Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PASVDKQLAELERNANGRLGVAMINTGNGTKILYRAAQRFPFCSTFKFMLAAAVLDQSQSQPNLLNKHINYHESDLLSYA
PITRKNLAHGMTVSELCAATIQYSDNTAANLLIKELGGLAAVNQFARSIGDQMFRLDRWEPDLNTARPNDPRDTTTPAAM
AASMNKLVLGDALRPAQRSQLAVWLKGNTTGDATIRAGAPTDWIVGDKTGSGDYGTTNDIAVLWPTKGAPIVLVVYFTQR
EKDAKPRRDVLASVTKIILSQI

The query sequence (length=262) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8ix8:A 264 262 1.0000 0.9924 1.0000 0.0 8ixx:A, 8iy4:A
2 7doo:A 260 251 0.6145 0.6192 0.6414 2.48e-116 7ddm:A, 7doo:B, 7doo:C
3 4bd0:A 261 256 0.5916 0.5939 0.6055 2.48e-110 5a92:A, 5a93:A, 4bd1:A, 4c3q:A, 6c79:A, 5g18:A, 1iyo:A, 1iyp:A, 1iyq:A, 1iys:A, 5kmw:A, 5ksc:A, 4x69:A, 4x69:B, 2zq8:A, 2zq9:A, 2zqa:A, 2zqc:A, 2zqd:A
4 7u48:A 264 257 0.5802 0.5758 0.5914 4.50e-110 7bh5:A, 7bh7:A, 8ehh:A, 5fa7:A, 5fa7:B, 5fao:A, 5fao:B, 5fap:B, 5fap:A, 4hbu:A, 6ity:A, 6ity:B, 6j2b:A, 6j2b:B, 6j2k:A, 6j2k:B, 6j2o:A, 6j2o:B, 6qw8:A, 4s2i:A, 4s2i:B, 6sp6:A, 5t66:A, 5t66:B, 7ti0:A, 7u48:B, 7u48:C, 7u49:A, 7u49:B, 7u49:C, 7u4b:A, 7u4b:B, 7u4b:C, 4xuz:A, 6z7k:A
5 6v7t:A 264 257 0.5840 0.5795 0.5953 1.92e-109 8b2o:A, 8b2v:A, 8b2w:A, 8b3m:A, 6bt6:A, 6bt6:B, 6bu3:A, 6bu3:B, 6cyq:A, 6cyq:B, 6cyq:C, 6cyq:D, 6cyq:E, 6cyq:F, 6cyq:G, 6cyq:H, 6cyu:A, 4dds:A, 4dds:B, 4ddy:A, 4ddy:B, 4de0:A, 4de0:B, 4de1:A, 4de1:B, 4de2:A, 4de2:B, 4de3:A, 4de3:B, 8ela:A, 8ela:B, 3g2y:A, 3g2y:B, 3g2z:A, 3g2z:B, 3g30:A, 3g31:A, 3g31:B, 3g32:A, 3g32:B, 3g34:A, 3g34:B, 3g35:A, 3g35:B, 6gth:A, 3hlw:A, 3hlw:B, 3huo:A, 3huo:B, 3hvf:A, 3hvf:B, 7k2w:A, 7k2y:A, 4len:A, 4len:B, 6md8:A, 6md8:B, 6mia:A, 6mia:B, 6mz1:A, 6mz1:B, 6mz2:A, 6mz2:B, 6ooe:A, 6ooe:B, 6oof:A, 6oof:B, 6ooh:A, 6ooh:B, 6ooj:A, 6ooj:B, 6ook:A, 6ook:B, 8pcl:A, 8pcm:A, 8pcn:A, 8pco:A, 8pcp:A, 8pcq:A, 8pcr:A, 8pcs:A, 8pct:A, 8pcu:A, 8pcv:A, 4pm5:A, 4pm7:A, 