Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
PDGTREFLTFEVPLAGLGVSVKGNRSKENHADLGIFVKSIINGGAASKDGRLRVNDQLIAVNGESLLGKANQEAMETLRR
SMSTGMIQLIVARRIS

The query sequence (length=96) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 2koh:A 111 106 0.9896 0.8559 0.8962 2.37e-59 9imp:A, 9imp:B, 9imp:C, 9imp:D, 9imp:E, 9imp:F, 6jue:L, 2k20:A
2 4xhv:A 94 80 0.3438 0.3511 0.4125 9.75e-13
3 2exg:A 101 79 0.3333 0.3168 0.4051 3.15e-12 2ain:A, 7qcr:B, 7qcr:A
4 8cn1:H 101 94 0.3750 0.3564 0.3830 1.40e-11 8cn1:C, 8cn1:G, 8cn1:J, 8cn1:L, 8cn1:F, 8cn1:K, 8cn1:I, 3rl7:B
5 4wyu:A 201 84 0.3438 0.1642 0.3929 2.07e-11 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
6 4wyu:A 201 87 0.2812 0.1343 0.3103 2.42e-06 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
7 2m0z:A 97 77 0.3438 0.3402 0.4286 3.93e-10 1d5g:A, 3lny:A, 2m10:A, 1vj6:A, 7xty:A, 7xty:B
8 2ka9:A 189 90 0.3646 0.1852 0.3889 4.14e-10 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
9 2ka9:A 189 79 0.3021 0.1534 0.3671 3.31e-08 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
10 5zys:A 90 61 0.2292 0.2444 0.3607 5.58e-10
11 8bq8:C 93 79 0.3229 0.3333 0.3924 4.79e-09 8bq8:A, 8bq8:B
12 2kaw:A 90 78 0.3125 0.3333 0.3846 6.33e-09 6lcb:A, 2mx6:A
13 7pc3:A 405 82 0.3229 0.0765 0.3780 2.99e-08 2awu:B, 2aww:A, 2awx:B, 8cn3:A, 8cn3:B, 2g2l:A, 2g2l:B, 4g69:A, 2i0l:A, 2i0l:B, 2m3m:A, 4oaj:A, 2oqs:A, 3rl8:B
14 8c1t:A 90 70 0.2500 0.2667 0.3429 5.58e-08 8c1t:D, 8c1t:B, 8c1t:C
15 8b82:A 108 74 0.2917 0.2593 0.3784 1.71e-07 8b82:B, 8b87:A, 8b87:B, 8bia:A, 8cd3:B, 6ms1:A, 6ms1:B, 6mtu:B, 6mtu:A, 6mtv:A, 6mtv:B, 6mye:A, 7qrs:B, 7qrs:A, 7qs9:A, 7qs9:B, 7qto:A, 7qto:B, 7qtp:A, 5vwk:D, 5vwk:C, 5vwk:B, 5vwk:A, 6xa8:B, 6xa8:A
16 6xa7:B 96 95 0.3125 0.3125 0.3158 1.75e-07 7qrt:A, 7qrt:B, 6xa7:A, 6xa7:C, 6xa7:D
17 1l6o:A 95 78 0.2917 0.2947 0.3590 5.11e-07 2f0a:B, 2f0a:D, 1l6o:B, 1l6o:C, 6zbq:B, 6zbz:A, 6zbz:B, 6zbz:C, 6zbz:D, 6zc3:A, 6zc3:B, 6zc4:B, 6zc6:A, 6zc7:A, 6zc7:B, 6zc8:A, 6zc8:B
18 3jxt:A 96 72 0.2604 0.2604 0.3472 1.07e-06 3jxt:B
19 7p73:A 420 66 0.2500 0.0571 0.3636 1.74e-06 8ael:A, 7p74:A, 7pc9:A, 7pc9:B, 7r2m:A, 7r2m:D, 7r2t:A
20 2pdz:A 86 66 0.2604 0.2907 0.3788 2.20e-06
21 8bv7:A 95 56 0.2083 0.2105 0.3571 2.24e-06 8buw:A, 8buw:B
