Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PARSVRHIAIPAHRGLITDRNGEPLAVSTPVTTLWANPKELMTAKERWPQLAAALGQDTKLFADRIEQNAEREFIYLVRG
LTPEQGEGVIALKVPGVYSIEEFRRFYPAGEVVAHAVGFTDVDDRGREGIELAFDEWLAGVPGKRQVLKDRRGRVIKDVQ
VTKNAKPGKTLALSIDLRLQYLAHRELRNALLENGAKAGSLVIMDVKTGEILAMTNQPTYNPNNRRNLQPAAMRNRAMID
VFEPGSTVKPFSMSAALASGRWKPSDIVDVYPGTLQIGRYTIRDVSRNSRQLDLTGILIKSSNVGISKIAFDIGAESIYS
VMQQVGLGQDTGLGFPGERVGNLPNHRKWPKAETATLAYGYGLSVTAIQLAHAYAALANDGKSVPLSMTRVDRVPDGVQV
ISPEVASTVQGMLQQVVEAQGGVFRAQVPGYHAAGKSGTARKVSVGTKGYRENAYRSLFAGFAPATDPRIAMVVVIDEPS
KAGYFGGLVSAPVFSKVMAGALRLMNVPPDNLPTA

The query sequence (length=515) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4kqq:A 520 513 0.9961 0.9865 1.0000 0.0 7ato:A, 7atw:A, 7atx:A, 7au0:A, 7au1:A, 7au8:A, 7au9:A, 7aub:A, 7auh:A, 5df7:A, 5df7:B, 5df8:A, 5df8:B, 5df9:A, 4fsf:A, 6hr6:A, 6hr9:A, 6i1e:A, 7jwl:A, 7kit:A, 4kqo:A, 4kqo:B, 4kqq:B, 4kqr:A, 4kqr:B, 4l0l:A, 3ocl:A, 3ocn:A, 7onk:A, 7onk:B, 4ool:A, 4oom:A, 3pbq:A, 3pbr:A, 3pbs:A, 3pbt:A, 6r3x:A, 6r42:A, 6un1:A, 6un3:A, 6vje:A, 6vot:A, 4wej:A, 4wek:A, 4wel:A, 6y6u:A, 6y6z:A
2 7atm:A 478 505 0.9282 1.0000 0.9465 0.0 7kiv:A, 7kiw:A, 7lc4:A, 7ly1:A, 3pbo:A
3 7onw:A 485 510 0.4408 0.4680 0.4451 2.56e-138 8gpw:A, 8gpw:B, 6i1i:A, 7onn:A, 8rtz:AAA
4 6syn:A 471 506 0.4155 0.4544 0.4229 5.59e-130
5 6p55:B 327 344 0.2660 0.4190 0.3983 4.63e-77 6p52:A, 6p53:B, 6p54:A, 6p54:B, 6p55:A, 6xqv:A, 6xqv:B
6 8veq:A 325 338 0.2641 0.4185 0.4024 4.25e-76 6vbd:A, 8ven:A, 8vep:A
7 6kgw:A 452 430 0.2854 0.3252 0.3419 1.35e-62 6kgs:A, 6kgt:A, 6kgu:A, 6kgv:A
8 7rcz:A 511 531 0.3049 0.3072 0.2957 1.68e-56 7rcz:B
9 7zg8:AAA 525 546 0.2990 0.2933 0.2821 8.89e-41 7zg8:BBB
10 6tix:BBB 533 556 0.2990 0.2889 0.2770 5.78e-38 6tix:AAA
11 4ovd:A 422 445 0.2447 0.2986 0.2831 5.79e-38
12 7ok9:B 525 532 0.2660 0.2610 0.2575 2.34e-36 7o4a:AAA, 7ok9:A, 7ok9:E, 7ok9:C, 7ok9:G, 7ok9:H, 7ok9:I, 7ok9:D, 7ok9:F, 7ok9:J
13 6g9f:A 539 541 0.2874 0.2746 0.2736 1.60e-33 6g9s:A
14 7kis:A 458 476 0.2660 0.2991 0.2878 8.05e-33 7kis:B
15 8f3i:A 641 499 0.2738 0.2200 0.2826 2.02e-32 8f3g:A, 8f3l:A, 8f3n:A, 8f3p:A, 8f3s:A, 8f3u:A, 8f3w:A, 8f3y:A, 6g88:A, 6mkf:A, 6mkg:A
16 6i1f:A 343 355 0.2019 0.3032 0.2930 4.93e-32 6i1f:B, 6i1g:A, 6i1g:B, 6i1h:A, 6i1h:B
17 8vbu:A 505 533 0.2583 0.2634 0.2495 5.90e-32 7o4a:BBB, 7o4b:A, 7o4b:C, 8vbu:B, 8vbv:A, 8vbv:B, 8vbw:A, 8vbw:B
18 6g88:C 597 495 0.2544 0.2194 0.2646 6.03e-25 6g88:B
19 5oj1:A 675 550 0.2447 0.1867 0.2291 4.57e-22 5oiz:A, 2z2m:B, 2z2m:E, 2zc3:B, 2zc3:E, 2zc4:B, 2zc4:E
20 4r1g:B 419 399 0.2078 0.2554 0.2682 2.36e-20 4n1x:A, 4n1x:B, 4qjg:A, 4qjg:B, 4r0q:A, 4r0q:B, 4r1g:A, 4r23:A, 4r23:B, 4r3j:A, 4r3j:B, 4ra7:A, 4ra7:B
21 5oj0:A 658 408 0.1883 0.1474 0.2377 3.83e-20 1qmf:A
22 8yjx:A 558 565 0.2583 0.2384 0.2354 4.76e-19
23 6pl6:B 577 452 0.2272 0.2028 0.2588 6.14e-19
