Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
NNMNVIIADDHPIVLFGIRKSLEQIEWVNVVGEFEDSTALINNLPKLDAHVLITDLSMPGDKYGDGITLIKYIKRHFPSL
SIIVLTMNNNPAILSAVLDLDIEGIVLKQGAPTDLPKALAALQKGKKFTPESVSRLLEKISAKRLSPKESEVLRLFAEGF
LVTEIAKKLNRSIKTISSQKKSAMMKLGVENDIALLNYLSSVT

The query sequence (length=203) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5o8z:B 209 208 1.0000 0.9713 0.9760 7.04e-144 5o8z:A, 5vxn:A, 5vxn:B, 5vxn:C, 5vxn:D, 5w43:A, 5w43:B, 6zii:B, 6zii:A, 6zix:B, 6zix:A, 6zj2:D, 6zj2:C, 6zj2:B, 6zj2:A
2 4yn8:A 201 197 0.3005 0.3035 0.3096 4.29e-18
3 5hev:F 210 197 0.2709 0.2619 0.2792 4.58e-16 5hev:A, 5hev:B, 5hev:C
4 4if4:A 208 196 0.2463 0.2404 0.2551 5.02e-13 4if4:B, 4if4:C, 4if4:D, 7ve5:B, 7ve5:A, 7ve6:A, 7ve6:B
5 4ldz:A 196 192 0.2512 0.2602 0.2656 8.69e-10 5iuk:C, 5iul:C, 5iul:F, 4ldz:B, 4le0:A, 4le0:B, 7ssj:B, 7ssj:E, 7ssj:F
6 5xt2:B 204 158 0.1970 0.1961 0.2532 5.86e-06 5xt2:A, 5xt2:C, 5xt2:D, 5xt2:E
7 1j56:A 124 84 0.1379 0.2258 0.3333 2.45e-05 1krx:A
8 4zmr:A 207 194 0.2266 0.2222 0.2371 3.75e-05 4e7o:A, 4e7o:B, 4e7p:A, 4e7p:B, 4zmr:B, 4zms:A, 4zms:B
9 1l5y:B 151 147 0.2069 0.2781 0.2857 0.021 1l5y:A
10 4hnq:A 124 86 0.1281 0.2097 0.3023 0.060 4hns:A, 4jp1:A, 4lx8:A, 3to5:A
11 4wu4:B 68 47 0.0837 0.2500 0.3617 0.065 4wu4:A, 4wuh:B, 4wuh:A, 4wul:A, 4wul:B
12 6ww6:B 192 197 0.2365 0.2500 0.2437 0.14 6wsh:A, 6wsh:B, 6ww6:A
13 7od9:B 129 119 0.1429 0.2248 0.2437 0.15 6ekg:Y, 6ekh:Y, 7od9:A
14 5lwk:A 122 123 0.1379 0.2295 0.2276 0.18 5lwk:B
15 8a5r:AAA 206 54 0.0936 0.0922 0.3519 0.26 8a5s:AAA, 3p7n:A, 3p7n:B
16 4y13:A 244 58 0.0887 0.0738 0.3103 0.64 2avx:A, 4y15:A, 4y15:B, 4y15:C, 4y17:A, 4y17:B, 4y17:C
17 3dzd:A 368 40 0.0690 0.0380 0.3500 1.1 3dzd:B
18 7r3g:B 236 47 0.0887 0.0763 0.3830 1.7 7r3g:A, 7r3h:B, 7r3h:A, 7r3i:A, 7r3i:B
19 4g2c:B 463 65 0.0887 0.0389 0.2769 1.9 4g2c:A
20 1je8:E 67 33 0.0542 0.1642 0.3333 2.3 1je8:A, 1je8:B, 1je8:F, 8u3b:G, 8u3b:H, 1zg1:A, 1zg1:B, 1zg1:E, 1zg1:F, 1zg5:A, 1zg5:B, 1zg5:E, 1zg5:F
21 8p5d:SGG 319 53 0.0936 0.0596 0.3585 2.5 8p60:SGG, 8p60:RGG, 7qca:SGG
22 4q9n:A 295 38 0.0542 0.0373 0.2895 3.2 4q9n:B, 4q9n:C, 4q9n:D, 4q9n:E, 4q9n:F, 4q9n:G, 4q9n:H
