Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
NEGDAAKGEKEFNKCKACHMIQAPDGTDIKGGKTGPNLYGVVGRKIASEEGFKYGEGILEVAEKNPDLTWTEANLIEYVT
DPKPLVKKMTDDKGAKTKMTFKMGKNQADVVAFLAQDDPDAGGGGGGGGGGGGG

The query sequence (length=134) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 155c:A 134 134 1.0000 1.0000 1.0000 9.60e-94 1cot:A
2 2bh4:X 121 121 0.7537 0.8347 0.8347 1.30e-69 2bgv:X, 2bh5:X
3 1c2n:A 116 115 0.4925 0.5690 0.5739 4.96e-36 1c2r:A, 1c2r:B, 1vyd:A, 1vyd:B
4 1cxa:A 124 121 0.4179 0.4516 0.4628 5.07e-27 1cxc:A, 2cxb:A, 2cxb:B, 1l9b:C, 1l9j:C, 1l9j:D
5 2c2c:A 112 117 0.3881 0.4643 0.4444 6.52e-22 3c2c:A
6 1jdl:A 118 125 0.3582 0.4068 0.3840 1.44e-18
7 1fj0:A 114 120 0.3358 0.3947 0.3750 2.08e-15 1fj0:B, 1fj0:C, 1fj0:D, 1hh7:A, 1i8o:A, 1i8p:A, 1i8p:B, 1i8p:C, 1i8p:D
8 5dfs:A 104 120 0.3358 0.4327 0.3750 2.18e-14 5dfs:B, 6duj:A, 6duj:C, 6ecj:A, 6ecj:B, 6ecj:C, 6ecj:D, 6ecj:E, 6ecj:F, 6ecj:G, 6ecj:H, 5exq:A, 5exq:B, 1j3s:A, 2n3y:A, 2n9i:A, 2n9j:A, 3nwv:A, 3nwv:B, 3nwv:C, 3nwv:D, 5o10:A, 5o10:B, 5ty3:A, 5ty3:B, 6xnk:A, 6xnk:C, 6xnk:E, 6xnk:G, 3zcf:A, 3zcf:B, 3zcf:C, 3zcf:D, 3zoo:A, 3zoo:B, 3zoo:C, 3zoo:D
9 8ed4:I 105 115 0.3284 0.4190 0.3826 2.36e-14 8ed4:J, 8ed4:K, 8ed4:L
10 1akk:A 104 120 0.3358 0.4327 0.3750 3.91e-14 2b4z:A, 5c0z:A, 5c0z:D, 5c0z:B, 5c0z:C, 5c9m:A, 5c9m:D, 5c9m:B, 5c9m:C, 1crc:A, 1crc:B, 5df5:A, 5df5:B, 5df5:C, 5df5:D, 8dvx:A, 8dvx:D, 8dvx:B, 8dvx:C, 8dzl:A, 8dzl:B, 8dzl:C, 8dzl:D, 6ff5:A, 1fi7:A, 1fi9:A, 2frc:A, 1giw:A, 2giw:A, 1hrc:A, 1i5t:A, 5iy5:1, 5iy5:2, 3j2t:H, 3j2t:I, 3j2t:J, 3j2t:K, 3j2t:L, 3j2t:M, 3j2t:N, 3jbt:B, 3jbt:D, 3jbt:F, 3jbt:H, 3jbt:J, 3jbt:L, 3jbt:N, 5juy:H, 5juy:I, 5juy:J, 5juy:K, 5juy:L, 5juy:M, 5juy:N, 6k9i:A, 6k9j:A, 1lc1:A, 1lc2:A, 7ljx:A, 7ljx:B, 1m60:A, 6n1o:A, 6n1o:B, 6n1o:C, 6n1o:D, 2n3b:A, 3nbs:A, 3nbs:B, 3nbs:C, 3nbs:D, 3nbt:A, 3nbt:E, 3nbt:B, 3nbt:C, 3nbt:D, 3nbt:F, 4nfg:B, 3o1y:A, 3o1y:B, 3o1y:C, 3o20:A, 3o20:B, 3o20:C, 1ocd:A, 2pcb:B, 4rsz:A, 4rsz:B, 4rsz:C, 4rsz:D, 4rsz:E, 4rsz:F, 6suv:AaA, 6suv:BaB, 6suv:CaC, 6suv:DaD, 6suv:EaE, 6suv:FaF, 6suv:GaG, 6suv:HaH, 1u75:B, 3wc8:A, 1wej:F, 3wui:A, 5wve:B, 5wve:D, 5wve:F, 5wve:H, 5wve:J, 5wve:L, 5wve:N, 2ybb:Y, 5zkv:A
11 1co6:A 107 120 0.3284 0.4112 0.3667 7.42e-14 1cry:A, 1io3:A
12 2aiu:A 104 120 0.3284 0.4231 0.3667 8.93e-14
13 3m97:X 118 114 0.3209 0.3644 0.3772 1.16e-13 1c7m:A, 1i6d:A, 1i6e:A, 1ql3:A, 1ql3:B, 1ql3:C, 1ql3:D, 1ql4:A, 1ql4:B, 1ql4:C, 1ql4:D
