Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MSEESQAFQRQLTALIGYDVTDVSNVHDDELEFTRRGLVTPRMAEVASRDPKLYAMHPWVTSKPLPEYLWKKIANNCIFI
VIHRSTTSQTIKVSPDDTPGAILQSFFTKMAEQDFVLRVCGRDEYLVGETPIKNFQWVRHCLKNGEEIHVVLDTPPDPAL
DEVRKEECDRKFRVKIRGIDIPVLPRNTDLTVFVEANIQHGQQVLCQRRTSPKPFTEEVLWNVWLEFSIKIKDLPKGALL
NLQIYCLLYYVNLLLIDHRFLLRRGEYVLHMWQISGFNADKLTSATNPDKENSMSISILLDNHPIARAEMPNQLRKQLEA
IIATDPLNPLTAEDKELLWHFRYESLKHPKAYPKLFSSVKWGQQEIVAKTYQLLARREVWDQSALDVGLTMQLLDCNFSD
ENVRAIAVQKLESLEDDDVLHYLLQLVQAVKFEPYHDSALARFLLKRGLRNKRIGHFLFWFLRSEIAQSRHYQQRFAVIL
EAYLRGCGTAMLHDFTQQVQVIEMLQKVTLDIKSLSAEKYDVSSQVISQLKQKLENLQNSQLPESFRVPYDPGLKAGALA
IEKCKVMASKKKPLWLEFKCADPTALSNETIGIIFKHGDDLRQDMLILQILRIMESIWETESLDLCLLPYGCISTGDKIG
MIEIVKDATTIAKIQQSTVGNTGAFKDEVLNHWLKEKSPTEEKFQAAVERFVYSCAGYCVATFVLGIGDRHNDNIMITET
GNLFHIDFGHERVPFVLTPDFLFVMGTSGKKTSPHFQKFQDICVKAYLALRHHTNLLIILFSMMLMTGMPQLTSKEDIEY
IRDALTVGKNEEDAKKYFLDQIEVCRDKGWTVQFNWFLHLV

The query sequence (length=841) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3zw3:A 831 843 0.9810 0.9928 0.9786 0.0 2a4z:A, 4fhj:A, 4fhk:A, 6fh5:A, 6gq7:A, 4hvb:A, 5jha:A, 5jhb:A, 7jwe:A, 4kzc:A, 3lj3:A, 3mjw:A, 3nzu:A, 3p2b:A, 3qk0:A, 3sd5:A, 5t23:A, 6t3b:A, 6t3c:A, 4wwo:A, 4wwp:A, 6xrm:A, 6xrn:A, 3zvv:A
2 1e7u:A 872 868 0.9584 0.9243 0.9286 0.0 4anv:A, 3ibe:A
3 1e8w:A 851 851 0.9512 0.9401 0.9401 0.0 2a5u:A, 4anu:A, 4anw:A, 4anx:A, 4aof:A, 3apc:A, 3apd:A, 3apf:A, 6aud:A, 6c1s:A, 2chw:A, 2chx:A, 2chz:A, 3csf:A, 3cst:A, 3dbs:A, 4dk5:A, 3dpd:A, 1e7v:A, 1e8x:A, 1e8z:A, 1e90:A, 5eds:A, 3ene:A, 4ezj:A, 4ezk:A, 4ezl:A, 4f1s:A, 4fa6:A, 4fad:A, 4fjy:A, 4fjz:A, 4flh:A, 4ful:A, 4g11:A, 5g2n:A, 5g55:A, 4gb9:A, 4hle:A, 4j6i:A, 7jwz:A, 5kae:A, 7kke:A, 4kz0:A, 3l08:A, 3l13:A, 3l16:A, 3l17:A, 3l54:A, 3ml8:A, 3ml9:A, 3nzs:A, 3oaw:A, 5oq4:A, 3pre:A, 3prz:A, 3ps6:A, 4ps3:A, 4ps7:A, 4ps8:A, 3qaq:A, 3qar:A, 3r7q:A, 3r7r:A, 3s2a:A, 8sc8:A, 3t8m:A, 3tjp:A, 3tl5:A, 4urk:A, 2v4l:A, 4wwn:A, 6xrl:A, 4xx5:A, 4xz4:A, 7z61:A
4 8sob:A 1005 908 0.9501 0.7950 0.8800 0.0 8soa:A, 8soc:A