4pm9:A, 3q07:A, 3q07:B, 7q0y:A, 3q1f:A, 3q1f:B, 7q11:A, 8r7m:A, 7s0v:A, 5top:A, 5top:B, 5toy:B, 5toy:A, 5tw6:A, 5twe:A, 5u53:A, 7u70:A, 7u70:B, 4ua7:A, 4ua7:B, 4ua9:A, 4ua9:B, 4uaa:A, 4uaa:B, 5ujo:A, 5ujo:B, 6unb:A, 6unb:B, 6v7h:A, 6v7h:B, 6v7t:B, 6v83:A, 6v8v:A, 6vhs:A, 6vhs:B, 5vle:A, 5vle:B, 6vnu:A, 6vnu:B, 4xxr:A, 4xxr:B, 1ylj:A, 1ylp:A, 1ylt:A, 1yly:A, 1yly:B, 1ylz:A, 1ylz:B, 1ym1:A, 1ym1:B, 1yms:A, 1yms:B, 1ymx:A, 1ymx:B
6 3bfc:A 262 255 0.5725 0.5725 0.5882 6.47e-106 3bfc:B, 3bfc:C, 3bfc:D, 3bff:A, 3bff:B, 3bff:C, 3bff:D, 3bfg:A, 3bfg:B, 3bfg:C, 3bfg:D
7 6afn:A 268 248 0.5649 0.5522 0.5968 6.05e-101 6afp:A, 6afp:B, 5glb:A, 5gld:A
8 6bpf:A 265 256 0.5496 0.5434 0.5625 3.88e-98
9 8ek9:A 266 246 0.5458 0.5376 0.5813 3.98e-95
10 6wjm:A 269 240 0.5038 0.4907 0.5500 3.10e-93
11 6tww:A 266 258 0.5534 0.5451 0.5620 5.17e-91 5fqj:A, 5fqk:A, 6ty6:A, 6ty6:B, 6ty6:C
12 6dmh:A 270 262 0.5191 0.5037 0.5191 1.49e-89 4euz:A, 4ev4:A
13 7ua7:A 271 243 0.5191 0.5018 0.5597 5.63e-89 7a61:A, 8aki:A, 8akj:A, 8akk:A, 8akl:A, 8akm:A, 6b1f:A, 6b1f:B, 6b1h:A, 6b1h:B, 6b1j:A, 6b1j:B, 6b1w:A, 6b1w:B, 6b1x:A, 6b1x:B, 6b1y:A, 6b1y:B, 6d15:A, 6d16:A, 6d17:A, 6d18:A, 6d19:A, 7e9a:A, 7e9a:B, 7e9a:C, 7e9a:D, 5eec:A, 5eec:B, 8g2r:A, 8g2t:A, 6j8q:A, 6j8q:B, 6j8q:C, 6j8q:D, 6jn3:A, 6jn3:D, 6jn3:B, 6jn3:C, 6jn4:A, 6jn4:D, 6jn4:B, 6jn4:C, 6jn5:A, 6jn5:D, 6jn5:B, 6jn5:C, 5ll7:A, 7llb:A, 7llb:B, 7llh:A, 7llh:B, 7lnl:A, 7lnl:B, 7lr9:A, 7lr9:B, 6m7i:A, 6mey:A, 5mgi:A, 6mll:A, 6mnp:A, 2ov5:A, 2ov5:B, 2ov5:C, 6qw9:A, 6qwa:A, 6qwb:A, 6qwc:A, 3rxw:A, 3rxx:A, 7tc1:A, 6td0:A, 6td1:A, 7ti2:A, 8tmr:A, 8tmt:A, 7u8s:A, 7u9b:A, 5uj3:A, 5uj4:A, 7utb:A, 6v1j:A, 6v7i:A, 7vqn:C, 7vqn:D, 6xd7:A, 6xj8:A, 6z23:A, 6z24:A, 6z25:A, 4zbe:A
14 1bul:A 265 258 0.4847 0.4792 0.4922 3.39e-86
15 8qnn:A 259 255 0.4733 0.4788 0.4863 6.55e-83
