Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
PCGFIVTDAVEPDQPIIYVNTVFEMVTGYRAEEVLGRNCRFLQCRGPFAKRRHPLVDSMVVSEIRKCIDEGIEFQGELLN
FRKDGSPLMNRLRLTPIYGDDDTITHIIGIQFFIETDIDL

The query sequence (length=120) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 5svu:B 135 120 0.9917 0.8815 0.9917 1.27e-85 5svg:B, 5svg:A, 5svg:C, 5svg:D, 5svu:A, 5svu:C, 5svu:D, 5svv:D, 5svv:A, 5svv:B, 5svv:C, 5svw:B, 5svw:A, 5svw:C, 5svw:D, 6wle:B, 6wle:A, 6wle:C, 6wle:D, 6wle:E, 6wle:F, 6wle:G, 6wlp:B, 6wlp:A, 6wlp:C, 6wlp:D, 6wlp:E, 6wlp:F, 6wlp:G
2 7wa4:B 107 115 0.6583 0.7383 0.6870 3.22e-55
3 2z6d:A 118 108 0.3750 0.3814 0.4167 8.48e-27 2z6d:B
4 8pm1:A 109 110 0.3583 0.3945 0.3909 7.21e-24 7ab6:A, 7ab6:B, 7ab7:A, 7ab7:B, 8pky:A, 8pky:B, 8pm1:B, 6rhf:A, 6rhf:B, 6rhg:A, 6rhg:B, 6y7r:A, 6y7r:B, 6y7u:A, 6y7u:B, 6ywg:A, 6ywg:B, 6ywh:A, 6ywh:B, 6ywi:A, 6ywi:B, 6ywq:A, 6ywq:B, 6ywr:B, 6ywr:A, 6yx4:A, 6yx4:B, 6yx6:A, 6yx6:B, 6yxb:A, 6yxb:B, 6yxb:C, 6yxb:D, 6yxc:A, 6yxc:B
5 2z6c:A 121 108 0.3417 0.3388 0.3796 2.57e-23 2z6c:B
6 8qi8:A 110 108 0.3750 0.4091 0.4167 3.15e-23 1n9l:A, 1n9n:A, 1n9o:A, 8qi9:A, 8qia:A, 8qib:A, 8qif:A, 8qig:A, 8qih:A, 8qii:A, 8qik:A, 8qil:A, 8qim:A, 8qin:A, 8qio:A, 8qip:A, 8qiq:A, 8qir:A, 8qis:A, 8qit:A, 8qiu:A, 8qiv:A, 8qiw:A
7 6gb3:A 120 107 0.3667 0.3667 0.4112 4.60e-22 6gay:A, 6gay:B, 6gba:A, 6gbv:A, 4kuk:A, 4kuo:A, 7zqu:A
8 6hmj:A 359 110 0.3667 0.1226 0.4000 2.78e-21 6hmj:B, 6hmj:C, 6hmj:D
9 3hjk:A 150 114 0.3500 0.2800 0.3684 6.63e-21 6cny:A, 6cny:B, 6cny:C, 6cny:D, 3d72:A, 3d72:B, 3hji:A, 3hji:B, 3hjk:B, 3is2:A, 3is2:B, 2pd7:A, 2pd7:B, 2pd8:A, 2pd8:B, 2pdr:A, 2pdr:B, 2pdr:C, 2pdr:D, 3rh8:B, 3rh8:D
10 6i21:A 135 114 0.3417 0.3037 0.3596 1.71e-20 6i20:A, 6i20:B, 6i20:C, 6i20:D, 6i22:A, 6i22:B, 6i22:C, 6i22:D, 6i23:A, 6i23:B, 6i24:A, 6i25:A
11 8a5r:AAA 206 117 0.3417 0.1990 0.3504 3.10e-20 8a5s:AAA, 3p7n:A, 3p7n:B
12 7r5n:B 151 109 0.3583 0.2848 0.3945 4.30e-20 7r5n:A
