Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MSYMNFDPKPLGDTNIFKPIKIGNNELKHRVVMPALTRMRAIAPGNIPNTEWAEEYYRQRSQYPGTLIITEGTFPSAQSG
GYPNVPGIWSKEQLAEWKKIFNAIHENKSFVWVQLWVLGRQAWPEVLKKEGLRYDSATDDLYMGEEEKERALKANNPQHG
ITKEEIKQYIKEYVDAAKKAIDAGADGVQIHSANGYLLNQFLDPISNNRTDEYGGSIENRARFTLEVVDAVVDAVGAERT
SIRFSPYGTFGTMSGGENPGIVAQYAYVIGELEKRARAGKRLAFIDLVEPGTNEFIYSIWKGPVLRVGNYALDPDQATLD
SKKPNTLIGYGRSFIANPDLVYRLEKGLPLNKYDRNTFYTFTKEGYTDYPSYEESVAKGYK

The query sequence (length=381) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4tmc:A 399 397 1.0000 0.9549 0.9597 0.0 4tmb:A, 4tmb:B, 4tmb:C, 4tmb:D, 4tmc:B, 4tmc:C, 4tmc:D
2 1bwk:A 399 392 0.6929 0.6617 0.6735 0.0 7bn7:A, 7bn7:B, 7bn7:C, 7bn7:D, 1bwl:A, 4gbu:A, 4ge8:A, 4gwe:A, 4gxm:A, 4h4i:A, 4h6k:A, 1k02:A, 1k03:A, 4k7v:A, 4k7y:A, 4k8e:A, 4k8h:A, 1oya:A, 1oyb:A, 1oyc:A, 3rnd:A, 3tx9:A, 3txz:A, 4yil:A, 4ync:A
3 5v4v:A 397 391 0.6772 0.6499 0.6598 0.0 5v4p:A, 5v4p:B, 5v4v:B
4 4rnu:C 385 286 0.5459 0.5403 0.7273 2.11e-155 4rnu:A, 4rnu:B, 4rnu:D, 4rnv:A, 4rnv:B, 4rnv:C, 4rnv:D, 4rnw:A, 4rnw:B
5 4rnu:C 385 90 0.1496 0.1481 0.6333 1.48e-33 4rnu:A, 4rnu:B, 4rnu:D, 4rnv:A, 4rnv:B, 4rnv:C, 4rnv:D, 4rnw:A, 4rnw:B
6 4rnx:A 390 243 0.4331 0.4231 0.6790 1.21e-112 4rnx:B
7 4rnx:A 390 139 0.2546 0.2487 0.6978 1.57e-67 4rnx:B
8 6agz:A 386 372 0.4646 0.4585 0.4758 4.52e-107 6agz:B
9 4df2:A 404 389 0.4383 0.4134 0.4293 1.69e-100 4m5p:A, 4qai:A, 4qai:B, 4qai:C, 4qai:D, 4qai:E, 4qai:F, 3tjl:A, 3upw:A
10 4qnw:A 369 377 0.3937 0.4065 0.3979 2.39e-83
11 6s32:D 352 361 0.3911 0.4233 0.4127 1.63e-79 6s32:A, 6s32:B, 6s32:C
12 8bpp:A 362 367 0.3885 0.4088 0.4033 9.27e-74 8bpp:B, 8bpp:C, 8bpq:A, 8bpq:B, 8bpq:C
13 7tmb:A 362 372 0.3832 0.4033 0.3925 7.69e-72 7tmb:B, 7tmb:C, 7tmb:D, 7tmb:E, 7tmb:F
14 1gvr:A 364 369 0.3832 0.4011 0.3957 1.26e-71 2aba:A, 2abb:A, 3f03:K, 6gi7:A, 6gi8:A, 6gi9:A, 6gia:A, 1gvo:A, 1gvq:A, 1gvs:A, 1h50:A, 1h51:A, 1h60:A, 1h61:A, 1h62:A, 1h63:A, 3kft:A, 3kft:B, 5lgx:A, 5lgz:A, 3p62:A, 3p67:A, 3p74:A, 3p7y:A, 3p80:A, 3p81:A, 3p82:A, 3p84:A, 3p8i:A, 3p8j:A, 1vyp:X, 1vyr:A, 1vys:X
