Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PALTKSQTDRLEVLLNPKDEISLNSGKPFRELESELLSRRKKDLQQIYAEERENYLGKLEREITRFFVDRGFLEIKSPIL
IPLEYIERMGIDNLSKQIFRVDKNFCLRPMLAPNLANYLRKLDRALPDPIKIFEIGPCYRKESDGKEHLEEFTMLNFCQM
GSGCTRENLESIITDFLNHLGIDFKIVGDSCMVFGDTLDVMHGDLELSSAVVGPIPLDREWGIDKPWIGAGFGLERLLKV
KHDFKNIKRAARSGSYYNGISTNL

The query sequence (length=264) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4cs3:A 270 266 0.9924 0.9704 0.9850 0.0 6aac:A, 6aad:A, 6aan:A, 6aao:A, 6aap:A, 6aaq:A, 6aaz:A, 6ab0:A, 6ab1:A, 6ab2:A, 6ab8:A, 6abk:A, 6abl:A, 6abm:A, 4bw9:A, 4bwa:A, 4ch3:A, 4ch4:A, 4ch5:A, 4ch6:A, 4cs4:A, 5k1p:A, 5k1x:A, 8ke1:A, 8ke2:A, 8ke3:A, 8ke4:A, 8ke5:A, 8ke6:A, 6ly3:A, 6ly6:A, 6ly7:A, 6lya:A, 6lyb:A, 4q6g:A, 2q7e:A, 2q7g:A, 2q7h:A, 3qtc:A, 7rsm:A, 7rsm:B, 7rsm:C, 7rsm:D, 4tqd:A, 4tqf:A, 3vqv:A, 3vqw:A, 3vqx:A, 3vqx:B, 3vqx:C, 3vqx:D, 3vqy:A, 2zce:A, 2zim:A, 2zin:A, 2zio:A, 4zib:A
2 2zni:A 279 273 0.4091 0.3871 0.3956 7.52e-64 2zni:B
3 7u0r:B 278 228 0.3409 0.3237 0.3947 2.12e-48 8c49:A, 8c49:B, 8dqg:D, 8dqg:A, 8dqh:D, 8dqh:A, 8dqi:D, 8dqi:A, 8dqj:D, 7u0r:A
4 8dqj:A 251 228 0.3220 0.3386 0.3728 2.22e-38
5 1adj:A 420 134 0.1250 0.0786 0.2463 1.11e-04 1adj:B, 1adj:C, 1adj:D, 1ady:A, 1ady:B, 1ady:C, 1ady:D, 4rdx:A
6 6vu9:A 631 139 0.1212 0.0507 0.2302 0.001
7 1bbu:A 486 140 0.1553 0.0844 0.2929 0.002
8 1qf6:A 641 82 0.0795 0.0328 0.2561 0.002 7cbg:A, 7cbg:B, 7cbh:A, 7cbh:B, 7cbi:A, 7cbi:B, 1evk:A, 1evk:B, 1evl:A, 1evl:B, 1evl:C, 1evl:D, 1fyf:A, 1fyf:B, 8h98:B, 8h98:A, 8h99:A, 8h99:B, 8h9a:A, 8h9b:A, 8h9c:A, 4hwo:A, 4hwo:B, 4hwp:A, 4hwp:B, 4hwr:A, 4hwr:B, 4hws:A, 4hws:B, 1kog:A, 1kog:B, 1kog:C, 1kog:D, 1kog:E, 1kog:F, 1kog:G, 1kog:H, 6l2p:A, 6l2p:B, 6l2q:A, 6l2q:B, 8ou8:D, 8ou8:A, 4p3o:A, 4p3o:B, 4p3p:A, 4p3p:B, 8qic:A, 8qic:D, 1tke:A, 1tkg:A, 1tky:A, 8wia:A, 8wia:B, 8wig:A, 8wig:B, 8wih:A, 8wih:B, 8wii:A, 8wii:B, 8wij:B, 8wij:A, 7wm7:A, 7wm7:B, 7wmf:A, 7wmf:B, 7wmi:A, 7wmi:B
9 4yrc:A 419 77 0.0909 0.0573 0.3117 0.004 3hrk:A, 3hrk:B, 3lc0:A, 4yp0:A, 4ypf:A, 4yre:A, 4yre:B, 4yrf:A, 4yrg:A, 4yri:A, 4yrj:A, 4yrk:A, 4yrk:B, 4yrl:A, 4yrm:A, 4yrm:B, 4yrn:A, 4yrn:B, 4yro:A, 4yrp:A, 4yrp:B, 4yrq:A, 4yrr:A, 4yrr:B, 4yrs:A, 4yrt:A
10 3a31:A 465 95 0.0985 0.0559 0.2737 0.006 3a32:A
11 4up7:A 529 102 0.1174 0.0586 0.3039 0.009 4up9:A, 4upa:A
12 3l4g:C 508 113 0.1061 0.0551 0.2478 0.014 3l4g:A, 3l4g:E, 3l4g:G, 3l4g:I, 3l4g:K, 3l4g:M, 3l4g:O
13 1e1t:A 485 159 0.1742 0.0948 0.2893 0.015 1e1o:A, 1e22:A, 1e24:A, 1lyl:A, 1lyl:B, 1lyl:C, 5yzx:A, 5yzx:B, 5yzx:C
