Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
NNYALSAQQLLNASKIDDIDSMMGFERYVPPQYNGRFDAKDIDQIPGRVGWLTNMHATLVSQENQGISGVDFYFLDEEGG
SFKSTVVYDPYFFIACNDESRVNDVEELVKKYLESCLKSLQIIRKEDLTMDNHLLGLQKTLIKLSFVNSNQLFEARKLLR
PILQDNANNNVQRNIYNVVDAKHLIEDIREYDVPYHVRVSIDKDIRVGKWYKVTQQGFIEDTRKIAFADPVVMAFAIATT
KPPLKFPDSAVDQIMMISYMIDGEGFLITNREIISEDIEDFEYTPKPEYPGFFTIFNENDEVALLQRFFEHIRDVRPTVI
STFNGDFFDWPFIHNRSKIHGLDMFDEIGFAPDAEGEYKSSYCSHMDCFRWVKRDSYLPQGSQGLKAVTQSKLGYNPIEL
DPELMTPYAFEKPQHLSEYSVSDAVATYYLYMKYVHPFIFSLCTIIPLNPDETLRKGTGTLCEMLLMVQAYQHNILLPNK
HTDPIERFYDGHLLESETYVGGHVESLEAGVFRSDLKNEFKIDPSAIDELLQELPEALKFSVEVENKSSVDKVTNFEEIK
NQITQKLLELKENNIRNELPLIYHVDVASMYPNIMTTNRLQPDSIKAERDCTCARKLKWAWRGEFFPSKMDEYNMIKRAL
QNETFPNKNKFSKKKVLTFDELSYADQVIHIKKRLTEYSRKVYHRVKVSEIVEREAIVCQRENPFYVDTVKSFRDRRYEF
KGLAKTWKGNLSKIDPSDKHARDEAKKMIVLYDSLQLAHKVILVSFYGYVMRKGSRWYSMEMAGITCLTGATIIQMARAL
VERVGRPLELDTDGIWCILPKSFPETYFFTLENGKKLYLSYPCSMLNYRVHQKFTNHQYQELKDPLNYIYETHSENTIFF
EVDGPYKAMILPSSKEEGKGIKKRYAVFNEDGSLAELKGFELKRRGELQLIKNFQSDIFKVFLEGDTLEGCYSAVASVCN
RWLDVLDSHGLMLEDEDLVSLICENRSMSKTLKEYEGQKSTSITTARRLGDFLGEDMVKDKGLQCKYIISSKPFNAPVTE
RAIPVAIFSADIPIKRSFLRRWTLDPSLEDLDIRTIIDWGYYRERLGSAIQKIITIPAALQGVSNPVPRVEHPDWLKRKI
AT

The query sequence (length=1122) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4m8o:A 1126 1126 0.9964 0.9929 0.9929 0.0 8b6k:A, 8b6k:B, 8b76:B, 8b76:A, 8b77:A, 8b79:B, 8b79:A, 8b7e:B, 8b7e:A, 6fwk:A, 6h1v:A, 6i8a:A, 5oki:B, 4ptf:A, 6qib:A, 7r3x:A, 7r3y:A, 8tw9:E, 8twa:E
2 6g0a:A 1104 1123 0.9795 0.9955 0.9786 0.0 8b67:A, 6fwk:B, 6i8a:B, 7r3y:B
3 9b8t:A 1146 1139 0.5677 0.5558 0.5593 0.0 9b8s:A, 9f6d:A, 9f6e:A, 9f6f:A, 9f6i:A, 9f6j:A, 9f6k:A, 9f6l:A
4 6s2e:A 1006 632 0.5258 0.5865 0.9335 0.0 6s2f:A
5 6s2e:A 1006 435 0.3610 0.4026 0.9310 0.0 6s2f:A
6 4ail:C 750 451 0.1070 0.1600 0.2661 7.34e-19 2jgu:A
7 4ail:C 750 232 0.0535 0.0800 0.2586 8.36e-06 2jgu:A
8 4k8x:A 759 469 0.1070 0.1581 0.2559 3.87e-17 6is7:A, 6is7:B, 6isf:A, 6isf:B, 6isg:A, 6ish:A, 6isi:A, 4k8z:A, 5omf:A, 5omq:A, 5omv:A, 7om3:A, 7omb:A, 7omg:A, 6q4t:A, 7rsr:A, 7rss:A, 7rsu:A, 8t3x:A, 7tqw:A, 5vu6:A, 5vu7:A, 5vu9:A
9 4k8x:A 759 213 0.0499 0.0738 0.2629 7.85e-06 6is7:A, 6is7:B, 6isf:A, 6isf:B, 6isg:A, 6ish:A, 6isi:A, 4k8z:A, 5omf:A, 5omq:A, 5omv:A, 7om3:A, 7omb:A, 7omg:A, 6q4t:A, 7rsr:A, 7rss:A, 7rsu:A, 8t3x:A, 7tqw:A, 5vu6:A, 5vu7:A, 5vu9:A
