Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PDGTREFLTFEVPLNDAGLGVSVKGNRSKEDLGIFVKSIINGGAASKDGRLRVNDQLIAVNGESLLGKANQEAMETLRRS
MSTEGGMIQLIVARRIS

The query sequence (length=97) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2koh:A 111 106 0.9897 0.8649 0.9057 4.20e-58 9imp:A, 9imp:B, 9imp:C, 9imp:D, 9imp:E, 9imp:F, 6jue:L, 2k20:A
2 4xhv:A 94 62 0.2990 0.3085 0.4677 3.56e-13
3 2m0z:A 97 89 0.3814 0.3814 0.4157 5.53e-13 1d5g:A, 3lny:A, 2m10:A, 1vj6:A, 7xty:A, 7xty:B
4 2exg:A 101 68 0.2990 0.2871 0.4265 1.16e-12 2ain:A, 7qcr:B, 7qcr:A
5 8cn1:H 101 98 0.3505 0.3366 0.3469 4.17e-12 8cn1:C, 8cn1:G, 8cn1:J, 8cn1:L, 8cn1:F, 8cn1:K, 8cn1:I, 3rl7:B
6 4wyu:A 201 86 0.3505 0.1692 0.3953 2.10e-10 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
7 4wyu:A 201 84 0.2680 0.1294 0.3095 8.44e-05 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
8 2ka9:A 189 84 0.3299 0.1693 0.3810 2.66e-10 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
9 2ka9:A 189 68 0.2680 0.1376 0.3824 1.22e-07 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
10 8bq8:C 93 83 0.3299 0.3441 0.3855 1.48e-09 8bq8:A, 8bq8:B
11 8b82:A 108 94 0.3402 0.3056 0.3511 1.77e-08 8b82:B, 8b87:A, 8b87:B, 8bia:A, 8cd3:B, 6ms1:A, 6ms1:B, 6mtu:B, 6mtu:A, 6mtv:A, 6mtv:B, 6mye:A, 7qrs:B, 7qrs:A, 7qs9:A, 7qs9:B, 7qto:A, 7qto:B, 7qtp:A, 5vwk:D, 5vwk:C, 5vwk:B, 5vwk:A, 6xa8:B, 6xa8:A
12 5zys:A 90 63 0.2268 0.2444 0.3492 3.99e-08
13 7qct:A 90 87 0.2887 0.3111 0.3218 4.30e-08 7qct:B
14 2kaw:A 90 77 0.2990 0.3222 0.3766 4.74e-08 6lcb:A, 2mx6:A
15 7pc3:A 405 84 0.3196 0.0765 0.3690 7.81e-08 2awu:B, 2aww:A, 2awx:B, 8cn3:A, 8cn3:B, 2g2l:A, 2g2l:B, 4g69:A, 2i0l:A, 2i0l:B, 2m3m:A, 4oaj:A, 2oqs:A, 3rl8:B
16 8c1t:A 90 70 0.2474 0.2667 0.3429 1.10e-07 8c1t:D, 8c1t:B, 8c1t:C
17 3jxt:A 96 81 0.2990 0.3021 0.3580 3.08e-07 3jxt:B
18 1l6o:A 95 77 0.2784 0.2842 0.3506 3.51e-07 2f0a:B, 2f0a:D, 1l6o:B, 1l6o:C, 6zbq:B, 6zbz:A, 6zbz:B, 6zbz:C, 6zbz:D, 6zc3:A, 6zc3:B, 6zc4:B, 6zc6:A, 6zc7:A, 6zc7:B, 6zc8:A, 6zc8:B
19 7p73:A 420 99 0.3196 0.0738 0.3131 8.64e-07 8ael:A, 7p74:A, 7pc9:A, 7pc9:B, 7r2m:A, 7r2m:D, 7r2t:A