13 3ue6:E 138 114 0.3333 0.2899 0.3509 9.64e-20 3ue6:A, 3ue6:B, 3ue6:C, 3ue6:D, 3ue6:F, 3ulf:A, 3ulf:B, 3ulf:C, 3ulf:D, 3ulf:E, 3ulf:F
14 7oo9:A 106 110 0.3583 0.4057 0.3909 1.21e-19 7oo9:B
15 8c05:A 305 109 0.3667 0.1443 0.4037 1.37e-19
16 6t74:B 141 108 0.3333 0.2837 0.3704 1.50e-19 5a8b:A, 5a8b:B, 5a8b:C, 5a8b:D, 5dkk:A, 5dkk:B, 5dkl:A, 5dkl:B, 6t73:A, 6t73:B, 6t73:C, 6t74:A
17 8j68:A 129 108 0.3417 0.3178 0.3796 1.70e-19 8i11:A, 8il9:A, 8iyn:A
18 7r56:A 137 118 0.3667 0.3212 0.3729 7.82e-19 8a33:A, 8a36:A, 8a36:B, 8a36:C, 8a36:D, 8a37:A, 6gg9:A, 6gg9:B, 6gg9:C, 6gg9:D, 5j3w:A, 5j3w:B, 5j3w:C, 5j3w:D, 5j4e:A, 5j4e:B, 5j4e:C, 5j4e:D, 8q5e:A, 8q5e:B, 7r4s:A, 7r4s:B, 7r4s:C, 7r4s:D, 3sw1:A, 3sw1:B
19 4hhd:A 152 110 0.3333 0.2632 0.3636 1.89e-18 4hhd:B
20 7yx0:A 166 109 0.3333 0.2410 0.3670 2.81e-18 7yx0:C
21 2wkp:A 320 110 0.3333 0.1250 0.3636 1.51e-17 6agp:A, 7ajk:BBB, 6bc1:A, 6bc1:B, 2c2h:A, 2c2h:B, 1ds6:A, 1e96:A, 2fju:A, 2g0n:A, 2g0n:B, 1g4u:R, 4gzl:A, 4gzl:B, 4gzm:A, 4gzm:B, 2h7v:A, 2h7v:B, 1he1:C, 1he1:D, 1hh4:A, 1hh4:B, 1i4d:D, 1i4l:D, 1i4t:D, 2ic5:A, 2ic5:B, 1mh1:A, 5n6o:A, 5n6o:B, 5o33:A, 2ov2:A, 2ov2:F, 2ov2:B, 2ov2:C, 2ov2:G, 2ov2:D, 2ov2:E, 2ov2:H, 2p2l:A, 2p2l:B, 2p2l:C, 8q0n:C, 2qme:A, 5qqd:A, 5qqe:A, 5qqf:A, 5qqg:A, 5qqh:A, 5qqi:A, 5qqj:A, 5qqk:A, 5qql:A, 5qqm:A, 5qqn:A, 2rmk:A, 1ryf:A, 1ryf:B, 1ryh:A, 1ryh:B, 3ryt:C, 3sbd:A, 3sbd:B, 3sbe:A, 3su8:A, 3sua:A, 3sua:B, 3sua:C, 3th5:A, 3th5:B, 7usd:F, 7use:F, 7use:G, 2w2t:A, 2w2v:A, 2w2v:B, 2w2v:C, 2w2v:D, 2w2x:A, 2w2x:B, 8wej:E, 2wkq:A, 2wkr:A
22 4wuj:C 145 100 0.3000 0.2483 0.3600 1.79e-17 4wuj:A, 4wuj:B, 4wuj:D
23 7tbq:A 375 109 0.3250 0.1040 0.3578 4.45e-17 7tal:A, 7tbn:A, 7tbq:B, 7tbq:C, 7tbq:D, 7tbq:E
24 6ph4:B 460 114 0.2917 0.0761 0.3070 1.18e-16 5epv:A, 5epv:B, 5epv:C, 5epv:D, 6ph2:A, 6ph2:B, 6ph2:C, 6ph2:D, 6ph3:A, 6ph3:B, 6ph3:C, 6ph3:D, 6ph4:A, 6pps:A, 6pps:B, 6pps:C, 6pps:D, 3t50:A, 3t50:B
