Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MYDISVFIGRFQPFHKGHLHNIIIALQNSKKVIINIGSCFNTPNIKNPFSFEQRKQMIESDLQVAGIDLDTVVIEPLADY
FYQEQKWQDELRKNVYKHAKNNNSIAIVGSSSYYIRSFPEWDYIGVDNYKNFNATEFRQKFYNGIISKQYMCSNDPKLGT
YNFLTKFMDTQVYQDLVAENNYVIEYKRLWLKAPFKPNFVTVDALVIVNDHILMVQRKAHPGKDLWALPGGFLECDETIA
QAIIRELFEETNINLTHEQLAIAKRCEKVFDYPDRSVRGRTISHVGLFVFDQWPSLPEINAADDAKDVKWISLGSNIKNI
CDRMLEDHYQIITILLEECG

The query sequence (length=340) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2r5w:B 345 344 1.0000 0.9855 0.9884 0.0 2qjt:B, 2qjt:A, 2r5w:A
2 2qjo:B 336 337 0.3588 0.3631 0.3620 5.14e-70 2qjo:A, 2qjo:C
3 3gz8:C 156 147 0.1382 0.3013 0.3197 5.70e-10 3gz8:A, 3gz8:B, 3gz8:D
4 1f9a:A 164 56 0.0735 0.1524 0.4464 3.24e-08 1f9a:B, 1f9a:C, 1f9a:D, 1f9a:E, 1f9a:F
5 3gz6:A 219 62 0.0735 0.1142 0.4032 4.31e-08 3gz6:B
6 3r03:A 131 99 0.1029 0.2672 0.3535 5.97e-08
7 1m8k:A 169 75 0.0765 0.1538 0.3467 2.63e-07 1ej2:A, 1hyb:A, 1m8f:A, 1m8g:A, 1m8j:A, 1m8k:B, 1m8k:C, 4yp5:A, 4yp5:B, 4yp5:C, 4yp6:A, 4yp6:B, 4yp6:C, 4yp7:A, 4yp7:B, 4yp7:C
8 4nfw:F 153 60 0.0824 0.1830 0.4667 3.90e-07 4nfw:A, 4nfw:B, 4nfw:C, 4nfw:D, 4nfw:E, 4nfw:G, 4nfw:H, 4nfw:J, 4nfw:K, 3shd:A, 3shd:B, 3shd:C, 3shd:D, 3shd:E, 3shd:F, 3shd:G, 3shd:H, 3shd:I, 3shd:J, 3shd:K, 3shd:L
9 5gp0:I 139 61 0.0588 0.1439 0.3279 7.02e-05 6dbz:A, 6dbz:B, 6fl4:A, 6fl4:B, 5gp0:E, 5gp0:F, 5gp0:A, 5wwd:A, 5wwd:B
10 3cng:C 178 61 0.0588 0.1124 0.3279 8.79e-05 3cng:A, 3cng:B, 3cng:D
11 2b06:A 150 52 0.0588 0.1333 0.3846 1.26e-04
12 2o1c:A 147 75 0.0735 0.1701 0.3333 1.66e-04 2o1c:B, 2o1c:C, 2o5w:A, 2o5w:C, 5u7e:A, 5u7f:A, 5u7h:A
13 1ppx:A 129 107 0.0882 0.2326 0.2804 1.73e-04 3a6t:A, 3a6u:A, 3a6v:A, 3a6v:B, 1pun:A, 1puq:A, 1pus:A, 1tum:A, 7ww5:A, 7ww6:A, 7ww7:A, 7ww8:A, 7ww9:A, 7wwa:A, 7x9h:A, 7x9i:A, 7x9j:A, 7x9k:A, 7x9l:A, 7x9n:A, 7x9o:A
14 6nci:B 197 61 0.0676 0.1168 0.3770 2.58e-04 6nch:B
15 7syc:A 122 50 0.0647 0.1803 0.4400 6.57e-04
16 2fvv:A 135 52 0.0529 0.1333 0.3462 0.001 8g9c:A, 8g9d:A, 6pck:A, 6pcl:A, 2q9p:A, 8t98:A, 8t99:A, 8tf9:A, 8tfa:A, 7tn4:A, 6wo7:A, 6wo8:A, 6wo9:A, 6woa:A, 6wob:A, 6woc:A, 6wod:A, 6woe:A, 6wof:A, 6wog:A, 6woh:A, 6woi:A
