Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MSEVERALDVLLQEAEELCIGSSVVELDRIPTALEFCREFYSKNQPVVIRKALNWPAIGKWTPKYLIEALGDRSVDVAIT
PNGYADGLATQNGQEYFVLPLETKMKLSEVVRRLDDPTGAVHYIQKQNSNLSVDLPELAADLRVSDLDFAQQSFNKPPDA
VNFWLGDERAVTSMHKDPYENVYCVISGHKDFVLIPPHQLSCVPRGIYPTGVYKTSDSGQFYIEPLRDEEGSDQFTEWVS
VDPLSPDLAKYPEYARAKPLKVRVHAGDILYLPNYWFHHVSQSHKCIAVNFWYDLDYDSRYCYYRMLEQMTS

The query sequence (length=312) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7yxg:A 313 312 1.0000 0.9968 1.0000 0.0 7yxg:B, 7yxh:A, 7yxh:B, 7yxi:A, 7yxi:B, 7yxj:A, 7yxj:B, 7yxj:C, 7yxj:D, 7yxk:A, 7yxk:B, 7yxl:A, 7yxl:B
2 5nfn:B 318 300 0.4327 0.4245 0.4500 6.69e-88 5nfn:A, 5nfn:C, 5nfn:D, 5nfo:A, 5nfo:B
3 4qsz:A 686 311 0.4391 0.1997 0.4405 1.19e-81 8j25:A, 8j2p:E, 8j2p:A, 4kyc:A, 4qsz:B, 4qu2:A, 4qu2:B
4 6f4n:B 243 270 0.2083 0.2675 0.2407 9.36e-18 4aap:A, 4aap:B, 6avs:A, 6ax3:A, 7dyt:A, 7dyu:A, 7dyv:A, 7dyw:A, 7dyx:A, 6f4n:A, 6f4o:A, 6f4p:A, 6f4q:A, 6f4r:A, 6f4s:A, 6f4t:A, 5fbj:A, 4gjy:A, 4gjz:A, 6i9l:A, 6i9m:A, 6i9n:A, 4qu1:A, 7uq3:A, 3uyj:A, 3uyj:B
5 4b7e:A 349 277 0.2468 0.2206 0.2780 3.63e-15 7a1j:A, 7a1k:A, 7a1l:A, 7a1m:A, 7a1n:A, 7a1o:A, 7a1p:A, 7a1q:A, 7a1s:A, 4ai8:A, 4b7k:A, 4bio:A, 2cgn:A, 2cgo:A, 3d8c:A, 1h2k:A, 1h2l:A, 1h2m:A, 1h2n:A, 6h9j:A, 6ha6:A, 6hc8:A, 6hkp:A, 6hl5:A, 6hl6:A, 8ihz:A, 8ii0:A, 2ilm:A, 4jaa:A, 5jwk:A, 5jwl:A, 5jwp:A, 8k71:A, 8k72:A, 8k73:A, 3kcx:A, 3kcy:A, 1mze:A, 1mzf:A, 4nr1:A, 3od4:A, 5op6:A, 5op8:A, 5opc:A, 3p3n:A, 3p3p:A, 6ruj:A, 2w0x:A, 2wa3:A, 2wa4:A, 2xum:A, 2y0i:A, 1yci:A, 2yc0:A, 2yde:A, 4z1v:A, 4z2w:A
6 3al5:B 311 285 0.2115 0.2122 0.2316 2.43e-12 3al5:D, 3al6:B, 3al6:D
7 6mev:A 341 265 0.1987 0.1818 0.2340 1.05e-04 6gdy:A, 6gdy:B, 3ld8:A, 3ldb:A, 6mev:B, 6mev:C, 6mev:D, 6mev:E, 6mev:F, 6mev:G, 6mev:H
8 8a82:A 354 246 0.1795 0.1582 0.2276 0.031
9 3kv6:D 448 87 0.0673 0.0469 0.2414 0.43 3kv5:D, 3kv5:A, 3kv6:A, 3kv9:A, 3kva:A, 3u78:A
10 1wg8:A 281 73 0.0641 0.0712 0.2740 1.7 1wg8:B
11 3nzt:A 498 92 0.0737 0.0462 0.2500 1.9
12 7jrj:I 327 70 0.0641 0.0612 0.2857 3.1
13 5ux5:A 963 191 0.1442 0.0467 0.2356 3.6 5ux5:B, 5ux5:C, 5ux5:D
14 6da0:A 378 57 0.0577 0.0476 0.3158 3.8
15 3kv4:A 432 57 0.0481 0.0347 0.2632 4.2 4do0:A, 3k3n:A, 3k3o:A, 2wwu:A
16 2iwz:A 426 76 0.0705 0.0516 0.2895 4.4 2iwz:B
17 4caz:A 489 90 0.0833 0.0532 0.2889 4.4 4caz:B, 2wme:A, 2wme:B, 2wme:C, 2wme:D, 2wme:E, 2wme:F, 2wme:G, 2wme:H, 2wox:A, 2wox:B, 2wox:C, 2wox:D, 2xdr:A, 2xdr:B, 2xdr:C, 2xdr:D, 3zqa:A, 3zqa:B, 3zqa:C, 3zqa:D
18 5kd6:A 400 78 0.0769 0.0600 0.3077 9.2 5kcl:A, 5kcl:B, 5kcq:A, 5kcq:B, 5kcy:A, 5kcy:B, 5kd0:A, 5kd0:B, 5kd6:B, 5kda:A, 5kda:B
19 6jjm:A 452 53 0.0449 0.0310 0.2642 9.7 5b2d:A, 5b2d:B, 6jjm:B, 6jjn:A, 6jjn:B
20 1gqi:A 708 72 0.0705 0.0311 0.3056 9.9 1gqi:B, 1gqj:A, 1gqj:B, 1gqk:A, 1gqk:B, 1gql:A, 1gql:B, 1h41:A, 1h41:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218