Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
NDVARGIVKADVAQNNFGLYGQGQIVAVADTGLDTGRNDSSMHEAFRGKITALYALGRTNNANDPNGHGTHVAGSVLGNA
TNKGMAPQANLVFQSIMDSGGGLGGLPANLQTLFSQAYSAGARIHTNSWGAPVNGAYTTDSRNVDDYVRKNDMTILFAAG
NEGPGSGTISAPGTAKNAITVGATENLRPSFGSYADNINHVAQFSSRGPTRDGRIKPDVMAPGTYILSARSSLAPDSSFW
ANHDSKYAYMGGTSMATPIVAGNVAQLREHFVKNRGVTPKPSLLKAALIAGAADVGLGFPNGNQGWGRVTLDKSLNVAFV
NETSPLSTSQKATYSFTAQAGKPLKISLVWSDAPGSTTASLTLVNDLDLVITAPNGTKYVGNDFTAPYDNNWDGRNNVEN
VFINAPQSGTYTVEVQAYNVPVGPQTFSLAIVH

The query sequence (length=433) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1wmd:A 434 434 0.9400 0.9378 0.9378 0.0 5fax:A, 5fax:B, 5fbz:A, 5fbz:C, 1wme:A, 1wmf:A
2 3afg:B 507 397 0.2748 0.2347 0.2997 3.35e-25 3afg:A
3 3d43:B 310 267 0.2032 0.2839 0.3296 3.31e-19 3d43:A, 1ea7:A, 2ixt:A, 2ixt:B
4 5ffn:A 311 311 0.2286 0.3183 0.3183 1.18e-16
5 2xrm:A 301 310 0.2194 0.3156 0.3065 2.62e-14
6 7y6m:C 290 257 0.1778 0.2655 0.2996 7.46e-13 7y6m:D
7 8uw8:A 738 324 0.2171 0.1274 0.2901 1.18e-12
8 2gko:A 309 259 0.1940 0.2718 0.3243 1.28e-12
9 1dbi:A 271 252 0.1755 0.2804 0.3016 7.48e-12
10 5aqe:A 269 262 0.1848 0.2974 0.3053 1.91e-10 5arb:A, 5arc:A, 5ard:A, 3bx1:A, 3bx1:B, 1c9j:A, 1c9m:A, 1c9n:A, 4cfy:A, 4cfz:A, 4cg0:A, 1gci:A, 1iav:A, 1jea:A, 1mpt:A, 1ndq:A, 1ndu:A, 1q5p:A, 1st3:A, 1svn:A, 1tk2:A, 1wsd:A, 6y5s:A, 6y5t:A
11 3wiv:C 397 279 0.1824 0.1990 0.2832 5.80e-10 3a3n:A, 3a3n:B, 3a3o:A, 3a3o:B, 3a3p:A, 3a3p:B, 2e1p:A, 4jp8:A, 3vhq:A, 3vv2:A, 3vv2:B, 3wiu:A, 3wiu:B, 3wiu:C, 3wiv:A, 3wiv:B, 2z2x:A, 2z2y:A, 2z2y:B, 2z2y:C, 2z2y:D, 2z2z:A, 2z30:A, 2z30:B, 2z56:A, 2z56:B, 2z57:A, 2z57:B, 2z58:A, 2z58:B, 2zrq:A, 2zwo:A, 2zwo:B, 2zwo:C, 2zwp:A, 2zwp:B
12 5wsl:A 282 240 0.1755 0.2695 0.3167 1.28e-09 5wsl:B, 5wsl:C
13 1bh6:A 274 281 0.1940 0.3066 0.2989 3.18e-09
14 3whi:A 355 260 0.1848 0.2254 0.3077 6.32e-09 4dww:A, 5gl8:B, 1mee:A, 6o44:A, 6o44:B, 6pak:A, 6pak:B, 1scj:A, 3vyv:A, 3vyv:B, 3whi:B
15 1r6v:A 671 313 0.2055 0.1326 0.2843 6.97e-09
16 2b6n:A 278 289 0.1894 0.2950 0.2837 4.81e-08
17 7bj3:A 936 148 0.1085 0.0502 0.3176 6.18e-08 8bty:A, 3eif:A, 1xf1:A, 1xf1:B, 7yzx:A