16 6mkq:A 262 261 0.4733 0.4733 0.4751 2.55e-79
17 9bzq:A 271 240 0.4389 0.4244 0.4792 1.37e-78 9bzr:A
18 5ne1:B 270 251 0.5038 0.4889 0.5259 4.19e-76 5ne2:A, 5ne2:B, 5ne3:A, 5ne3:B, 6qw7:A, 6qw7:B
19 6w2z:B 261 258 0.4160 0.4176 0.4225 2.12e-72 6w2z:A
20 3lez:A 260 258 0.4313 0.4346 0.4380 2.78e-72
21 5nj2:A 272 259 0.4771 0.4596 0.4826 3.18e-72 7a72:A, 6b5y:A, 6b5y:B, 6b5y:C, 6b5y:D, 6b68:A, 6b68:B, 6b68:C, 6b68:D, 6b69:A, 6b69:B, 6b69:C, 6b69:D, 6b6a:A, 6b6a:B, 6b6a:C, 6b6a:D, 6b6c:A, 6b6d:A, 6b6e:A, 6b6f:A, 8btv:A, 8btw:A, 8bv4:A, 3cg5:A, 4df6:A, 3dwz:A, 4ebl:B, 4ebl:C, 4ebn:B, 4ebn:C, 4ebp:B, 4ebp:C, 8ebi:B, 8ebi:D, 8ebr:A, 8ebr:B, 8ebr:C, 8ebr:D, 8ec4:A, 8ec4:B, 8ec4:C, 8ec4:D, 8ecf:A, 8ecf:B, 8ecf:C, 8ecf:D, 8gcx:A, 8gcx:B, 8gcx:C, 8gcx:D, 6h2a:A, 6h2c:A, 6h2c:B, 6h2g:A, 6h2g:B, 6h2h:A, 6h2h:B, 6h2i:A, 6h2i:B, 6h2k:A, 6h2k:B, 3iqa:A, 7k8e:B, 7k8e:D, 7k8f:B, 7k8f:D, 7k8h:A, 7k8h:B, 7k8h:C, 7k8h:D, 7k8k:A, 7k8k:B, 7k8k:C, 7k8k:D, 3m6b:A, 3m6h:A, 6n14:A, 3n6i:A, 3n7w:A, 3n8l:A, 3n8r:A, 3n8s:A, 3nbl:A, 3nc8:A, 3nck:A, 3nde:A, 3ndg:A, 5nj2:B, 3ny4:A, 4q8i:A, 4qb8:A, 4qhc:A, 3vff:A, 3vff:B, 3vff:C, 3vff:D, 3vfh:B, 3vfh:C, 4x6t:A
22 8of9:A 254 244 0.4313 0.4449 0.4631 3.07e-70 8rqu:B
23 8isq:A 261 254 0.4237 0.4253 0.4370 9.72e-69 8isp:A, 8isr:A, 8isr:B
24 5zft:A 258 255 0.3969 0.4031 0.4078 3.18e-65 4a5r:A, 4a5r:B, 3b3x:A, 3b3x:B, 5ghy:B, 5ghy:A, 5ghz:B, 5ghz:A, 1i2w:A, 1i2w:B, 3ly4:A, 3m2j:A, 3m2k:A, 3m2k:B, 4n9k:B, 4n9k:A, 4n9l:B, 4n9l:A, 3sh7:A, 3sh7:B, 3sh8:A, 3sh8:B, 3sh9:A, 3sh9:B, 2wk0:A, 2wk0:B, 2x71:A, 2y91:A, 2y91:B, 5zft:B, 5zg6:B, 5zg6:A
25 8jk3:B 267 258 0.4313 0.4232 0.4380 4.26e-64 5eph:A, 5eph:B, 5eph:C, 5eph:D, 5eua:A, 5eua:B
26 6h2a:C 248 259 0.4542 0.4798 0.4595 1.86e-63