17 7nnj:B 133 46 0.0471 0.1203 0.3478 0.002
18 3hhj:B 131 62 0.0618 0.1603 0.3387 0.005 3hhj:A
19 4s2v:A 139 60 0.0559 0.1367 0.3167 0.008
20 4hvy:A 135 52 0.0500 0.1259 0.3269 0.009
21 6vcr:A 161 87 0.0706 0.1491 0.2759 0.011 6d1v:B, 4s2x:A, 4s2y:A, 7sp3:A, 6vck:B, 6vcl:B, 6vcm:B, 6vcn:A, 6vco:A, 6vcp:A, 6vcq:A
22 1su2:A 159 65 0.0647 0.1384 0.3385 0.011 1su2:B, 1sz3:A, 1sz3:B
23 5zrk:A 129 55 0.0529 0.1395 0.3273 0.012 5zrg:A, 5zrh:A, 5zri:A, 5zrk:B, 5zrl:A, 5zrl:B, 5zro:A, 5zro:B
24 5ddg:A 226 73 0.0676 0.1018 0.3151 0.016 5ddg:B, 5deq:A, 5deq:B
25 7b66:A 161 50 0.0529 0.1118 0.3600 0.023 7aom:A, 7aom:B, 7aop:A, 7b63:A, 7b63:B, 7b64:A, 7b65:A, 7b65:B, 7b66:B, 7b66:C, 7b66:D, 7b67:A, 7b67:B, 7b7v:A, 7b7v:B, 5bon:A, 5bon:B, 5bon:C, 5bon:D, 5bon:E, 5bon:F, 5bon:G, 5bon:H, 5lpg:A, 5lpg:B, 7nr6:A, 7nr6:B, 7r0d:AAA, 7r0d:BBB, 6t5j:A, 6t5j:B
26 1q33:A 292 131 0.0941 0.1096 0.2443 0.037 1qvj:A
27 5otn:A 156 61 0.0588 0.1282 0.3279 0.040 5hzx:A, 5hzx:B
28 1ktg:A 137 99 0.0941 0.2336 0.3232 0.055 1ktg:B
29 6scx:A 328 88 0.0794 0.0823 0.3068 0.12 6o3p:A, 6scx:B, 6scx:C
30 6ypf:A 129 61 0.0529 0.1395 0.2951 0.13
31 2gb5:A 265 47 0.0500 0.0642 0.3617 0.14 7e44:A, 7e44:B, 7e44:E, 7e44:F, 2gb5:B, 5isy:A, 5isy:C, 5iw4:A, 5iw4:B, 5iw5:B, 5iw5:A, 1vk6:A
32 1vlh:B 158 81 0.0735 0.1582 0.3086 0.18 1vlh:A, 1vlh:F, 1vlh:C, 1vlh:D, 1vlh:E
33 1k26:A 150 55 0.0500 0.1133 0.3091 0.20
34 3ffu:A 133 38 0.0471 0.1203 0.4211 0.24 3ef5:A, 3ef5:B, 3ffu:B
35 2gt4:A 160 44 0.0412 0.0875 0.3182 0.30 2gt4:B, 2gt4:C, 2i8t:A, 2i8t:B, 2i8u:A, 2i8u:B, 1rya:A, 1rya:B
36 6o3p:B 320 69 0.0618 0.0656 0.3043 0.32
37 7dnu:A 247 77 0.0647 0.0891 0.2857 0.79
38 7ad7:B 635 30 0.0353 0.0189 0.4000 0.91
39 8sre:A 1377 27 0.0353 0.0087 0.4444 0.94 8sr7:A, 8sr7:B, 8sr7:C, 8sr7:D, 8src:A, 8src:B, 8src:C, 8src:D, 8srd:A, 8srd:B, 8srd:C, 8srd:D, 8sre:B, 8sre:D, 8sre:C, 8srf:A, 8srf:B, 8srf:C, 8srf:D, 8srg:A, 8srg:B, 8srg:C, 8srg:D, 8srh:A, 8srh:B, 8srh:C, 8srh:D, 8sri:A, 8sri:B, 8sri:C, 8sri:D, 8srj:A, 8srj:B, 8srj:D, 8srj:C, 8srk:A, 8srk:B, 8srk:C, 8srk:D
