Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
NKVTCLVCRKGDNDEFLLLCDGCDRGCHIYCHRPKMEAVPEGDWFCTVCLAQQ

The query sequence (length=53) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4q6f:A 56 53 1.0000 0.9464 1.0000 1.39e-35 6fap:A, 6fap:B, 6fap:C, 6fap:D, 6fhu:A, 6fhu:B, 6fhu:D, 6fhu:C, 6fi0:A, 6fi0:B, 6fi0:C, 6fi0:D, 6fkp:A, 6fkp:D, 6fkp:C, 6fkp:B, 4q6f:B, 4q6f:C, 4q6f:D, 4qf2:A, 4qf2:B, 4qf2:C, 4qf2:D, 5t8r:D, 5t8r:A, 5t8r:B, 5t8r:C
2 6fhq:A 58 51 0.6604 0.6034 0.6863 1.00e-24 6fhq:B, 6fi1:A, 6fi1:B, 4qf3:A, 4qf3:B
3 2mny:A 55 50 0.4717 0.4545 0.5000 6.20e-13 2mnz:A
4 2miq:A 94 52 0.3962 0.2234 0.4038 1.35e-12
5 5vab:A 54 49 0.4528 0.4444 0.4898 1.38e-12
6 7klo:A 59 50 0.4340 0.3898 0.4600 1.69e-12 7klr:A
7 5b79:A 118 46 0.4528 0.2034 0.5217 4.93e-12 5vdc:A
8 5szb:A 115 46 0.4151 0.1913 0.4783 3.47e-11 5i3l:A, 5i3l:B, 2kwj:A, 2kwk:A, 2kwn:A, 2kwo:A, 5szc:A
9 2e6r:A 92 50 0.4151 0.2391 0.4400 4.77e-11
10 1f62:A 51 47 0.3962 0.4118 0.4468 7.32e-11
11 9atn:A 98 46 0.3774 0.2041 0.4348 1.69e-09
12 6oie:B 111 50 0.4151 0.1982 0.4400 1.22e-08 6oie:A, 5u2j:B, 5u2j:A
13 4lk9:A 126 51 0.3962 0.1667 0.4118 1.89e-08 5b75:A, 5b76:A, 5b77:A, 5b78:A, 4ljn:A, 4lka:A, 4llb:A, 4llb:B, 2ln0:A, 6lsb:A, 3v43:A
14 2ke1:A 66 50 0.3962 0.3182 0.4200 2.62e-08 2kft:A, 1xwh:A
15 6ryr:W 708 45 0.3396 0.0254 0.4000 5.97e-08 2l75:A, 1mm2:A, 6q3m:D, 6ryu:W, 6ryu:V
16 2ysm:A 111 45 0.3396 0.1622 0.4000 1.09e-07
17 7xga:A 126 50 0.3962 0.1667 0.4200 6.12e-07 6vfo:A
18 2l5u:A 61 45 0.3774 0.3279 0.4444 7.61e-07
19 5hh7:A 192 45 0.3585 0.0990 0.4222 1.11e-06
20 3u5m:E 173 49 0.3774 0.1156 0.4082 1.84e-06
21 3u5o:C 195 49 0.3774 0.1026 0.4082 2.25e-06 8bd8:A, 8bd9:A, 8bdy:A, 5mr8:A, 3u5m:A, 3u5m:B, 3u5m:C, 3u5m:D, 3u5m:F, 3u5m:G, 3u5m:H, 3u5m:I, 3u5m:K, 3u5m:J, 3u5m:L, 3u5n:A, 3u5n:B, 3u5o:A, 3u5o:B, 3u5o:D, 3u5o:E, 3u5o:F, 3u5o:G, 3u5o:H, 3u5p:A, 3u5p:B, 3u5p:C, 3u5p:D, 3u5p:E, 3u5p:F, 3u5p:G, 3u5p:H, 7zdd:A
22 2puy:B 60 48 0.3774 0.3333 0.4167 2.65e-06 2puy:A
23 2yql:A 56 48 0.3774 0.3571 0.4167 3.13e-06
24 6ieu:A 170 49 0.3774 0.1176 0.4082 7.35e-06 6iet:A
25 1mm3:A 61 45 0.3774 0.3279 0.4444 8.53e-06
