Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PDGTREFLTFEVPLNDLGVSVKGNRSKENHADLGIFVKSIINGGAASKDGRLRVNDQLIAVNGESLLGKANQEAMETLRR
SMSGMIQLIVARRIS

The query sequence (length=95) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2koh:A 111 106 0.9895 0.8468 0.8868 1.17e-58 9imp:A, 9imp:B, 9imp:C, 9imp:D, 9imp:E, 9imp:F, 6jue:L, 2k20:A
2 4xhv:A 94 60 0.3053 0.3085 0.4833 6.17e-13
3 2exg:A 101 79 0.3368 0.3168 0.4051 1.83e-12 2ain:A, 7qcr:B, 7qcr:A
4 4wyu:A 201 84 0.3474 0.1642 0.3929 6.10e-12 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
5 4wyu:A 201 70 0.2421 0.1144 0.3286 5.68e-06 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
6 2m0z:A 97 77 0.3474 0.3402 0.4286 1.16e-10 1d5g:A, 3lny:A, 2m10:A, 1vj6:A, 7xty:A, 7xty:B
7 8cn1:H 101 93 0.3684 0.3465 0.3763 1.85e-10 8cn1:C, 8cn1:G, 8cn1:J, 8cn1:L, 8cn1:F, 8cn1:K, 8cn1:I, 3rl7:B
8 2ka9:A 189 89 0.3579 0.1799 0.3820 3.12e-09 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
9 2ka9:A 189 77 0.2947 0.1481 0.3636 1.23e-07 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
10 8bq8:C 93 77 0.3158 0.3226 0.3896 1.42e-08 8bq8:A, 8bq8:B
11 2kaw:A 90 78 0.3053 0.3222 0.3718 2.21e-08 6lcb:A, 2mx6:A
12 5zys:A 90 61 0.2316 0.2444 0.3607 2.49e-08
13 7pc3:A 405 80 0.3263 0.0765 0.3875 7.30e-08 2awu:B, 2aww:A, 2awx:B, 8cn3:A, 8cn3:B, 2g2l:A, 2g2l:B, 4g69:A, 2i0l:A, 2i0l:B, 2m3m:A, 4oaj:A, 2oqs:A, 3rl8:B
14 6xa7:B 96 94 0.3053 0.3021 0.3085 2.39e-07 7qrt:A, 7qrt:B, 6xa7:A, 6xa7:C, 6xa7:D
15 1l6o:A 95 80 0.3053 0.3053 0.3625 3.49e-07 2f0a:B, 2f0a:D, 1l6o:B, 1l6o:C, 6zbq:B, 6zbz:A, 6zbz:B, 6zbz:C, 6zbz:D, 6zc3:A, 6zc3:B, 6zc4:B, 6zc6:A, 6zc7:A, 6zc7:B, 6zc8:A, 6zc8:B
16 8c1t:A 90 68 0.2421 0.2556 0.3382 4.30e-07 8c1t:D, 8c1t:B, 8c1t:C
17 8b82:A 108 78 0.2947 0.2593 0.3590 6.21e-07 8b82:B, 8b87:A, 8b87:B, 8bia:A, 8cd3:B, 6ms1:A, 6ms1:B, 6mtu:B, 6mtu:A, 6mtv:A, 6mtv:B, 6mye:A, 7qrs:B, 7qrs:A, 7qs9:A, 7qs9:B, 7qto:A, 7qto:B, 7qtp:A, 5vwk:D, 5vwk:C, 5vwk:B, 5vwk:A, 6xa8:B, 6xa8:A
18 6zbq:A 89 80 0.2947 0.3146 0.3500 6.27e-06 6zc4:A
19 2qt5:A 194 79 0.2421 0.1186 0.2911 7.78e-06 2qt5:B
20 2qt5:A 194 63 0.2000 0.0979 0.3016 9.6 2qt5:B
21 3vqg:A 85 60 0.2000 0.2235 0.3167 7.82e-06