23 8g8f:A 491 93 0.1133 0.0468 0.2473 3.4 8g8f:B, 8g8f:C, 8g8f:D, 8g8f:E, 8g8f:F, 8g8f:G, 8g8f:H, 8g9b:A, 8g9b:B, 8g9b:C, 8g9b:D, 8g9b:E, 8g9b:F, 8g9b:G, 8g9b:H, 6i0m:A, 6i0o:B, 6u8n:A, 6u8n:B, 6u8n:C, 6u8n:D, 6u8n:E, 6u8n:F, 6u8n:G, 6u8n:H, 6u8r:D, 6u8r:A, 6u8r:B, 6u8r:C, 6u8r:H, 6u8r:E, 6u8r:F, 6u8r:G, 6u9o:A, 6u9o:B, 6u9o:C, 6u9o:D, 6u9o:E, 6u9o:F, 6u9o:G, 6u9o:H, 6ua2:B, 6ua2:A, 6ua2:D, 6ua2:C, 6ua2:F, 6ua2:E, 6ua2:H, 6ua2:G, 6ua4:B, 6ua4:A, 6ua4:D, 6ua4:C, 6ua4:F, 6ua4:E, 6ua4:H, 6ua4:G, 6uaj:A, 6uaj:B, 6uaj:C, 6uaj:D, 6uaj:E, 6uaj:F, 6uaj:G, 6uaj:H, 6udo:A, 6udo:B, 6udo:C, 6udo:D, 6udo:E, 6udo:F, 6udo:G, 6udo:H, 6udq:A, 6udq:B, 6udq:C, 6udq:D, 6udq:E, 6udq:F, 6udq:G, 6udq:H
24 8fuz:A 390 93 0.1133 0.0590 0.2473 3.5 8foz:A, 8foz:B, 8foz:C, 8foz:D, 8foz:E, 8foz:F, 8foz:G, 8foz:H, 8fuz:B, 8fuz:C, 8fuz:D, 8fuz:E, 8fuz:F, 8fuz:G, 8fuz:H, 1jr1:B, 6u8e:A, 6u8e:B, 6u8e:C, 6u8e:D, 6u8e:E, 6u8e:F, 6u8e:G, 6u8e:H, 6u8s:A, 6u8s:B, 6u8s:C, 6u8s:D, 6u8s:E, 6u8s:F, 6u8s:G, 6u8s:H, 6ua5:A, 6ua5:B, 6ua5:C, 6ua5:D, 6ua5:E, 6ua5:F, 6ua5:G, 6ua5:H, 6udp:A, 6udp:B, 6udp:C, 6udp:D, 6udp:E, 6udp:F, 6udp:G, 6udp:H
25 6swl:A 133 65 0.0985 0.1504 0.3077 4.2 6swl:B
26 1nfb:A 396 83 0.0985 0.0505 0.2410 4.3 1nfb:B
27 8gzh:D 615 101 0.1330 0.0439 0.2673 4.6 8gzg:D
28 8oki:A 901 95 0.1084 0.0244 0.2316 5.0 8cro:A, 8orq:A, 8p2i:A, 8rbo:A
29 1b3o:B 410 74 0.0936 0.0463 0.2568 5.6
30 1b3o:A 304 74 0.0936 0.0625 0.2568 5.8
31 6ont:A 121 89 0.1182 0.1983 0.2697 5.9
32 6uc2:A 453 93 0.1133 0.0508 0.2473 6.0 6i0m:B, 6i0o:A, 6uc2:B, 6uc2:C, 6uc2:D, 6uc2:E, 6uc2:F, 6uc2:G, 6uc2:H
33 1taq:A 807 111 0.1527 0.0384 0.2793 6.0 4bwj:A, 4bwm:A, 4c8k:A, 4c8l:A, 4c8m:A, 4c8n:A, 4c8o:A, 4cch:A, 4df4:A, 4df8:A, 4dfj:A, 4dfk:A, 4dfm:A, 4dfp:A, 4dle:A, 4dlg:A, 5e41:A, 4elt:A, 4elu:A, 4elv:A, 6fbc:A, 6fbd:A, 6fbe:A, 6fbf:A, 6fbg:A, 6fbh:A, 6fbi:A, 2ktq:A, 3ktq:A, 4ktq:A, 5ktq:A, 3lwl:A, 3lwm:A, 3m8r:A, 3m8s:A, 4n5s:A, 5nkl:A, 5o7t:A, 3ojs:A, 3oju:A, 7owf:A, 5oxj:A, 3po4:A, 3po5:A, 3py8:A, 6q4u:A, 6q4v:A, 1qss:A, 1qsy:A, 1qtm:A, 3rr7:A, 3rr8:A, 3rrg:A, 3rrh:A, 3rtv:A, 3sv3:A, 3sv4:A, 3syz:A, 3sz2:A, 5szt:A, 3t3f:A, 1tau:A, 5w6k:A, 5w6q:C, 5w6q:G, 4xiu:A, 5ytc:A, 5ytd:A, 5yte:A, 5ytf:A, 5ytg:A, 5yth:A, 5z3n:A
34 3bk7:A 593 35 0.0640 0.0219 0.3714 6.1 3j15:B, 5lw7:B, 1yqt:A, 5yv5:A
35 1nf7:A 454 74 0.0936 0.0419 0.2568 6.7 1jr1:A, 1nf7:B
36 8bah:A 399 94 0.1281 0.0652 0.2766 7.8 8bah:B, 3t1i:A, 3t1i:B, 3t1i:C, 3t1i:D
37 6xvu:D 141 75 0.0985 0.1418 0.2667 7.9 6xvu:A, 6xvu:C, 6xvu:B
38 6ide:B 228 46 0.0788 0.0702 0.3478 8.6 6ide:A, 6kju:A, 6kju:B, 6ugl:B
39 6ugl:A 200 46 0.0788 0.0800 0.3478 8.6
40 6ifh:A 119 49 0.0640 0.1092 0.2653 9.1

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218