15 5dy2:A 378 395 0.4016 0.4048 0.3873 1.28e-71 5dxx:A, 5dxy:A, 5dy3:A
16 7bn6:B 381 368 0.3701 0.3701 0.3832 2.43e-71 7bn6:A, 7bo0:A, 7bo0:B, 6s0g:B, 6s23:A, 6s23:B, 6s31:A
17 2gou:A 365 382 0.3596 0.3753 0.3586 1.62e-70 4aws:A, 4awt:A, 4awu:A, 2gq8:A, 2gq9:A, 2gqa:A
18 1icp:A 358 375 0.3780 0.4022 0.3840 1.43e-69 3hgr:A, 3hgr:B, 1icp:B, 1icq:A, 1icq:B, 1ics:A, 1ics:B
19 4jic:A 370 384 0.3832 0.3946 0.3802 1.88e-69 4jic:B, 4jic:C, 4jip:A, 4jiq:A, 5n6g:A
20 9em0:A 376 385 0.3858 0.3910 0.3818 1.91e-69 8aua:A, 8aua:B, 8aub:A, 8aub:B, 8aue:A, 8aue:B, 8auj:A, 8auj:B, 8aul:A, 8aul:B, 8aum:A, 8aum:B, 8aun:A, 8aun:B, 8auo:B, 8auo:A, 8auq:A, 8auq:B, 9em0:B, 9em2:B, 9em2:A, 9em3:A, 9em4:B, 9em4:A, 9em5:A, 9em6:B, 9em6:A, 3hgo:A, 3hgo:B, 3hgs:A, 3hgs:B, 2hs6:A, 2hs6:B, 2hs8:A, 2hs8:B, 2hsa:B, 2hsa:A, 8qmx:A, 8qmx:B, 8qn1:A, 8qn1:B, 8qn1:C, 8qn1:D, 8qn3:A, 8qn3:B, 8qn9:B, 8s8v:A, 8s8v:B, 8s8y:B, 8s8y:A
21 2q3r:A 351 362 0.3622 0.3932 0.3812 1.95e-68 1vji:A
22 7tnb:AAA 353 371 0.3648 0.3938 0.3747 5.71e-68
23 2q3o:B 367 374 0.3570 0.3706 0.3636 2.77e-66 2g5w:A, 2g5w:B, 2q3o:A, 1q45:A, 1q45:B
24 3gka:B 351 363 0.3517 0.3818 0.3691 9.46e-65 3gka:A
25 4ab4:A 349 361 0.3596 0.3926 0.3795 2.56e-64 4ab4:B, 4aeo:A, 4aeo:B
26 1gwj:A 374 378 0.3596 0.3663 0.3624 1.09e-63 3gx9:A, 2r14:A
27 6uff:A 362 369 0.3438 0.3619 0.3550 7.45e-63 6uff:B, 6uff:C, 6uff:D, 6uff:E, 6uff:F, 6uff:G, 6uff:H
28 4a3u:A 355 361 0.3333 0.3577 0.3518 3.25e-60 4a3u:B
29 8fw1:A 362 372 0.3491 0.3674 0.3575 4.00e-60 8fw1:B, 8fw1:C, 6myw:A, 6myw:B, 6myw:C, 6myw:D, 6o08:A, 8vcn:A
30 4b5n:A 354 346 0.3333 0.3588 0.3671 2.43e-59 5k0r:A, 5k1k:A, 5k1m:A, 5k1q:A, 5k1u:A, 5k1w:A
31 4ot7:A 308 364 0.3360 0.4156 0.3516 5.83e-55
32 8e5i:A 357 366 0.3150 0.3361 0.3279 2.27e-54
33 3aty:A 379 379 0.3123 0.3140 0.3140 4.35e-47 3aty:B, 3atz:A, 3atz:B, 3atz:C, 3atz:D, 4e2b:A, 4e2d:A, 4e2d:B, 4e2d:C, 4e2d:D
34 3kru:A 335 216 0.1969 0.2239 0.3472 5.43e-29 3kru:B, 3kru:C, 3kru:D, 3krz:A, 3krz:B, 3krz:C, 3krz:D
35 5ocs:A 369 228 0.2073 0.2141 0.3465 5.73e-28 5ocs:C
36 3gr7:A 340 221 0.1837 0.2059 0.3167 1.10e-26 3gr7:B, 3gr8:A, 3gr8:B
