Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAE
AAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGT
GPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQL
SQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKA
GWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPY
DPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGN
IPYAPIATEIPFEQIKPV

The query sequence (length=498) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3e3k:B 500 498 1.0000 0.9960 1.0000 0.0 7a0c:A, 7a0c:B, 4dcx:A, 4dcx:B, 4dcy:A, 4dcy:B, 3dp8:A, 3dp8:B, 3dp8:C, 3e3k:A, 3e3k:C, 4i8c:A, 4i8c:B, 4i8c:C, 4i9d:A, 4i9d:B, 5l8d:A, 5l8d:B, 3mvw:A, 3mvw:B, 3mvx:A, 3mvx:B, 3mvy:A, 3mvy:B, 3mvz:A, 3mvz:B, 3mw0:A, 3mw0:B, 5mwu:A, 5mwu:B, 3mz9:A, 3mz9:B, 3mzb:A, 3mzb:B, 2noo:A, 5on0:A, 5on0:B, 5on1:A, 5on1:B, 5on4:A, 5on4:B, 5on5:A, 5on5:B, 5on8:A, 5on8:B, 5on9:A, 5on9:B, 6r4q:A, 6r4q:B, 8spm:A, 1zlq:A, 1zlq:B
2 4oes:A 498 495 0.6466 0.6466 0.6505 0.0
3 5yh8:A 510 499 0.3434 0.3353 0.3427 5.26e-110 5yhe:A, 5yhe:B, 5yhg:A
4 1dpp:A 507 510 0.2771 0.2722 0.2706 4.49e-41 1dpp:C, 1dpp:E, 1dpp:G
5 4oev:A 494 488 0.2570 0.2591 0.2623 1.90e-38 4oeu:A, 4oeu:B, 4oev:B
6 5f1q:A 513 515 0.2731 0.2651 0.2641 1.89e-37 5f1q:B
7 3m8u:A 508 474 0.2490 0.2441 0.2616 3.24e-37
8 6ofq:A 512 485 0.2570 0.2500 0.2639 9.17e-36 6pu3:A
9 1uqw:A 487 489 0.2510 0.2567 0.2556 5.20e-30 1uqw:B
10 2z23:A 517 499 0.2570 0.2476 0.2565 3.71e-26
11 6tfx:B 494 377 0.2269 0.2287 0.2997 8.97e-26 6tfq:A, 6tfq:B, 6tfs:A, 6tfs:B, 6tfx:A
12 3tcf:A 517 500 0.2490 0.2398 0.2480 2.03e-25 3tcf:B, 3tcf:C, 3tcf:D, 3tcf:E, 3tcf:F, 3tcf:G, 3tcf:H, 3tcg:A, 3tcg:B, 3tcg:C, 3tcg:D, 3tcg:E, 3tcg:F, 3tcg:G, 3tcg:H
13 1b05:A 517 497 0.2369 0.2282 0.2374 9.66e-25 1b0h:A, 1b1h:A, 1b2h:A, 1b32:A, 1b3f:A, 1b3g:A, 1b3h:A, 1b3l:A, 1b3l:C, 1b40:A, 1b46:A, 1b4h:A, 1b4z:A, 1b51:A, 1b52:A, 1b58:A, 1b5h:A, 1b5i:A, 1b5j:A, 1b6h:A, 1b7h:A, 1b9j:A, 1jet:A, 1jeu:A, 1jev:A, 1ola:A, 1olc:A, 2olb:A, 1qka:A, 1qkb:A, 2rkm:A
14 4qfl:A 507 479 0.2249 0.2209 0.2338 1.05e-24 4qfl:B, 4qfn:A, 4qfn:B, 4qfo:A, 4qfo:B, 4qfp:A, 4qfp:B
15 6dtg:A 522 448 0.2289 0.2184 0.2545 5.25e-24 6dqq:A, 6dqr:A, 6dqt:A, 6dqu:A, 6dtf:A, 6dth:A
16 3o9p:A 509 473 0.2390 0.2338 0.2516 6.50e-24
17 4gl8:A 500 487 0.2450 0.2440 0.2505 8.23e-23 4gl8:B
18 6hlx:A 491 445 0.2189 0.2220 0.2449 8.88e-23
19 4ofo:A 497 355 0.1867 0.1871 0.2620 4.73e-21 4ofl:A, 4ofl:B, 4ofo:B, 4ofo:C, 4ofo:D
20 4ofj:A 465 463 0.2169 0.2323 0.2333 1.01e-20 3rqt:A, 4xkn:A, 4xkp:A, 4xkq:A, 4xkr:A
