Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
NFINLYTVKNPLKCKIVDKINLVRPNSPNEVYHLEINHNGLFKYLEGHTCGIIPYYNQRCARLYSISSSNNMENLSVAIK
IHKYENYGYCSGFIKNLKINDDIYLTGAHGYFNLPNDAIQKNTNFIFIATGTGISPYISFLKKLFAYDKNNLYNRNSNYT
GYITIYYGVYNEDSILYLNELEYFQKMYPNNINIHYVFSYTSFYVQDEIYKRKTEFLNLFNYKCELYICGKKSIRYKVMD
ILKSKKRVHVEVY

The query sequence (length=253) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3jqp:D 269 268 0.9960 0.9368 0.9403 4.76e-173 3jqp:A, 3jqp:B, 3jqp:C, 3jqp:E, 3jqp:F, 3jqq:A, 3jqq:B, 3jqq:C, 3jqq:D, 3jqq:E, 3jqq:F, 3jqr:A, 2ok7:A, 2ok7:B, 2ok7:C, 2ok7:D, 2ok7:E, 2ok7:F, 2ok8:A, 2ok8:B, 2ok8:C, 2ok8:D
2 5h59:A 311 299 0.3597 0.2926 0.3043 8.08e-34 5h5j:A, 5h5j:C, 1jb9:A, 3lo8:A, 3lvb:A, 5vw2:A, 5vw3:A, 5vw4:A, 5vw5:A, 5vw6:A, 5vw7:A, 5vw8:A, 5vw9:A, 5vwa:A, 5vwb:A
3 3vo2:A 296 264 0.2964 0.2534 0.2841 3.94e-28 3vo1:A, 3vo1:B, 3vo2:B
4 1ewy:A 303 296 0.3202 0.2673 0.2736 4.35e-28 1b2r:A, 1bjk:A, 2bmw:A, 4bpr:A, 1bqe:A, 2bsa:A, 4c43:A, 1e62:A, 1e63:A, 1e64:A, 1ewy:B, 1gjr:A, 1go2:A, 1gr1:A, 1h42:A, 1h85:A, 1ogi:A, 1ogj:A, 1qgy:A, 1qgz:A, 1qh0:A, 1que:A, 1quf:A, 2vyq:A, 2vzl:A, 1w34:A, 1w35:A, 1w87:A, 1w87:B, 2x3u:A, 3zbt:A, 3zbu:A, 3zc3:A, 3zc3:B
5 1gaw:B 305 266 0.2964 0.2459 0.2820 1.00e-24 1gaq:A, 1gaq:C, 1gaw:A, 3w5u:A, 3w5u:C, 3w5u:E, 3w5u:G, 3w5v:A, 3w5v:C
6 1bx0:A 296 267 0.2885 0.2466 0.2734 5.92e-24 1bx1:A, 1fnb:A, 1fnc:A, 1fnd:A, 1frn:A, 1frq:A
7 2b5o:A 292 297 0.3083 0.2671 0.2626 1.13e-23 2b5o:B
8 1qfy:A 308 267 0.2846 0.2338 0.2697 1.95e-21 4af6:A, 4af6:B, 4af7:A, 4af7:B, 3mhp:A, 3mhp:B, 1qfy:B, 1qfz:A, 1qfz:B, 1qg0:A, 1qg0:B, 1qga:A, 1qga:B, 1sm4:A, 1sm4:B, 2xnc:A, 2xnc:B
9 2rc5:A 306 269 0.2806 0.2320 0.2639 2.08e-15 2rc5:B, 2rc5:C, 2rc5:D, 2rc6:A, 2rc6:B, 2rc6:C, 2rc6:D
10 2bf4:A 645 152 0.1462 0.0574 0.2434 1.45e-07 2bf4:B, 2bn4:A, 2bn4:B, 2bpo:A, 2bpo:B
11 3fjo:A 603 194 0.1897 0.0796 0.2474 3.87e-07 3qfs:A, 3qft:A
