Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MSLKVNILGHEFSNPFMNAAGVLCTTEEDLRRMTESESGSLIGKSCTLAPRTGNPEPRYFGLPLGSINSMGLPNLGVDFY
LSYAAQTHDYSRKPLFLSMSGLSVEESVEMVKKLVPITKEKGTILELNLSCPNVPGKPQVGYDFDTTRTYLQKVSEAYGL
PFGVKMPPYFDIAHFDMAAAVLNDFPLVKFITCVNSIGNGLVIDPANETVVIKPKQGFGGLGGKYVLPTALANVNAFFRR
CPDKLVFGCGGVYSGEEAFLHILAGASMVQVGTALHDEGPIIFARLNKELQEIMTNKGYKTLDEFRGRVKTMD

The query sequence (length=313) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2b4g:B 313 313 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 2b4g:A, 2b4g:C, 2b4g:D, 5xfv:A, 5xfv:B, 5xfv:C, 5xfv:D
2 3w87:A 314 313 0.7923 0.7898 0.7923 0.0 3c3n:A, 3c3n:B, 3c3n:C, 3c3n:D, 2djl:A, 2djl:B, 2djx:A, 2djx:B, 2e68:A, 2e68:B, 2e6a:A, 2e6a:B, 2e6d:A, 2e6d:B, 2e6f:A, 2e6f:B, 5e93:A, 5e93:B, 5ea9:A, 5ea9:B, 4jd4:A, 4jd4:B, 4jdb:A, 4jdb:B, 3w1a:A, 3w1a:B, 3w1l:A, 3w1l:B, 3w1m:A, 3w1m:B, 3w1n:A, 3w1n:B, 3w1p:A, 3w1p:B, 3w1q:A, 3w1q:B, 3w1r:A, 3w1r:B, 3w1t:A, 3w1t:B, 3w1u:A, 3w1u:B, 3w1x:A, 3w1x:B, 3w22:A, 3w22:B, 3w23:A, 3w23:B, 3w2j:A, 3w2j:B, 3w2k:A, 3w2k:B, 3w2l:A, 3w2l:B, 3w2m:A, 3w2m:B, 3w2n:A, 3w2n:B, 3w2u:A, 3w2u:B, 3w3o:A, 3w3o:B, 3w6y:A, 3w6y:B, 3w70:A, 3w70:B, 3w71:A, 3w71:B, 3w72:A, 3w72:B, 3w73:A, 3w73:B, 3w74:A, 3w74:B, 3w75:A, 3w75:B, 3w76:A, 3w76:B, 3w7c:A, 3w7c:B, 3w7d:A, 3w7d:B, 3w7e:A, 3w7e:B, 3w7g:A, 3w7g:B, 3w7h:A, 3w7h:B, 3w7i:A, 3w7i:B, 3w7j:A, 3w7j:B, 3w7k:A, 3w7k:B, 3w7l:A, 3w7l:B, 3w7m:A, 3w7m:B, 3w7n:A, 3w7n:B, 3w7o:A, 3w7o:B, 3w7p:A, 3w7p:B, 3w7q:A, 3w7q:B, 3w83:A, 3w83:B, 3w84:A, 3w84:B, 3w85:A, 3w85:B, 3w86:A, 3w86:B, 3w87:B, 3w88:A, 3w88:B
3 3c61:A 314 313 0.7412 0.7389 0.7412 3.17e-177 3c61:B, 3c61:C, 3c61:D, 6dgs:A, 6dgs:B, 6dwg:A, 6dwg:B, 6ebs:A, 6ebs:B, 4ef8:A, 4ef8:B, 4ef9:A, 4ef9:B, 3gye:A, 3gye:B, 3gz3:A, 3gz3:B, 3mhu:A, 3mhu:B, 3mjy:A, 3mjy:B, 7mx6:AAA, 7mx6:BBB, 7myd:AAA, 7myd:BBB, 3tjx:A, 3tjx:B, 3tq0:A, 3tq0:B, 3tro:A, 3tro:B
4 4wzh:A 304 312 0.7157 0.7368 0.7179 1.51e-168 4wzh:B
5 3oix:A 310 314 0.5591 0.5645 0.5573 1.25e-119 3oix:B, 3oix:C, 3oix:D
6 2bsl:A 311 313 0.5335 0.5370 0.5335 1.07e-118 2bsl:B, 2bx7:A, 2bx7:B, 1dor:A, 1dor:B, 2dor:A, 2dor:B, 1jqv:A, 1jqv:B, 1jqx:A, 1jqx:B, 1jrb:A, 1jrb:B, 1jrc:A, 1jrc:B, 1jub:A, 1jub:B, 1jue:A, 1jue:B, 1ovd:A, 1ovd:B
7 1ep3:A 311 316 0.2588 0.2605 0.2563 1.14e-20 1ep1:A, 1ep2:A, 5ksw:A, 5ksw:C, 5ue9:A, 5ue9:C
8 4ori:A 355 327 0.2875 0.2535 0.2752 1.63e-17 1uum:A, 1uum:B, 1uuo:A