22 7p70:A 407 68 0.2708 0.0639 0.3824 6.03e-06 7pc4:A, 7qql:A
23 3vqg:A 85 61 0.1979 0.2235 0.3115 7.39e-06
24 1zub:A 109 61 0.2083 0.1835 0.3279 8.59e-06
25 6zbq:A 89 78 0.2812 0.3034 0.3462 1.28e-05 6zc4:A
26 7weg:B 96 65 0.2500 0.2500 0.3692 1.35e-05 7weg:A
27 7qct:A 90 33 0.1562 0.1667 0.4545 2.34e-05 7qct:B
28 5heb:A 119 69 0.2500 0.2017 0.3478 2.57e-05 1be9:A, 5d13:B, 5d13:A, 5d13:C, 5d13:D, 5hed:A, 5hey:A, 5hf1:A, 5hfb:A, 5hfc:A, 5hfe:A, 5hff:A, 1tp3:A, 1tp5:A
29 8bp4:A 93 78 0.2708 0.2796 0.3333 4.17e-05 8bp4:C, 8bp4:B
30 1n7f:A 86 68 0.2083 0.2326 0.2941 6.30e-05 1n7f:B
31 1b8q:A 127 82 0.2708 0.2047 0.3171 1.01e-04
32 2qt5:A 194 79 0.2292 0.1134 0.2785 1.11e-04 2qt5:B
33 2qt5:A 194 63 0.1979 0.0979 0.3016 7.8 2qt5:B
34 5oak:A 90 60 0.1979 0.2111 0.3167 1.98e-04 5oak:C
35 1u38:A 89 34 0.1354 0.1461 0.3824 3.01e-04
36 4xh7:A 110 66 0.1979 0.1727 0.2879 3.40e-04
37 1rzx:A 98 45 0.1771 0.1735 0.3778 4.28e-04 5i7z:A, 1x8s:A
38 7pc5:A 405 67 0.2396 0.0568 0.3433 4.28e-04
39 1ihj:B 95 57 0.1562 0.1579 0.2632 0.001 1ihj:A
40 4wsi:A 372 61 0.1979 0.0511 0.3115 0.002 7m4r:A, 7ntj:B, 7ntj:A, 7ntk:A, 7ntk:D, 7ntk:B, 7ntk:F, 7qcs:A, 7qcs:B, 4uu5:A, 4wsi:B
41 7d6f:A 87 40 0.1250 0.1379 0.3000 0.006
42 2i0i:A 81 47 0.1979 0.2346 0.4043 0.009 2i0i:B, 2i0i:C
43 2l4t:A 124 71 0.2188 0.1694 0.2958 0.011 3diw:A, 3diw:B, 4e3b:A, 4e3b:B, 3gj9:A, 3gj9:B, 4nnl:A, 4nnl:B, 4nnm:A, 4nnm:B, 3sfj:A, 3sfj:C, 2vz5:A
44 2kpl:A 129 64 0.1667 0.1240 0.2500 0.013
45 6kz1:A 97 73 0.2292 0.2268 0.3014 0.015 6y38:A, 6y38:B, 6y9n:A, 6y9o:A, 6y9p:A, 6y9p:B, 6y9p:I, 6y9p:E, 6y9p:G, 6y9p:K, 6y9q:B
46 2m0u:A 117 76 0.2188 0.1795 0.2763 0.021
47 8blu:B 195 51 0.1875 0.0923 0.3529 0.026 5a2p:A, 5a2p:B, 5a2p:D, 5a2p:C, 8aai:A, 8aai:B, 8aai:C, 8aai:D, 8aak:A, 8aak:B, 8aao:A, 8aao:B, 8aap:A, 8aap:B, 6ak2:A, 6ak2:B, 8blu:C, 8blu:D, 8blv:A, 8blv:B, 7fsg:B, 7fsg:C, 7fsg:D, 7fsh:B, 7fsh:C, 7fsh:D, 7fsi:B, 7fsi:C, 7fsi:D, 7fsj:A, 7fsj:B, 7fsj:C, 7fsj:D, 7fsk:B, 7fsk:C, 7fsk:D, 7fsl:A, 7fsl:B, 7fsl:C, 7fsl:D, 7fsm:A, 7fsm:B, 7fsm:C, 7fsm:D, 7fsn:A, 7fsn:B, 7fsn:C, 7fsn:D, 7fso:B, 7fso:C, 7fso:D, 7fsp:B, 7fsp:C, 7fsp:D, 7fsq:B, 7fsq:A, 7fsq:C, 7fsq:D, 7fsr:B, 7fsr:C, 7fsr:D, 7fss:A, 