Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PALTKSQTDRLEVLLNPKDEKPFRELESELLSRRKKDLQQIYAEERENYLGKLEREITRFFVDRGFLEIKSPILIPLEYI
ERMGIDNLSKQIFRVDKNFCLRPMLAPNLYNYLRKLDRALPDPIKIFEIGPCYRKESDGKEHLEEFTMLNFCQMGSGCTR
ENLESIITDFLNHLGIDFKIVGDSCMVYGDTLDVMHGDLELSSAVVGPIPLDREWGIDKPWIGAGFGLERLLKVKHDFKN
IKRAARSESYYNGISTNL

The query sequence (length=258) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4cs3:A 270 266 0.9884 0.9444 0.9586 0.0 6aac:A, 6aad:A, 6aan:A, 6aao:A, 6aap:A, 6aaq:A, 6aaz:A, 6ab0:A, 6ab1:A, 6ab2:A, 6ab8:A, 6abk:A, 6abl:A, 6abm:A, 4bw9:A, 4bwa:A, 4ch3:A, 4ch4:A, 4ch5:A, 4ch6:A, 4cs4:A, 5k1p:A, 5k1x:A, 8ke1:A, 8ke2:A, 8ke3:A, 8ke4:A, 8ke5:A, 8ke6:A, 6ly3:A, 6ly6:A, 6ly7:A, 6lya:A, 6lyb:A, 4q6g:A, 2q7e:A, 2q7g:A, 2q7h:A, 3qtc:A, 7rsm:A, 7rsm:B, 7rsm:C, 7rsm:D, 4tqd:A, 4tqf:A, 3vqv:A, 3vqw:A, 3vqx:A, 3vqx:B, 3vqx:C, 3vqx:D, 3vqy:A, 2zce:A, 2zim:A, 2zin:A, 2zio:A, 4zib:A
2 2zni:A 279 245 0.3992 0.3692 0.4204 7.24e-65 2zni:B
3 7u0r:B 278 228 0.3566 0.3309 0.4035 1.85e-50 8c49:A, 8c49:B, 8dqg:D, 8dqg:A, 8dqh:D, 8dqh:A, 8dqi:D, 8dqi:A, 8dqj:D, 7u0r:A
4 8dqj:A 251 228 0.3333 0.3426 0.3772 4.49e-40
5 1adj:A 420 134 0.1279 0.0786 0.2463 1.12e-04 1adj:B, 1adj:C, 1adj:D, 1ady:A, 1ady:B, 1ady:C, 1ady:D, 4rdx:A
6 1bbu:A 486 140 0.1628 0.0864 0.3000 8.85e-04
7 6vu9:A 631 139 0.1240 0.0507 0.2302 0.001
8 1qf6:A 641 82 0.0814 0.0328 0.2561 0.003 7cbg:A, 7cbg:B, 7cbh:A, 7cbh:B, 7cbi:A, 7cbi:B, 1evk:A, 1evk:B, 1evl:A, 1evl:B, 1evl:C, 1evl:D, 1fyf:A, 1fyf:B, 8h98:B, 8h98:A, 8h99:A, 8h99:B, 8h9a:A, 8h9b:A, 8h9c:A, 4hwo:A, 4hwo:B, 4hwp:A, 4hwp:B, 4hwr:A, 4hwr:B, 4hws:A, 4hws:B, 1kog:A, 1kog:B, 1kog:C, 1kog:D, 1kog:E, 1kog:F, 1kog:G, 1kog:H, 6l2p:A, 6l2p:B, 6l2q:A, 6l2q:B, 8ou8:D, 8ou8:A, 4p3o:A, 4p3o:B, 4p3p:A, 4p3p:B, 8qic:A, 8qic:D, 1tke:A, 1tkg:A, 1tky:A, 8wia:A, 8wia:B, 8wig:A, 8wig:B, 8wih:A, 8wih:B, 8wii:A, 8wii:B, 8wij:B, 8wij:A, 7wm7:A, 7wm7:B, 7wmf:A, 7wmf:B, 7wmi:A, 7wmi:B
9 3a31:A 465 95 0.1008 0.0559 0.2737 0.007 3a32:A
10 4up7:A 529 102 0.1202 0.0586 0.3039 0.008 4up9:A, 4upa:A
11 5x6c:A 539 166 0.1318 0.0631 0.2048 0.010 5x6c:B
12 1e1t:A 485 134 0.1512 0.0804 0.2910 0.016 1e1o:A, 1e22:A, 1e24:A, 1lyl:A, 1lyl:B, 1lyl:C, 5yzx:A, 5yzx:B, 5yzx:C
13 4yrc:A 419 77 0.0891 0.0549 0.2987 0.022 3hrk:A, 3hrk:B, 3lc0:A, 4yp0:A, 4ypf:A, 4yre:A, 4yre:B, 4yrf:A, 4yrg:A, 4yri:A, 4yrj:A, 4yrk:A, 4yrk:B, 4yrl:A, 4yrm:A, 4yrm:B, 4yrn:A, 4yrn:B, 4yro:A, 4yrp:A, 4yrp:B, 4yrq:A, 4yrr:A, 4yrr:B, 4yrs:A, 4yrt:A