9 6et4:A 367 317 0.2748 0.2343 0.2713 1.06e-15 2b0m:A, 9bkm:A, 9bkn:A, 9bko:A, 2bxv:A, 6cjf:A, 6cjf:B, 6cjg:A, 1d3g:A, 1d3h:A, 8dhf:A, 8dhg:A, 8dhh:A, 3f1q:A, 3fj6:A, 3fjl:A, 6fmd:A, 2fpt:A, 2fpv:A, 2fpy:A, 2fqi:A, 3g0u:A, 3g0x:A, 6gk0:A, 5h2z:A, 5h73:A, 5hin:A, 5hqe:A, 6idj:A, 4igh:A, 6j3b:A, 6j3c:A, 4jgd:A, 6jmd:A, 6jme:A, 4js3:A, 4jts:A, 4jtt:A, 4jtu:A, 7k2u:A, 8k4f:A, 5k9c:A, 5k9d:A, 3kvj:A, 3kvk:A, 3kvl:A, 3kvm:A, 6lp6:A, 6lp7:A, 6lp8:A, 4ls0:A, 4ls1:A, 4ls2:A, 6lzl:A, 6m2b:A, 5mut:A, 5mvc:A, 5mvd:A, 6oc0:A, 6oc1:A, 4oqv:A, 2prh:A, 2prl:A, 2prm:A, 6qu7:A, 8rak:A, 4rk8:A, 4rka:A, 4rli:A, 4rr4:A, 6syp:AAA, 3u2o:A, 8vhl:A, 8vhm:A, 6vnd:A, 3w7r:A, 2wv8:A, 8yhr:A, 4ylw:A, 7z6c:A, 5zf4:A, 5zf7:A, 5zf8:A, 5zf9:A, 5zfa:A, 5zfb:A, 4zl1:A, 4zmg:A, 3zws:A, 3zwt:A
10 1gth:A 1019 329 0.2524 0.0775 0.2401 1.48e-09 8f5w:A, 8f5w:B, 8f5w:C, 8f5w:D, 8f61:A, 8f61:B, 8f61:C, 8f61:D, 8f6n:A, 8f6n:B, 8f6n:C, 8f6n:D, 1gt8:A, 1gt8:B, 1gt8:C, 1gt8:D, 1gte:A, 1gte:B, 1gte:C, 1gte:D, 1gth:B, 1gth:C, 1gth:D, 1h7w:A, 1h7w:B, 1h7w:C, 1h7w:D, 1h7x:A, 1h7x:B, 1h7x:C, 1h7x:D, 7ljs:A, 7ljs:B, 7ljs:C, 7ljs:D, 7ljt:A, 7ljt:B, 7ljt:C, 7ljt:D, 7lju:A, 7lju:C, 7lju:D, 7lju:B, 7m31:A, 7m31:B, 7m31:C, 7m31:D, 7m32:A, 7m32:B, 7m32:C, 7m32:D
11 1f76:A 336 300 0.2716 0.2530 0.2833 2.61e-09 1f76:B, 1f76:D, 1f76:E, 7t5k:A, 7t5k:B, 7t5y:A, 7t5y:B, 7t6c:A, 7t6c:B, 7t6h:A, 7t6h:B
12 6aje:A 378 327 0.2524 0.2090 0.2416 5.51e-09 6aj5:A, 6aj5:B, 6aj5:C, 6aj5:D, 6aje:B, 6aje:C, 6aje:D
13 7l01:B 385 295 0.2300 0.1870 0.2441 6.65e-06 5boo:A, 5boo:B, 4cq8:A, 4cq8:B, 4cq9:A, 4cq9:B, 4cqa:A, 4cqa:B, 5del:A, 6e0b:A, 5fi8:A, 6gjg:A, 6gjg:B, 6i4b:A, 6i4b:B, 6i55:A, 6i55:B, 3i65:A, 3i68:A, 3i6r:A, 7kyk:A, 7kyk:B, 7kyk:C, 7kyk:D, 7kyv:A, 7kyy:A, 7kyy:B, 7kyy:C, 7kyy:D, 7kz4:A, 7kz4:B, 7kzy:A, 7kzy:B, 7l01:A, 7l0k:A, 7l0k:B, 3o8a:A, 4orm:A, 4rx0:A, 7s87:A, 7s87:B, 3sfk:A, 5tbo:A, 1tv5:A, 6vtn:A, 6vty:A, 6vty:B, 6vty:C, 6vty:D, 7wyf:A
14 8ofw:A 350 276 0.1853 0.1657 0.2101 4.15e-05 8ofw:B, 4xq6:A, 4xq6:B
15 7ut5:A 324 303 0.2428 0.2346 0.2508 1.71e-04 7ut5:B
16 6uy4:A 354 316 0.2364 0.2090 0.2342 3.57e-04
17 6fcq:A 613 159 0.1118 0.0571 0.2201 0.001 6fbt:A, 6fcr:A, 6fcs:A, 6fcu:A
18 6b8s:B 336 316 0.2268 0.2113 0.2247 0.002 6b8s:A
19 4mm1:A 238 38 0.0511 0.0672 0.4211 0.099 4mm1:B, 4mm1:C, 4mm1:D, 4mm1:E, 4mm1:F
20 7cta:A 329 99 0.0863 0.0821 0.2727 0.43 7ct9:A, 7ct9:B, 7cta:B
21 1dos:A 358 88 0.0831 0.0726 0.2955 0.51 1b57:A, 1b57:B, 1dos:B, 5vjd:A, 5vjd:B, 5vje:A, 5vje:B, 1zen:A
22 7rcy:A 828 51 0.0479 0.0181 0.2941 1.2 7rcw:A
23 5ta1:A 627 37 0.0415 0.0207 0.3514 1.7 5ta0:A, 5ta0:B, 5ta5:A, 5ta5:B
24 5gk5:C 335 67 0.0671 0.0627 0.3134 2.6 5gk3:A, 5gk3:B, 5gk4:A, 5gk4:B, 5gk5:A, 5gk5:B, 5gk5:D, 5gk5:E, 5gk5:F, 5gk5:G, 5gk5:H, 5gk6:A, 5gk6:B, 5gk7:A, 5gk7:B, 5gk8:A, 5gk8:B, 1gyn:A
25 4v6u:BW 72 54 0.0447 0.1944 0.2593 9.6 6skf:BZ, 6skg:BZ, 6th6:BZ, 4v4n:AW

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218