Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
NPIHDRTSDYHKYLKVKQGDSDLFKLTVSDKRYIWYNPDPKERDSYECGEIVSETSDSFTFKTVDGQDRQVKKDDANQRN
PIKFDGVEDMSELSYLNEPAVFHNLRVRYNQDLIYTYSGLFLVAVNPFKRIPIYTQEMVDIFKGRRRNEVAPHIFAISDV
AYRSMLDDRQNQSLLITGESGAGKTENTKKVIQYLASVAGRNGVLEQQILQANPILEAFGNAKTTRNNNSSRFGKFIEIQ
FNNAGFISGASIQSYLLEKSRVVFQSETERNYHIFYQLLAGATAEEKKALHLAGPESFNYLNQSGCVDIKGVSDSEEFKI
TRQAMDIVGFSQEEQMSIFKIIAGILHLGNIKFEKGAGEGAVLKDKTALNAASTVFGVNPSVLEKALMEPRILAGRDLVA
QHLNVEKSSSSRDALVKALYGRLFLWLVKKINNVLCQERKAYFIGVLDISGFEIFKVNSFEQLCINYTNEKLQQFFNHHM
FKLEQEEYLKEKINLDSQATIDLIDGRQPPGILALLDEQSVFPNATDNTLITKLHSHFSKKNAKYEEPRFSKTEFGVTHY
AGQVMYEIQDWLEKNKDPLQQDLELCFKDSSDNVVTKLFNDPNIASRAFITVAAQYKEQLASLMATLETTNPHFVRCIIP
NNKQLPAKLEDKVVLDQLRCNGVLEGIRITRKGFPNRIIYADFVKRYYLLAPNVPRDAEDSQKATDAVLKHLNIDPEQYR
FGITKIFFRAGQLARIEEARE

The query sequence (length=741) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1g8x:A 1009 758 0.9919 0.7284 0.9697 0.0 1g8x:B
2 1jwy:A 1039 753 0.9879 0.7045 0.9721 0.0 4ae3:A, 2aka:A, 7b19:A, 7b1a:A, 3bz7:A, 3bz8:A, 3bz9:A, 1d0x:A, 1d0y:A, 1d0z:A, 1d1a:A, 1d1b:A, 1d1c:A, 1fmw:A, 2jhr:A, 2jj9:A, 1jx2:A, 1lvk:A, 3mjx:A, 3mkd:A, 1mma:A, 1mmd:A, 1mmg:A, 1mmn:A, 1mne:A, 3mnq:A, 3myh:X, 3myk:X, 3myl:X, 4pjk:A, 1vom:A, 1w9i:A, 1w9j:A, 1w9k:A, 1w9l:A, 2x9h:A, 2xel:A, 2xo8:A, 2y8i:X, 1yv3:A, 6z2s:A, 6z7t:A, 6z7t:B, 6z7u:A
3 1mnd:A 641 672 0.8583 0.9922 0.9464 0.0
4 3i5f:A 810 731 0.4980 0.4556 0.5048 0.0
5 7mf3:B 896 744 0.4926 0.4074 0.4906 0.0 1br1:A, 1br1:C, 1br1:E, 1br1:G, 1br4:A, 1br4:C, 1br4:E, 1br4:G, 7mf3:A, 6z47:A, 6z47:B
6 1qvi:A 806 733 0.4872 0.4479 0.4925 0.0 1kk7:A, 1kk8:A, 2otg:A, 1s5g:A
7 5t45:A 708 721 0.4831 0.5056 0.4965 0.0 5m05:A
8 5w1a:A 786 734 0.4777 0.4504 0.4823 0.0 8exw:A, 5w1a:C
9 1kwo:A 780 745 0.4818 0.4577 0.4792 0.0 1b7t:A, 1dfl:A, 1kqm:A, 1l2o:A
10 1dfl:B 766 731 0.4777 0.4621 0.4843 0.0
11 8act:A 873 723 0.4723 0.4009 0.4841 0.0 8act:B, 9f6c:B, 8qyp:A, 8qyq:A, 8qyq:B, 8qyr:B
12 5i4e:A 959 738 0.4669 0.3608 0.4688 0.0
13 4pa0:A 974 731 0.4710 0.3583 0.4774 0.0 4db1:A, 4db1:B, 8efe:A, 8efh:A, 9f6c:A, 6fsa:A, 6fsa:B, 5n69:A, 5n69:B, 5n6a:A, 8qyu:A
14 1br2:A 673 719 0.4750 0.5230 0.4896 0.0 1br2:B, 1br2:C, 1br2:D, 1br2:E, 1br2:F
15 6ysy:A 767 715 0.4534 0.4381 0.4699 0.0
16 6qdj:A 758 733 0.4710 0.4604 0.4761 0.0
17 4pa0:B 920 727 0.4642 0.3739 0.4732 0.0 8qyu:B
18 7dhw:A 726 725 0.4399 0.4490 0.4497 0.0
