Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PALWDSNYIQSLNTPYTEERHLDRKAELIVQVRILLKEKMEPVQQLELIHDLKYLGLSDFFQDEIKEILGVIYNEHKCFH
NNEVEKMDLYFTALGFRLLRQHGFNISQDVFNCFKNEKGIDFKASLAQDTKGMLQLYEASFLLRKGEDTLELAREFATKC
LQKKLDENEIDENLLLWIRHSLDLPLHWRIQSVEARWFIDAYARRPDMNPLIFELAKLNFNIIQATHQQELKDLSRWWSR
LCFPEKLPFVRDRLVESFFWAVGMFEPHQHGYQRKMAATIIVLATVIDDIYDVYGTLDELELFTDTFKRWDTESITRLPY
YMQLCYWGVHNYISDAAYDILKEHGFFCLQYLRKSVVDLVEAYFHEAKWYHSGYTPSLDEYLNIAKISVASPAIISPTYF
TFANASHDTAVIDSLYQYHDILCLAGIILRLPDDLGTLARGDVPKTIQCYMKETNASEEEAVEHVKFLIREAWKDMNTAI
AAGYPFPDGMVAGAANIGRVAQFIYLHGDGFSKTYEHIAGLLFEPYA

The query sequence (length=527) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1n1z:A 537 535 0.9886 0.9702 0.9738 0.0 1n1b:A, 1n1b:B, 1n1z:B, 1n20:A, 1n20:B, 1n21:A, 1n22:A, 1n22:B, 1n23:A, 1n23:B, 1n24:A, 1n24:B
2 2ong:A 543 537 0.5085 0.4936 0.4991 0.0 2ong:B, 2onh:A, 2onh:B
3 5uv2:A 514 532 0.4459 0.4572 0.4417 4.58e-141 6onm:A, 5uv1:A
4 3n0g:B 524 532 0.4118 0.4141 0.4079 5.24e-124 3n0g:A
5 6a1i:A 522 529 0.4137 0.4176 0.4121 4.86e-120 6a1d:A, 6a1e:A, 6a3x:A, 7e9r:B, 7e9r:C, 6k16:A, 6o9p:A
6 6a2d:A 519 516 0.3890 0.3950 0.3973 1.14e-116 6a2c:A, 6a2c:B, 6a2d:B
7 7xkw:A 499 507 0.3283 0.3467 0.3412 5.43e-95
8 3g4f:A 515 538 0.3321 0.3398 0.3253 3.03e-86 3g4f:B
9 5dhi:A 536 535 0.3321 0.3265 0.3271 1.31e-85 5dhk:A, 4di5:A, 5eas:A, 5eat:A, 5eau:A, 1hx9:A, 1hxa:A, 1hxc:A, 1hxg:A, 5ik0:A, 5ik6:A, 5ik9:A, 5ika:A, 5ikh:A, 5il3:A, 5il8:A, 5ild:A, 5ilh:A, 5ili:A, 5ily:A, 3lz9:A, 3m00:A, 3m01:A, 3m02:A, 4rnq:A
10 3sae:A 780 518 0.3226 0.2179 0.3282 1.25e-71 3sdr:A, 3sdt:A, 3sdu:A, 3sdv:A
11 3p5r:A 750 511 0.3055 0.2147 0.3151 7.02e-63 3p5p:A, 3p5r:B
12 7bzc:A 535 522 0.2808 0.2766 0.2835 9.00e-61 7bzb:A
13 7y47:B 767 478 0.2277 0.1565 0.2510 3.29e-28
14 3pya:A 688 275 0.1537 0.1177 0.2945 4.06e-21 4lix:A, 3pyb:A
15 8ih5:A 689 224 0.1120 0.0856 0.2634 2.04e-09 8ih5:F, 8ih5:B, 8ih5:C, 8ih5:D, 8ih5:E
16 5ucd:A 435 159 0.0778 0.0943 0.2579 0.45 5ucd:B
