Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MSIMKVYCQICRKGDNEELLLLCDGCDKGCHTYCHRPKITTIPDGDWFCPACIAKAS

The query sequence (length=57) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6fhq:A 58 57 1.0000 0.9828 1.0000 2.09e-38 6fhq:B, 6fi1:A, 6fi1:B, 4qf3:A, 4qf3:B
2 4q6f:A 56 54 0.6316 0.6429 0.6667 8.86e-26 6fap:A, 6fap:B, 6fap:C, 6fap:D, 6fhu:A, 6fhu:B, 6fhu:D, 6fhu:C, 6fi0:A, 6fi0:B, 6fi0:C, 6fi0:D, 6fkp:A, 6fkp:D, 6fkp:C, 6fkp:B, 4q6f:B, 4q6f:C, 4q6f:D, 4qf2:A, 4qf2:B, 4qf2:C, 4qf2:D, 5t8r:D, 5t8r:A, 5t8r:B, 5t8r:C
3 2miq:A 94 53 0.4912 0.2979 0.5283 1.55e-17
4 7klo:A 59 56 0.4561 0.4407 0.4643 1.76e-14 7klr:A
5 2mny:A 55 48 0.4211 0.4364 0.5000 3.58e-13 2mnz:A
6 5vab:A 54 51 0.4035 0.4259 0.4510 7.14e-13
7 1f62:A 51 45 0.3860 0.4314 0.4889 7.53e-13
8 2e6r:A 92 51 0.4211 0.2609 0.4706 3.56e-12
9 6ryr:W 708 50 0.3333 0.0268 0.3800 3.86e-10 2l75:A, 1mm2:A, 6q3m:D, 6ryu:W, 6ryu:V
10 9atn:A 98 45 0.3684 0.2143 0.4667 1.36e-09
11 5b79:A 118 46 0.3509 0.1695 0.4348 1.43e-09 5vdc:A
12 5szb:A 115 45 0.3333 0.1652 0.4222 2.37e-08 5i3l:A, 5i3l:B, 2kwj:A, 2kwk:A, 2kwn:A, 2kwo:A, 5szc:A
13 2ysm:A 111 45 0.3158 0.1622 0.4000 4.74e-08
14 7xga:A 126 49 0.3509 0.1587 0.4082 5.16e-08 6vfo:A
15 1mm3:A 61 50 0.3509 0.3279 0.4000 5.79e-08
16 2puy:B 60 50 0.3684 0.3500 0.4200 1.65e-07 2puy:A
17 5hh7:A 192 49 0.3684 0.1094 0.4286 1.71e-07
18 2yql:A 56 46 0.3509 0.3571 0.4348 5.34e-07
19 4gy5:A 215 46 0.2982 0.0791 0.3696 5.51e-07 3ask:A, 3ask:B, 3ask:D, 3asl:A, 3db3:A, 7fb7:B, 4gy5:B, 6iiw:A, 2lgg:A, 2lgk:A, 2lgl:A, 4qqd:A, 4qqd:B, 3shb:A, 3sou:A, 3sou:B, 3sow:A, 3sow:B, 3sox:A, 3sox:B, 3t6r:B, 3t6r:A, 8wms:A, 5xpi:A, 5yy9:A, 5yy9:B, 3zvy:A, 3zvy:B, 3zvz:B
20 6oie:B 111 49 0.3509 0.1802 0.4082 5.86e-07 6oie:A, 5u2j:B, 5u2j:A
21 4lk9:A 126 49 0.3509 0.1587 0.4082 9.47e-07 5b75:A, 5b76:A, 5b77:A, 5b78:A, 4ljn:A, 4lka:A, 4llb:A, 4llb:B, 2ln0:A, 6lsb:A, 3v43:A
22 2l5u:A 61 46 0.2982 0.2787 0.3696 1.51e-06
23 6guu:B 204 46 0.3158 0.0882 0.3913 2.00e-06 6guu:A
24 6q3m:C 219 50 0.3333 0.0868 0.3800 2.13e-06 6q3m:A, 6q3m:B