21 8upi:A 510 381 0.2229 0.2176 0.2913 1.49e-20
22 8arn:A 509 489 0.2430 0.2377 0.2474 1.67e-20 8are:A, 8arn:B
23 5z99:A 485 328 0.1847 0.1897 0.2805 1.73e-18 5yyb:A, 5yyb:B
24 1xoc:A 504 352 0.1707 0.1687 0.2415 2.08e-18
25 7og0:B 498 466 0.2129 0.2129 0.2275 1.73e-17 7ofw:A, 7ofz:A, 7og0:A
26 3zs6:A 506 492 0.2289 0.2253 0.2317 2.52e-17
27 7kz9:A 478 330 0.1807 0.1883 0.2727 3.94e-17 7kz9:B
28 8ay0:B 496 485 0.2209 0.2218 0.2268 9.93e-17 8ay0:A, 8ay0:C
29 6npo:A 518 341 0.1747 0.1680 0.2551 9.38e-16
30 8caw:A 491 337 0.1667 0.1690 0.2463 8.94e-14 8cay:A, 8cb9:A, 8cdo:A
31 4pfu:B 542 407 0.1908 0.1753 0.2334 7.14e-13 5hm4:B, 4pfu:A, 4pfw:A, 4pfw:B
32 8ch2:A 479 326 0.1506 0.1566 0.2301 9.36e-13 8ch1:A, 8ch3:A, 8chc:A, 8ci6:A, 8cju:A
33 8cko:A 492 330 0.1667 0.1687 0.2515 1.07e-12 8ckd:A, 8cke:A, 6i7w:A, 4ra1:A, 4ze9:A, 4zeb:A, 4zeb:B, 4zec:A, 4zed:A, 4zei:A, 4zek:A
34 4gfr:A 529 349 0.1727 0.1626 0.2464 7.43e-12 8i5j:A, 8i5j:B, 8i5k:A, 1zu0:A
35 6lu4:A 481 378 0.1867 0.1933 0.2460 3.72e-11 6lu3:A
36 2d5w:A 602 146 0.0803 0.0664 0.2740 3.63e-10 2d5w:B
37 7ebi:A 537 349 0.1727 0.1601 0.2464 4.55e-10 7ebm:A, 6lzq:A, 6lzt:A, 6lzu:A, 6lzv:A, 6lzw:A
38 3ryb:A 563 353 0.1627 0.1439 0.2295 6.62e-10 3drf:A, 3drg:A, 3drh:A, 3dri:A, 3drj:A, 3drk:A, 3rya:A
39 7z8e:A 590 423 0.1807 0.1525 0.2128 9.35e-10
40 7z6f:E 581 475 0.2088 0.1790 0.2189 1.96e-09 7atr:A, 8fsq:A, 8fsr:A, 8fss:A
41 8j5u:A 534 340 0.1606 0.1498 0.2353 2.04e-09 8j5q:A, 8j5s:A
42 3i5o:A 582 436 0.2028 0.1735 0.2317 3.41e-08 3i5o:B, 4jsd:A, 4jso:A, 2o7i:A
43 5kzt:B 510 410 0.2008 0.1961 0.2439 5.64e-08 5kzt:A
44 4faj:A 507 487 0.2068 0.2032 0.2115 4.99e-06
45 8a42:A 627 175 0.0904 0.0718 0.2571 2.31e-04 8qm0:A, 8qm0:B, 8qm0:C, 8qm0:D
46 6epz:C 673 171 0.0964 0.0713 0.2807 3.82e-04 6epy:A, 6epy:B, 6epy:C, 6epy:D, 6epz:A, 6epz:D, 6epz:B, 6eq0:A, 6eq0:B, 6eq1:A, 6eq1:B, 6eq8:D, 6eq8:B, 6eq8:C, 6eq8:A
47 8qlj:A 621 47 0.0442 0.0354 0.4681 0.001 8qlk:A, 8qlm:A, 8qlm:B, 8qlv:A
48 8wda:A 517 323 0.1466 0.1412 0.2260 0.002 6e3d:A, 6e4d:A, 7jls:A
49 8qlg:A 624 81 0.0482 0.0385 0.2963 0.007 8qlg:B
50 7veu:A 612 52 0.0382 0.0310 0.3654 0.016 7vev:A, 7vew:A, 7vew:B
51 2wop:A 554 464 0.1968 0.1769 0.2112 0.11 2wok:A
52 8b9d:4 677 111 0.0562 0.0414 0.2523 0.64 7pfo:4, 7plo:4
53 6rax:4 626 179 0.0843 0.0671 0.2346 1.5 6raw:4, 6ray:4, 6raz:4
54 7w1y:4 653 115 0.0562 0.0429 0.2435 1.8 7w1y:C, 6xtx:4, 6xty:4
55 1t6o:A 49 34 0.0301 0.3061 0.4412 8.2
56 6r2v:A 62 27 0.0201 0.1613 0.3704 8.5

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218