Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
PAARFQVQKHSWDGLRSIIHGSRKKAPHDFQFVQKTDESGPHSHRLYYLGMPRENSLLYSEIPKKLLLSWKQMLDHFQAT
PHHGVYSREEELLRERKRLGVFGITSYDFHSESGLFLFQASNSLFHCRDGFMVSPMKPLEIKTQCSGPRMDPKICPADPA
FFSFINNSDLWVANIETGEERRLTFCHQVLDDPKSAGVATFVIQEEFDRFTGYWWCPTASWLKTLRILYEEVDESEVEVI
HVPSPALEERKTDSYRYPRTGSKNPKIALKLAEFQTDSQGKIVSTQEKELVQPFSSLFPKVEYIARAGWTRDGKYAWAMF
LDRPQQWLQLVLLPPALFIPSTENEEQRLASARAVPRNVQPYVVYEEVTNVWINVHDIFYPFPQSEDELCFLRANECKTG
FCHLYKVTAVLKSQGYDWSEPFSPGFKCPIKEEIALTSGEWEVLARHGSKIWVNEETKLVYFQGTKDTPLEHHLYVVSYE
AAGEIVRLTTPGFSHSCSMSQNFDMFVSHYSSVSTPPCVHVYKLSGPDDDPLHKQPRFWASMMEADYVPPEIFHFHTRSD
VRLYGMIYKPHALQPGKKHPTVLFVYGGPQVQLVNNSFKGIKYLRLNTLASLGYAVVVIDGRGSCQRGLRFEGALKNQMG
QVEIEDQVEGLQFVAEKYGFIDLSRVAIHGWSYGGFLSLMGLIHKPQVFKVAIAGAPVTVWMAYDTGYTERYMDVPENNQ
HGYEAGSVALHVEKLPNEPNRLLILHGFLDENVHFFHTNFLVSQLIRAGKPYQLQIYPNERHSIRCPESGEHYEVTLLHF
LQEYL

The query sequence (length=805) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6eor:B 805 805 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 6qzv:B
2 7jn7:A 846 844 1.0000 0.9515 0.9538 0.0 6eor:A, 6eor:C, 6eor:D, 7jn7:D, 6qzv:A, 6qzv:C, 6qzv:D, 7svl:A, 7svl:B, 7svl:C, 7svl:D, 7svn:A, 7svn:B, 7svn:C, 7svn:D, 6x6c:A, 6x6c:D, 7zxs:A, 7zxs:B, 7zxs:C, 7zxs:D
3 7svm:A 852 838 0.6311 0.5962 0.6062 0.0 7a3g:B, 7a3g:A, 7a3i:B, 7a3i:C, 7a3j:C, 7a3j:A, 7a3j:B, 7a3k:C, 7a3k:A, 7a3k:B, 7a3l:A, 7a3l:B, 7a3l:C, 7ayq:B, 7ayr:A, 7ayr:B, 6eop:A, 6eop:B, 6eop:C, 6eot:A, 6eot:B, 6eot:D, 6eot:G, 6eot:I, 6eot:K, 6hp8:A, 6hp8:B, 6hp8:C, 7or4:B, 7or4:A, 7oz7:A, 7oz7:B, 6qzw:A, 6qzw:B, 6qzw:C, 7svm:B, 7svm:C, 7svo:A, 7svo:B, 7svo:C, 6trw:A, 6trw:B, 6trw:C, 6trx:B, 6trx:C, 6trx:A
4 7ayq:A 808 836 0.5963 0.5941 0.5742 0.0 7a3i:A
5 5yp2:A 724 745 0.2745 0.3052 0.2966 1.04e-91 5yp2:B, 5yp3:A, 5yp3:B, 5yp3:C, 5yp3:D, 5yp4:A, 5yp4:B, 5yp4:C, 5yp4:D
6 7y4g:A 715 668 0.2273 0.2559 0.2740 4.60e-55 8hay:A, 8hay:B, 8hay:C, 7y4g:B, 7y4g:C
7 2dcm:A 662 650 0.1975 0.2402 0.2446 2.22e-50 2eep:A, 2z3z:A
8 2aj8:A 728 658 0.2087 0.2308 0.2553 4.75e-42 2aj8:B, 2aj8:C, 2aj8:D, 2ajb:A, 2ajb:B, 2ajb:C, 2ajb:D, 2ajc:A, 2ajc:B, 2ajc:C, 2ajc:D, 2ajd:A, 2ajd:B, 2ajd:C, 2ajd:D, 2bua:A, 2bua:B, 2bua:C, 2bua:D, 2buc:A, 2buc:B, 2buc:C, 2buc:D, 5lls:A, 5lls:B, 5lls:D, 5lls:C, 1orw:A, 1orw:B, 1orw:C, 1orw:D, 7xnm:B, 7xnm:A