26 2e6s:A 77 47 0.3585 0.2468 0.4043 1.30e-05
27 3o36:A 184 49 0.3585 0.1033 0.3878 1.43e-05 7b9x:A, 5h1t:A, 5h1t:B, 5h1t:C, 5h1t:D, 5h1u:B, 5h1u:A, 5h1u:C, 5h1u:D, 5h1v:A, 5h1v:B, 3o33:A, 3o33:B, 3o33:C, 3o33:D, 3o34:A, 3o35:B, 3o35:A, 3o36:B, 3o37:A, 3o37:B, 3o37:C, 3o37:D, 4yab:A, 4yab:B, 4yad:A, 4yad:B, 4yat:A, 4yat:B, 4yax:A, 4yax:B, 4ybm:A, 4ybm:B, 4ybs:A, 4ybt:A, 4yc9:A, 4zql:A, 4zql:B
28 7ebk:A 183 49 0.3774 0.1093 0.4082 1.76e-05 7ebj:A
29 4gy5:A 215 47 0.3396 0.0837 0.3830 6.94e-05 3ask:A, 3ask:B, 3ask:D, 3asl:A, 3db3:A, 7fb7:B, 4gy5:B, 6iiw:A, 2lgg:A, 2lgk:A, 2lgl:A, 4qqd:A, 4qqd:B, 3shb:A, 3sou:A, 3sou:B, 3sow:A, 3sow:B, 3sox:A, 3sox:B, 3t6r:B, 3t6r:A, 8wms:A, 5xpi:A, 5yy9:A, 5yy9:B, 3zvy:A, 3zvy:B, 3zvz:B
30 6q3m:C 219 45 0.3396 0.0822 0.4000 8.27e-05 6q3m:A, 6q3m:B
31 6guu:B 204 45 0.3208 0.0833 0.3778 1.28e-04 6guu:A
32 1fp0:A 88 49 0.3019 0.1818 0.3265 4.58e-04
33 2ro1:A 189 49 0.3019 0.0847 0.3265 7.41e-04
34 2l43:A 80 50 0.3208 0.2125 0.3400 0.001 2ku3:A
35 8hxx:N 375 51 0.3019 0.0427 0.3137 0.001 8hxy:N, 8hy0:N, 8i3f:B, 8jho:N, 8tof:G, 8w9c:E, 8w9d:E, 8w9e:E, 8w9f:E
36 8ihn:M 357 51 0.3019 0.0448 0.3137 0.001 8kd4:E
37 7yi2:D 321 51 0.3019 0.0498 0.3137 0.003 7yi0:D, 7yi3:D, 7yi4:D, 7yi5:D
38 4tvr:A 222 46 0.3208 0.0766 0.3696 0.003
39 8kd6:E 301 51 0.3019 0.0532 0.3137 0.003 8kd2:E
40 8i02:F 235 36 0.2642 0.0596 0.3889 0.005
41 5tdr:A 70 47 0.3019 0.2286 0.3404 0.010 5tdw:A
42 4ptb:A 178 49 0.3585 0.1067 0.3878 0.011 5fb0:A, 5fb0:C, 5fb1:A, 6g5n:A, 6g5n:B, 6g5p:A, 6g5p:B, 4ptb:B, 5pwc:A, 5pwc:B, 5pwd:A, 5pwd:B, 5pwe:A, 5pwe:B, 5pwf:A, 5pwf:B, 5pwg:A, 5pwg:B, 5pwh:A, 5pwh:B, 5pwi:A, 5pwi:B, 5pwj:A, 5pwj:B, 5pwk:A, 5pwk:B, 5pwl:A, 5pwl:B, 5pwm:A, 5pwm:B, 5pwn:A, 5pwn:B, 5pwo:A, 5pwo:B, 5pwp:A, 5pwp:B, 5pwq:A, 5pwq:B, 5pwr:A, 5pwr:B, 5pws:A, 5pws:B, 5pwt:A, 5pwt:B, 5pwu:A, 5pwu:B, 5pwv:A, 5pwv:B, 5pww:A, 5pww:B, 5pwx:A, 5pwx:B, 5pwy:A, 5pwy:B, 5pwz:A, 5pwz:B, 5px0:A, 5px0:B, 5px1:A, 5px1:B, 5px2:A, 5px2:B, 5px3:A, 5px3:B, 5px4:A, 5px4:B, 5px5:A, 5px5:B, 5px6:A, 5px6:B, 5px7:A, 5px7:B, 5px8:A, 5px8:B, 5px9:A, 5px9:B, 5pxa:A, 5pxa:B, 5pxb:A, 5pxb:B, 5pxc:A, 5pxc:B, 5pxd:A, 5pxd:B, 