12 8dme:A 1034 206 0.2095 0.0513 0.2573 4.66e-07 5b2u:A, 5b2u:B, 5b2v:A, 5b2v:B, 5b2w:A, 5b2w:B, 5b2x:A, 5b2x:B, 5b2y:A, 5b2y:B, 3ben:A, 3ben:B, 2bmh:A, 2bmh:B, 1bu7:A, 1bu7:B, 1bvy:A, 1bvy:F, 1bvy:B, 3cbd:A, 3cbd:B, 7ckn:A, 7ckn:B, 7con:A, 7con:B, 7coo:A, 7coo:B, 7cp8:A, 7cp8:B, 7cvr:A, 7cvr:B, 7cx6:A, 7cx6:B, 7cx8:A, 7cx8:B, 7czi:A, 7czi:B, 7d0t:A, 7d0t:B, 7d0u:A, 7d0u:B, 7d1f:A, 7d1f:B, 3dgi:A, 8dme:B, 8dmg:A, 8dmg:B, 4dqk:A, 4dqk:B, 4dql:A, 4dql:B, 8dsg:A, 8dsg:B, 8dsg:C, 8dsg:D, 4dtw:B, 4dtw:A, 4dty:B, 4dty:A, 4dtz:A, 4dtz:B, 4du2:B, 4du2:A, 4dua:A, 4dua:B, 4dub:A, 4dub:B, 4duc:A, 4duc:B, 4dud:A, 4dud:B, 4due:A, 4due:B, 4duf:A, 4duf:B, 4duf:C, 4duf:D, 5dyp:A, 5dyp:C, 5dyz:A, 5dyz:C, 7e46:A, 7e46:B, 5e78:A, 5e78:B, 5e7y:A, 5e7y:B, 5e9z:A, 5e9z:B, 5e9z:C, 5e9z:D, 7egn:A, 7egn:B, 3ekb:A, 3ekb:B, 3ekd:A, 3ekd:B, 3ekf:A, 3ekf:B, 1fag:A, 1fag:B, 1fag:C, 1fag:D, 1fah:A, 1fah:B, 6h1l:A, 6h1l:B, 6h1o:A, 6h1o:B, 6h1s:A, 6h1s:B, 6h1t:A, 6h1t:B, 6h1t:C, 6h1t:D, 4h23:A, 4h23:B, 4h24:A, 4h24:B, 4h24:C, 4h24:D, 4hgf:A, 4hgf:B, 4hgg:A, 4hgg:B, 4hgh:A, 4hgh:B, 4hgi:A, 4hgi:B, 4hgj:A, 4hgj:B, 6hn8:A, 6hn8:B, 8hon:A, 8hon:B, 8hoo:A, 8hoo:B, 8hop:A, 8hop:B, 8hoq:A, 8hoq:B, 8hor:A, 8hor:B, 8hos:A, 8hos:B, 8hot:A, 8hot:B, 8hou:A, 8hou:B, 2hpd:A, 2hpd:B, 6iao:A, 6iao:B, 6iao:C, 6iao:D, 2ij2:A, 2ij2:B, 2ij3:A, 2ij3:B, 2ij4:A, 2ij4:B, 2j1m:A, 2j1m:B, 2j4s:A, 2j4s:B, 8jc3:B, 8jc3:A, 8jc4:A, 8jc4:B, 6jlv:A, 6jlv:B, 1jme:A, 1jme:B, 6jmh:A, 6jmh:B, 6jmw:A, 6jmw:B, 6jo1:A, 6jo1:B, 1jpz:A, 1jpz:B, 5jq2:A, 5jq2:B, 5jqu:A, 5jqu:B, 5jqu:C, 5jqu:D, 5jqu:E, 5jqu:F, 5jqu:G, 5jqu:H, 5jqv:A, 5jqv:B, 5jqv:C, 5jqv:D, 5jqv:E, 5jqv:F, 5jqv:G, 5jqv:H, 6js8:A, 6js8:B, 5jtd:A, 5jtd:B, 6jvc:A, 6jvc:C, 6jzs:A, 6jzs:C, 6k24:A, 6k24:B, 6k3q:A, 6k3q:B, 6k58:A, 6k58:B, 6k9s:A, 6k9s:B, 4kew:A, 4kew:B, 4key:A, 4key:B, 4kf0:A, 4kf0:B, 4kf2:A, 4kf2:B, 4kpa:A, 4kpb:A, 4kpb:B, 3kx3:A, 3kx3:B, 3kx4:A, 3kx4:B, 3kx5:A, 3kx5:B, 6l1a:A, 6l1a:B, 6l1b:A, 6l1b:B, 6ly4:A, 3m4v:A, 3m4v:B, 2nnb:A, 2nnb:B, 3npl:A, 3npl:B, 4o4p:A, 4o4p:B, 5og9:A, 5og9:B, 1p0v:A, 1p0v:B, 1p0w:A, 1p0w:B, 1p0x:A, 1p0x:B, 3qi8:B, 8qze:A, 8qze:B, 8qzf:A, 8qzf:B, 4rsn:A, 4rsn:B, 1smi:A, 1smi:B, 1smj:A, 1smj:B, 1smj:C, 1smj:D, 5ucw:A, 5ucw:B, 2uwh:A, 2uwh:B, 2uwh:C, 2uwh:D, 2uwh:E, 2uwh:F, 7w97:A, 7w97:B, 7w9d:A, 7w9d:B, 7w9j:A, 7w9j:B, 7wdd:A, 7wdd:B, 7wde:A, 7wde:B, 