5 7jx0:A 801 838 0.9489 0.9963 0.9523 0.0 3qjz:A
6 8sod:A 941 885 0.8906 0.7960 0.8463 0.0 8soe:A
7 5itd:A 995 911 0.3948 0.3337 0.3644 4.94e-172 5dxh:A, 8ilr:A, 8ils:A, 8ilv:A, 7k6m:A, 7k6o:A, 7r9v:A, 7r9y:A, 8sbc:A, 8sbj:A, 8twy:A, 7tz7:A, 5xgj:A
8 5ubr:A 887 913 0.3948 0.3743 0.3636 6.19e-169 5dxt:A, 7k6n:A
9 4ykn:A 1205 919 0.4007 0.2797 0.3667 4.20e-167 4a55:A, 8am0:A, 8exl:A, 8exo:A, 8exu:A, 8exv:A, 5fi4:A, 8gub:A, 6gvf:A, 6gvg:A, 6gvi:A, 3hhm:A, 7jiu:A, 4jps:A, 4l23:A, 4l2y:A, 7mlk:A, 7myo:A, 4ovv:A, 8ow2:A, 7pg6:A, 6pys:A, 5sx9:A, 5sxj:A, 8tdu:A, 8tdu:C, 8tgd:A, 8tgd:C, 8ts9:A, 8tsa:A, 8tsb:A, 8tsc:A, 8tsd:A, 4tv3:A, 5uk8:A, 5ukj:A, 5ul1:A, 8v8h:A, 8v8h:C, 8v8i:A, 8v8i:C, 8v8j:A, 8v8j:C, 8v8v:A, 8v8v:C, 8w9a:A, 8w9b:A, 4waf:A, 5xgh:A, 5xgi:A, 3zim:A, 4zop:A
10 5swp:A 1060 946 0.4067 0.3226 0.3615 2.18e-166 6gvh:A, 5swt:A, 8v8u:A, 8v8u:C
11 5dxh:D 981 908 0.3924 0.3364 0.3634 2.46e-166 8gua:A, 6oac:A
12 4bfr:A 855 892 0.3781 0.3719 0.3565 5.98e-163 4bfr:B
13 7k71:A 843 877 0.3876 0.3867 0.3717 6.43e-162 8gud:A
14 2y3a:A 976 912 0.3757 0.3238 0.3465 7.09e-160
15 2wxl:A 823 753 0.3306 0.3378 0.3692 1.87e-151 6gy0:A, 5i4u:A, 5i6u:A, 6mul:A, 6mul:B, 6mum:B, 5ngb:A, 7r26:A, 5t27:A, 5t28:A, 5t2b:A, 5t2d:A, 5t2g:A, 5t2i:A, 5t2m:A, 5t7f:A, 5t7f:B, 5t8i:A, 2wxf:A, 2wxh:A, 2wxi:A, 2wxj:A, 2wxm:A, 2wxn:A, 2wxo:A, 2wxp:A, 2wxq:A, 2x38:A, 4xe0:A
16 6pyu:A 930 866 0.3650 0.3301 0.3545 6.16e-151 8bcy:A, 5dxu:A, 6ftn:A, 7jis:A, 5m6u:A, 6mum:A, 5ncy:A, 5ncz:A, 6ocu:A, 7oi4:AAA, 7oij:AAA, 7oil:AAA, 7ois:AAA, 8s3r:A, 5t2l:A, 5t8f:A, 5ubt:A, 2wxg:A, 2wxk:A
17 7lq1:A 950 879 0.3639 0.3221 0.3481 1.01e-148 5ae8:A, 5ae9:A, 6eyz:A, 6ez6:A, 6g6w:A, 6hi1:A, 6hi2:A, 6hi9:A, 5l72:A, 7lm2:A, 6oco:A, 7pop:A, 7por:A, 7pos:A, 7pot:A, 6pyr:A, 6q6y:A, 6q73:A, 6q74:A, 6tnr:A, 6tns:A, 5vlr:A, 6zaa:A, 6zac:A, 6zad:A
18 5o83:A 794 747 0.3341 0.3539 0.3762 1.39e-147 4ajw:B, 6dgt:A, 5is5:A, 7r2b:A, 4v0i:B
19 4ajw:A 765 741 0.3222 0.3542 0.3657 4.32e-143 4v0i:A