14 1nyq:B 645 100 0.1085 0.0434 0.2800 0.024 1nyq:A, 1nyr:A, 1nyr:B
15 3a5z:C 324 103 0.1085 0.0864 0.2718 0.035 3a5y:B, 3a5y:C, 3a5y:D, 3a5z:A, 3a5z:E, 3a5z:G, 3g1z:A, 3g1z:B
16 3a5y:A 297 103 0.1085 0.0943 0.2718 0.037
17 3l4g:C 508 54 0.0659 0.0335 0.3148 0.056 3l4g:A, 3l4g:E, 3l4g:G, 3l4g:I, 3l4g:K, 3l4g:M, 3l4g:O
18 2du4:A 466 275 0.2054 0.1137 0.1927 0.063 2du3:B, 2du5:B, 2du6:B
19 2du3:A 534 175 0.1240 0.0599 0.1829 0.15 2du5:A, 2du6:A
20 4ex5:A 486 95 0.1085 0.0576 0.2947 0.26 4ex5:B
21 6chd:A 506 145 0.1434 0.0731 0.2552 0.30 3bju:A, 3bju:B, 3bju:C, 3bju:D, 6chd:B, 4dpg:A, 4dpg:B, 4dpg:C, 4dpg:D, 4dpg:E, 4dpg:F, 4dpg:G, 4dpg:H, 7ea9:A, 7ea9:B, 7ea9:C, 7ea9:D, 6ild:A, 6ild:B, 6ilh:A, 6ilh:B, 4ycu:A, 4ycu:B, 4ycw:A, 4ycw:B, 4ycw:E, 4ycw:F
22 3a74:A 484 68 0.0659 0.0351 0.2500 0.52 3a74:B, 3a74:C, 3a74:D, 3e9h:A, 3e9h:B, 3e9h:C, 3e9h:D, 3e9i:A, 3e9i:B, 3e9i:C, 3e9i:D
23 7qh8:A 471 100 0.1163 0.0637 0.3000 0.59 7qhn:A, 7qi8:A
24 1c0a:A 585 160 0.1550 0.0684 0.2500 0.74 1il2:A, 1il2:B
25 7dv6:A 304 108 0.1124 0.0954 0.2685 0.80 5e8y:A, 5e91:A, 5e92:A, 5qin:A
26 1asy:A 490 26 0.0504 0.0265 0.5000 0.98 1asy:B, 1asz:A, 1asz:B
27 1asy:A 490 27 0.0465 0.0245 0.4444 3.6 1asy:B, 1asz:A, 1asz:B
28 2dq3:A 425 166 0.1512 0.0918 0.2349 1.1 2dq3:B
29 6aqh:B 490 100 0.1124 0.0592 0.2900 1.4 6aqh:A, 6aqh:C, 6aqh:D
30 6aqg:C 490 91 0.1008 0.0531 0.2857 1.5 6aqg:A, 6aqg:B, 6aqg:D, 5vl1:A, 5vl1:B, 5vl1:C, 5vl1:D
31 6wbd:B 485 160 0.1550 0.0825 0.2500 2.1 6wbd:A
32 7dpi:C 292 130 0.1279 0.1130 0.2538 3.1 7dpi:A
33 6bni:A 502 132 0.1473 0.0757 0.2879 3.2 6bni:B, 6c86:A, 6c86:B, 5eln:A, 5eln:B, 5eln:C, 5eln:D, 5elo:A, 5elo:B, 5elo:C, 5elo:D, 6hcw:A, 6hcw:B, 7zog:A, 7zog:B, 7zog:C, 7zog:D
34 3lss:B 468 140 0.1163 0.0641 0.2143 3.9 6rlt:A, 6rlt:B, 6rlu:A, 6rlu:B, 6rlv:A, 6rlv:B
35 5hgq:B 482 115 0.1318 0.0705 0.2957 4.2 5hgq:A, 5hgq:D, 5hgq:C
36 2rhs:C 271 57 0.0620 0.0590 0.2807 4.7 2rhq:A, 2rhs:A
37 3fed:A 690 67 0.0698 0.0261 0.2687 4.7 3fec:A, 3fee:A, 3ff3:A
38 3lss:A 438 140 0.1163 0.0685 0.2143 4.8
39 8tc8:A 435 90 0.1047 0.0621 0.3000 6.3 8h53:A, 8h53:B, 8h53:C, 8h53:D, 8tc8:B, 8tc8:C, 8tc8:D, 8tc9:A, 8tc9:B, 8tc9:C, 8tc9:D
40 8c4t:A 1268 62 0.0814 0.0166 0.3387 6.6
41 7f6w:A 506 99 0.1047 0.0534 0.2727 6.9
42 8qh3:A 1310 62 0.0814 0.0160 0.3387 7.0 8c4u:A, 8c4v:A, 8p1m:A, 8p1n:A, 8qgt:A
43 1b8a:A 438 83 0.0736 0.0434 0.2289 7.2 1b8a:B, 3nel:A, 3nem:A, 3nem:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218