7wdg:A, 7wdg:B, 7wdh:A, 7wdh:B, 7wdi:A, 7wdi:B, 4wg2:A, 4wg2:B, 4wg2:C, 7wg0:A, 7wg0:B, 3wsp:A, 3wsp:B, 7wy1:A, 7wy1:B, 7wy2:A, 7wy2:B, 7wy3:A, 7wy3:B, 7wy4:A, 7wy4:B, 2x7y:A, 2x7y:B, 2x80:A, 2x80:B, 5xa3:A, 5xa3:B, 5xa3:C, 5xa3:D, 5xhj:A, 5xhj:B, 7xzk:A, 7xzk:B, 7y0p:B, 7y0p:A, 7y0q:A, 7y0q:B, 7y0r:A, 7y0r:B, 7y0s:B, 7y0s:A, 7y0t:B, 7y0t:A, 7y0u:A, 7y0u:B, 7y9j:A, 7y9j:B, 7y9k:A, 7y9k:B, 7y9l:A, 7y9l:B, 7y9m:A, 7yd9:A, 7yd9:B, 7yda:A, 7yda:B, 7ydb:A, 7ydb:B, 7ydc:A, 7ydc:B, 7ydd:A, 7ydd:B, 7yde:A, 7yde:B, 7ydl:A, 7ydl:B, 7yft:A, 7yft:B, 7yjd:A, 7yjd:B, 7yje:A, 7yje:B, 7yjf:A, 7yjf:B, 7yjg:A, 7yjg:B, 7yjh:A, 7yjh:B, 1yqo:A, 1yqo:B, 1yqp:A, 1yqp:B, 4zf6:A, 4zf8:A, 4zfa:A, 4zfb:A, 5zis:A, 5zis:B, 5zis:C, 5zis:D, 5zlh:A, 5zlh:B, 5zlh:C, 5zlh:D, 1zo4:A, 1zo4:B, 1zo9:A, 1zo9:B, 1zoa:A, 1zoa:B
13 7suz:A 389 192 0.1858 0.1208 0.2448 7.71e-07 7sux:A, 7sv0:A
14 6efv:A 530 179 0.1779 0.0849 0.2514 8.26e-07 1ddg:A, 1ddg:B, 1ddi:A, 1ykg:A
15 5yly:B 269 196 0.1779 0.1673 0.2296 9.55e-07 5yly:A
16 5gxu:A 552 205 0.1937 0.0888 0.2390 2.39e-06 5gxu:B
17 7rom:A 255 166 0.1621 0.1608 0.2470 4.84e-06
18 1tvc:A 250 198 0.1581 0.1600 0.2020 2.54e-05
19 2qtl:A 448 150 0.1700 0.0960 0.2867 2.63e-05 2qtz:A
20 7qty:A 279 172 0.1621 0.1470 0.2384 2.90e-05 7qu0:A
21 2bgj:A 260 89 0.1107 0.1077 0.3146 7.17e-05 2bgi:A, 2bgj:B, 2bgj:C, 2bgj:D, 4k1x:A, 4k1x:B, 2vnh:A, 2vni:A, 2vnj:A, 2vnk:A, 2vnk:B, 2vnk:C, 2vnk:D
22 1cne:A 260 210 0.1779 0.1731 0.2143 1.29e-04 1cnf:A, 2cnd:A
23 6t1t:A 635 189 0.1818 0.0724 0.2434 1.71e-04 6t1t:B, 6t1u:A, 6t1u:B
24 1tll:A 630 211 0.1897 0.0762 0.2275 1.72e-04 1f20:A, 1tll:B
25 4g1b:A 398 87 0.0949 0.0603 0.2759 1.74e-04 4g1b:B, 4g1b:C, 4g1b:D, 4g1v:A
26 5ogx:A 333 213 0.1502 0.1141 0.1784 2.76e-04
27 2eix:A 243 138 0.1462 0.1523 0.2681 4.48e-04 2eix:B
28 2xnj:A 255 113 0.1186 0.1176 0.2655 0.001 1fdr:A, 2xnj:B
29 2r6h:C 289 146 0.1146 0.1003 0.1986 0.001 2r6h:A, 2r6h:B, 2r6h:D
30 7qu5:A 280 166 0.1700 0.1536 0.2590 0.002 7qu3:A
31 4wqm:A 326 197 0.1818 0.1411 0.2335 0.003
32 1krh:A 337 155 0.1383 0.1039 0.2258 0.004 1krh:B
33 4fk8:A 247 94 0.0988 0.1012 0.2660 0.005 4fk8:B