14 1nyq:B 645 100 0.1061 0.0434 0.2800 0.016 1nyq:A, 1nyr:A, 1nyr:B
15 3a5z:C 324 103 0.1061 0.0864 0.2718 0.036 3a5y:B, 3a5y:C, 3a5y:D, 3a5z:A, 3a5z:E, 3a5z:G, 3g1z:A, 3g1z:B
16 3a5y:A 297 103 0.1061 0.0943 0.2718 0.037
17 5x6c:A 539 142 0.1250 0.0612 0.2324 0.059 5x6c:B
18 2du4:A 466 225 0.1667 0.0944 0.1956 0.15 2du3:B, 2du5:B, 2du6:B
19 2du3:A 534 181 0.1439 0.0712 0.2099 0.24 2du5:A, 2du6:A
20 4ex5:A 486 95 0.1061 0.0576 0.2947 0.30 4ex5:B
21 7dv6:A 304 110 0.1136 0.0987 0.2727 0.39 5e8y:A, 5e91:A, 5e92:A, 5qin:A
22 1c0a:A 585 192 0.1818 0.0821 0.2500 0.43 1il2:A, 1il2:B
23 2dq3:A 425 166 0.1477 0.0918 0.2349 0.47 2dq3:B
24 3lss:B 468 140 0.1174 0.0662 0.2214 0.50 6rlt:A, 6rlt:B, 6rlu:A, 6rlu:B, 6rlv:A, 6rlv:B
25 3lss:A 438 140 0.1174 0.0708 0.2214 0.59
26 2rhs:C 271 57 0.0644 0.0627 0.2982 0.84 2rhq:A, 2rhs:A
27 3a74:A 484 148 0.1098 0.0599 0.1959 1.0 3a74:B, 3a74:C, 3a74:D, 3e9h:A, 3e9h:B, 3e9h:C, 3e9h:D, 3e9i:A, 3e9i:B, 3e9i:C, 3e9i:D
28 1asy:A 490 26 0.0492 0.0265 0.5000 1.1 1asy:B, 1asz:A, 1asz:B
29 1asy:A 490 27 0.0455 0.0245 0.4444 3.8 1asy:B, 1asz:A, 1asz:B
30 7qh8:A 471 136 0.1364 0.0764 0.2647 1.1 7qhn:A, 7qi8:A
31 7dpi:C 292 157 0.1364 0.1233 0.2293 1.5 7dpi:A
32 6wbd:B 485 103 0.1023 0.0557 0.2621 1.9 6wbd:A
33 6chd:A 506 129 0.1288 0.0672 0.2636 1.9 3bju:A, 3bju:B, 3bju:C, 3bju:D, 6chd:B, 4dpg:A, 4dpg:B, 4dpg:C, 4dpg:D, 4dpg:E, 4dpg:F, 4dpg:G, 4dpg:H, 7ea9:A, 7ea9:B, 7ea9:C, 7ea9:D, 6ild:A, 6ild:B, 6ilh:A, 6ilh:B, 4ycu:A, 4ycu:B, 4ycw:A, 4ycw:B, 4ycw:E, 4ycw:F
34 5jip:A 317 84 0.0758 0.0631 0.2381 2.6 5jip:B
35 6bni:A 502 132 0.1439 0.0757 0.2879 3.2 6bni:B, 6c86:A, 6c86:B, 5eln:A, 5eln:B, 5eln:C, 5eln:D, 5elo:A, 5elo:B, 5elo:C, 5elo:D, 6hcw:A, 6hcw:B, 7zog:A, 7zog:B, 7zog:C, 7zog:D
36 4hnx:A 713 72 0.0909 0.0337 0.3333 3.4
37 6hd7:t 838 72 0.0909 0.0286 0.3333 3.5
38 5hgq:B 482 115 0.1288 0.0705 0.2957 3.7 5hgq:A, 5hgq:D, 5hgq:C
39 5ypz:A 480 59 0.0795 0.0437 0.3559 4.4 5ypz:C, 5ypz:B
40 8tc8:A 435 90 0.0985 0.0598 0.2889 5.3 8h53:A, 8h53:B, 8h53:C, 8h53:D, 8tc8:B, 8tc8:C, 8tc8:D, 8tc9:A, 8tc9:B, 8tc9:C, 8tc9:D
41 8qh3:A 1310 62 0.0795 0.0160 0.3387 5.8 8c4u:A, 8c4v:A, 8p1m:A, 8p1n:A, 8qgt:A
42 8c4t:A 1268 62 0.0795 0.0166 0.3387 5.8
43 7qok:A 1361 65 0.0682 0.0132 0.2769 6.9
44 7f6w:A 506 99 0.1023 0.0534 0.2727 7.6
45 6aqh:B 490 100 0.1098 0.0592 0.2900 9.2 6aqh:A, 6aqh:C, 6aqh:D
46 7by6:A 299 139 0.1250 0.1104 0.2374 9.2

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218