25 7qf2:AAA 117 110 0.3250 0.3333 0.3545 1.26e-16 8a2v:A, 8a2w:A, 8a2w:B, 8a4e:A, 4eep:A, 4eer:A, 4ees:A, 4eet:B, 6gpu:A, 6gpv:A, 8q5f:A, 8q5f:B, 7qf3:AAA, 7qf4:AAA, 7qf5:AAA, 6qqh:A, 6qqi:A, 6qqj:A, 6qqk:A, 6qsa:A, 6s45:A, 6s46:A
26 4gcz:B 378 109 0.3250 0.1032 0.3578 1.34e-16 4gcz:A
27 7a6p:A 149 109 0.3417 0.2752 0.3761 1.51e-16 7a6p:B
28 7tcd:A 436 109 0.3250 0.0894 0.3578 1.74e-16 4wf0:A, 4wf0:B
29 2mwg:A 261 110 0.3250 0.1494 0.3545 1.77e-16 2mwg:B, 2pr5:A, 2pr5:B, 2pr6:A, 2pr6:B
30 5hzi:A 476 109 0.3250 0.0819 0.3578 1.92e-16 5djt:A, 5dju:A, 5dju:C, 5efw:A, 5hzi:B, 5hzj:A, 5hzj:B, 5hzk:B, 5hzk:D, 7pgx:AAA, 7pgy:AAA, 7pgz:AAA, 7ph0:AAA, 2v0u:A, 2v0w:A, 2v1a:A, 2v1b:A
31 5hzh:A 320 110 0.3250 0.1219 0.3545 2.11e-16
32 4r3a:A 318 111 0.3167 0.1195 0.3423 2.30e-16 4r38:A, 4r38:B, 4r38:C, 4r38:D, 4r39:A, 4r39:B, 4r39:C, 4r39:D
33 8a6x:B 368 109 0.3500 0.1141 0.3853 2.47e-16 8a3u:A, 8a52:A, 8a52:B, 8a6x:A, 8a7f:A, 8a7f:B, 8a7h:A, 8a7h:B
34 4eeu:A 109 110 0.3167 0.3486 0.3455 2.87e-16 7aby:A, 4eet:D, 4nxb:A, 4nxb:B, 4nxe:A, 4nxe:B, 4nxf:A, 4nxf:B, 4nxg:A, 4nxg:B
35 1g28:A 104 109 0.3167 0.3654 0.3486 9.79e-16 1g28:B, 1g28:C, 1g28:D, 1jnu:A, 1jnu:B, 1jnu:C, 1jnu:D
36 4r3a:B 278 94 0.2750 0.1187 0.3511 4.23e-13
37 4hj6:B 178 111 0.3083 0.2079 0.3333 1.30e-12 4hia:A, 4hia:B, 4hj3:A, 4hj3:B, 4hj4:A, 4hj4:B, 4hj6:A, 4hnb:A, 4hnb:B, 7ob0:A, 7ob0:B, 7ob0:C, 7ob0:D, 7obz:A, 7obz:B, 7obz:C, 7obz:D, 7obz:E, 7obz:F
38 2gj3:A 119 111 0.2250 0.2269 0.2432 8.14e-06 2gj3:B
39 3ewk:A 227 103 0.2083 0.1101 0.2427 0.002
40 3ewk:A 227 71 0.1833 0.0969 0.3099 0.011
41 7yid:A 660 103 0.1833 0.0333 0.2136 0.003 7yid:B, 7yid:C, 7yid:D
42 8dik:A 127 82 0.1750 0.1654 0.2561 0.004 8dik:B
43 1s66:L 119 92 0.1833 0.1849 0.2391 1.3 1s66:U, 1s67:L, 1s67:U, 1v9y:A, 1v9y:B, 1v9z:A, 1v9z:B, 1vb6:A, 1vb6:B
44 6vly:A 293 43 0.0917 0.0375 0.2558 5.8 6vly:B, 6vly:C, 6vly:D
45 8roa:A 339 89 0.1583 0.0560 0.2135 6.6

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218