17 7e4n:A 290 93 0.0550 0.1000 0.3118 0.82
18 3g58:D 345 62 0.0323 0.0493 0.2742 1.8 7a8q:A, 7a8q:B, 7a8q:C, 7a8q:D, 7a9v:A, 7a9v:B, 7a9v:C, 7a9v:D, 7aag:A, 7aag:B, 7aag:C, 7aag:D, 7ab9:A, 7ab9:B, 7ab9:C, 7ab9:D, 7abd:A, 7abd:B, 7abd:C, 7abd:D, 7abe:A, 7abe:B, 7abe:C, 7abe:D, 7abj:A, 7abj:B, 7abj:C, 7abj:D, 6akr:A, 6akr:B, 6akr:C, 6akr:D, 7ay6:A, 7ay6:B, 7b9h:A, 7b9h:B, 6boj:A, 6boj:B, 6boj:C, 6boj:D, 7cbj:A, 7cbj:B, 7cbq:A, 7cbq:B, 7f2k:A, 7f2k:B, 7f2l:A, 7f2l:B, 7f2m:A, 7f2m:B, 6f6u:A, 6f6u:B, 6f8r:A, 6f8r:B, 6f8t:A, 6f8t:B, 6f8u:A, 6f8u:B, 6f8v:A, 6f8v:B, 6f8w:A, 6f8w:B, 6f8x:A, 6f8x:B, 6fdc:A, 6fdc:B, 6fdi:A, 6fdi:B, 6fdi:C, 6fdi:D, 6fe7:A, 6fe7:B, 6fe7:C, 6fe7:D, 6feb:A, 6feb:B, 6fet:A, 6fet:B, 6fet:C, 6fet:D, 2fm0:A, 2fm0:B, 2fm0:C, 2fm0:D, 2fm5:A, 2fm5:B, 2fm5:C, 2fm5:D, 6ft0:A, 6ft0:B, 6ft0:C, 6ft0:D, 6fta:A, 6fta:B, 6fta:C, 6fta:D, 6ftw:A, 6ftw:B, 6ftw:C, 6ftw:D, 6fw3:A, 6fw3:B, 6fw3:C, 6fw3:D, 3g4g:A, 3g4g:B, 3g4g:C, 3g4g:D, 3g4i:A, 3g4i:B, 3g4i:C, 3g4i:D, 3g4k:A, 3g4k:B, 3g4k:C, 3g4k:D, 3g4l:A, 3g4l:B, 3g4l:C, 3g4l:D, 3g58:A, 3g58:B, 3g58:C, 6hwo:A, 6hwo:B, 6hwo:C, 6hwo:D, 3iad:A, 3iad:B, 3iad:C, 3iad:D, 3iak:A, 6iag:A, 6iag:B, 6iag:C, 6iag:D, 6ibf:A, 6ibf:B, 6ibf:C, 6ibf:D, 6im6:A, 6im6:B, 6imb:A, 6imb:B, 6imd:A, 6imd:B, 6imi:A, 6imi:B, 6imo:A, 6imo:B, 6imr:A, 6imr:B, 6imt:A, 6imt:B, 6ind:A, 6ind:B, 6ink:A, 6ink:B, 6inm:A, 6inm:B, 5k1i:A, 5k1i:B, 5k1i:C, 5k1i:D, 5k1i:E, 5k1i:F, 5k1i:G, 5k1i:H, 5k32:A, 5k32:B, 3k4s:A, 8k4c:A, 8k4c:B, 8k4h:A, 8k4h:B, 6kjz:A, 6kjz:B, 6kk0:A, 6kk0:B, 5lbo:A, 5lbo:B, 5lbo:C, 5lbo:D, 6lrm:A, 6lrm:B, 1mkd:A, 1mkd:B, 1mkd:C, 1mkd:D, 1mkd:E, 1mkd:F, 1mkd:G, 1mkd:H, 1mkd:I, 1mkd:J, 1mkd:K, 1mkd:L, 6njh:A, 6njh:B, 6njh:C, 6njh:D, 6nji:A, 6nji:B, 6njj:A, 6njj:B, 6njj:C, 6njj:D, 4ogb:A, 4ogb:B, 4ogb:C, 4ogb:D, 1oyn:A, 1oyn:B, 1oyn:C, 1oyn:D, 1ptw:A, 1ptw:B, 1ptw:C, 1ptw:D, 2pw3:A, 2pw3:B, 1q9m:A, 1q9m:B, 1q9m:C, 1q9m:D, 2qyn:A, 2qyn:B, 6rcw:A, 6rcw:B, 6rcw:C, 6rcw:D, 3sl3:A, 