Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
MSVSAFNRRWAAVILEALTRHGVRHICIAPGSRSTLLTLAAAENSAFIHHTHFDERGLGHLALGLAKVSKQPVAVIVTSG
TAVANLYPALIEAGLTGEKLILLTADRPPELIDCGANQAIRQPGMFASHPTHSISLPRPTQDIPARWLVSTIDHALGTLH
AGGVHINCPFAEPLYGMDDTGLSWQQRLGDWWQDDKPWLREAPRLESEKQRDWFFWRQKRGVVVAGRMSAEEGKKVALWA
QTLGWPLIGDVLSQTGQPLPCADLWLGNAKATSELQQAQIVVQLGSSLTGKRLLQWQASCEPEEYWIVDDIEGRLDPAHH
RGRRLIANIADWLELHPAEKRQPWCVEIPRLAEQAMQAVIARRDAFGEAQLAHRICDYLPEQGQLFVGNSLVVRLIDALS
QLPAGYPVYSNRGASGIDGLLSTAAGVQRASGKPTLAIVGDLSALYDLNALALLRQVSAPLVLIVVNNNGGQIFSLLPTP
QSERERFYLMPQNVHFEHAAAMFELKYHRPQNWQELETAFADAWRTPTTTVIEMVVNDTDGAQTLQQLLAQVSHL

The query sequence (length=555) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 5ej4:A 556 556 0.9982 0.9964 0.9964 0.0 5ej4:B, 5ej4:C, 5ej4:D, 5ej4:E, 5ej4:F, 5ej4:G, 5ej4:H, 5ej5:A, 5ej5:B, 5ej5:C, 5ej5:D, 5ej5:E, 5ej5:F, 5ej5:G, 5ej5:H, 5ej6:A, 5ej6:B, 5ej6:C, 5ej6:D, 5ej6:E, 5ej6:F, 5ej6:G, 5ej6:H, 5ej7:A, 5ej7:B, 5ej7:C, 5ej7:D, 5ej7:E, 5ej7:F, 5ej7:G, 5ej7:H, 5ej8:A, 5ej8:B, 5ej8:C, 5ej8:D, 5ej8:E, 5ej8:F, 5ej8:G, 5ej8:H, 5ej9:A, 5ej9:B, 5ej9:C, 5ej9:D, 5ej9:E, 5ej9:F, 5ej9:G, 5ej9:H, 5eja:A, 5eja:B, 5eja:C, 5eja:D, 5eja:E, 5eja:F, 5eja:G, 5eja:H, 5ejm:A, 5ejm:B, 5ejm:C, 5ejm:D, 5ejm:E, 5ejm:F, 5ejm:G, 5ejm:H, 3hww:A, 3hwx:A, 3hwx:B, 3hwx:I, 3hwx:J, 3hwx:R, 3hwx:S, 3hwx:Z, 3hwx:1, 2jla:A, 2jla:B, 2jla:C, 2jla:D, 2jlc:A, 2jlc:B, 5z2p:A, 5z2p:B, 5z2p:C, 5z2p:D, 5z2p:E, 5z2p:G, 5z2p:F, 5z2p:H, 5z2r:A, 5z2r:B, 5z2r:C, 5z2r:D, 5z2r:E, 5z2r:F, 5z2r:G, 5z2r:H, 5z2u:A, 5z2u:H, 5z2u:B, 5z2u:G, 5z2u:C, 5z2u:D, 5z2u:E, 5z2u:F
2 3hww:D 532 554 0.9568 0.9981 0.9585 0.0
3 2x7j:A 579 577 0.3099 0.2971 0.2981 1.49e-67 2x7j:B, 2x7j:C, 2x7j:D
4 7tin:B 556 572 0.3027 0.3022 0.2937 3.70e-59 7tin:A, 7tin:C, 7tin:D
5 5ess:A 551 527 0.2847 0.2868 0.2998 1.19e-33 5esd:A, 5esd:B, 5esd:C, 5esd:D, 5eso:D, 5eso:B, 5eso:C, 5ess:B, 5ess:C, 5ess:D, 5esu:A, 5esu:B, 5esu:C, 5esu:D, 6o04:A, 6o04:D, 6o04:B, 6o04:C, 6o0g:A, 6o0g:D, 6o0g:C, 6o0j:A, 6o0j:D, 6o0j:B, 6o0j:C, 6o0n:A, 6o0n:B
