Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MYGFVNHALELLVIRNYGPEVWEDIKKEAQLDEEGQFLVRIIYDDSKTYDLVAAASKVLNLNAGEILQMFGKMFFVFCQE
SGYDTILRVLGSNVREFLQNLDALHDHLATIYPGMRAPSFRCTDAEKGKGLILHYYSEREGLQDIVIGIIKTVAQQIHGT
EIDMKVIQQRNEECDHTQFLIEEKEESRISPYTFCKAFPFHIIFDRDLVVTQCGNAIYRVLPQLQPGNCSLLSVFSLVRP
HIDISFHGILSHINTVFVLRSKEGLLDSCLRLKGQMIYLPEADSILFLCSPSVMNLDDLTRRGLYLSDIPLHDATRDLVL
LGEQFREEYKLTQELEILTDRLQLTLRALEDEKKKTDTLLYSVLPPSVANELRHKRPVPAKRYDNVTILFSGIVGFNAFC
SKHAGAMKIVNLLNDLYTRFDTLTDSRKNPFVYKVETVGDKYMTVSGLPEPCIHHARSICHLALDMMEIAGQVQVDGESV
QITIGIHTGEVVTGVIGQRMPRYCLFGNTVNLTSRTETTGEKGKINVSEYTYRCLMSPENSDPQFHLEHRGPVSMKGKKE
PMQVWFLSR

The query sequence (length=569) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8hbh:B 577 574 1.0000 0.9861 0.9913 0.0 7d9r:B, 7d9s:B, 7d9t:B, 7d9u:B, 8hbe:B, 8hbf:B, 6jt0:B, 6jt1:B, 6jt2:B, 5mnw:A
2 6pas:B 576 580 0.6327 0.6250 0.6207 0.0 6pat:B
3 8hbf:A 522 472 0.3163 0.3448 0.3814 8.57e-91 7d9r:A, 7d9s:A, 7d9u:A, 8hbh:A, 6jt2:A
4 5o5l:A 224 221 0.1441 0.3661 0.3710 7.49e-36 5o5k:A, 5o5k:B, 5o5k:D, 5o5k:C, 5o5k:E, 5o5k:F, 5o5k:I, 5o5k:J, 5o5k:H, 5o5k:G, 5o5k:K, 5o5l:B, 5o5l:C, 5o5l:D, 5o5l:E, 5o5l:F, 5o5l:G, 5o5l:H, 5o5l:I, 5o5l:J, 5o5l:K
5 7yzi:A 378 199 0.1318 0.1984 0.3769 7.23e-32 4p2x:A, 7yz9:A, 7yzi:B, 7yzk:A, 7yzk:B
6 5oyh:D 185 191 0.1160 0.3568 0.3455 3.47e-28 6aob:B, 5oyh:A, 5oyh:B, 5oyh:C, 5oyh:E, 5oyh:F, 5oyh:G, 5oyh:H, 5oyh:I, 5oyh:J, 5oyh:K, 5oyh:L, 5oyh:M, 5oyh:N, 5oyh:O, 5oyh:P, 6sir:A, 6sir:B, 6sir:D, 6sir:C
7 6dxi:A 189 182 0.1072 0.3228 0.3352 3.61e-28 4iae:A, 4iae:B, 4iah:A, 4iah:B, 4iam:A, 4iam:B, 5ixr:A, 5ixr:B, 5ixv:A, 5ixv:B, 5ixw:A, 5ixw:B, 5ixx:A, 5ixx:B, 5ixz:A, 5ixz:B, 4jqh:A, 4jqh:B, 3l6j:A, 3l6j:B, 7lgk:A, 7lgk:B, 6mx5:A, 2o09:A, 2o09:B, 2o0c:A, 2o0c:B, 2o0g:A, 2o0g:B, 3tf8:A, 3tf8:B, 3tf9:A, 3tf9:B, 3tfa:A, 3tfa:B, 3tfd:A, 3tfd:B, 3tfe:A, 3tfe:B, 3tff:A, 3tff:B, 3tfg:A, 3tfg:B
8 6r4o:A 841 203 0.1230 0.0832 0.3448 1.33e-26
9 6r4o:A 841 247 0.1213 0.0820 0.2794 1.15e-20
10 8bv5:A 437 223 0.1195 0.1556 0.3049 6.03e-26
11 8bv5:A 437 198 0.1160 0.1510 0.3333 1.46e-23
12 8buz:A 890 244 0.1318 0.0843 0.3074 3.09e-25
13 8buz:A 890 206 0.1178 0.0753 0.3252 2.40e-22
14 1azs:A 190 164 0.0967 0.2895 0.3354 4.88e-23 3c14:A, 3c15:A, 3c16:A, 1cjk:A, 1cjt:A, 1cju:A, 1cjv:A, 1cs4:A, 1cul:A, 3g82:A, 2gvd:A, 2gvz:A, 3maa:A, 1tl7:A, 1u0h:A