19 1w7j:A 752 728 0.4116 0.4056 0.4190 0.0 7pm5:A, 7pm6:A, 7pm6:D, 7pm7:A, 7pm8:A, 7pm9:A, 7pma:A, 7pmb:A, 7pmc:A, 7pmd:A, 7pme:A, 7pme:D, 7pmf:A, 7pmg:A, 7pmh:A, 7pmi:A, 7pmj:A, 7pml:A, 1w7i:A
20 5hmp:B 712 671 0.3995 0.4157 0.4411 0.0 5hmp:A, 4zg4:B, 4zg4:E
21 7udu:D 701 670 0.3914 0.4137 0.4328 0.0 7rb8:D
22 5i0i:A 784 690 0.3900 0.3686 0.4188 3.03e-177 5i0h:A, 5i0h:B, 5i0i:B
23 4dbq:A 744 721 0.3860 0.3844 0.3967 6.55e-164 4pjj:A, 2vas:A
24 2vb6:A 724 714 0.3779 0.3867 0.3922 1.71e-162
25 1lkx:C 679 683 0.3725 0.4065 0.4041 8.71e-161 1lkx:A, 1lkx:B, 1lkx:D
26 4l79:A 734 683 0.3738 0.3774 0.4056 3.04e-158 6c1d:P, 6c1g:P
27 4byf:A 698 670 0.3563 0.3782 0.3940 5.33e-158 4byf:C
28 8w41:A 1162 759 0.3860 0.2461 0.3768 4.43e-157 4dbr:A, 4e7s:A, 4e7s:B, 4e7z:A, 4e7z:B, 5o2l:A, 4pfo:A, 4pfp:A, 4pfp:C, 4pjl:A, 4pjm:A, 4pjn:A, 4pk4:A, 2v26:A
29 4anj:A 995 747 0.3846 0.2864 0.3815 2.67e-156 1jbz:A
30 6ui4:A 692 685 0.3576 0.3829 0.3869 1.19e-150
31 6ycx:B 817 674 0.2955 0.2681 0.3249 8.43e-110 8a12:A, 8cdm:A, 8cdq:A, 6i7e:A, 6ycx:A, 6ycy:A, 6ycz:A
32 6due:A 737 671 0.2821 0.2836 0.3115 9.00e-102
33 6sh6:A 681 83 0.0337 0.0367 0.3012 0.020 8ejm:A, 8ro2:DX, 5xdr:A
34 5cb8:B 176 87 0.0310 0.1307 0.2644 0.22 5cb6:A, 5cb6:B, 5cb6:C, 5cb6:D, 5cb6:E, 5cb6:F, 5cb8:A
35 1e29:A 135 47 0.0216 0.1185 0.3404 1.2 7n8o:V, 7n8o:v, 7rcv:V, 7rcv:v, 8tow:V, 8tow:v
36 3pz2:A 298 69 0.0324 0.0805 0.3478 1.3
37 4ys6:A 324 43 0.0175 0.0401 0.3023 3.7
38 4bs9:A 691 162 0.0472 0.0507 0.2160 3.9
39 7s14:B 223 69 0.0243 0.0807 0.2609 4.0 7ldq:A, 7rzl:A, 7rzl:B, 7rzp:A, 7rzp:B, 7s14:A, 7s14:C, 7s14:D, 7s1a:A, 7s1a:B, 7t2z:A, 7t2z:B, 7t33:A, 7t33:B
40 6i3p:C 630 28 0.0189 0.0222 0.5000 5.6 6i3p:A, 6i3p:B, 6i3p:D, 6qic:A, 6qic:B, 6qic:C, 6qic:D
41 1woj:A 209 42 0.0189 0.0670 0.3333 6.1
42 6jsc:B 168 77 0.0297 0.1310 0.2857 6.1 6jsa:A, 6jsc:A
43 8j5q:D 611 40 0.0202 0.0245 0.3750 6.5 8j5r:D, 8j5s:D, 8j5t:D
44 7w1m:E 1226 68 0.0310 0.0188 0.3382 8.3 6wg3:E, 6wge:E
45 7jpo:A 352 84 0.0310 0.0653 0.2738 9.0 7jpr:A, 7jps:A, 5uj7:A, 5uj7:B, 5ujm:A
46 6bk8:P 653 27 0.0189 0.0214 0.5185 9.4 6exn:V, 5mq0:V
47 6n8z:B 723 27 0.0202 0.0207 0.5556 9.8 6ahf:F, 5kne:A, 5kne:B, 6n8t:C, 6n8t:D, 6n8t:E, 6n8v:A, 6n8v:B, 6n8v:C, 6n8v:E, 6n8v:F, 6n8z:A, 6n8z:C, 6n8z:D, 6n8z:E, 6n8z:F, 5vjh:A, 5vjh:B, 5vjh:C, 5vjh:D, 5vjh:E, 5vjh:F, 5vy8:A, 5vy8:B, 5vy8:F, 5vy9:C, 5vy9:D, 5vya:A, 5vya:B, 5vya:C, 5vya:D, 5vya:E, 5vya:F

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218