14 1cyc:A 103 119 0.3358 0.4369 0.3782 1.40e-13 1cyc:B, 3cyt:O, 3cyt:I, 5cyt:R, 1i54:A, 1i54:B, 1i55:A, 1i55:B, 1lfm:A, 1lfm:B
15 1qn2:A 99 117 0.3209 0.4343 0.3675 1.22e-10 1qn2:B, 1qn2:C
16 1hro:A 105 117 0.2985 0.3810 0.3419 1.90e-10 1hro:B
17 2yk3:A 110 118 0.3134 0.3818 0.3559 4.56e-10 2yk3:B, 2yk3:C
18 3cxh:W 112 120 0.2761 0.3304 0.3083 8.61e-10 1yea:A, 1yeb:A, 1ytc:A
19 2b0z:B 108 120 0.2836 0.3519 0.3167 1.34e-09 2b10:B, 2b10:D, 2b11:B, 2b11:D, 2b12:B, 7bbt:A, 7bbt:B, 7bbt:C, 7bbt:D, 2bcn:B, 1chh:A, 1chi:A, 1chj:A, 1cie:A, 1cif:A, 1cig:A, 1cih:A, 5cib:B, 5cib:D, 5cic:B, 5cic:D, 5cid:B, 5cid:D, 5cie:B, 5cie:D, 5cif:B, 5cif:D, 5cig:B, 5cig:D, 5cih:B, 5cih:D, 1crg:A, 1crh:A, 1cri:A, 1crj:A, 1csu:A, 1csv:A, 1csw:A, 1csx:A, 1cty:A, 1ctz:A, 3cx5:W, 6egy:A, 6egy:B, 6egz:A, 6egz:B, 1fhb:A, 2gb8:B, 6gd6:A, 6gd7:A, 6gd8:A, 6gd8:C, 6gd8:B, 6gd8:D, 6gd9:A, 6gda:A, 2hv4:A, 1irv:A, 1irw:A, 2jqr:A, 2jti:B, 5kke:A, 5klu:A, 5klu:B, 5kpf:A, 5kpf:B, 1kyo:W, 5lft:A, 2lir:A, 2lit:A, 1lms:A, 5lyc:A, 5lyc:B, 2mhm:A, 7mri:A, 7mri:C, 7mri:E, 4mu8:A, 4mu8:B, 4n0k:A, 4n0k:B, 2n18:B, 2n18:C, 5ncv:A, 5ncv:B, 1nmi:A, 2orl:A, 4p4q:B, 4p4q:D, 6p41:B, 6p41:D, 6p42:B, 6p42:D, 6p43:B, 2pcc:B, 2pcc:D, 7pr2:A, 7pr2:B, 7pr3:A, 7pr3:D, 7pr3:C, 7pr3:B, 7pr4:A, 4q5p:A, 4q5p:B, 4q5p:C, 4qao:A, 4qao:B, 4qao:C, 1rap:A, 1raq:A, 6rsi:A, 6rsj:A, 6rsk:A, 6rsk:B, 6rsl:A, 6rsl:B, 1s6v:B, 1s6v:D, 6s8y:A, 6suy:A, 6suy:B, 5t7h:A, 5t7h:D, 5t7h:B, 5t7h:C, 5t8w:A, 5t8w:B, 3tyi:A, 3tyi:B, 1u74:B, 1u74:D, 6y0j:A, 6y0j:B, 6y0j:C, 6y0j:D, 1ycc:A, 2ycc:A, 4ye1:A, 4ye1:B, 1yfc:A, 1yic:A
20 1ccr:A 111 118 0.2761 0.3333 0.3136 1.40e-09
21 7txe:A 131 131 0.3284 0.3359 0.3359 1.50e-09 7txe:B
22 7tlx:1 102 116 0.2537 0.3333 0.2931 1.70e-09
23 4dy9:A 108 118 0.2985 0.3704 0.3390 1.46e-08 4ged:B
24 6c4w:A 109 119 0.2687 0.3303 0.3025 1.47e-08
25 7u2v:A 114 125 0.3060 0.3596 0.3280 4.75e-08 7u2v:B
26 6rgi:A 92 120 0.2612 0.3804 0.2917 1.49e-06
27 6n67:A 388 43 0.1269 0.0438 0.3953 0.21 6n0t:A
28 8gl8:A 2290 66 0.1567 0.0092 0.3182 2.3 8gl6:A, 8glj:A, 8glk:A, 8glm:A, 8gln:A
29 4p0g:A 429 39 0.0821 0.0256 0.2821 4.6 5aa1:A, 5aa2:A, 5aa3:A, 5aa4:A, 4owd:A, 4oxv:A, 4oyv:A, 4oz9:A
30 1ygp:A 858 30 0.0896 0.0140 0.4000 5.0 1ygp:B
31 2dr1:A 381 76 0.1642 0.0577 0.2895 5.9 2dr1:B
32 5gvx:A 386 29 0.0896 0.0311 0.4138 9.2

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218