Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
NIIVGLDIGTATVSALVGEVLPDGQVNIIGAGSSPSRGMDKGGVNDLESVVKSVQRAVDQAELMAECQISSVFISLSGKH
IASRIEKGMGTISEEEVSQDDMDRAIHTAKSIKIGDEQRILHVIPQEFTIDYQEGIKNPLGLSGVRMEVSVHLISCHNDM
ARNIIKAVERCGLKVEQLVFSGLASSNAVITEDERELGVCVVDIGAGTMDISIWTGGALRHTEVFSYAGNAVTSDIAFAF
GTPLSDAEEIKVKYGCALSELVSKDDTVNVPSVGGRPSRSLQRQTLAEVIEPRYTELMGLVNQTIDNVQAKLRENGVKHH
LAAGVVLTGGAAQIEGVVECAERVFRNQVRVGKPLEVSGLTDYVKEPYHSTAVGLLHYARDS

The query sequence (length=382) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7q6i:B 383 382 1.0000 0.9974 1.0000 0.0 7q6f:A, 7q6f:B, 7q6i:A, 7q6i:C, 7q6i:E, 7q6i:F, 7q6i:G, 7q6i:H, 7q6i:I, 7q6i:J, 7q6i:K, 7q6i:L, 7q6i:M, 7q6i:N, 7q6i:O, 7q6i:P
2 7q6i:D 362 382 0.9476 1.0000 0.9476 0.0
3 7q6g:A 388 382 0.7356 0.7242 0.7356 0.0 7q6d:A
4 3wt0:D 378 354 0.2356 0.2381 0.2542 9.88e-34 3wqt:A, 3wqt:C, 3wqt:D, 3wqu:A, 3wqu:B, 3wqu:C, 3wqu:D, 3wt0:A, 3wt0:B, 3wt0:C
5 3wqt:B 334 354 0.2173 0.2485 0.2345 5.57e-24
6 4a2b:A 386 355 0.2120 0.2098 0.2282 1.34e-16 4a2a:A, 4a2a:B, 1e4g:T
7 3jc9:Ma 355 299 0.1937 0.2085 0.2475 1.84e-04 3jc9:Mb, 3jc9:Mc, 3jc9:Md, 3jc9:Me, 3jc9:Mf, 3jc9:Mg, 3jc9:Mh, 3jc9:Mi, 3jc9:Mj, 3jc9:Mk, 3jc9:Ml
8 2ych:A 336 111 0.0785 0.0893 0.2703 0.013
9 7e1g:A 332 180 0.1073 0.1235 0.2278 0.018 7e1c:A, 7e1g:B
10 5obv:A 520 62 0.0576 0.0423 0.3548 0.031 5obu:A, 5obw:A, 5oby:A
11 2v7y:A 504 209 0.1230 0.0933 0.2249 0.068
12 8zao:A 259 58 0.0471 0.0695 0.3103 0.088 8gi8:A, 8h86:A, 8iu0:A, 8zao:B, 8zao:C, 8zap:A, 8zap:B, 8zap:C, 8zaq:A, 8zaq:B, 8zaq:C
13 7l6x:A 256 93 0.0602 0.0898 0.2473 0.11 6bqd:A, 6bqd:B, 6df4:A, 6df7:A, 6df7:B, 6fic:T, 5i1q:A, 5i29:A, 7jjg:A, 7jsp:A, 7jtc:A, 7k03:A, 7k0d:A, 7k0u:A, 7k0u:B, 7k1p:A, 7k27:A, 7lb0:A, 7lb1:A, 7lb2:A, 7lb3:A, 5mg2:A, 7n42:A, 6p38:A, 6p39:A, 6p3a:A, 6p3a:B, 7p4s:A, 7t2i:A, 7t36:A, 4yym:A, 4yym:B, 4yyn:A, 4yyn:B
14 5ljw:A 331 195 0.1257 0.1450 0.2462 0.11 5jyg:A, 5jyg:B, 5jyg:C, 5jyg:D, 5jyg:E, 5jyg:F, 5jyg:G, 5jyg:H, 5jyg:I, 5jyg:J, 5jyg:K, 5jyg:L, 5jyg:M, 5jyg:N, 5ljv:A, 5ljv:B, 5ljv:C, 5ljv:D, 5ljv:E, 5ljv:F, 5ljw:B
15 3qfu:A 379 215 0.1283 0.1293 0.2279 0.22
16 5igl:A 139 45 0.0366 0.1007 0.3111 0.24
17 5eq6:A 357 272 0.1754 0.1877 0.2463 0.29 5eou:B, 5eox:A, 5eox:B, 5eoy:A, 5eoy:B, 5eq6:B
18 7bvy:A 333 168 0.0942 0.1081 0.2143 0.34 7bvz:A