10 7b0h:F 762 471 0.1061 0.1562 0.2527 5.97e-16 7b07:A, 7b08:A, 7b0f:A, 7b0g:A, 7b0h:E, 1qqc:A, 5vu8:A, 2vwj:A, 2xhb:A
11 7b0h:F 762 232 0.0472 0.0696 0.2284 1.69e-04 7b07:A, 7b08:A, 7b0f:A, 7b0g:A, 7b0h:E, 1qqc:A, 5vu8:A, 2vwj:A, 2xhb:A
12 1d5a:A 733 456 0.0980 0.1501 0.2412 1.51e-15
13 1d5a:A 733 213 0.0481 0.0737 0.2535 0.085
14 6wya:A 756 470 0.0936 0.1389 0.2234 4.38e-12 6wyb:A
15 6wya:A 756 338 0.0660 0.0979 0.2189 5.50e-05 6wyb:A
16 4flu:A 758 308 0.0668 0.0989 0.2435 7.45e-08 4flt:A, 4flv:A, 4flw:A, 4flx:A, 4fly:A, 4flz:A, 4fm0:A, 4fm1:A, 4fm2:A
17 4flu:A 758 373 0.0766 0.1135 0.2306 1.29e-04 4flt:A, 4flv:A, 4flw:A, 4flx:A, 4fly:A, 4flz:A, 4fm0:A, 4fm1:A, 4fm2:A
18 5mdn:A 761 392 0.0722 0.1064 0.2066 3.56e-06 5mdn:B
19 5mdn:A 761 318 0.0651 0.0959 0.2296 0.006 5mdn:B
20 3k57:A 782 233 0.0526 0.0754 0.2532 4.92e-06 3k58:A, 3k59:A, 3k5l:A, 3k5m:A, 3maq:A
21 1s5j:A 727 199 0.0446 0.0688 0.2513 7.34e-04
22 3k5n:A 759 233 0.0508 0.0751 0.2446 0.003
23 6e5v:B 447 114 0.0285 0.0716 0.2807 0.61 6bsz:A, 6bsz:B, 6bt5:A, 6bt5:B, 6e5v:A
24 7kc0:A 1004 144 0.0303 0.0339 0.2361 0.70 3iay:A, 6p1h:A
25 8un9:A 229 112 0.0258 0.1266 0.2589 1.1 8un9:B
26 8d0b:F 915 71 0.0196 0.0240 0.3099 1.4 8d0k:F
27 7opl:A 1070 71 0.0196 0.0206 0.3099 1.5 6as7:A, 9c8v:C, 8d96:C, 8d9d:C, 5exr:C, 5exr:G, 5iud:A, 5iud:D, 5iud:G, 5iud:J, 7n2m:A, 4q5v:A, 4q5v:E, 4qcl:A, 8qj7:A, 7u5c:C, 8vy3:C, 4y97:B, 4y97:D, 4y97:F, 4y97:H
28 7lxd:A 1190 155 0.0312 0.0294 0.2258 1.8 6v8p:A
29 7uy7:E 783 70 0.0187 0.0268 0.3000 1.9
30 8tlq:A 1283 117 0.0258 0.0226 0.2479 2.2 8tlt:A, 6v93:A
31 3r5h:A 383 32 0.0116 0.0339 0.4062 2.3 4dlk:A, 4dlk:B, 3q2o:B, 3qff:A, 3qff:B, 3r5h:B, 3v4s:A, 3v4s:B
32 8wpe:A 1006 121 0.0267 0.0298 0.2479 3.2 8hg1:A, 8hpa:A, 8j86:A, 8j8f:A, 8j8g:A, 8k8s:A, 8k8u:A, 5n2g:A, 8wpf:A, 8wpk:A, 8wpp:A
33 7cim:A 524 46 0.0134 0.0286 0.3261 4.5 7cig:A, 7cig:B, 7cii:A, 7cii:B, 7cij:A, 7cij:B, 7cim:B
34 1un9:A 537 72 0.0187 0.0391 0.2917 4.6 1un9:B
35 7s0t:A 1231 116 0.0267 0.0244 0.2586 6.2
36 8uhe:C 164 43 0.0134 0.0915 0.3488 9.2

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218