Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MSEKQLADVVERTVTPLMKAQAIPGMAVAVIYQGQPHYFTFGKADVAANKPVTPQTLFELGSVSKTFTGVLGGDAIARKE
ISLADPVTKYWPELTGKQWQGIRLLDLATPDNVTDNASLLRFYQSWNTSIGLFGSLAVKPSGMRFEQAMAERVFKPLKLN
HTWINVPHAEESHYAWGYREGKAVHVSPGMLDAEAYGVKSNVKDMASWVMANMAPETLPPSTLQQGIALAQSRYWRVGAM
YQGLGWEMLNWPVDVAEVNPPAPPVKASWVHKTGSTGGFGSYVAFIPEKQIGIVMLANKSYPNPVRVETAYRILETLQ

The query sequence (length=318) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6lc8:B 318 318 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 6lc9:B
2 6lc8:A 357 356 0.9969 0.8880 0.8904 0.0 6lc9:A
3 3s4x:A 367 359 0.8428 0.7302 0.7465 0.0 1bls:A, 1bls:B, 1ga0:A, 1onh:A, 1q2q:A, 2q9m:A, 2q9n:A, 1rgz:A, 1s6r:A, 7ti1:A, 5xhr:A, 4xux:A, 1y54:A
4 1fr6:A 361 358 0.7736 0.6814 0.6872 1.02e-177 1fr6:B, 8jb8:A, 8jb8:B, 1rgy:A
5 8ttp:B 359 356 0.7296 0.6462 0.6517 1.68e-166 3bls:A, 3bls:B, 3bm6:A, 3bm6:B, 1c3b:A, 1c3b:B, 9c6p:A, 9c6p:B, 9c81:A, 9c81:B, 9c83:A, 9c83:B, 9c84:A, 9c84:B, 9c8j:A, 9c8j:B, 7cin:A, 7cin:B, 6dpt:A, 6dpt:B, 6dpx:A, 6dpx:B, 6dpy:A, 6dpy:B, 6dpz:A, 6dpz:B, 4e3i:A, 4e3i:B, 4e3j:A, 4e3j:B, 4e3k:A, 4e3k:B, 4e3l:A, 4e3l:B, 4e3m:A, 4e3m:B, 4e3n:A, 4e3n:B, 4e3o:A, 4e3o:B, 5f1g:A, 1fcm:A, 1fcm:B, 1fcn:A, 1fcn:B, 1fco:A, 1fco:B, 2ffy:A, 2ffy:B, 3fkv:A, 3fkv:B, 1fsw:A, 1fsw:B, 1fsy:A, 1fsy:B, 1ga9:A, 1ga9:B, 3gqz:A, 3gr2:A, 3grj:A, 3grj:B, 3gsg:A, 3gsg:B, 3gtc:A, 3gtc:B, 3gv9:A, 3gv9:B, 3gvb:A, 5gzw:A, 5gzw:B, 2hdq:A, 2hdq:B, 2hdr:A, 2hdr:B, 2hds:A, 2hds:B, 2hdu:A, 2hdu:B, 1i5q:A, 1i5q:B, 2i72:A, 2i72:B, 1iel:A, 1iel:B, 1iem:A, 1iem:B, 3iwo:A, 3iwo:B, 3ixb:B, 3ixb:A, 3ixg:B, 3ixh:B, 4jxg:B, 4jxg:A, 4jxs:B, 4jxv:A, 4jxv:B, 4jxw:A, 4jxw:B, 1kds:A, 1kds:B, 1kdw:A, 1kdw:B, 1ke0:A, 1ke0:B, 1ke3:A, 1ke3:B, 4ken:B, 4kg2:B, 4kg2:A, 4kg5:B, 4kg5:A, 4kg5:C, 4kg5:D, 1kvl:A, 1kvl:B, 1kvm:B, 4kz3:A, 4kz3:B, 4kz4:B, 4kz5:A, 4kz5:B, 4kz6:B, 4kz7:A, 4kz7:B, 4kz8:A, 4kz8:B, 4kz9:A, 4kza:A, 4kza:B, 4kzb:A, 4kzb:B, 1l0g:A, 1l2s:A, 1l2s:B, 1ll5:A, 1ll5:B, 