18 7bj3:A 936 139 0.0785 0.0363 0.2446 0.008 8bty:A, 3eif:A, 1xf1:A, 1xf1:B, 7yzx:A
19 8c4x:A 276 256 0.1686 0.2645 0.2852 6.89e-08
20 4dzt:A 276 292 0.2032 0.3188 0.3014 8.41e-08
21 8c4z:B 282 278 0.1871 0.2872 0.2914 5.57e-07
22 4yn3:A 596 101 0.0808 0.0587 0.3465 1.92e-06 3vta:A, 3vta:B
23 4yn3:A 596 51 0.0462 0.0336 0.3922 5.7 3vta:A, 3vta:B
24 8gkp:C 282 254 0.1617 0.2482 0.2756 2.41e-06 8gkp:D, 8gkq:C, 8u45:C
25 7a9f:A 279 258 0.1570 0.2437 0.2636 2.69e-06 7a9k:A, 7a9m:A, 3aj8:A, 3aj9:A, 5avj:A, 5b1d:A, 5b1e:A, 4b5l:A, 1bjr:E, 7c0p:A, 1cnm:A, 5cw1:A, 3d9q:X, 3ddz:X, 3de0:X, 3de1:X, 3de2:X, 3de5:X, 3de6:X, 3de7:X, 2dp4:E, 2dqk:A, 2duj:A, 3dvq:X, 3dvr:X, 3dvs:X, 3dw1:X, 3dw3:X, 3dwe:X, 3dyb:A, 8e52:AAA, 8e53:AAA, 1egq:A, 8f05:A, 8f06:A, 8f07:A, 6fjs:A, 4fon:A, 8fyo:A, 8fyp:A, 8fyq:A, 8fyr:A, 8fys:A, 2g4v:A, 3gt3:A, 3gt4:A, 2hd4:A, 2hpz:A, 1ht3:A, 3i2y:X, 3i30:X, 3i34:X, 3i37:X, 1ic6:A, 2id8:A, 6j43:A, 7jsy:A, 6k2p:A, 6k2r:A, 6k2s:A, 6k2t:A, 6k2v:A, 6k2w:A, 5k7s:A, 6k8m:E, 6kkf:A, 5kxu:A, 5kxv:A, 3l1k:A, 7ln7:A, 7lpt:A, 7lpu:A, 7lpv:A, 7lq8:A, 7lq9:A, 7lqa:A, 7lqb:A, 7lqc:A, 7ltd:A, 7lti:A, 7ltv:A, 7lu0:A, 7lu1:A, 7lu2:A, 7lu3:A, 6mh6:A, 5mjl:A, 6n4u:A, 7nuz:A, 3osz:A, 1oyo:A, 1p7v:A, 1p7w:A, 1pek:E, 1pfg:A, 1pj8:A, 2pq2:A, 6pq0:A, 6pq4:A, 2prk:A, 3prk:E, 1ptk:A, 3ptl:A, 6pu4:A, 6pu5:A, 2pwa:A, 2pwb:A, 2pyz:A, 3q40:A, 3q5g:A, 6qf1:A, 3qmp:A, 6qxv:A, 5rof:A, 5rol:A, 5ron:A, 5rop:A, 5roq:A, 5ror:A, 5row:A, 5rp6:A, 5rp7:A, 5rp9:A, 5rpa:A, 5rpc:A, 5rpd:A, 5rpg:A, 5rph:A, 5rpj:A, 5rpk:A, 5rpm:A, 6rug:A, 6ruh:A, 6ruk:A, 6run:A, 6ruw:A, 6rve:A, 6rvg:A, 6rzp:A, 7s4z:A, 8sdk:A, 7skx:C, 8sog:A, 8sou:A, 8sov:A, 8spl:A, 8sqv:A, 6txg:A, 5uvl:A, 2v8b:A, 6v8r:A, 5whw:A, 5wjg:A, 5wjh:A, 5wrc:A, 4zar:A, 6zet:AAA, 6zeu:AAA, 6zev:AAA
26 1s2n:A 281 255 0.1617 0.2491 0.2745 4.23e-06 1s2n:B, 1sh7:A, 1sh7:B
27 3lpa:A 340 330 0.1963 0.2500 0.2576 7.55e-06 3lpc:A, 3lpd:A
28 1tec:E 279 250 0.1778 0.2760 0.3080 3.38e-05 2tec:E, 3tec:E, 1thm:A
29 5xya:A 1358 85 0.0647 0.0206 0.3294 6.61e-05 5xxz:A
30 5xya:A 1358 220 0.1132 0.0361 0.2227 0.001 5xxz:A
31 7edd:A 1394 85 0.0647 0.0201 0.3294 6.69e-05 5xyr:A
32 7edd:A 1394 219 0.1132 0.0352 0.2237 0.001 5xyr:A