24 7rcy:A 828 378 0.1961 0.1220 0.2672 1.26e-17 7rcw:A
25 7rcx:A 811 374 0.1961 0.1245 0.2701 3.52e-17
26 8yjx:B 490 509 0.2272 0.2388 0.2299 3.86e-17
27 1pyy:A 607 528 0.2233 0.1895 0.2178 4.41e-17
28 4cjn:A 642 551 0.2272 0.1822 0.2123 3.98e-16 4bl3:A, 4bl3:B, 4cjn:B, 4cpk:A, 4cpk:B, 4dki:A, 4dki:B, 6h5o:B, 5m18:A, 5m18:B, 5m19:A, 5m19:B, 5m1a:A, 5m1a:B, 1mwt:A, 1mwt:B, 1mwu:A, 1mwu:B, 6q9n:A, 3zfz:A, 3zfz:B, 3zg0:A, 3zg0:B, 3zg5:A, 3zg5:B
29 7rd0:A 482 518 0.2252 0.2407 0.2239 6.51e-15
30 3upp:A 445 442 0.2155 0.2494 0.2511 7.44e-15 3upn:A, 3upn:B, 3upo:A, 3upo:B, 3upp:B
31 6mkh:A 445 373 0.1748 0.2022 0.2413 8.97e-15 6bsr:A, 6mki:A
32 6h5o:A 598 458 0.1942 0.1672 0.2183 6.66e-14
33 3vsl:A 631 453 0.2136 0.1743 0.2428 3.81e-13 3vsl:B
34 8c5w:A 634 449 0.2078 0.1688 0.2383 6.52e-13 8c5o:A
35 2wad:C 607 418 0.1961 0.1664 0.2416 1.50e-09 2wad:A, 2wae:A
36 4oon:A 502 329 0.1553 0.1594 0.2432 3.15e-07
37 7u4h:A 576 284 0.1553 0.1389 0.2817 5.45e-06 7u4h:B
38 3ue1:A 604 284 0.1437 0.1225 0.2606 8.12e-05 3udi:A, 3udi:B, 3udx:A, 3udx:B, 3ue0:A, 3ue0:B, 3ue1:B
39 3zg8:B 458 334 0.1709 0.1921 0.2635 2.18e-04 3zg9:B, 3zga:B
40 2y2l:B 476 296 0.1243 0.1345 0.2162 0.002 2fff:B, 2jch:A, 2je5:A, 2je5:B, 2xd1:A, 2xd1:B, 2xd5:A, 2xd5:B, 2y2g:A, 2y2g:B, 2y2h:A, 2y2h:B, 2y2i:A, 2y2j:A, 2y2k:A, 2y2l:A, 2y2m:A, 2y2n:A, 2y2o:A, 2y2p:A, 2y2q:A, 2y2q:B, 7zui:AAA, 7zuj:AAA, 7zuk:AAA, 7zul:AAA
41 3vma:A 708 260 0.1126 0.0819 0.2231 0.002 5fgz:A, 3fwl:A, 5hl9:A, 5hla:A, 6yn0:A
42 5hlb:A 733 260 0.1126 0.0791 0.2231 0.003
43 5hld:A 649 260 0.1126 0.0894 0.2231 0.004
44 9buj:A 434 86 0.0466 0.0553 0.2791 0.030
45 2olv:B 618 335 0.1340 0.1117 0.2060 0.033 2olv:A
46 3zyy:X 628 133 0.0641 0.0525 0.2481 0.66 4c1n:J, 4c1n:I, 4c1n:K, 4c1n:X, 3zyy:Y
47 3nyc:A 381 66 0.0485 0.0656 0.3788 1.1 3nye:A, 3nyf:A, 6p9d:A, 6pld:A, 7rdf:A, 3sm8:A
48 2z2w:A 261 162 0.0777 0.1533 0.2469 1.4 3bi6:A, 3biz:A, 3cqe:A, 3cr0:A, 2in6:A, 2io6:A, 5vc6:A, 5vda:A, 1x8b:A
49 4icq:A 413 27 0.0272 0.0339 0.5185 2.5 4icq:B, 4icr:A, 4icr:B, 4ics:A, 4ics:B
50 4q7z:A 233 134 0.0660 0.1459 0.2537 5.4 4q80:A, 4q80:B
51 2ovq:B 444 68 0.0330 0.0383 0.2500 5.6 2ovr:B, 7t1y:B, 7t1z:B, 5v4b:B
52 9em0:A 376 65 0.0388 0.0532 0.3077 5.8 8aua:A, 8aua:B, 8aub:A, 8aub:B, 8aue:A, 8aue:B, 8auj:A, 8auj:B, 8aul:A, 8aul:B, 8aum:A, 8aum:B, 8aun:A, 8aun:B, 8auo:B, 8auo:A, 8auq:A, 8auq:B, 9em0:B, 9em2:B, 9em2:A, 9em3:A, 9em4:B, 9em4:A, 9em5:A, 9em6:B, 9em6:A, 3hgo:A, 3hgo:B, 3hgs:A, 3hgs:B, 2hs6:A, 2hs6:B, 2hs8:A, 2hs8:B, 2hsa:B, 2hsa:A, 8qmx:A, 8qmx:B, 8qn1:A, 8qn1:B, 8qn1:C, 8qn1:D, 8qn3:A, 8qn3:B, 8qn9:B, 8s8v:A, 8s8v:B, 8s8y:B, 8s8y:A
53 6sao:A 438 79 0.0408 0.0479 0.2658 6.2
54 3q9n:A 138 49 0.0311 0.1159 0.3265 9.3 3q9n:B, 3q9u:A, 3q9u:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218