20 2pdz:A 86 63 0.2371 0.2674 0.3651 1.13e-06
21 3vqg:A 85 89 0.2577 0.2941 0.2809 3.06e-06
22 1n7f:A 86 77 0.2371 0.2674 0.2987 3.37e-06 1n7f:B
23 7weg:B 96 63 0.2577 0.2604 0.3968 4.27e-06 7weg:A
24 6xa7:B 96 88 0.2784 0.2812 0.3068 4.70e-06 7qrt:A, 7qrt:B, 6xa7:A, 6xa7:C, 6xa7:D
25 6zbq:A 89 76 0.2784 0.3034 0.3553 6.64e-06 6zc4:A
26 5heb:A 119 66 0.2474 0.2017 0.3636 9.84e-06 1be9:A, 5d13:B, 5d13:A, 5d13:C, 5d13:D, 5hed:A, 5hey:A, 5hf1:A, 5hfb:A, 5hfc:A, 5hfe:A, 5hff:A, 1tp3:A, 1tp5:A
27 8bv7:A 95 52 0.1959 0.2000 0.3654 1.58e-05 8buw:A, 8buw:B
28 7p70:A 407 63 0.2268 0.0541 0.3492 1.97e-05 7pc4:A, 7qql:A
29 8bp4:A 93 80 0.2474 0.2581 0.3000 5.13e-05 8bp4:C, 8bp4:B
30 4xh7:A 110 64 0.1959 0.1727 0.2969 7.56e-05
31 2qt5:A 194 82 0.2577 0.1289 0.3049 7.81e-05 2qt5:B
32 2qt5:A 194 60 0.2062 0.1031 0.3333 9.9 2qt5:B
33 7pc5:A 405 65 0.2474 0.0593 0.3692 1.03e-04
34 1b8q:A 127 61 0.2268 0.1732 0.3607 1.73e-04
35 1rzx:A 98 52 0.2062 0.2041 0.3846 2.76e-04 5i7z:A, 1x8s:A
36 1zub:A 109 80 0.2577 0.2294 0.3125 2.80e-04
37 1u38:A 89 34 0.1340 0.1461 0.3824 2.99e-04
38 5oak:A 90 70 0.1959 0.2111 0.2714 5.01e-04 5oak:C
39 1ihj:B 95 58 0.1649 0.1684 0.2759 5.22e-04 1ihj:A
40 2ejy:A 85 86 0.2371 0.2706 0.2674 7.47e-04
41 6kz1:A 97 68 0.2062 0.2062 0.2941 0.001 6y38:A, 6y38:B, 6y9n:A, 6y9o:A, 6y9p:A, 6y9p:B, 6y9p:I, 6y9p:E, 6y9p:G, 6y9p:K, 6y9q:B
42 2kpl:A 129 61 0.1546 0.1163 0.2459 0.004
43 2i0i:A 81 44 0.1959 0.2346 0.4318 0.005 2i0i:B, 2i0i:C
44 4wsi:A 372 62 0.2165 0.0565 0.3387 0.005 7m4r:A, 7ntj:B, 7ntj:A, 7ntk:A, 7ntk:D, 7ntk:B, 7ntk:F, 7qcs:A, 7qcs:B, 4uu5:A, 4wsi:B
45 7d6f:A 87 40 0.1237 0.1379 0.3000 0.006
46 2m0u:A 117 66 0.1959 0.1624 0.2879 0.008
47 8blu:B 195 51 0.1856 0.0923 0.3529 0.027 5a2p:A, 5a2p:B, 5a2p:D, 5a2p:C, 8aai:A, 8aai:B, 8aai:C, 8aai:D, 8aak:A, 8aak:B, 8aao:A, 8aao:B, 8aap:A, 8aap:B, 6ak2:A, 6ak2:B, 8blu:C, 8blu:D, 8blv:A, 8blv:B, 7fsg:B, 7fsg:C, 7fsg:D, 7fsh:B, 7fsh:C, 7fsh:D, 7fsi:B, 7fsi:C, 7fsi:D, 7fsj:A, 7fsj:B, 7fsj:C, 7fsj:D, 7fsk:B, 7fsk:C, 7fsk:D, 7fsl:A, 7fsl:B, 7fsl:C, 7fsl:D, 7fsm:A, 7fsm:B, 7fsm:C, 7fsm:D, 7fsn:A, 7fsn:B, 7fsn:C, 