25 2ke1:A 66 46 0.3158 0.2727 0.3913 2.62e-06 2kft:A, 1xwh:A
26 6ieu:A 170 46 0.3333 0.1118 0.4130 7.17e-06 6iet:A
27 3u5m:E 173 46 0.3158 0.1040 0.3913 1.07e-05
28 3o36:A 184 46 0.3158 0.0978 0.3913 1.59e-05 7b9x:A, 5h1t:A, 5h1t:B, 5h1t:C, 5h1t:D, 5h1u:B, 5h1u:A, 5h1u:C, 5h1u:D, 5h1v:A, 5h1v:B, 3o33:A, 3o33:B, 3o33:C, 3o33:D, 3o34:A, 3o35:B, 3o35:A, 3o36:B, 3o37:A, 3o37:B, 3o37:C, 3o37:D, 4yab:A, 4yab:B, 4yad:A, 4yad:B, 4yat:A, 4yat:B, 4yax:A, 4yax:B, 4ybm:A, 4ybm:B, 4ybs:A, 4ybt:A, 4yc9:A, 4zql:A, 4zql:B
29 3u5o:C 195 46 0.3158 0.0923 0.3913 1.64e-05 8bd8:A, 8bd9:A, 8bdy:A, 5mr8:A, 3u5m:A, 3u5m:B, 3u5m:C, 3u5m:D, 3u5m:F, 3u5m:G, 3u5m:H, 3u5m:I, 3u5m:K, 3u5m:J, 3u5m:L, 3u5n:A, 3u5n:B, 3u5o:A, 3u5o:B, 3u5o:D, 3u5o:E, 3u5o:F, 3u5o:G, 3u5o:H, 3u5p:A, 3u5p:B, 3u5p:C, 3u5p:D, 3u5p:E, 3u5p:F, 3u5p:G, 3u5p:H, 7zdd:A
30 2e6s:A 77 46 0.2807 0.2078 0.3478 2.22e-05
31 7ebk:A 183 46 0.3158 0.0984 0.3913 6.49e-05 7ebj:A
32 5b73:A 313 47 0.3333 0.0607 0.4043 1.36e-04 4cos:A, 7cwh:B, 5y1z:C, 5y1z:D
33 2l43:A 80 48 0.2982 0.2125 0.3542 1.76e-04 2ku3:A
34 8hxx:N 375 48 0.2982 0.0453 0.3542 3.92e-04 8hxy:N, 8hy0:N, 8i3f:B, 8jho:N, 8tof:G, 8w9c:E, 8w9d:E, 8w9e:E, 8w9f:E
35 8ihn:M 357 48 0.2982 0.0476 0.3542 5.11e-04 8kd4:E
36 4tvr:A 222 45 0.2632 0.0676 0.3333 7.61e-04
37 2ro1:A 189 46 0.2807 0.0847 0.3478 7.86e-04
38 2yt5:A 66 51 0.3158 0.2727 0.3529 0.001
39 6j2p:A 98 50 0.3684 0.2143 0.4200 0.002 6j2p:B, 6j2p:D, 6j2p:C
40 6u04:A 168 51 0.2982 0.1012 0.3333 0.004 5erc:A
41 8i02:F 235 52 0.3333 0.0809 0.3654 0.004
42 5xfr:A 309 51 0.3158 0.0583 0.3529 0.008 5xfr:B
43 8ge0:A 188 49 0.2807 0.0851 0.3265 0.008 8gdx:A, 8ge0:B, 8ge0:C
44 1fp0:A 88 46 0.2807 0.1818 0.3478 0.010
45 7yi0:F 120 51 0.3158 0.1500 0.3529 0.022
46 8w9c:F 156 51 0.3158 0.1154 0.3529 0.029 8hxx:P, 8hy0:P, 8jho:P, 8w9d:F, 8w9e:F, 8w9f:F
47 8bpb:C 126 34 0.2456 0.1111 0.4118 0.030 8bpc:C
48 2k16:A 75 48 0.2807 0.2133 0.3333 0.036 5c13:A, 5c13:C, 5c13:E, 5c13:G, 2k17:A, 5wxg:A, 5wxh:C, 5wxh:A, 5xmy:A, 5xmy:C