7fss:B, 7fss:C, 7fss:D, 7fst:B, 7fst:C, 7fst:D, 7fsu:B, 7fsu:C, 7fsu:D, 7fsv:A, 7fsv:B, 7fsv:C, 7fsv:D, 7fsw:A, 7fsw:B, 7fsw:C, 7fsw:D, 7fsx:B, 7fsx:C, 7fsx:D, 7fsy:A, 7fsy:B, 7fsy:C, 7fsy:D, 7fsz:B, 7fsz:C, 7fsz:D, 7ft0:B, 7ft0:C, 7ft0:D, 7ft1:B, 7ft1:C, 7ft1:D, 7ft2:B, 7ft2:C, 7ft2:D, 7ft3:B, 7ft3:A, 7ft3:C, 7ft3:D, 7ft4:A, 7ft4:B, 7ft4:C, 7ft4:D, 7ft5:A, 7ft5:B, 7ft5:C, 7ft5:D, 7ft6:B, 7ft6:C, 7ft6:D, 7ft7:A, 7ft7:B, 7ft7:C, 7ft7:D, 7ft8:B, 7ft8:C, 7ft8:D, 7ft9:B, 7ft9:C, 7ft9:D, 7fta:B, 7fta:C, 7fta:D, 7ftb:B, 7ftb:C, 7ftb:D, 7ftc:B, 7ftc:C, 7ftc:D, 7ftd:A, 7ftd:C, 7ftd:B, 7ftd:D, 5g1d:B, 5g1d:A, 8hck:A, 8hu2:A, 1obx:A, 1oby:A, 1oby:B, 1obz:A, 6r9h:A, 6r9h:C, 6rlc:A, 6rlc:B, 6rlc:C, 6rlc:D, 1v1t:B, 1v1t:A, 1w9e:A, 1w9e:B, 1w9o:B, 1w9o:A, 1w9q:B, 1ybo:A, 1ybo:B, 4z33:A, 4z33:B
48 3r0h:D 199 78 0.2083 0.1005 0.2564 0.052 3r0h:A, 3r0h:C, 3r0h:B, 3r0h:E, 3r0h:H, 3r0h:F, 3r0h:G
49 2ejy:A 85 88 0.2396 0.2706 0.2614 0.093
50 6nid:B 88 63 0.1875 0.2045 0.2857 0.10 6nid:A, 6nid:C
51 5n7d:A 423 64 0.1667 0.0378 0.2500 0.12 2i04:A, 2i04:B, 5n7d:B, 5n7f:A, 5n7f:B, 5n7g:A, 7p71:A, 7p71:B, 6twq:B, 6twq:A, 6twu:B, 6twu:A, 6twx:B, 6twx:A, 6twy:B, 6twy:A
52 4c2c:A 433 48 0.1875 0.0416 0.3750 0.19 4c2d:A, 4c2d:B, 4c2d:C, 4c2f:A, 4c2g:A
53 3nk3:A 284 67 0.2083 0.0704 0.2985 0.44 3nk3:B, 3nk4:A, 3nk4:B
54 3cyy:B 81 59 0.1771 0.2099 0.2881 0.54 3cyy:A
55 6ar4:B 87 46 0.1146 0.1264 0.2391 0.69 6ar4:A, 6bjo:A, 6bjo:B, 2pku:A
56 6cu5:A 314 52 0.2083 0.0637 0.3846 0.79 6cu5:B, 8ft7:A, 8ft7:B
57 3tsz:A 341 44 0.1562 0.0440 0.3409 1.0 3shw:A
58 7x2e:A 163 50 0.1667 0.0982 0.3200 1.2 2kbs:A
59 5eyw:A 244 93 0.2396 0.0943 0.2473 2.0 5eyw:B
60 2e73:A 77 26 0.1146 0.1429 0.4231 2.8
61 5f67:A 98 64 0.2083 0.2041 0.3125 3.3 5f67:B
62 8oh5:C 1172 37 0.1458 0.0119 0.3784 3.6 8oh5:F, 8oh5:I, 8oh5:L, 8oh9:C, 8oh9:F, 8oh9:I, 8oh9:L
63 8uo8:A 574 31 0.1458 0.0244 0.4516 4.5
64 4xru:C 424 18 0.1042 0.0236 0.5556 5.4 4xru:F
65 9bh5:Ch 122 53 0.1875 0.1475 0.3396 6.1 9cai:Ch
66 8fkb:A 424 84 0.2500 0.0566 0.2857 7.1 6cvc:A, 8fjo:A, 8flo:A, 8gdi:A
67 8rbx:b 1051 78 0.1979 0.0181 0.2436 7.5 7pks:b, 8rbz:b
68 7y7b:8 173 57 0.1771 0.0983 0.2982 8.7 7y8a:8

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218