7fsn:D, 7fso:B, 7fso:C, 7fso:D, 7fsp:B, 7fsp:C, 7fsp:D, 7fsq:B, 7fsq:A, 7fsq:C, 7fsq:D, 7fsr:B, 7fsr:C, 7fsr:D, 7fss:A, 7fss:B, 7fss:C, 7fss:D, 7fst:B, 7fst:C, 7fst:D, 7fsu:B, 7fsu:C, 7fsu:D, 7fsv:A, 7fsv:B, 7fsv:C, 7fsv:D, 7fsw:A, 7fsw:B, 7fsw:C, 7fsw:D, 7fsx:B, 7fsx:C, 7fsx:D, 7fsy:A, 7fsy:B, 7fsy:C, 7fsy:D, 7fsz:B, 7fsz:C, 7fsz:D, 7ft0:B, 7ft0:C, 7ft0:D, 7ft1:B, 7ft1:C, 7ft1:D, 7ft2:B, 7ft2:C, 7ft2:D, 7ft3:B, 7ft3:A, 7ft3:C, 7ft3:D, 7ft4:A, 7ft4:B, 7ft4:C, 7ft4:D, 7ft5:A, 7ft5:B, 7ft5:C, 7ft5:D, 7ft6:B, 7ft6:C, 7ft6:D, 7ft7:A, 7ft7:B, 7ft7:C, 7ft7:D, 7ft8:B, 7ft8:C, 7ft8:D, 7ft9:B, 7ft9:C, 7ft9:D, 7fta:B, 7fta:C, 7fta:D, 7ftb:B, 7ftb:C, 7ftb:D, 7ftc:B, 7ftc:C, 7ftc:D, 7ftd:A, 7ftd:C, 7ftd:B, 7ftd:D, 5g1d:B, 5g1d:A, 8hck:A, 8hu2:A, 1obx:A, 1oby:A, 1oby:B, 1obz:A, 6r9h:A, 6r9h:C, 6rlc:A, 6rlc:B, 6rlc:C, 6rlc:D, 1v1t:B, 1v1t:A, 1w9e:A, 1w9e:B, 1w9o:B, 1w9o:A, 1w9q:B, 1ybo:A, 1ybo:B, 4z33:A, 4z33:B
48 5n7d:A 423 61 0.1546 0.0355 0.2459 0.037 2i04:A, 2i04:B, 5n7d:B, 5n7f:A, 5n7f:B, 5n7g:A, 7p71:A, 7p71:B, 6twq:B, 6twq:A, 6twu:B, 6twu:A, 6twx:B, 6twx:A, 6twy:B, 6twy:A
49 4c2c:A 433 49 0.1959 0.0439 0.3878 0.039 4c2d:A, 4c2d:B, 4c2d:C, 4c2f:A, 4c2g:A
50 6nid:B 88 63 0.1753 0.1932 0.2698 0.045 6nid:A, 6nid:C
51 4bos:A 164 63 0.2062 0.1220 0.3175 0.35
52 6ar4:B 87 61 0.1443 0.1609 0.2295 0.46 6ar4:A, 6bjo:A, 6bjo:B, 2pku:A
53 7x2e:A 163 65 0.2062 0.1227 0.3077 0.53 2kbs:A
54 3cyy:B 81 61 0.1753 0.2099 0.2787 1.4 3cyy:A
55 3tsz:A 341 44 0.1546 0.0440 0.3409 1.5 3shw:A
56 1po1:1 283 46 0.1753 0.0601 0.3696 2.6 1po2:1, 1vbd:1
57 3r0h:D 199 56 0.1340 0.0653 0.2321 3.6 3r0h:A, 3r0h:C, 3r0h:B, 3r0h:E, 3r0h:H, 3r0h:F, 3r0h:G
58 8uo8:A 574 31 0.1443 0.0244 0.4516 4.6
59 8glo:A 255 39 0.1753 0.0667 0.4359 4.9
60 5ez0:D 95 81 0.1856 0.1895 0.2222 6.3 5eyz:A, 5eyz:B, 5eyz:C, 5eyz:D, 5ez0:A, 5ez0:C, 5ez0:B, 3nfk:A, 3nfk:B, 3nfl:A, 3nfl:B, 3nfl:C, 3nfl:D, 7vze:A, 7vze:B, 7vze:C, 7vze:D
61 5f67:A 98 63 0.2062 0.2041 0.3175 7.2 5f67:B
62 4g0a:A 312 90 0.2062 0.0641 0.2222 7.4 6cy9:A, 4g0a:B, 4g0a:C, 4g0a:D, 2r7p:A, 2r8f:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218