Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MRVAIPAEDDIKSNVSKHFGRSRYFVFVDIEGEDVKNVEVVEVPFEEHGDLPNFIKDHGAKIVLTYGIGRRAIEYFNSLG
ISVVTGVYGRISDVIKAFIGGKLKIDYDWKEK

The query sequence (length=112) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2yx6:C 112 112 1.0000 1.0000 1.0000 2.06e-77 2yx6:B
2 6qp7:A 620 60 0.1607 0.0290 0.3000 0.40 6qp7:B
3 5z57:A 1978 49 0.1339 0.0076 0.3061 0.66
4 5z56:A 2232 49 0.1339 0.0067 0.3061 0.66 7aav:A, 7abf:A, 8ch6:a, 7dvq:A, 8i0s:A, 5z58:A
5 8c6j:A 2261 49 0.1339 0.0066 0.3061 0.66 6ah0:A, 6ahd:A, 8bc8:J, 6ff4:A, 6ff7:A, 9fmd:A, 8i0r:A, 8i0t:A, 8i0w:A, 6icz:A, 6id0:A, 6id1:A, 4jk9:A, 4jk9:B, 4jka:A, 4jka:B, 5mqf:A, 5o9z:A, 6qdv:A, 8qoz:A, 8qpa:A, 8qpb:A, 8qpk:A, 8r09:A, 8r0a:A, 8r0b:A, 8rm5:A, 8ro2:A, 7w59:A, 7w5a:A, 7w5b:A, 5xjc:A, 5yzg:A, 6zym:A
6 6qp8:A 622 60 0.1607 0.0289 0.3000 0.93 6qp8:B, 8rmj:A
7 5koi:A 271 29 0.0982 0.0406 0.3793 1.3 5koi:B, 5koi:C, 5koi:D, 5koi:E, 5koi:F, 5koi:G, 5koi:H
8 8urb:A 921 27 0.1161 0.0141 0.4815 1.6 8g6r:A
9 6vcd:B 255 43 0.1429 0.0627 0.3721 3.4
10 3c46:A 1095 35 0.1339 0.0137 0.4286 3.6 3c2p:A, 3c2p:B, 3c3l:A, 3c3l:B, 3c46:B, 4ff1:A, 4ff1:B, 4ff2:A, 4ff2:B, 4ff3:A, 4ff3:B, 4ff4:A, 4ff4:B, 3q0a:A, 3q0a:B, 3q22:A, 3q22:B, 3q23:A, 3q23:B, 3q24:A, 3q24:B
11 5kdv:A 891 26 0.0714 0.0090 0.3077 4.7 7jtv:B, 7jtv:A, 5kdw:A, 5kdw:B, 5kdx:A, 5kdx:B
12 2df8:A 325 38 0.1339 0.0462 0.3947 6.4 2df8:B
13 5uab:A 288 20 0.0804 0.0312 0.4500 6.7 8owg:B
14 3oth:A 395 70 0.1875 0.0532 0.3000 8.1 3otg:A, 3oth:B
15 8owg:A 244 18 0.0804 0.0369 0.5000 9.0 5hoa:A
16 3c1x:A 290 18 0.0804 0.0310 0.5000 9.7 8an8:A, 8an8:B, 7b3t:A, 9c1r:A, 3ctj:A, 3dkg:A, 3efj:A, 3efj:B, 3efk:A, 3efk:B, 3f82:A, 5hni:X, 5hni:Y, 5ho6:A, 5hor:A, 4knb:B, 4knb:D, 8ow3:A, 8owg:C, 3qti:B, 4r1y:A, 2rfn:A, 2rfn:B, 5t3q:A, 3u6h:A, 3u6i:A
17 3dkc:A 312 18 0.0804 0.0288 0.5000 9.9 3a4p:A, 8ans:A, 4aoi:A, 4ap7:A, 8au3:A, 8au3:B, 8au5:A, 8aw1:A, 8aw1:B, 7b3q:A, 7b3v:A, 7b3w:A, 7b3z:A, 7b40:A, 7b41:A, 7b42:A, 7b43:A, 7b43:B, 7b44:A, 3ccn:A, 3cd8:A, 3ce3:A, 3cth:A, 4deg:A, 4deh:A, 4dei:A, 5dg5:A, 5dg5:B, 3dkf:A, 4eev:A, 5eob:A, 5eyc:A, 5eyd:A, 3f66:A, 3f66:B, 4gg5:A, 4gg7:A, 8gvj:A, 5hlw:A, 5hti:A, 3i5n:A, 4iwd:A, 8k78:A, 4knb:A, 4knb:C, 3l8v:A, 3lq8:A, 4mxc:A, 8ouu:A, 8ouu:B, 8ouv:A, 8ouv:B, 8ov7:A, 8ovz:A, 8ovz:B, 3q6w:A, 3qti:A, 1r0p:A, 4r1v:A, 3r7o:A, 2rfs:A, 3rhk:A, 3rhk:B, 6sd9:A, 6sdc:A, 6sdd:A, 6sde:A, 5uad:A, 6ubw:A, 7v3r:A, 7v3s:A, 3vw8:A, 2wd1:A, 2wgj:A, 2wkm:A, 4xmo:A, 4xyf:A, 7y4t:A, 7y4u:A, 5ya5:A, 3zbx:A, 3zc5:A, 3zcl:A, 3zxz:A, 3zze:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218