1ll9:B, 1llb:B, 4lv0:A, 4lv0:B, 4lv1:A, 4lv1:B, 4lv2:A, 4lv2:B, 4lv3:A, 4lv3:B, 1mxo:A, 1mxo:B, 1my8:A, 1my8:B, 1o07:A, 1o07:B, 3o86:A, 3o86:B, 3o87:A, 3o87:B, 3o88:A, 3o88:B, 4okp:B, 4old:A, 4old:B, 4olg:A, 4olg:B, 1pi4:A, 1pi4:B, 1pi5:A, 1pi5:B, 2pu2:A, 2pu2:B, 2pu4:A, 2pu4:B, 2r9w:A, 2r9w:B, 2r9x:A, 2r9x:B, 2rcx:A, 2rcx:B, 6t35:A, 6t5y:A, 6t7l:A, 6tbw:A, 6tpm:A, 8ttp:A, 6whf:A, 6whf:B, 6xfs:A, 6xfs:B, 6xfs:C, 6xfs:D, 1xgi:B, 1xgj:A, 1xgj:B, 6yen:A, 6yeo:A, 6yeo:B, 6yeo:C, 6yeo:D, 6ypd:A
6 6s1s:A 367 357 0.4591 0.3978 0.4090 9.24e-85 4hef:A, 6i30:A, 4nk3:A, 4ooy:A, 3s1y:A, 3s22:A, 8sdr:A, 8sds:A, 8sdt:A, 8sdv:A, 6uqs:A, 6uqt:A, 6uqu:A, 6ur3:A, 4wyy:A, 2wzx:A, 2wzz:A, 4wz4:A, 4x68:A, 4x68:B
7 5cgw:A 362 357 0.4497 0.3950 0.4006 1.70e-78 5cgs:A, 5cgx:A, 5chj:A, 5chj:B, 5chm:A, 5chu:B, 5za2:A, 5za2:B
8 6fm7:A 356 354 0.4340 0.3876 0.3898 2.06e-77
9 5f1f:A 361 351 0.4245 0.3740 0.3846 1.33e-74 5k1d:A, 5k1f:A, 3w8k:A, 4wbg:A, 1zkj:A, 5zyb:A
10 6kby:A 362 357 0.3836 0.3370 0.3417 1.07e-71 6k9t:A, 6ka5:A, 6m5p:A, 6m5q:A
11 3ws1:A 360 355 0.4308 0.3806 0.3859 1.80e-70 3wrz:A, 3wrz:B, 3ws0:A, 3ws0:B, 3ws0:C, 3ws1:B, 3ws1:C, 3ws2:A, 3ws2:B, 3ws2:C, 3ws5:B
12 8cup:B 360 356 0.3994 0.3528 0.3567 1.31e-68 8cup:A, 8cuq:B, 8cuq:A, 8fqm:A, 8fqm:B, 8fqm:C, 8fqm:D, 8fqn:A, 8fqo:B, 8fqo:A, 8fqp:B, 8fqp:A, 8fqq:A, 8fqq:B, 8fqr:B, 8fqs:B, 8fqu:B, 8fqu:A, 8fqw:B, 8fqw:A, 6pwl:A, 6pwl:B, 6pwl:C, 6pwl:D, 6pwm:A, 6pwm:B, 6pwm:C, 6pwm:D, 6tzf:A, 6tzf:B, 6tzf:C, 6tzf:D, 6tzg:A, 6tzg:B, 6tzg:C, 6tzg:D, 6tzh:A, 6tzh:B, 6tzh:C, 6tzh:D, 6tzi:A, 6tzi:B, 6tzi:C, 6tzi:D, 6tzj:A, 6tzj:B, 6tzj:C, 6tzj:D, 4u0x:B, 4u0x:A, 4u0x:C, 4u0x:D, 5w12:A, 5w12:B, 5w12:C, 5w12:D, 5w13:A, 5w13:B, 5w13:C, 5w13:D, 5w14:A, 5w14:B, 5w14:C, 5w14:D, 5wac:A, 5wac:B, 5wac:C, 5wac:D, 5wad:A, 5wad:B, 5wad:C, 5wad:D, 5wae:A, 5wae:B, 5wae:C, 5wae:D, 5waf:A, 5waf:B, 5waf:C, 5waf:D, 5wag:B, 5wag:A, 5wag:C, 5wag:D, 6wif:A, 6wif:B, 6wif:C, 6wif:D
13 2qmi:F 447 349 0.2736 0.1946 0.2493 2.81e-18 2qmi:E, 2qmi:G, 2qmi:H