9 4n8e:B 734 659 0.2174 0.2384 0.2656 4.92e-42 4a5s:A, 4a5s:B, 2ajl:I, 2ajl:J, 6b1e:A, 6b1e:B, 6b1o:A, 6b1o:B, 2bgn:A, 2bgn:B, 2bgn:C, 2bgn:D, 2bgr:A, 2bgr:B, 3bjm:A, 3bjm:B, 2bub:A, 2bub:B, 3c43:A, 3c43:B, 3c45:A, 3c45:B, 3ccb:A, 3ccb:B, 3ccb:C, 3ccb:D, 3ccc:A, 3ccc:B, 3ccc:C, 3ccc:D, 3d4l:A, 3d4l:B, 4dsa:A, 4dsz:A, 4dsz:B, 4dtc:A, 4dtc:B, 3eio:A, 3eio:B, 3f8s:A, 3f8s:B, 2fjp:A, 2fjp:B, 3g0b:A, 3g0b:B, 3g0b:C, 3g0b:D, 3g0c:A, 3g0c:B, 3g0c:C, 3g0c:D, 3g0d:A, 3g0d:B, 3g0d:C, 3g0d:D, 3g0g:A, 3g0g:B, 3g0g:C, 3g0g:D, 4g1f:A, 4g1f:B, 4g1f:C, 4g1f:D, 2g5p:A, 2g5t:A, 2g63:B, 3h0c:A, 3h0c:B, 3hab:A, 3hab:B, 3hac:A, 3hac:B, 2hha:A, 2hha:B, 2i03:B, 2i78:B, 5i7u:A, 5i7u:B, 2iit:A, 2iit:B, 2iiv:A, 2iiv:B, 5ism:A, 5ism:B, 4j3j:A, 4j3j:B, 5j3j:A, 5j3j:B, 4jh0:A, 4jh0:B, 2jid:A, 2jid:B, 5kby:A, 5kby:B, 5kby:C, 5kby:D, 3kwf:A, 3kwf:B, 3kwj:A, 3kwj:B, 4lko:A, 4lko:B, 1n1m:A, 1n1m:B, 4n8d:A, 4n8d:B, 4n8e:A, 3nox:A, 3nox:B, 1nu8:B, 3o95:A, 3o95:B, 3o95:C, 3o95:D, 3o9v:A, 3o9v:B, 3o9v:C, 3o9v:D, 2oag:B, 3oc0:A, 3oc0:B, 2ogz:A, 2ogz:B, 2ole:A, 2ole:B, 2onc:A, 2onc:B, 2onc:C, 2onc:D, 2oph:A, 2oph:B, 3opm:A, 3opm:B, 3opm:C, 3opm:D, 2oqi:B, 2oqv:A, 2p8s:A, 2p8s:B, 4pnz:A, 4pnz:B, 4pv7:A, 4pv7:B, 3q0t:A, 3q0t:B, 3q8w:A, 3q8w:B, 3qbj:A, 3qbj:B, 2qjr:A, 2qjr:B, 2qky:A, 2qky:B, 2qky:C, 2qky:D, 2qoe:A, 2qoe:B, 2qt9:A, 2qt9:B, 2qtb:A, 2qtb:B, 1r9n:A, 1r9n:B, 1r9n:C, 1r9n:D, 2rgu:A, 2rgu:B, 2rip:A, 1rwq:A, 1rwq:B, 3sww:A, 3sww:B, 3sx4:A, 3sx4:B, 5t4b:A, 5t4b:B, 5t4e:A, 5t4e:B, 5t4f:A, 5t4f:B, 5t4h:A, 5t4h:B, 1tkr:A, 1tkr:B, 3vjk:A, 3vjk:B, 3vjl:A, 3vjl:B, 3vjm:A, 3vjm:B, 3w2t:A, 3w2t:B, 1wcy:A, 1wcy:B, 3wqh:A, 3wqh:B, 1x70:A, 1x70:B, 5y7h:A, 5y7h:B, 5y7j:A, 5y7j:B, 5y7j:C, 5y7j:D, 5y7k:A, 5y7k:B, 5y7k:C, 5y7k:D, 5zid:A, 5zid:B
10 4q1v:A 707 611 0.1901 0.2164 0.2504 2.34e-39 4q1v:B
11 2gbf:A 730 270 0.1242 0.1370 0.3704 5.44e-38 4ffw:A, 4ffw:B, 2gbg:A, 2gbi:A, 2i3z:A, 2oae:A, 5vta:A, 5vta:B, 5vta:C, 5vta:D
12 2gbf:A 730 75 0.0248 0.0274 0.2667 2.9 4ffw:A, 4ffw:B, 2gbg:A, 2gbi:A, 2i3z:A, 2oae:A, 5vta:A, 5vta:B, 5vta:C, 5vta:D
13 6y0f:C 722 624 0.1938 0.2161 0.2500 2.77e-35 6y0f:A, 6y0f:B, 6y0f:D