15 1cjk:B 190 192 0.0967 0.2895 0.2865 3.29e-18 1ab8:A, 1ab8:B, 3c14:B, 3c15:B, 3c16:B, 1cjt:B, 1cju:B, 1cjv:B, 1cs4:B, 1cul:B, 3g82:B, 2gvd:B, 2gvz:B, 3maa:B, 1tl7:B, 1u0h:B
16 6fht:B 735 186 0.0967 0.0748 0.2957 8.20e-08 5ajg:A, 8avv:A, 8avv:B, 8avx:A, 8avx:B, 8bor:A, 8bor:B, 8bor:C, 8bor:D, 8c3i:B, 8c3i:A, 5c5k:A, 5c5k:B, 5c5k:C, 5c5k:D, 4cqh:A, 6fht:A, 6ftd:A, 6ftd:B, 4ijg:A, 5k5b:A, 5l8m:A, 5lbr:A, 5mg0:A, 5mg1:A, 5nfx:A, 5nm3:A, 5nm3:B, 5nm3:C, 5nm3:D, 5nwn:A, 5nwn:B, 5nwn:C, 5nwn:D, 4o01:A, 4o01:B, 4o01:C, 4o01:D, 4o0p:A, 4o0p:B, 4o8g:A, 2o9b:A, 2o9c:A, 4q0h:A, 4q0i:A, 4q0j:A, 3s7n:A, 3s7o:A, 3s7p:A, 3s7q:A, 8sgk:A, 8sgk:B, 6t3l:B, 6t3l:A, 6t3u:B, 6t3u:A, 4y3i:A, 4y5f:A, 4z1w:A, 7z9d:A, 7z9e:A, 4zrr:A, 1ztu:A
17 1fx4:A 231 233 0.0931 0.2294 0.2275 1.13e-06
18 1y10:C 363 201 0.0826 0.1295 0.2338 2.33e-06 2ev1:A, 2ev1:B, 2ev2:A, 2ev2:B, 2ev3:A, 2ev3:B, 2ev4:A, 2ev4:B, 1y10:A, 1y10:B, 1y10:D
19 6ocv:A 190 151 0.0756 0.2263 0.2848 6.21e-06 6wqe:A
20 1wc4:A 199 209 0.1002 0.2864 0.2727 0.001 2bw7:A, 2bw7:B, 2bw7:C, 2bw7:D, 1wc0:A, 1wc0:B, 1wc1:A, 1wc1:C, 1wc1:B, 1wc3:A, 1wc3:B, 1wc4:B, 1wc5:A, 1wc5:D, 1wc5:B, 1wc5:C, 1wc6:A, 1wc6:C, 1wc6:B
21 4u99:A 187 75 0.0299 0.0909 0.2267 0.69 2kii:A, 2kil:A, 4u99:B, 4u9b:A, 4u9g:A, 4u9g:B, 4u9j:A, 4u9j:B, 4u9k:A, 4u9k:B
22 4yut:A 351 135 0.0615 0.0997 0.2593 1.0 8qfe:A, 8qff:A, 8qfg:A, 8qfh:A, 8qfi:A, 8qfj:A, 5x4t:A, 5x4u:A, 5x4v:A, 4yus:A, 4yut:B
23 1ybu:A 166 106 0.0545 0.1867 0.2925 2.2 1ybu:D
24 7cqw:A 430 138 0.0527 0.0698 0.2174 2.2 7cqn:A, 7cqn:B, 7cqn:C, 7cqq:A, 7cqq:B, 7cqq:C, 7cqu:A, 7cqu:B, 7cqu:C, 7cqw:B, 7cqw:C, 7cqx:A, 7cqx:B, 7cqx:C
25 7q5b:B 482 60 0.0281 0.0332 0.2667 2.3 7q5b:A, 7q5b:D, 7q5b:C
26 2aiu:A 104 65 0.0334 0.1827 0.2923 3.8
27 3ng0:A 465 52 0.0316 0.0387 0.3462 4.6
28 4d7p:A 96 33 0.0264 0.1562 0.4545 5.5
29 3fp2:A 483 41 0.0246 0.0290 0.3415 6.1 3fp4:A, 3lca:A
30 1m7j:A 474 37 0.0211 0.0253 0.3243 6.8 1rjp:A, 1rjq:A, 1rjr:A, 1rk5:A, 1rk6:A, 1v4y:A, 1v51:A
31 5v3h:A 438 114 0.0439 0.0571 0.2193 7.5 5arf:A, 5arg:A, 6cbx:A, 6cbx:B, 6cby:A, 6cby:B, 5kjk:A, 5kjl:A, 5kjm:A, 5kjn:A, 6mon:A, 6mon:B, 6n3g:A, 4o6f:A, 3qwv:A, 3qww:A, 3rib:A, 3rib:B, 3s7b:A, 3s7d:A, 3s7f:A, 3s7j:A, 3tg4:A, 3tg5:A, 5wcg:A, 4wuy:A, 4ynd:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218