49 7yi2:D 321 51 0.3158 0.0561 0.3529 0.040 7yi0:D, 7yi3:D, 7yi4:D, 7yi5:D
50 8kd6:E 301 54 0.3333 0.0631 0.3519 0.044 8kd2:E
51 8bpa:C 213 46 0.2807 0.0751 0.3478 0.046 8c60:C
52 8bpa:C 213 50 0.2807 0.0751 0.3200 0.12 8c60:C
53 8f8y:B 433 54 0.3158 0.0416 0.3333 0.092 8f8y:A, 8f8z:A, 8f8z:B, 3kqi:A, 7m10:A, 3pu3:A, 3pu3:B, 3pu8:B, 3pu8:A, 3pua:A, 3pus:A, 3pus:B
54 7mju:A 184 45 0.2807 0.0870 0.3556 0.094 5dag:A, 5dah:B, 5dah:A
55 7oik:A 4426 46 0.2632 0.0034 0.3261 0.13 7oim:A, 6tax:A, 6tay:A
56 4ptb:A 178 48 0.2632 0.0843 0.3125 0.22 5fb0:A, 5fb0:C, 5fb1:A, 6g5n:A, 6g5n:B, 6g5p:A, 6g5p:B, 4ptb:B, 5pwc:A, 5pwc:B, 5pwd:A, 5pwd:B, 5pwe:A, 5pwe:B, 5pwf:A, 5pwf:B, 5pwg:A, 5pwg:B, 5pwh:A, 5pwh:B, 5pwi:A, 5pwi:B, 5pwj:A, 5pwj:B, 5pwk:A, 5pwk:B, 5pwl:A, 5pwl:B, 5pwm:A, 5pwm:B, 5pwn:A, 5pwn:B, 5pwo:A, 5pwo:B, 5pwp:A, 5pwp:B, 5pwq:A, 5pwq:B, 5pwr:A, 5pwr:B, 5pws:A, 5pws:B, 5pwt:A, 5pwt:B, 5pwu:A, 5pwu:B, 5pwv:A, 5pwv:B, 5pww:A, 5pww:B, 5pwx:A, 5pwx:B, 5pwy:A, 5pwy:B, 5pwz:A, 5pwz:B, 5px0:A, 5px0:B, 5px1:A, 5px1:B, 5px2:A, 5px2:B, 5px3:A, 5px3:B, 5px4:A, 5px4:B, 5px5:A, 5px5:B, 5px6:A, 5px6:B, 5px7:A, 5px7:B, 5px8:A, 5px8:B, 5px9:A, 5px9:B, 5pxa:A, 5pxa:B, 5pxb:A, 5pxb:B, 5pxc:A, 5pxc:B, 5pxd:A, 5pxd:B, 5pxe:A, 5pxe:B, 5pxf:A, 5pxf:B, 5pxg:A, 5pxg:B, 5pxh:A, 5pxh:B, 5pxi:A, 5pxi:B, 5pxj:A, 5pxj:B, 5pxk:A, 5pxk:B, 5pxl:A, 5pxl:B, 5pxm:A, 5pxm:B, 5pxn:A, 5pxn:B, 5pxo:A, 5pxo:B, 5pxp:A, 5pxp:B, 5pxq:A, 5pxq:B, 5pxr:A, 5pxr:B, 5pxs:A, 5pxs:B, 5pxt:A, 5pxt:B, 5pxu:A, 5pxu:B, 5pxv:A, 5pxv:B, 5pxw:A, 5pxw:B, 5pxx:A, 5pxx:B, 5pxy:A, 5pxy:B, 5pxz:A, 5pxz:B, 5py0:A, 5py0:B, 5py1:A, 5py1:B, 5py2:A, 5py2:B, 5py3:A, 5py3:B, 5py4:A, 5py4:B, 5py5:A, 5py5:B, 5py6:A, 5py6:B, 5py7:A, 5py7:B, 5py8:A, 5py8:B, 5py9:A, 5py9:B, 5pya:A, 5pya:B, 5pyb:A, 5pyb:B, 5pyc:A, 5pyc:B, 5pyd:A, 5pyd:B, 5pye:A, 5pye:B, 5pyf:A, 5pyf:B, 5pyg:A, 5pyg:B, 5pyh:A, 5pyh:B, 5pyi:A, 5pyi:B, 5pyj:A, 5pyj:B, 5pyk:A, 5pyk:B, 5pyl:A, 5pyl:B, 5pym:A, 5pym:B, 5pyn:A, 5pyn:B, 5pyo:A, 5pyo:B, 5pyp:A, 5pyp:B, 5pyq:A, 5pyq:B, 5pyr:A, 5pyr:B, 5pys:A, 5pys:B, 5pyt:A, 5pyt:B, 5pyu:A, 5pyu:B, 5pyv:A, 