27 2v1z:A 270 239 0.3779 0.3667 0.4142 1.53e-61 1axb:A, 1bt5:A, 8de0:A, 8de0:B, 8de0:C, 8de0:D, 8de1:A, 8de1:B, 8de1:C, 8de1:D, 8de2:A, 8de2:B, 8de2:C, 8de2:D, 1erm:A, 1ero:A, 1erq:A, 1esu:A, 1fqg:A, 1jvj:A, 1jwv:A, 1jwz:A, 1li0:A, 1m40:A, 1nxy:A, 1ny0:A, 1nym:A, 1nyy:A, 4opz:A, 4oq0:A, 4oqg:A, 4oqg:B, 4oqg:C, 4oqg:D, 4oqg:F, 4oqh:A, 1pzo:A, 1pzp:A, 7qlp:A, 7qlp:C, 7qlp:D, 7qlp:E, 7qnk:A, 7qnk:B, 7qnk:C, 7qnk:D, 7qnk:E, 4rva:A, 1tem:A, 2v20:A, 1xpb:A
28 2a3u:A 265 233 0.3740 0.3698 0.4206 9.59e-61 2a49:A, 3d4f:A, 5ee8:A, 4fcf:A, 4fd8:A, 4fh2:A, 4fh4:A, 4gd6:A, 4gd8:A, 4gdb:A, 2h0t:A, 2h0y:A, 2h10:A, 2h5s:A, 4jpm:A, 4mbf:A, 4mbh:A, 4mbk:A, 3mke:A, 3mkf:A, 3mxr:A, 3mxs:A, 1n9b:A, 1ong:A, 3oph:A, 3opl:A, 3opp:A, 3opr:A, 1q2p:A, 4r3b:A, 1rcj:A, 1shv:A, 1tdg:A, 1tdl:A, 3v50:A, 3v5m:A, 1vm1:A, 4zam:A, 2zd8:A
29 5f83:A 268 256 0.4046 0.3955 0.4141 2.25e-58 5f83:B, 4gog:A, 4gog:B, 4h8r:A, 4h8r:B, 3nia:A, 6q35:A, 6q35:B, 4qu3:A, 4qu3:B, 8v9g:A, 8v9g:B, 8v9h:A, 8v9h:B
30 1blc:A 257 259 0.3282 0.3346 0.3320 6.89e-52 1blh:A, 1ghi:A, 1ghm:A, 1ghp:A, 1kgg:A
31 4dxb:A 637 196 0.3206 0.1319 0.4286 1.28e-47 4dxb:B, 4dxc:A
32 4dxb:A 637 52 0.0573 0.0235 0.2885 0.44 4dxb:B, 4dxc:A
33 1alq:A 259 225 0.2977 0.3012 0.3467 3.38e-46
34 6nvu:A 277 268 0.2519 0.2383 0.2463 1.57e-20 5gs8:A, 5gwa:A, 6pq8:A, 5x5g:A
35 8eo6:A 268 230 0.2519 0.2463 0.2870 2.77e-18 8eo6:B
36 6d3g:C 281 242 0.2214 0.2064 0.2397 1.12e-14 6d3g:A, 6d3g:B, 6d3g:D
37 2jbf:D 274 228 0.2328 0.2226 0.2675 3.38e-09 2j8y:A, 2j8y:B, 2j8y:C, 2j8y:D, 2jbf:A, 2jbf:B, 2jbf:C
38 7kmo:A 511 55 0.0878 0.0450 0.4182 3.2
39 7a7a:B 667 113 0.1145 0.0450 0.2655 6.9 7a2i:B, 7a7a:A, 7a7c:B
40 2v5k:A 260 48 0.0611 0.0615 0.3333 8.0 4b5s:A, 4b5s:B, 4b5t:A, 4b5t:B, 4b5u:A, 4b5u:B, 4b5v:A, 4b5v:B, 4b5w:A, 4b5w:B, 4b5w:C, 4b5w:D, 4b5w:E, 4b5w:F, 2v5k:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218