5pxe:A, 5pxe:B, 5pxf:A, 5pxf:B, 5pxg:A, 5pxg:B, 5pxh:A, 5pxh:B, 5pxi:A, 5pxi:B, 5pxj:A, 5pxj:B, 5pxk:A, 5pxk:B, 5pxl:A, 5pxl:B, 5pxm:A, 5pxm:B, 5pxn:A, 5pxn:B, 5pxo:A, 5pxo:B, 5pxp:A, 5pxp:B, 5pxq:A, 5pxq:B, 5pxr:A, 5pxr:B, 5pxs:A, 5pxs:B, 5pxt:A, 5pxt:B, 5pxu:A, 5pxu:B, 5pxv:A, 5pxv:B, 5pxw:A, 5pxw:B, 5pxx:A, 5pxx:B, 5pxy:A, 5pxy:B, 5pxz:A, 5pxz:B, 5py0:A, 5py0:B, 5py1:A, 5py1:B, 5py2:A, 5py2:B, 5py3:A, 5py3:B, 5py4:A, 5py4:B, 5py5:A, 5py5:B, 5py6:A, 5py6:B, 5py7:A, 5py7:B, 5py8:A, 5py8:B, 5py9:A, 5py9:B, 5pya:A, 5pya:B, 5pyb:A, 5pyb:B, 5pyc:A, 5pyc:B, 5pyd:A, 5pyd:B, 5pye:A, 5pye:B, 5pyf:A, 5pyf:B, 5pyg:A, 5pyg:B, 5pyh:A, 5pyh:B, 5pyi:A, 5pyi:B, 5pyj:A, 5pyj:B, 5pyk:A, 5pyk:B, 5pyl:A, 5pyl:B, 5pym:A, 5pym:B, 5pyn:A, 5pyn:B, 5pyo:A, 5pyo:B, 5pyp:A, 5pyp:B, 5pyq:A, 5pyq:B, 5pyr:A, 5pyr:B, 5pys:A, 5pys:B, 5pyt:A, 5pyt:B, 5pyu:A, 5pyu:B, 5pyv:A, 5pyv:B, 5pyw:A, 5pyw:B, 5pyx:A, 5pyx:B, 5pyy:A, 5pyy:B, 5pyz:A, 5pyz:B, 5pz0:A, 5pz0:B, 5pz1:A, 5pz1:B, 5pz2:A, 5pz2:B, 5pz3:A, 5pz3:B, 5pz4:A, 5pz4:B, 5pz5:A, 5pz5:B, 5pz6:A, 5pz6:B, 5pz7:A, 5pz7:B, 5pz8:A, 5pz8:B, 5pz9:A, 5pz9:B, 5pza:A, 5pza:B, 5pzb:A, 5pzb:B, 5pzc:A, 5pzc:B, 5pzd:A, 5pzd:B, 5pze:A, 5pze:B, 5pzf:A, 5pzf:B, 5pzg:A, 5pzg:B, 5pzh:A, 5pzh:B, 5pzi:A, 5pzi:B, 5pzj:A, 5pzj:B
43 5b73:A 313 50 0.3962 0.0671 0.4200 0.012 4cos:A, 7cwh:B, 5y1z:C, 5y1z:D
44 6u04:A 168 49 0.3019 0.0952 0.3265 0.012 5erc:A
45 7yi0:F 120 35 0.2453 0.1083 0.3714 0.030
46 8bpa:C 213 52 0.3208 0.0798 0.3269 0.041 8c60:C
47 8bpa:C 213 43 0.2642 0.0657 0.3256 0.054 8c60:C
48 8w9c:F 156 35 0.2453 0.0833 0.3714 0.042 8hxx:P, 8hy0:P, 8jho:P, 8w9d:F, 8w9e:F, 8w9f:F
49 8bpb:C 126 43 0.2642 0.1111 0.3256 0.045 8bpc:C
50 8ge0:A 188 49 0.3208 0.0904 0.3469 0.047 8gdx:A, 8ge0:B, 8ge0:C
51 7mju:A 184 53 0.3585 0.1033 0.3585 0.096 5dag:A, 5dah:B, 5dah:A
52 2yt5:A 66 51 0.2830 0.2273 0.2941 0.12
53 6g8r:B 164 53 0.3774 0.1220 0.3774 0.13 2md7:B, 2md8:C
54 6j2p:A 98 46 0.2830 0.1531 0.3261 0.17 6j2p:B, 6j2p:D, 6j2p:C
55 7oik:A 4426 46 0.2642 0.0032 0.3043 0.24 7oim:A, 6tax:A, 6tay:A
56 5xfr:A 309 53 0.2830 0.0485 0.2830 0.30 5xfr:B
57 7kwo:A 1200 34 0.2642 0.0117 0.4118 0.49