40 8sr8:A 1353 27 0.0353 0.0089 0.4444 0.97 8sr8:B, 8sr8:C, 8sr8:D, 8sr9:A, 8sr9:B, 8sr9:C, 8sr9:D, 8sra:A, 8sra:B, 8sra:C, 8sra:D, 8srb:A, 8srb:B, 8srb:C, 8srb:D
41 3i7v:A 134 54 0.0324 0.0821 0.2037 1.1 3i7v:B
42 1vc8:A 126 29 0.0324 0.0873 0.3793 1.1 1vc8:B, 1vc9:A, 1vc9:B
43 3dou:A 175 125 0.0941 0.1829 0.2560 1.3
44 4zbp:C 262 57 0.0471 0.0611 0.2807 1.3
45 5mzg:A 155 51 0.0471 0.1032 0.3137 1.4 6ehh:A, 6ehh:B, 6ehh:C, 6ehh:D, 5mze:A, 5mze:B, 5mze:C, 5mze:D, 5mzg:B
46 2qkm:B 266 45 0.0441 0.0564 0.3333 2.0 5j3t:B, 5kq4:E, 5kq4:B, 5n2v:B, 5n2v:E, 2qkm:F
47 9iye:B 173 63 0.0529 0.1040 0.2857 2.2 8i8j:A, 8i8j:B, 8i8j:C, 8i8j:D, 8i8j:E, 8i8j:F, 8i8k:A, 8i8k:B, 8i8k:C, 8i8k:D, 8i8k:E, 8i8k:F, 8i8l:A, 8i8l:B, 8i8l:C, 8i8l:D, 8i8l:E, 8i8l:F, 8i8m:A, 8i8m:B, 8i8m:C, 8i8m:D, 8i8m:E, 8i8m:F, 8i8n:A, 8i8n:B, 8i8n:C, 8i8n:D, 8i8n:E, 8i8n:F, 8i8o:A, 8i8o:B, 8i8o:C, 8i8o:D, 8i8o:E, 8i8o:F, 9iye:A, 9iye:C, 9iye:D, 9iye:E, 9iye:F, 9iyf:A, 9iyf:B, 9iyf:C, 9iyf:D, 9iyf:E, 9iyf:F, 9iyh:A, 9iyh:B, 9iyh:C, 9iyh:D, 9iyh:E, 9iyh:F, 8zn2:A, 8zn2:B, 8zn2:C, 8zn2:D, 8zn2:E, 8zn2:F, 8zn3:A, 8zn3:B, 8zn3:C, 8zn3:D, 8zn3:E, 8zn3:F
48 1sm1:S 113 60 0.0441 0.1327 0.2500 2.3 7a0r:R, 7a0s:R, 7a18:R, 3cf5:R, 2d3o:S, 3dll:R, 5dm6:R, 5dm7:R, 4io9:R, 4ioa:R, 4ioc:R, 5jvg:R, 5jvh:R, 3pio:R, 3pip:R, 4u67:R, 4v4g:BV, 4v4g:DV, 4v4g:FV, 4v4g:HV, 4v4g:JV, 4wfn:R, 2zjp:R, 2zjq:R, 2zjr:R
49 1yum:A 212 70 0.0588 0.0943 0.2857 2.4 1yum:B, 1yum:C, 1yum:D, 1yun:A, 1yun:B
50 6aa3:A 162 69 0.0588 0.1235 0.2899 2.6 8a07:A, 8a07:B, 8a0s:A, 8a0t:A, 8a0t:B, 8a34:A, 8a34:B, 8a3a:A, 6aa4:A, 6aa5:A, 5ans:A, 5ant:A, 5ant:B, 5ant:C, 5anu:A, 5anv:A, 5anw:A, 4c9w:A, 4c9x:A, 6eq2:A, 6eq3:A, 6eq4:A, 6eq5:A, 6eq6:A, 6eq7:A, 6f1x:A, 6f1x:B, 6f20:A, 6f20:B, 6f22:A, 6f22:B, 6f23:A, 6f23:B, 5fsi:A, 5fsk:A, 5fsl:A, 5fsm:A, 5fsn:A, 5fso:A, 5ghi:A, 5ghi:B, 5ghj:A, 5ghj:B, 5ghm:A, 5ghm:B, 5ghn:A, 5ghn:B, 5gho:B, 5ghq:A, 5ghq:B, 6gle:A, 6glg:A, 6glh:A, 6gli:A, 6glj:A, 6gll:A, 6gll:B, 6glm:A, 6gln:A, 6glp:A, 6glp:B, 6glq:A, 6glq:B, 6glr:A, 6glr:B, 6gls:A, 6gls:B, 6glu:A, 6glv:A, 8i18:A, 8i18:B, 8i19:A, 8i19:B, 8i1a:A, 8i1a:B, 8i1d:A, 8i1d:B, 8i1e:A, 8i1e:B, 8i1f:A, 8i1f:B, 8i1g:A, 8i1i:A, 8i1i:B, 8i1j:A, 8i1j:B, 8i8s:A, 8i8s:B, 