37 1z41:A 337 219 0.1837 0.2077 0.3196 2.70e-26 1z41:B, 1z42:A, 1z42:B, 1z44:A, 1z44:B, 1z48:A, 1z48:B
38 8e5h:A 368 372 0.2625 0.2717 0.2688 1.86e-24
39 7qfx:C 413 227 0.1759 0.1622 0.2952 3.87e-21 7qfx:B, 7qfx:E, 7qfx:G
40 8auh:A 365 227 0.1732 0.1808 0.2907 1.46e-20 8a8i:B, 8a8i:D, 8au8:A, 8au8:B, 8au9:B, 8au9:A, 8auf:A, 8auf:B, 8aug:A, 8aug:B, 8auh:B, 8aui:A, 8aui:B, 5cpl:A, 5cpl:B, 5cpm:A, 5cpm:B, 5cpn:A, 5cpn:B, 5cpo:A, 5cpo:B, 2h8x:A, 2h8z:A, 2h90:A, 3l5l:A, 3l5m:A, 3l65:A, 3l66:A, 3l67:A, 3l68:A, 5lni:A, 5lnj:A, 3n14:A, 3n19:B, 3n19:D, 5n6q:A, 5n6q:B, 4uth:A, 4uti:A, 4utj:A, 4utk:A, 4utl:A, 4utm:A
41 6qkg:B 664 224 0.1732 0.0994 0.2946 1.90e-20 6qkg:A, 6qkr:A, 6qkr:B, 6qkx:A
42 7blf:A 406 222 0.1732 0.1626 0.2973 2.27e-20 7blf:B
43 1ps9:A 671 224 0.1654 0.0939 0.2812 4.92e-20
44 1djn:A 729 281 0.2231 0.1166 0.3025 5.58e-20 1djn:B, 1djq:A, 1djq:B, 1o94:A, 1o94:B, 1o95:A, 1o95:B, 2tmd:A, 2tmd:B
45 8pun:A 356 224 0.1601 0.1713 0.2723 1.01e-19 8pun:B, 8pun:C, 8pun:D
46 8j59:B 388 229 0.1785 0.1753 0.2969 2.34e-19 8j59:A
47 8uat:F 351 232 0.1942 0.2108 0.3190 2.11e-18 3hf3:A, 3hf3:B, 3hf3:C, 3hf3:D, 3hgj:A, 3hgj:B, 3hgj:C, 3hgj:D, 5nux:A, 5nux:B, 5nux:C, 5nux:D, 5ogt:A, 5ogt:B, 5ogt:C, 5ogt:D, 8uaj:A, 8uaj:B, 8uaj:C, 8uaj:D, 8uat:B, 8uat:C, 8uat:D, 8uat:E, 8uat:G, 8uat:H, 8uat:A
48 7fev:A 443 179 0.1575 0.1354 0.3352 4.26e-18
49 7o0t:A 354 226 0.1732 0.1864 0.2920 7.28e-16 7o0t:B, 7o0t:C, 7o0t:D
50 6de6:A 689 210 0.1654 0.0914 0.3000 1.95e-13
51 6de6:B 652 85 0.0945 0.0552 0.4235 1.37e-12
52 6l6j:A 669 354 0.2362 0.1345 0.2542 7.96e-12
53 3k30:A 684 147 0.1234 0.0687 0.3197 1.84e-11 3k30:B
54 6go1:A 318 77 0.0604 0.0723 0.2987 1.2 6go1:B
55 6vfp:A 439 58 0.0525 0.0456 0.3448 2.8 6bx7:A, 6mga:A
56 6hrg:A 233 38 0.0341 0.0558 0.3421 4.5
57 6mdm:D 713 82 0.0630 0.0337 0.2927 8.8 1d2n:A, 6ip2:B, 6ip2:C, 6ip2:D, 6ip2:E, 6ip2:F, 6ip2:A, 6mdm:A, 6mdm:B, 6mdm:C, 6mdm:E, 6mdn:A, 6mdn:B, 6mdn:C, 6mdn:D, 6mdn:E, 6mdo:A, 6mdo:B, 6mdo:C, 6mdo:D, 6mdo:E, 6mdo:F, 6mdp:A, 6mdp:B, 6mdp:C, 6mdp:D, 6mdp:E, 6mdp:F, 1nsf:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218