14 4e6x:C 305 298 0.2610 0.2721 0.2785 2.00e-17 4e6x:B
15 7mdf:A 453 320 0.2673 0.1876 0.2656 1.99e-14 4e6w:A, 4e6w:B, 4e6w:C, 7mdc:A
16 1cef:A 347 342 0.2484 0.2277 0.2310 1.80e-05 1ceg:A, 1hvb:A, 1ikg:A, 1iki:A, 1mpl:A, 1pw1:A, 1pw8:A, 1pwc:A, 1pwd:A, 1pwg:A, 1scw:A, 1sde:A, 1yqs:A
17 4ivk:A 404 78 0.0755 0.0594 0.3077 3.29e-05
18 8aji:A 348 192 0.1384 0.1264 0.2292 1.80e-04 8aji:B, 8aji:C, 8aji:D, 8akh:A, 8akh:B
19 2dns:A 362 185 0.1352 0.1188 0.2324 1.81e-04 2dns:B, 2dns:C, 2dns:D, 2dns:E, 2efu:A, 2efu:B, 2efu:C, 2efu:D, 2efx:A, 2efx:B, 2efx:C, 2efx:D, 2efx:E
20 2efu:E 342 185 0.1289 0.1199 0.2216 1.96e-04 2efu:F, 2efx:F
21 7v1y:A 394 79 0.0786 0.0635 0.3165 7.41e-04 7v1y:C, 7v1y:B, 7v1y:D
22 1ci9:A 377 60 0.0692 0.0584 0.3667 7.91e-04 1ci9:B
23 6ksv:A 427 332 0.2138 0.1593 0.2048 0.002 6ksv:B
24 3a65:A 384 57 0.0629 0.0521 0.3509 0.088 3a66:A, 2dcf:A, 3vwp:A, 3vwq:A, 3vwr:A, 2zm7:A, 2zm8:A, 2zm9:A, 2zma:A
25 8rlk:A 385 92 0.0881 0.0727 0.3043 0.15 8rlk:B, 8rlk:C, 8rlk:D
26 3wwx:A 340 218 0.1604 0.1500 0.2339 0.16
27 7pp8:A 402 92 0.0786 0.0622 0.2717 0.16 7pp8:B, 7pp8:C, 7pp8:D, 7pp8:E, 7pp8:F, 7pp8:G, 7pp8:H, 7pu6:A, 7pu6:B, 7pu6:C, 7pu6:D, 7pu6:E, 7pu6:F, 7pu6:G, 7pu6:H
28 7pp8:A 402 105 0.0818 0.0647 0.2476 2.3 7pp8:B, 7pp8:C, 7pp8:D, 7pp8:E, 7pp8:F, 7pp8:G, 7pp8:H, 7pu6:A, 7pu6:B, 7pu6:C, 7pu6:D, 7pu6:E, 7pu6:F, 7pu6:G, 7pu6:H
29 6qss:A 303 111 0.0818 0.0858 0.2342 1.1 6qss:D
30 3f3z:A 272 119 0.0786 0.0919 0.2101 1.2
31 7u1b:A 403 57 0.0566 0.0447 0.3158 2.2
32 2gag:A 965 44 0.0597 0.0197 0.4318 2.3 2gah:A
33 3ad7:A 963 44 0.0597 0.0197 0.4318 4.3 3ad8:A, 3ad9:A, 3ada:A, 1vrq:A, 1x31:A
34 7ajt:CI 182 50 0.0503 0.0879 0.3200 4.9 7aju:CI, 7d4i:5F, 7d5s:5F, 7d5t:5F, 7d63:5F, 6ke6:5F, 6lqp:5F, 6lqq:5F, 6lqr:5F, 6lqs:5F, 6lqt:5F, 6lqu:5F, 6lqv:5F, 6nd4:Z, 7suk:LZ, 5wlc:LZ, 5wxm:A, 5wyj:MA, 5wyk:MA, 6zqa:CI, 6zqb:CI, 6zqc:CI, 6zqd:CI

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218