20 7bi6:A 829 751 0.3068 0.3112 0.3435 2.59e-122 8a9i:A, 7bi9:A, 7z74:A, 7z75:A
21 7bi2:A 1021 640 0.2771 0.2282 0.3641 3.61e-115
22 6ykg:AAA 559 553 0.1974 0.2970 0.3002 2.49e-66 5anl:A, 5enn:A, 5enn:B, 6i3u:A, 3ls8:A, 3ls8:B, 4oys:A, 4ph4:B, 7rsj:A, 7rsp:A, 7rsp:B, 7rsv:A, 7rsv:B, 8rxr:A, 8rxr:B, 4uwf:A, 4uwg:A, 4uwh:A, 4uwk:A, 4uwl:A
23 2x6k:A 550 545 0.1855 0.2836 0.2862 3.37e-56 2x6f:A, 2x6f:B, 2x6i:A, 2x6i:B, 2x6j:A, 2x6j:B, 2x6k:B
24 6bq1:E 1510 428 0.1367 0.0762 0.2687 5.21e-32 6bq1:A
25 4d0l:E 479 297 0.1046 0.1837 0.2963 8.19e-28 5c4g:E, 4d0l:A, 4d0l:C, 4d0m:A, 4d0m:C, 4d0m:G, 4d0m:I, 4d0m:M, 4d0m:O, 4d0m:Q, 4d0m:S, 4d0m:W, 4d0m:Y, 4d0m:c, 4d0m:g, 5euq:E, 5fbl:A, 5fbq:A, 5fbr:A, 5fbv:A, 5fbw:A, 6gl3:A, 8q6f:A, 8q6g:A, 8q6h:A, 8vof:A, 4wae:A, 4wag:A
26 7nfe:A 3585 244 0.0737 0.0173 0.2541 8.93e-12
27 7nfc:A 3562 246 0.0737 0.0174 0.2520 1.87e-11 8bh3:S, 8bh3:A, 8bhv:A, 8bhv:F, 8bhy:A, 8bhy:S, 8bot:F, 8bot:S, 7nfc:F
28 7k0y:A 3669 253 0.0737 0.0169 0.2451 1.03e-10
29 5y3r:C 3636 253 0.0737 0.0171 0.2451 1.05e-10
30 8eza:L 3720 253 0.0737 0.0167 0.2451 1.05e-10 8eza:C, 7lt3:C, 7lt3:L
31 8ezb:C 3724 253 0.0737 0.0166 0.2451 1.05e-10 8ezb:L
32 7su3:A 3802 253 0.0737 0.0163 0.2451 1.05e-10
33 7k17:B 3645 253 0.0737 0.0170 0.2451 1.07e-10 7k17:A
34 7sud:A 3740 253 0.0737 0.0166 0.2451 1.07e-10
35 7sgl:A 3852 253 0.0737 0.0161 0.2451 1.07e-10
36 7z87:A 3689 253 0.0737 0.0168 0.2451 1.08e-10
37 7k1k:A 3604 253 0.0737 0.0172 0.2451 1.09e-10 7k1b:A
38 7k1n:A 3634 253 0.0737 0.0171 0.2451 1.10e-10 7z88:A
39 8bot:A 3528 244 0.0737 0.0176 0.2541 1.10e-10
40 6zhe:A 3768 253 0.0737 0.0165 0.2451 1.15e-10
41 8ez9:L 3662 253 0.0737 0.0169 0.2451 1.18e-10 8ez9:C
42 6zha:A 3707 253 0.0737 0.0167 0.2451 1.19e-10 6zh8:A
43 6zhe:F 3731 253 0.0737 0.0166 0.2451 1.22e-10
44 7otm:A 3656 253 0.0737 0.0170 0.2451 1.27e-10 7otp:A, 7otv:A, 7otw:A, 7oty:A
45 7k1j:A 3584 253 0.0737 0.0173 0.2451 1.29e-10 7k19:A
46 6s8f:F 2571 359 0.1023 0.0335 0.2396 1.52e-09 7mq8:NR, 7mq9:NR, 7mqa:NR, 6s8f:H