5pyv:B, 5pyw:A, 5pyw:B, 5pyx:A, 5pyx:B, 5pyy:A, 5pyy:B, 5pyz:A, 5pyz:B, 5pz0:A, 5pz0:B, 5pz1:A, 5pz1:B, 5pz2:A, 5pz2:B, 5pz3:A, 5pz3:B, 5pz4:A, 5pz4:B, 5pz5:A, 5pz5:B, 5pz6:A, 5pz6:B, 5pz7:A, 5pz7:B, 5pz8:A, 5pz8:B, 5pz9:A, 5pz9:B, 5pza:A, 5pza:B, 5pzb:A, 5pzb:B, 5pzc:A, 5pzc:B, 5pzd:A, 5pzd:B, 5pze:A, 5pze:B, 5pzf:A, 5pzf:B, 5pzg:A, 5pzg:B, 5pzh:A, 5pzh:B, 5pzi:A, 5pzi:B, 5pzj:A, 5pzj:B
57 6g8r:B 164 50 0.2982 0.1037 0.3400 0.32 2md7:B, 2md8:C
58 1wev:A 88 58 0.2807 0.1818 0.2759 0.33
59 5tdr:A 70 43 0.2105 0.1714 0.2791 0.44 5tdw:A
60 5uw3:D 698 38 0.2632 0.0215 0.3947 0.54 5uw5:D, 5uw6:D, 5uw7:A, 5uw7:B, 5uzw:D
61 5o3w:B 717 38 0.2632 0.0209 0.3947 0.54 5o3u:A, 5o3u:B, 5o3u:C, 5o3u:D, 5o3v:B, 5o3v:A, 5o3w:A, 5o3w:C, 5o3w:D, 5uw3:A, 5uw3:B, 5uw3:C, 5uw5:A, 5uw5:B, 5uw5:C, 5uw6:A, 5uw6:B, 5uw6:C, 5uzw:A, 5uzw:B, 5uzw:C
62 5wlf:A 60 56 0.2982 0.2833 0.3036 0.57 5wle:A
63 1wee:A 72 30 0.2456 0.1944 0.4667 0.63
64 1wem:A 76 52 0.2807 0.2105 0.3077 0.64 4l7x:A, 2m3h:A
65 1x4i:A 70 16 0.1404 0.1143 0.5000 1.1 7zmx:A, 7zmx:B
66 4jc0:A 424 16 0.1579 0.0212 0.5625 1.1 4jc0:B
67 1weu:A 91 18 0.1579 0.0989 0.5000 1.8 3c6w:A, 3c6w:C, 2k1j:A, 2m1r:A, 2pnx:A, 2pnx:C, 2vnf:A, 2vnf:C, 1wen:A
68 8i02:G 284 33 0.2105 0.0423 0.3636 3.0 8ifg:P
69 3abk:G 84 17 0.1228 0.0833 0.4118 3.4 3abk:T, 3ag1:G, 3ag1:T, 3ag2:G, 3ag2:T, 3ag3:T, 3ag4:T, 5b3s:G, 7coh:G, 7coh:T, 2dyr:G, 2dyr:T, 2dys:G, 2dys:T, 2eij:G, 2eij:T, 2eik:G, 2eik:T, 2eil:G, 2eil:T, 2eim:T, 2ein:G, 2ein:T, 7ev7:G, 7ev7:T, 8gbt:G, 8gcq:G, 8h8s:T, 8h8s:G, 8ijn:T, 6jy3:G, 6jy4:G, 6nkn:G, 6nkn:T, 7thu:G, 7tie:G, 7tih:G, 7vuw:G, 7vuw:T, 7vvr:G, 5wau:g, 3x2q:T, 7y44:G, 7y44:T, 7ypy:G, 7ypy:T
70 9c0o:A 63 30 0.2105 0.1905 0.4000 3.4
71 8v1j:A 115 33 0.1579 0.0783 0.2727 3.8 8v1j:B
72 6mk2:A 407 36 0.2281 0.0319 0.3611 4.0
73 8snb:8K 322 16 0.1579 0.0280 0.5625 4.1
74 5znp:B 186 54 0.2456 0.0753 0.2593 6.6 5znp:A, 5znr:A, 5znr:B
75 3ps9:A 668 11 0.1228 0.0105 0.6364 9.0 3awi:A, 3awi:B, 3awi:C, 3awi:D, 3awi:E, 3awi:F

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218