22 7weg:B 96 67 0.2526 0.2500 0.3582 9.05e-06 7weg:A
23 3jxt:A 96 70 0.2632 0.2604 0.3571 1.10e-05 3jxt:B
24 7p73:A 420 48 0.2105 0.0476 0.4167 1.27e-05 8ael:A, 7p74:A, 7pc9:A, 7pc9:B, 7r2m:A, 7r2m:D, 7r2t:A
25 8bv7:A 95 62 0.2211 0.2211 0.3387 1.28e-05 8buw:A, 8buw:B
26 2pdz:A 86 65 0.2526 0.2791 0.3692 1.53e-05
27 7qct:A 90 33 0.1579 0.1667 0.4545 2.85e-05 7qct:B
28 1n7f:A 86 63 0.2000 0.2209 0.3016 7.67e-05 1n7f:B
29 8bp4:A 93 79 0.2632 0.2688 0.3165 8.25e-05 8bp4:C, 8bp4:B
30 7p70:A 407 68 0.2632 0.0614 0.3676 8.71e-05 7pc4:A, 7qql:A
31 1rzx:A 98 53 0.2000 0.1939 0.3585 1.35e-04 5i7z:A, 1x8s:A
32 5heb:A 119 76 0.2632 0.2101 0.3289 2.36e-04 1be9:A, 5d13:B, 5d13:A, 5d13:C, 5d13:D, 5hed:A, 5hey:A, 5hf1:A, 5hfb:A, 5hfc:A, 5hfe:A, 5hff:A, 1tp3:A, 1tp5:A
33 7pc5:A 405 66 0.2421 0.0568 0.3485 2.47e-04
34 1u38:A 89 34 0.1368 0.1461 0.3824 2.69e-04
35 1zub:A 109 77 0.2526 0.2202 0.3117 3.37e-04
36 4xh7:A 110 58 0.1789 0.1545 0.2931 7.11e-04
37 1ihj:B 95 57 0.1579 0.1579 0.2632 0.001 1ihj:A
38 2l4t:A 124 70 0.2105 0.1613 0.2857 0.001 3diw:A, 3diw:B, 4e3b:A, 4e3b:B, 3gj9:A, 3gj9:B, 4nnl:A, 4nnl:B, 4nnm:A, 4nnm:B, 3sfj:A, 3sfj:C, 2vz5:A
39 5oak:A 90 50 0.1789 0.1889 0.3400 0.002 5oak:C
40 1b8q:A 127 53 0.1789 0.1339 0.3208 0.002
41 2m0u:A 117 76 0.2211 0.1795 0.2763 0.006
42 4wsi:A 372 56 0.1789 0.0457 0.3036 0.006 7m4r:A, 7ntj:B, 7ntj:A, 7ntk:A, 7ntk:D, 7ntk:B, 7ntk:F, 7qcs:A, 7qcs:B, 4uu5:A, 4wsi:B
43 7d6f:A 87 40 0.1263 0.1379 0.3000 0.007
44 8blu:B 195 62 0.2105 0.1026 0.3226 0.009 5a2p:A, 5a2p:B, 5a2p:D, 5a2p:C, 8aai:A, 8aai:B, 8aai:C, 8aai:D, 8aak:A, 8aak:B, 8aao:A, 8aao:B, 8aap:A, 8aap:B, 6ak2:A, 6ak2:B, 8blu:C, 8blu:D, 8blv:A, 8blv:B, 7fsg:B, 7fsg:C, 7fsg:D, 7fsh:B, 7fsh:C, 7fsh:D, 7fsi:B, 7fsi:C, 7fsi:D, 7fsj:A, 7fsj:B, 7fsj:C, 7fsj:D, 7fsk:B, 7fsk:C, 7fsk:D, 7fsl:A, 7fsl:B, 7fsl:C, 7fsl:D, 7fsm:A, 7fsm:B, 7fsm:C, 7fsm:D, 7fsn:A, 7fsn:B, 7fsn:C, 7fsn:D, 7fso:B, 7fso:C, 7fso:D, 7fsp:B, 7fsp:C, 7fsp:D, 7fsq:B, 7fsq:A, 7fsq:C, 7fsq:D, 7fsr:B, 7fsr:C, 7fsr:D, 7fss:A, 7fss:B, 7fss:C, 7fss:D, 7fst:B, 7fst:C, 7fst:D, 7fsu:B, 7fsu:C, 7fsu:D, 7fsv:A, 7fsv:B, 7fsv:C, 7fsv:D, 7fsw:A, 7fsw:B, 7fsw:C, 7fsw:D, 7fsx:B, 7fsx:C, 7fsx:D, 7fsy:A, 7fsy:B, 7fsy:C, 7fsy:D, 7fsz:B, 7fsz:C, 7fsz:D, 