8i8t:A, 8i8t:B, 6ijy:A, 6ijy:B, 6ili:A, 6ili:B, 6imz:A, 6jvg:A, 6jvg:B, 6jvh:A, 6jvh:B, 6jvi:A, 6jvi:B, 6jvj:A, 6jvj:B, 6jvk:A, 6jvl:A, 6jvm:A, 6jvn:A, 6jvn:B, 6jvo:A, 6jvo:B, 6jvp:A, 6jvp:B, 6jvq:A, 6jvq:B, 6jvr:A, 6jvs:A, 6jvt:A, 6jvt:B, 7n03:A, 4n1t:A, 4n1u:A, 4n1u:B, 7n13:A, 7n13:B, 5ngr:A, 5ngr:B, 5ngs:A, 5ngs:B, 5ngt:A, 5nhy:A, 5nhy:B, 5otm:A, 5otm:B, 6qvo:A, 6qvo:B, 6qvo:C, 6qvo:D, 6us2:A, 6us3:A, 6us4:A, 3whw:A, 3whw:B, 5ws7:A, 5ws7:B, 3zr0:A, 3zr0:B
51 5gg6:B 295 32 0.0441 0.0508 0.4688 2.9 5gg6:A, 5gg7:A, 5gg7:B, 5gg8:A, 5gg9:A, 5gga:A, 5ggb:A, 5ggc:A, 5ggc:B, 5ggd:A, 5ggd:B, 6m65:A, 6m69:A, 6m6y:A, 6m72:A, 5xd1:A, 5xd2:A, 5xd3:A, 5xd4:A, 5xd5:B, 5xd5:A
52 1ll4:A 392 47 0.0500 0.0434 0.3617 3.1 1ll4:B, 1ll4:C, 1ll4:D
53 1mqw:A 200 72 0.0676 0.1150 0.3194 3.5 1mk1:A, 1mqe:A, 1mr2:A
54 3otw:A 157 60 0.0529 0.1146 0.3000 3.6 3otw:D, 3otw:B, 3otw:C, 3otw:E, 3otw:F
55 5qoh:A 149 46 0.0412 0.0940 0.3043 4.0 5qoi:A, 5qoj:A, 5qok:A, 5qom:A, 5qon:A, 5qoo:A, 5qop:A, 5qoq:A, 5qor:A, 5qos:A, 5qot:A, 5qou:A, 5qov:A, 5qow:A, 5qox:A, 5qoy:A, 5qoz:A, 5qp0:A, 5qp1:A, 5qp2:A, 5qp3:A, 5qp4:A, 5qp5:A, 5qp6:A, 5qp7:A, 5qp8:A, 5qp9:A, 5qpa:A, 5qpb:A
56 1jkn:A 165 31 0.0382 0.0788 0.4194 4.0
57 2yvm:A 182 61 0.0588 0.1099 0.3279 4.3 2yvo:A, 2yvp:A
58 1v8m:A 159 53 0.0471 0.1006 0.3019 4.9 1v8l:A, 1v8r:A, 1v8s:A, 1v8t:A, 1v8v:A, 1v8y:A, 3x0k:A, 3x0l:A, 3x0m:A, 3x0n:A, 3x0o:A, 3x0p:A, 3x0q:A, 3x0r:A
59 3nd6:A 152 57 0.0588 0.1316 0.3509 5.0 3nd6:B, 3nd6:C, 3nd6:D, 3nd6:E, 3nd6:F, 3nd7:A, 3nd7:B, 3nd7:C, 3nd7:D, 3nd7:E, 3nd7:F
60 6cck:B 160 54 0.0471 0.1000 0.2963 6.6 1b6t:B, 6b7a:A, 6b7a:B, 6b7b:A, 6b7b:B, 6b7c:A, 6b7c:B, 6b7d:A, 6b7e:B, 6b7f:A, 6b7f:B, 6cck:A, 6ccl:A, 6ccl:B, 6ccm:A, 6ccn:A, 6ccn:B, 6cco:A, 6ccq:A, 6ccq:B, 6ccs:A, 6ccs:B, 6chl:A, 6chl:B, 6chm:A, 6chm:B, 6chn:A, 6chn:B, 6cho:A, 6cho:B, 6chp:A, 6chp:B, 6chq:A, 6ckw:A, 6ckw:B, 1gn8:A, 1gn8:B, 1h1t:A, 1h1t:B, 1qjc:B
61 1a0s:P 413 77 0.0559 0.0460 0.2468 7.2 1a0s:Q, 1a0s:R, 1a0t:P, 1a0t:R, 1a0t:Q, 1oh2:P, 1oh2:R, 1oh2:Q
62 6jav:A 377 36 0.0441 0.0398 0.4167 9.6 6jaw:A, 6jax:A, 6jay:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218