6 6o0g:B 530 495 0.2703 0.2830 0.3030 1.95e-31 5eso:A, 6o0n:C, 6o0n:D
7 7egv:A 590 121 0.0667 0.0627 0.3058 1.06e-06 7egv:B, 7ehe:A, 7ehe:B
8 6vz8:D 531 111 0.0631 0.0659 0.3153 1.02e-05 6vz8:H, 6vz8:L, 6vz8:P
9 5k2o:A 585 111 0.0631 0.0598 0.3153 1.20e-05 3e9y:A, 3ea4:A, 8et4:A, 8et5:A, 5k3s:A, 5k6q:A, 5k6r:A, 5k6t:A, 7stq:A, 7tzz:A, 7u1d:A, 7u1u:A, 7u25:A, 6u9h:A, 6u9h:B, 6u9h:H, 6u9h:I, 6u9h:L, 6u9h:M, 6u9h:P, 6u9h:Q, 6vz8:E, 6vz8:I, 6vz8:M, 6vz8:Q, 5wj1:A, 1ybh:A, 1yhy:A, 1yhz:A, 1yi0:A, 1yi1:A, 1z8n:A
10 6lpi:B 539 127 0.0595 0.0612 0.2598 5.28e-05 6lpi:A, 6lpi:C, 6lpi:D
11 6wo1:A 551 109 0.0613 0.0617 0.3119 6.97e-05
12 6u9d:B 607 121 0.0631 0.0577 0.2893 1.29e-04 6bd3:A, 6bd3:B, 6bd9:A, 6bd9:B, 5fem:A, 5fem:B, 5ims:A, 5ims:B, 1jsc:A, 1jsc:B, 1n0h:A, 1n0h:B, 1t9a:A, 1t9a:B, 1t9b:B, 1t9c:A, 1t9c:B, 1t9d:A, 1t9d:D, 6u9d:A, 6u9d:E, 6u9d:F, 6u9d:I, 6u9d:J, 6u9d:M, 6u9d:N, 6u9d:Q, 6u9d:U, 6u9d:V, 5wkc:A, 5wkc:D, 5wkc:B, 5wkc:E
13 1t9b:A 583 121 0.0631 0.0600 0.2893 1.34e-04 1t9d:B, 1t9d:C
14 6u9d:R 416 121 0.0631 0.0841 0.2893 2.83e-04
15 6deq:A 601 109 0.0595 0.0549 0.3028 8.07e-04 6dek:A, 6del:A, 6dem:A, 6den:A, 6deo:A, 6dep:A, 6der:A, 6des:A
16 4rji:C 555 122 0.0559 0.0559 0.2541 0.005 4rji:A, 4rji:B, 4rji:D, 4rjj:A, 4rjj:B, 4rjj:C, 4rjj:D, 4rjj:E, 4rjj:F, 4rjj:G, 4rjj:H, 4rjk:A, 4rjk:B, 4rjk:C, 4rjk:D, 4rjk:E, 4rjk:F, 4rjk:G, 4rjk:H
17 7orx:CCC 531 130 0.0613 0.0640 0.2615 0.017 7orx:AAA, 7orx:BBB, 7orx:DDD
18 6isp:C 319 111 0.0613 0.1066 0.3063 0.019 5gv5:A, 5gv5:B, 5gv5:C, 5gv5:D, 5gv5:E, 5gv5:F, 5gv5:G, 5gv5:H, 6isp:D, 6isp:A, 6isp:B, 6j1t:A, 1lbs:A, 1lbs:B, 1lbs:C, 1lbs:D, 1lbs:E, 1lbs:F, 1lbt:A, 1lbt:B, 1tcb:B, 1tcc:B, 6tp8:A, 6tp8:B, 6tp8:C
