 7o4k:0, 7o4l:0, 7o72:0, 7o73:0, 7o75:0, 5oqj:0, 5oqm:0, 7zs9:0, 7zsa:0, 7zsb:0

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218