58 2k16:A 75 45 0.2830 0.2000 0.3333 0.51 5c13:A, 5c13:C, 5c13:E, 5c13:G, 2k17:A, 5wxg:A, 5wxh:C, 5wxh:A, 5xmy:A, 5xmy:C
59 4jc0:A 424 23 0.1698 0.0212 0.3913 0.91 4jc0:B
60 5uw3:D 698 28 0.2075 0.0158 0.3929 1.6 5uw5:D, 5uw6:D, 5uw7:A, 5uw7:B, 5uzw:D
61 5o3w:B 717 28 0.2075 0.0153 0.3929 1.6 5o3u:A, 5o3u:B, 5o3u:C, 5o3u:D, 5o3v:B, 5o3v:A, 5o3w:A, 5o3w:C, 5o3w:D, 5uw3:A, 5uw3:B, 5uw3:C, 5uw5:A, 5uw5:B, 5uw5:C, 5uw6:A, 5uw6:B, 5uw6:C, 5uzw:A, 5uzw:B, 5uzw:C
62 7mo5:B 36 14 0.1698 0.2500 0.6429 2.4
63 9c0o:A 63 22 0.1698 0.1429 0.4091 2.7
64 5xfo:A 315 37 0.2453 0.0413 0.3514 3.4 8h43:A, 8h43:B, 8h43:C, 4hcz:A, 4hcz:B, 7lky:B, 7lky:H, 7lky:A, 7lky:C, 7lky:D, 7lky:E, 7lky:F, 7lky:G, 6wat:AA, 6wat:AC, 6wat:BA, 6wat:BC, 6wat:CA, 6wat:CC, 6wat:DA, 6wat:DC, 6wat:EC, 6wat:EA, 6wat:FA, 6wat:FC, 6wat:GA, 6wat:GC, 6wat:HA, 6wat:HC, 6wat:IA, 6wat:IC, 6wat:JA, 6wat:JC, 6wat:KA, 6wat:KC, 6wat:OC, 6wat:LA, 6wat:LC, 6wat:MA, 6wat:MC, 6wat:NA, 6wat:NC, 6wat:OA, 6wav:A, 6wav:C, 6wav:B, 6wav:D, 5xfn:A, 5xfp:B, 5xfp:A, 5xfp:E, 5xfq:A, 5xfq:B
65 5wlf:A 60 31 0.2264 0.2000 0.3871 3.4 5wle:A
66 5tab:A 53 43 0.2453 0.2453 0.3023 4.8
67 5y20:A 52 32 0.2264 0.2308 0.3750 7.3
68 1civ:A 374 15 0.1509 0.0214 0.5333 8.2
69 1wee:A 72 30 0.2453 0.1806 0.4333 8.6
70 7z6e:C 534 23 0.1321 0.0131 0.3043 9.1 7z6e:A, 7z6e:B, 7z6e:D, 7z6e:E
71 2dek:A 265 23 0.2075 0.0415 0.4783 9.2 2dsg:A, 2dsh:A, 2dsi:A, 2dv3:A, 2dv4:A, 2dv5:A, 2dv7:A, 2dxv:A, 2dxw:A, 2dxx:A, 2e07:A, 2e08:A, 2e15:A, 2e16:A, 2e17:A, 2e4n:A, 2e4r:A, 2e7r:A, 2e8h:A, 2e8q:A, 2e8r:A, 2e8s:A, 2ed3:A, 2ed5:A, 2eeq:A, 2egb:A, 2egl:A, 2egs:A, 2eh2:A, 2eh4:A, 2eh5:A, 2ehc:A, 2ehl:A, 2ejj:A, 2ejk:A, 2ejz:A, 2ejz:B, 2ek2:A, 2ek3:A, 2ek4:A, 2ek7:A, 2eka:A, 2el0:A, 2el1:A, 2el2:A, 2el3:A, 2eld:A, 2ele:A, 2emr:A, 2emu:A, 2en5:A, 2eni:A, 2hr8:A, 2huq:A, 2hut:A, 2huv:A, 2hux:A, 2owf:A, 2owg:A, 2owk:A, 2owu:A, 2owv:A, 2p2x:A, 2p2x:B, 2p5c:A, 2p5f:A, 2p6d:A, 2p6i:A, 2p6k:A, 2p6l:A, 2p9d:A, 2pb4:A, 2pb5:A, 2pb6:A, 2pca:A, 2pcg:A, 2pch:A, 2pci:A, 2pck:A, 2pcm:A, 1vce:A, 1wng:A, 2z6r:A
72 3lmc:A 191 31 0.2264 0.0628 0.3871 9.5

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218