19 4qq8:C 569 141 0.0595 0.0580 0.2340 0.091 2ag0:A, 2ag0:B, 2ag0:C, 2ag0:D, 2ag1:A, 2ag1:B, 2ag1:C, 2ag1:D, 3d7k:A, 3d7k:B, 3iae:A, 3iae:B, 3iaf:A, 3iaf:B, 3iaf:C, 3iaf:D, 4qpz:A, 4qpz:B, 4qpz:C, 4qpz:D, 4qpz:E, 4qpz:F, 4qpz:G, 4qpz:H, 4qq8:A, 4qq8:B, 4qq8:D, 2uz1:A, 2uz1:B, 2uz1:C, 2uz1:D
20 5yyl:B 375 121 0.0523 0.0773 0.2397 0.092
21 4xfm:A 400 123 0.0667 0.0925 0.3008 0.14
22 7b2e:A 548 132 0.0559 0.0566 0.2348 0.18 7ayg:A, 7ayg:B, 7ayg:C, 7ayg:D, 7ayg:E, 7ayg:F, 7ayg:G, 7ayg:H, 7b2e:B, 7b2e:C, 7b2e:D, 7b2e:E, 7b2e:F, 7b2e:G, 7b2e:H
23 6a50:A 527 61 0.0378 0.0398 0.3443 0.26 6a50:B, 1bfd:A, 5dei:A, 5dei:C, 5dei:D, 5dei:B, 5dgd:A, 5dgt:A, 3f6b:X, 3f6e:X, 2fn3:A, 3fsj:X, 2fwn:A, 3fzn:A, 3fzn:B, 3fzn:D, 3fzn:C, 4gg1:A, 4gm0:A, 4gm1:A, 4gm4:A, 4gp9:A, 4gpe:A, 4jd5:A, 4ju8:A, 4ju9:A, 4jua:A, 4jub:A, 4jub:D, 4jub:B, 4jub:C, 4juc:A, 4juc:C, 4juc:B, 4juc:D, 4jud:X, 4juf:A, 4juf:C, 4juf:B, 4juf:D, 4k9k:A, 4k9l:A, 4k9m:A, 4k9n:A, 4k9n:C, 4k9n:B, 4k9n:D, 4k9o:A, 4k9o:C, 4k9o:B, 4k9o:D, 4k9p:A, 4k9p:C, 4k9p:B, 4k9p:D, 6m2y:A, 6m2z:A, 1mcz:A, 1mcz:B, 1mcz:C, 1mcz:D, 1mcz:E, 1mcz:F, 1mcz:G, 1mcz:H, 1mcz:I, 1mcz:J, 1mcz:K, 1mcz:L, 1mcz:M, 1mcz:N, 1mcz:O, 1mcz:P, 4mpj:A, 4mpp:A, 4mpr:A, 4mq5:A, 4mzx:A, 1pi3:A, 1po7:A, 1q6z:A, 4qel:A, 2v3w:A, 2v3w:C, 2v3w:B, 2v3w:D, 1yno:A
24 3a47:A 586 30 0.0198 0.0188 0.3667 0.35 3a4a:A, 3aj7:A, 3axh:A, 3axi:A
25 5ahk:A 555 259 0.1027 0.1027 0.2201 0.71 5ahk:B
26 6qsi:A 525 62 0.0378 0.0400 0.3387 1.6 6qsi:B
27 3h3n:X 501 110 0.0468 0.0519 0.2364 3.5 3d7e:O, 3d7e:X, 3flc:O, 3flc:X, 3h3n:O, 3h3o:O, 3h3o:X, 3h3o:B, 3h3o:C, 3h45:X, 3h45:O, 3h45:C, 3h45:D, 3h46:X, 3h46:O, 1xup:O, 1xup:X
28 8xp5:A 302 64 0.0288 0.0530 0.2500 4.5
29 1h4k:X 271 59 0.0306 0.0627 0.2881 6.7
30 8tg9:A 426 77 0.0396 0.0516 0.2857 6.9 8tg9:B
31 5mrc:Q 284 35 0.0270 0.0528 0.4286 8.6 3j6b:Q, 5mre:Q, 5mrf:Q
32 1jqn:A 874 71 0.0396 0.0252 0.3099 10.0 1fiy:A, 1qb4:A

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218