33 6vjb:A 1346 85 0.0624 0.0201 0.3176 1.46e-04
34 6vjb:A 1346 221 0.1109 0.0357 0.2172 0.017
35 3t41:A 423 352 0.1894 0.1939 0.2330 6.38e-04 3t41:B
36 5z6o:A 282 187 0.1201 0.1844 0.2781 0.001
37 3ti9:A 341 343 0.2125 0.2698 0.2682 0.001 3ti7:A
38 5xxz:B 1310 206 0.1155 0.0382 0.2427 0.001
39 5xxz:B 1310 85 0.0531 0.0176 0.2706 0.044
40 6uai:S 266 259 0.1594 0.2594 0.2664 0.002 6uao:S, 6ube:S
41 7w2a:A 354 242 0.1594 0.1949 0.2851 0.003 7w2a:B
42 1af4:A 274 270 0.1848 0.2920 0.2963 0.004 1be6:A, 1be8:A, 1bfk:A, 1bfu:A, 1c3l:A, 4c3u:A, 4c3v:A, 1cse:E, 6dwq:A, 4hx2:A, 4hx2:C, 1oyv:A, 1oyv:B, 1r0r:E, 1sbc:A, 1sca:A, 1scb:A, 1scd:A, 1scn:E, 1sel:A, 1sel:B, 2sec:E, 3unx:A, 2wuv:A, 2wuw:E, 1yu6:A, 1yu6:B
43 8h7o:A 281 248 0.1732 0.2669 0.3024 0.005 1a2q:A, 1ak9:A, 7am6:C, 7am7:C, 7am8:A, 1aqn:A, 1au9:A, 3bgo:S, 3cnq:S, 1dui:A, 8h7p:A, 1lw6:E, 5ox2:A, 1s01:A, 1s02:A, 1sbh:A, 1sbi:A, 1sbn:E, 1sib:E, 2sic:E, 3sic:E, 5sic:E, 2sni:E, 1st2:A, 2st1:A, 1sua:A, 1sub:A, 1sud:A, 1sue:A, 1sup:A, 1tm1:E, 1tm3:E, 1tm4:E, 1tm5:E, 1tm7:E, 1tmg:E, 1to1:E, 1to2:E, 1ubn:A, 1v5i:A, 1y1k:E, 1y33:E, 1y34:E, 1y3b:E, 1y3c:E, 1y3d:E, 1y3f:E, 1y48:E, 1y4a:E, 1y4d:E, 1yja:A, 1yjb:A, 1yjc:A
44 1v6c:B 436 140 0.0947 0.0940 0.2929 0.021 1v6c:A, 1wvm:A, 1wvm:B, 1y9z:A, 1y9z:B
45 1v6c:B 436 83 0.0600 0.0596 0.3133 2.2 1v6c:A, 1wvm:A, 1wvm:B, 1y9z:A, 1y9z:B
46 4tr2:B 474 297 0.1594 0.1456 0.2323 0.021 8coy:A, 8coy:B, 8coz:A, 8coz:B, 8cp0:A, 8qke:A, 8qke:B, 8qkg:A, 8qkg:B, 8qkj:A, 8qkj:B, 4tr2:A
47 3f7o:A 284 294 0.1547 0.2359 0.2279 0.026 3f7o:B
48 5yl7:A 339 226 0.1363 0.1740 0.2611 0.037
49 3i74:A 642 123 0.0762 0.0514 0.2683 0.081 3i74:B
50 3i74:A 642 31 0.0393 0.0265 0.5484 0.33 3i74:B
51 8e7f:A 614 110 0.0762 0.0537 0.3000 0.24
52 8e7f:A 614 121 0.0831 0.0586 0.2975 3.7
53 7rdm:B 231 114 0.0716 0.1342 0.2719 0.70
54 8pol:B 479 287 0.1501 0.1357 0.2265 2.0 4lvn:A, 4lvo:A, 8pol:A
55 3edy:A 544 193 0.0947 0.0754 0.2124 3.5 3ee6:A, 3ee6:B
56 3vv3:A 329 265 0.1501 0.1976 0.2453 4.9 3vv3:B
57 4n54:A 340 67 0.0462 0.0588 0.2985 8.8 4n54:B, 4n54:C, 4n54:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218