34 3fpk:A 247 114 0.1107 0.1134 0.2456 0.009 3fpk:B
35 4b4d:A 256 89 0.0949 0.0938 0.2697 0.010
36 5thx:A 257 89 0.0909 0.0895 0.2584 0.016
37 8a1y:F 408 167 0.1542 0.0956 0.2335 0.023 8a1t:F, 8a1u:F, 8a1v:F, 8a1w:F, 8a1x:F, 8acw:F, 8acy:F, 8ad0:F, 8ad3:A, 8ad3:B, 8ad4:A, 8ad4:B, 8ad5:A, 8ad5:B, 4u9u:A, 4u9u:B, 4uaj:A, 7xk3:F, 7xk4:F, 7xk5:F, 7xk6:F, 7xk7:F
38 6j79:A 816 198 0.1976 0.0613 0.2525 0.023 1amo:A, 1amo:B, 1b1c:A, 1dve:A, 1dvg:A, 1dvg:B, 2dy5:A, 2e7e:A, 5emn:A, 5emn:B, 3es9:A, 3es9:B, 3es9:C, 5fa6:A, 5fa6:B, 4g7l:A, 4g7p:A, 4g7t:A, 4g7u:A, 4g8p:A, 4g8u:A, 4g8w:A, 4g98:A, 4g99:A, 3i9t:A, 3i9u:A, 1ivj:A, 1ix3:A, 1ix4:A, 1j02:A, 1j2c:A, 6j79:B, 6j7a:A, 6j7a:B, 6j7i:A, 6j7i:B, 1j9z:A, 1j9z:B, 1ja0:A, 1ja0:B, 1ja1:A, 1ja1:B, 7l18:AAA, 7l18:BBB, 4mec:A, 4mec:B, 4mec:C, 4mec:D, 4mec:E, 6njr:A, 6njr:B, 3ojw:A, 3ojx:A, 3qe2:A, 3qe2:B, 3qfc:A, 3qfc:B, 3qfr:A, 3qfr:B, 1ubb:A, 1ulx:A, 5urd:A, 5urd:B, 5ure:A, 5ure:B, 5urg:A, 5urg:B, 5urh:A, 5urh:B, 5uri:A, 5uri:B, 1vgi:A, 3wkt:A, 3wkt:B, 3wkt:C, 3wkt:D, 4y7c:A, 4y7c:B, 4y9r:A, 4y9r:B, 4y9u:A, 4y9u:B, 4yaf:A, 4yaf:B, 4yal:A, 4yal:B, 4yao:A, 4yao:B, 4yau:A, 4yau:B, 4yaw:A, 4yaw:B, 2zvu:A
39 3crz:A 257 89 0.0909 0.0895 0.2584 0.025 2qdx:A
40 6rr3:A 257 93 0.0909 0.0895 0.2473 0.049 6rra:A
41 8dos:A 247 114 0.1067 0.1093 0.2368 0.054 8dos:B
42 1a8p:A 257 89 0.0870 0.0856 0.2472 0.079
43 6o0a:A 383 85 0.0711 0.0470 0.2118 0.12
44 8qq7:A 399 153 0.1344 0.0852 0.2222 0.13 8qq1:C, 8qq1:F, 8qq1:G, 8qq5:A, 8qq5:B, 8qq5:C, 8qt6:A, 8qt7:A, 8qt9:A, 8qta:A
45 5tr9:A 246 83 0.0870 0.0894 0.2651 0.19 5tr9:B, 5ufa:A, 5ufa:B, 5ufa:C
46 2pia:A 321 187 0.1344 0.1059 0.1818 0.20
47 8c4y:AAA 312 48 0.0672 0.0545 0.3542 0.56 8oei:A, 8oem:A, 8oen:A, 8ogg:A, 8rk1:A
48 8u87:A 621 119 0.1146 0.0467 0.2437 1.1 8u7y:A, 8u7y:B, 8u85:A, 8u85:C, 8u86:A, 8u86:C, 8u87:C
49 6kbh:A 765 87 0.0870 0.0288 0.2529 1.6
50 5o0x:A 261 138 0.1265 0.1226 0.2319 3.2 8cak:A, 8cal:A, 8cao:A, 8cap:A, 8cap:E, 8cap:B, 8cap:C, 8cb0:A
51 2j9p:A 458 85 0.0949 0.0524 0.2824 6.3 2j9p:B, 1w5d:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218