19 5d8f:B 108 43 0.0393 0.1389 0.3488 0.78 4oww:B, 4owx:B
20 5umb:A 378 83 0.0654 0.0661 0.3012 0.89 8d1p:A, 8d1q:A, 8d1s:A, 8d1w:A, 8d1y:A, 8d20:A, 8d22:A, 8d24:A, 5umb:B, 5umb:C, 5umb:D
21 3c7n:B 540 168 0.1126 0.0796 0.2560 1.2 5aqf:A, 5aqf:C, 5aqg:A, 5aqg:C, 5aqg:E, 5aqh:A, 5aqi:A, 5aqi:C, 5aqj:A, 5aqj:C, 5aqj:E, 5aqk:A, 5aqn:A, 5aqn:C, 5aqn:E, 5aqo:A, 5aqo:C, 5aqo:E, 5aqp:A, 5aqp:C, 5aqp:E, 5aqq:A, 5aqq:C, 5aqq:E, 5aqr:A, 5aqr:C, 5aqr:E, 5aqs:A, 5aqs:C, 5aqt:A, 5aqu:A, 5aqv:A, 1atr:A, 1ats:A, 6b1i:A, 6b1i:B, 6b1m:B, 6b1m:A, 6b1n:A, 6b1n:B, 1ba0:A, 1ba1:A, 1bup:A, 2bup:A, 4fl9:A, 5fpd:A, 5fpd:B, 5fpe:A, 5fpe:B, 5fpm:A, 5fpm:B, 5fpn:A, 5fpn:B, 3fzf:A, 3fzh:A, 3fzk:A, 3fzl:A, 3fzm:A, 4h5n:A, 4h5n:B, 4h5r:A, 4h5r:B, 4h5t:A, 4h5v:A, 4h5w:A, 4h5w:B, 6h54:A, 1hpm:A, 3hsc:A, 3i33:A, 1kax:A, 1kay:A, 1kaz:A, 3ldq:A, 3m3z:A, 1nga:A, 1ngb:A, 1ngc:A, 1ngd:A, 1nge:A, 1ngf:A, 1ngg:A, 1ngh:A, 1ngi:A, 1ngj:A, 7o6r:A, 7odb:A, 7odd:A, 7odi:A, 7plk:A, 1qqm:A, 1qqn:A, 1qqo:A, 2qwl:A, 2qwl:B, 2qwm:A, 2qwm:B, 2qwn:A, 2qwo:A, 2qwp:A, 2qwq:A, 2qwr:A, 2v7z:A, 2v7z:B, 6zyj:A, 6zyj:B
22 3h1q:B 272 191 0.1126 0.1581 0.2251 1.9 3h1q:A
23 3fe1:B 387 168 0.1099 0.1085 0.2500 1.9 3fe1:A, 3fe1:C
24 4j8f:A 551 168 0.1099 0.0762 0.2500 2.5 5aqw:A, 5aqx:A, 5aqy:A, 5aqz:A, 5ar0:A, 3atu:A, 3atv:A, 3ay9:A, 5bn8:A, 5bn9:A, 5bpl:A, 5bpm:A, 3d2f:B, 3d2f:D, 2e88:A, 2e8a:A, 7f4x:A, 7f4z:A, 7f50:A, 7fgm:A, 6fhk:A, 6fhk:B, 6g3r:A, 6g3s:A, 3gdq:A, 1hjo:A, 4io8:A, 3jxu:A, 7kw7:D, 5mkr:A, 5mks:A, 7q4r:A, 1s3x:A, 1xqs:C, 1xqs:D, 6zyi:A
25 6p2u:A 379 241 0.1545 0.1557 0.2448 3.2 6nhk:A, 6nhk:B, 6pmt:A
26 7kw7:C 511 168 0.1099 0.0822 0.2500 4.0
27 4die:C 213 55 0.0497 0.0892 0.3455 4.2 4die:A, 4die:B, 4die:D
28 6zhi:B 222 90 0.0628 0.1081 0.2667 5.0 6zhi:A, 6zhi:C, 6zhi:D
29 8cls:B 853 89 0.0576 0.0258 0.2472 5.1
30 5czg:A 115 52 0.0471 0.1565 0.3462 5.4 4pkl:A, 4pkl:B
31 8ifu:A 259 60 0.0471 0.0695 0.3000 5.9 8gi9:A, 8ifu:B, 8ifu:C
32 5y28:A 268 51 0.0366 0.0522 0.2745 7.8 5y2d:A
33 7biz:A 478 39 0.0366 0.0293 0.3590 8.9 7biz:B
34 5hzi:A 476 36 0.0262 0.0210 0.2778 9.1 5djt:A, 5dju:A, 5dju:C, 5efw:A, 5hzi:B, 5hzj:A, 5hzj:B, 5hzk:B, 5hzk:D, 7pgx:AAA, 7pgy:AAA, 7pgz:AAA, 7ph0:AAA, 2v0u:A, 2v0w:A, 2v1a:A, 2v1b:A
35 6xkw:o 190 63 0.0524 0.1053 0.3175 9.8 6xkx:o, 6xkz:o

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218