47 6z2w:E 2325 244 0.0725 0.0262 0.2500 6.02e-08 6z2w:F, 6z2x:E, 6z2x:F, 6z3a:F, 6z3a:E
48 7sic:A 2773 247 0.0725 0.0220 0.2470 3.44e-07 8oxo:A, 8oxo:B, 8oxp:A, 8oxp:B, 7sic:B, 7sid:A, 7sid:C
49 7ni5:A 2791 247 0.0725 0.0219 0.2470 3.62e-07 7ni4:A, 7ni4:B, 7ni5:B, 7ni6:A, 7ni6:B, 8oxq:A, 8oxq:B
50 8oxm:A 2748 247 0.0725 0.0222 0.2470 3.87e-07 8oxm:B
51 3jbz:A 960 322 0.0856 0.0750 0.2236 8.04e-06
52 8rch:A 2036 254 0.0690 0.0285 0.2283 9.00e-06 8rch:B, 8rck:B, 8rcn:B
53 6zwm:B 2185 254 0.0690 0.0265 0.2283 1.00e-05 6zwm:A
54 6bcu:A 2204 254 0.0690 0.0263 0.2283 1.03e-05 6bcu:B, 6bcx:A, 6bcx:B, 4drh:B, 4drh:E, 4dri:B, 4drj:B, 8er6:B, 8er6:D, 8er6:F, 8er7:B, 8er7:D, 8er7:F, 8era:A, 9f44:A, 9f44:B, 9f45:A, 9f45:B, 1fap:B, 2fap:B, 3fap:B, 4fap:B, 5flc:B, 5flc:F, 5gpg:B, 4jsp:B, 4jsp:A, 4jsv:B, 4jsv:A, 4jsx:B, 4jsx:A, 4jt5:B, 4jt5:A, 4jt6:B, 4jt6:A, 6m4u:B, 6m4u:F, 6m4w:G, 6m4w:H, 6m4w:I, 1nsg:B, 7pe7:B, 7pe7:A, 7pe8:A, 7pe9:A, 7pea:B, 7pea:A, 7peb:A, 7pec:A, 8ppz:B, 7uxc:A, 7uxh:A, 7uxh:C, 5wbh:C, 5wbh:D, 5wbu:B, 5wbu:A, 6zwo:B
55 6sl1:A 2652 217 0.0595 0.0189 0.2304 2.50e-05 6sky:A, 6sky:B
56 6skz:A 2638 217 0.0595 0.0190 0.2304 2.54e-05 6sl0:A, 6sl0:B
57 7pw9:A 1952 251 0.0654 0.0282 0.2191 5.77e-05 7pw4:A, 7pw5:A, 7pw6:A, 7pw7:A, 7pw8:A, 6z3r:A
58 6syt:A 1896 82 0.0262 0.0116 0.2683 0.001
59 7ljn:A 342 74 0.0238 0.0585 0.2703 2.8 7ljn:B, 7ljn:C, 7ljn:D
60 7u5e:A 501 52 0.0202 0.0339 0.3269 6.2
61 7u5d:A 630 52 0.0202 0.0270 0.3269 6.7
62 6wg3:D 932 75 0.0273 0.0247 0.3067 6.8 5qsn:B, 5qsq:B, 5qsr:B, 5qsy:B, 6rrk:A, 6rrk:B
63 7w1m:D 967 75 0.0273 0.0238 0.3067 6.9 5qsm:A, 5qso:A, 5qsp:A, 5qsq:A, 5qsr:A, 5qss:A, 5qst:C, 5qsu:C, 5qsv:D, 5qsw:C, 5qsw:D, 5qsx:C, 5qsx:D, 5qsz:A, 6rrc:C, 6rrc:A
64 4ej6:A 343 70 0.0214 0.0525 0.2571 7.0 4ejm:A
65 1efr:G 122 31 0.0143 0.0984 0.3871 8.8
66 7mqa:LY 95 64 0.0238 0.2105 0.3125 9.6
67 2jj1:G 167 31 0.0143 0.0719 0.3871 9.9 2jj1:N, 2jj2:G, 2jj2:N

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218