Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
NEDLRLHLLLNTSVTCNDGSPAGYYLKESRGSRRWLLFLEGGWYCFNRENCDSRYDTMRRLMSSRDWPRTRTGTGILSSQ
PEENPYWWNANMVFIPYCSSDVWSGASSKSEKNEYAFMGALIIQEVVRELLGRGLSGAKVLLLAGSSAGGTGVLLNVDRV
AEQLEKLGYPAIQVRGLADSGWFLDNKQYRHTDCVDTITCAPTEAIRRGIRYWNGVVPERCRRQFQEGEEWNCFFGYKVY
PTLRSPVFVVQWLFDEAQLTVDNVHLPVQEGLRLYIQNLGRELRHTLKDVPASFAPACLSHEIIIRSHWTDVQVKGTSLP
RALHCWDRSLHTPLKGCPVHLVDSCPWPHCNPSCPTG

The query sequence (length=357) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6r8r:A 362 361 1.0000 0.9862 0.9889 0.0 7arg:A, 7b2v:A, 7b2y:A, 7b2z:A, 7b37:A, 7b3f:A, 7b3g:A, 7b3h:A, 7b3i:A, 7b3p:A, 7b3x:A, 7b45:A, 7b4x:A, 7b50:A, 7b7w:A, 7b7x:A, 7b7y:A, 7b84:A, 7b86:A, 7b87:A, 7b89:A, 7b8a:A, 7b8c:A, 7b8d:A, 7b8f:A, 7b8g:A, 7b8j:A, 7b8k:A, 7b8l:A, 7b8m:A, 7b8n:A, 7b8o:A, 7b8u:A, 7b8x:A, 7b8y:A, 7b8z:A, 7b98:A, 7b99:A, 7b9d:A, 7b9i:A, 7b9n:A, 7b9u:A, 7ba1:A, 7bac:A, 7bap:A, 7bc8:A, 7bc9:A, 7bcc:A, 7bcd:A, 7bcf:A, 7bch:A, 7bci:A, 7bck:A, 7bcl:A, 7bd2:A, 7bd3:A, 7bd4:A, 7bd5:A, 7bd6:A, 7bd8:A, 7bd9:A, 7bda:A, 7bdb:A, 7bdc:A, 7bdd:A, 7bdf:A, 7bdg:A, 7bdh:A, 7bli:A, 7bls:A, 7blt:A, 7blu:A, 7blw:A, 7bm1:A, 7bm3:A, 7bm7:A, 7bmb:A, 7bmd:A, 7bn5:A, 7bn8:A, 7bnb:A, 7bnc:A, 7bnd:A, 7bne:A, 7bnf:A, 7bnj:A, 7bnl:A, 7bo1:A, 7bo2:A, 7bo5:A, 8bsp:A, 8bsq:A, 8bsr:A, 8bsz:A, 8bt0:A, 8bt2:A, 8bt5:A, 8bt7:A, 8bt8:A, 8bta:A, 8btc:A, 8bte:A, 8bth:A, 8bti:A, 7pjr:A, 7pk3:A, 7pkv:A, 7qvz:A, 6r8p:A, 6r8q:A, 6t2h:A, 6t2k:A, 6tr5:A, 6tr6:A, 6tr7:A, 6tuz:A, 6tv4:A, 4uyw:A, 4uz6:A, 4uz6:B, 4uz9:A, 4uzl:A, 4uzl:B, 4uzq:A, 6ysk:A, 6yuw:A, 6yuy:A, 6yv0:A, 6yv2:A, 6yv4:A, 6yxi:A, 6zuv:A, 6zvl:A, 6zyf:A, 6zyf:B
2 4amc:A 1019 49 0.0392 0.0137 0.2857 2.1
3 1gwe:A 498 89 0.0672 0.0482 0.2697 4.9 1gwf:A, 1gwh:A, 1hbz:A
4 8g7m:G 343 91 0.0784 0.0816 0.3077 9.5
5 7qb6:A 164 50 0.0560 0.1220 0.4000 9.6 4gy9:A, 4jhg:A, 4jhh:A, 4jhi:A
6 7a23:C 693 48 0.0476 0.0245 0.3542 9.8 7a24:C, 7aqr:G, 7ar7:G, 7ar8:G, 7arb:G, 8bed:G, 8bpx:G, 8bq5:G, 8bq6:G

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218