7ft0:B, 7ft0:C, 7ft0:D, 7ft1:B, 7ft1:C, 7ft1:D, 7ft2:B, 7ft2:C, 7ft2:D, 7ft3:B, 7ft3:A, 7ft3:C, 7ft3:D, 7ft4:A, 7ft4:B, 7ft4:C, 7ft4:D, 7ft5:A, 7ft5:B, 7ft5:C, 7ft5:D, 7ft6:B, 7ft6:C, 7ft6:D, 7ft7:A, 7ft7:B, 7ft7:C, 7ft7:D, 7ft8:B, 7ft8:C, 7ft8:D, 7ft9:B, 7ft9:C, 7ft9:D, 7fta:B, 7fta:C, 7fta:D, 7ftb:B, 7ftb:C, 7ftb:D, 7ftc:B, 7ftc:C, 7ftc:D, 7ftd:A, 7ftd:C, 7ftd:B, 7ftd:D, 5g1d:B, 5g1d:A, 8hck:A, 8hu2:A, 1obx:A, 1oby:A, 1oby:B, 1obz:A, 6r9h:A, 6r9h:C, 6rlc:A, 6rlc:B, 6rlc:C, 6rlc:D, 1v1t:B, 1v1t:A, 1w9e:A, 1w9e:B, 1w9o:B, 1w9o:A, 1w9q:B, 1ybo:A, 1ybo:B, 4z33:A, 4z33:B
45 6nid:B 88 72 0.2526 0.2727 0.3333 0.015 6nid:A, 6nid:C
46 6kz1:A 97 63 0.2211 0.2165 0.3333 0.034 6y38:A, 6y38:B, 6y9n:A, 6y9o:A, 6y9p:A, 6y9p:B, 6y9p:I, 6y9p:E, 6y9p:G, 6y9p:K, 6y9q:B
47 2kpl:A 129 43 0.1158 0.0853 0.2558 0.041
48 2i0i:A 81 46 0.1895 0.2222 0.3913 0.048 2i0i:B, 2i0i:C
49 3r0h:D 199 50 0.1579 0.0754 0.3000 0.050 3r0h:A, 3r0h:C, 3r0h:B, 3r0h:E, 3r0h:H, 3r0h:F, 3r0h:G
50 2ejy:A 85 85 0.2211 0.2471 0.2471 0.075
51 4c2c:A 433 61 0.2000 0.0439 0.3115 0.11 4c2d:A, 4c2d:B, 4c2d:C, 4c2f:A, 4c2g:A
52 7x2e:A 163 58 0.1895 0.1104 0.3103 0.12 2kbs:A
53 2m0v:A 128 76 0.2105 0.1562 0.2632 0.28
54 3cyy:B 81 58 0.1789 0.2099 0.2931 0.33 3cyy:A
55 6cu5:A 314 54 0.2211 0.0669 0.3889 0.35 6cu5:B, 8ft7:A, 8ft7:B
56 5n7d:A 423 43 0.1158 0.0260 0.2558 0.38 2i04:A, 2i04:B, 5n7d:B, 5n7f:A, 5n7f:B, 5n7g:A, 7p71:A, 7p71:B, 6twq:B, 6twq:A, 6twu:B, 6twu:A, 6twx:B, 6twx:A, 6twy:B, 6twy:A
57 3nk3:A 284 67 0.2211 0.0739 0.3134 0.42 3nk3:B, 3nk4:A, 3nk4:B
58 7w6z:A 414 95 0.2947 0.0676 0.2947 0.63 7w6y:A
59 6ar4:B 87 46 0.1158 0.1264 0.2391 0.69 6ar4:A, 6bjo:A, 6bjo:B, 2pku:A
60 3tsz:A 341 44 0.1579 0.0440 0.3409 1.2 3shw:A
61 5f67:A 98 63 0.2105 0.2041 0.3175 1.9 5f67:B
62 8uo8:A 574 31 0.1474 0.0244 0.4516 4.4
63 9bh5:Ch 122 53 0.1895 0.1475 0.3396 5.0 9cai:Ch
64 4xru:C 424 18 0.1053 0.0236 0.5556 5.2 4xru:F
65 3kvs:A 161 53 0.1789 0.1056 0.3208 6.6 3brp:A
66 6upk:G 423 23 0.1263 0.0284 0.5217 6.8 6upl:G
67 5v0t:E 457 80 0.2421 0.0503 0.2875 7.3 5v0t:A, 5v0t:B, 5v0t:C, 5v0t:D, 5v0t:F, 5v0t:G, 5v0t:H
68 2dyk:A 150 37 0.1474 0.0933 0.3784 10.0 2dyk:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218