14 8wt1:C 651 283 0.0981 0.1214 0.2792 8.70e-18 8wt1:A, 8wt1:B, 8wt1:D, 8wt1:E, 8wt1:F, 8wt1:G, 8wt1:H
15 7qun:A 694 357 0.1068 0.1239 0.2409 1.50e-12 7qun:B, 7qun:C, 7qun:D
16 4re6:A 577 305 0.0994 0.1386 0.2623 3.10e-10 2hu5:A, 2hu5:B, 2hu7:A, 2hu7:B, 2hu8:A, 2hu8:B, 4re5:A, 4re5:B, 4re6:C, 1ve7:A, 1ve7:B
17 4hxg:F 614 248 0.0820 0.1075 0.2661 2.35e-09 4hxe:B, 4hxf:B, 4hxg:A, 4hxg:B, 4hxg:C, 4hxg:D, 4hxg:E, 4hxg:G, 4hxg:H, 4hxg:I, 4hxg:L
18 3muo:A 684 162 0.0522 0.0614 0.2593 8.19e-06 3iuq:A, 3iur:A, 3ivm:A
19 6ikg:A 644 216 0.0596 0.0745 0.2222 1.13e-04 6ikg:B
20 7vgb:A 681 185 0.0559 0.0661 0.2432 3.52e-04 7vgb:B, 7vgc:A
21 4amy:A 710 251 0.0696 0.0789 0.2231 0.002 4amz:A, 4an0:A, 4an1:A, 4bcb:A, 4bcc:A, 4bcd:A, 3ddu:A, 1e8m:A, 1e8n:A, 3eq7:A, 3eq8:A, 3eq9:A, 1h2y:A, 1h2z:A, 1o6f:A, 1o6g:A, 1qfm:A, 1qfs:A, 1uoo:A, 1uop:A, 1uoq:A, 2xdw:A
22 6gud:A 282 48 0.0236 0.0674 0.3958 0.002 6gur:A, 6gur:B
23 6jci:A 704 144 0.0447 0.0511 0.2500 0.006
24 5uw3:D 698 120 0.0385 0.0444 0.2583 0.035 5uw5:D, 5uw6:D, 5uw7:A, 5uw7:B, 5uzw:D
25 2bkl:B 677 223 0.0584 0.0694 0.2108 0.041 2bkl:A
26 5o3w:B 717 120 0.0373 0.0418 0.2500 0.070 5o3u:A, 5o3u:B, 5o3u:C, 5o3u:D, 5o3v:B, 5o3v:A, 5o3w:A, 5o3w:C, 5o3w:D, 5uw3:A, 5uw3:B, 5uw3:C, 5uw5:A, 5uw5:B, 5uw5:C, 5uw6:A, 5uw6:B, 5uw6:C, 5uzw:A, 5uzw:B, 5uzw:C
27 8y9c:B 1609 119 0.0410 0.0205 0.2773 0.36
28 6can:A 616 230 0.0696 0.0909 0.2435 0.43 6can:B, 5t88:A, 5t88:B
29 2xe4:A 721 304 0.0832 0.0929 0.2204 0.54
30 8cub:C 588 76 0.0286 0.0391 0.3026 0.70 8cub:A, 7r8a:A, 7r8b:A
31 6oq5:A 2346 119 0.0398 0.0136 0.2689 1.0 6oq7:A, 7s0z:B, 7s0z:A
32 3fcy:A 317 154 0.0497 0.1262 0.2597 1.4 3fcy:C
33 1mpx:A 614 182 0.0534 0.0700 0.2363 1.5 1mpx:B, 1mpx:C, 1mpx:D
34 7u5d:G 300 82 0.0286 0.0767 0.2805 2.3 7u5e:G
35 5n4b:A 722 244 0.0571 0.0637 0.1885 2.3 5n4b:B, 5n4d:A, 5n4d:B
36 7vhv:A 485 65 0.0224 0.0371 0.2769 2.6 7vhv:D, 7vhv:C, 7vhv:B
37 3c5m:B 378 102 0.0335 0.0714 0.2647 5.9 3c5m:A, 3c5m:C
38 7z4g:B 1188 110 0.0311 0.0210 0.2273 7.0 7zo1:B
39 3qdq:A 447 71 0.0236 0.0425 0.2676 7.2
40 3e4d:A 278 77 0.0261 0.0755 0.2727 7.7 3e4d:B, 3e4d:C, 3e4d:E, 3e4d:D, 3e4d:F
41 4xt2:A 116 26 0.0099 0.0690 0.3077 8.7

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218