3sl3:B, 3sl3:C, 3sl3:D, 3sl4:A, 3sl4:B, 3sl4:C, 3sl4:D, 3sl5:A, 3sl5:B, 3sl5:C, 3sl5:D, 3sl6:A, 3sl6:B, 3sl6:C, 3sl6:D, 3sl8:A, 3sl8:B, 3sl8:C, 3sl8:D, 1tb7:A, 1tb7:B, 1tbb:A, 1tbb:B, 5tkb:A, 5tkb:B, 5tkb:C, 5tkb:D, 3v9b:A, 3v9b:B, 3v9b:C, 3v9b:D, 4w1o:A, 4w1o:B, 4w1o:C, 4w1o:D, 7w4x:A, 7w4x:B, 7w4y:A, 7w4y:B, 8w4q:A, 8w4q:B, 8w4r:A, 8w4r:B, 4wcu:A, 4wcu:B, 4wcu:C, 4wcu:D, 8wdn:A, 8wdn:B, 8wdo:A, 8wdo:B, 5wh5:A, 5wh5:B, 5wh6:A, 5wh6:B, 5wqa:A, 5wqa:B, 7xaa:A, 7xaa:B, 7xab:A, 7xab:B, 7xbb:A, 7xbb:B, 1xom:A, 1xom:B, 1xon:A, 1xon:B, 1xoq:A, 1xoq:B, 1xor:A, 1xor:B, 1y2b:A, 1y2b:B, 1y2c:A, 1y2c:B, 1y2d:A, 1y2d:B, 1y2e:A, 1y2e:B, 1y2k:A, 1y2k:B, 8ylc:A, 8ylc:B, 7yqf:A, 7yqf:B, 7ysx:A, 7ysx:B, 6zba:AAA, 6zba:BBB, 6zba:CCC, 6zba:DDD, 1zkn:A, 1zkn:B, 1zkn:C, 1zkn:D
19 7oy2:C 454 49 0.0285 0.0330 0.3061 2.2
20 7d7p:A 329 114 0.0493 0.0790 0.2281 2.7 5vyd:A, 5vyd:B
21 7ose:A 503 49 0.0285 0.0298 0.3061 2.8 7ose:D
22 2fni:A 374 53 0.0323 0.0455 0.3208 3.9 2fni:B, 2fnu:A, 2fnu:B
23 3dy8:A 328 142 0.0683 0.1098 0.2535 4.1 6a3n:A, 6a3n:B, 8bpy:A, 8bpy:B, 3dy8:B, 3dyl:A, 3dyl:B, 3dyn:A, 3dyn:B, 3dyq:A, 3dys:A, 3dys:B, 4e90:A, 4e90:B, 7f0i:A, 7f0i:B, 4g2j:A, 4g2j:B, 4g2l:A, 4g2l:B, 4gh6:A, 4gh6:B, 2hd1:A, 2hd1:B, 3jsi:A, 3jsi:B, 3jsw:A, 3jsw:B, 3k3e:A, 3k3e:B, 3k3h:A, 3k3h:B, 6lzz:A, 6lzz:B, 3n3z:A, 3n3z:B, 4qge:A, 4qge:B, 3qi3:A, 3qi3:B, 3qi4:A, 3qi4:B, 4y86:A, 4y86:B, 4y87:A, 4y87:B, 4y8c:A, 4y8c:B, 2yy2:A, 2yy2:B
24 5b25:A 335 58 0.0266 0.0418 0.2414 6.1 5b25:B, 5b25:C, 5b25:D, 4npv:A, 4npw:A, 1taz:A, 5uoy:A, 5up0:A, 5w6e:A
25 1i9d:A 138 43 0.0266 0.1014 0.3256 6.2 1j9b:A, 1jzw:A, 1sjz:A, 1sk0:A
26 6lod:E 157 26 0.0209 0.0701 0.4231 6.3 6loe:E
27 3i8v:A 335 61 0.0304 0.0478 0.2623 6.7 3i8v:B, 2qyk:A, 2qyk:B, 3tvx:A, 3tvx:B
28 6hiv:Cv 1059 39 0.0247 0.0123 0.3333 7.4 6hiw:Cv, 6hiy:Cv, 7pub:Cv
29 8sse:A 507 63 0.0380 0.0394 0.3175 8.2 8sse:B, 8sse:C, 8sse:D, 8sse:E, 8sse:F

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218