Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
MRTYTFDQVEKAIEQLYPDFTINTIEISGEGNDCIAYEINRDFIFKFPKHSRGSTNLFNEVNILKRIHNKLPLPIPEVVF
TGMPSETYQMSFAGFTKIKGVPLTPLLLNNLPKQSQNQAAKDLARFLSELHSINISGFKSNLVLDFREKINEDNKKIKKL
LSRELKGPQMKKVDDFYRDILENEIYFKYYPCLIHNDFSSDHILFDTEKNTICGIIDFGDAAISDPDNDFISLMEDDEEY
GMEFVSKILNHYKHKDIPTVLEKYRMKEKYWSFEKIIYGKEYGYMDWYEEGLNEIRSA

The query sequence (length=298) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4dfb:B 301 297 0.9966 0.9867 1.0000 0.0 5c4k:A, 5c4l:A, 5c4l:B, 6cd7:B, 4dfb:A, 4dfu:A, 4dfu:B, 4dt8:A, 4dt8:B, 4dt9:A, 4dt9:B, 4dta:A, 4dta:B, 4dtb:A, 4dtb:B, 4n57:A, 4n57:B, 3sg8:A, 3sg8:B, 3sg9:A, 3sg9:B
2 3ham:A 299 289 0.3054 0.3043 0.3149 2.21e-39 4dca:A, 3ham:B, 3hav:A, 3hav:B, 3hav:C, 3uzr:A
3 5iqc:A 301 286 0.2987 0.2957 0.3112 2.75e-36 5byl:A, 5byl:B, 5byl:C, 5byl:D, 6c5u:A, 6c5u:B, 6c5u:C, 6c5u:D, 6cav:A, 6cav:B, 6cav:C, 6cav:D, 6cey:A, 6cey:B, 6cey:C, 6cey:D, 6cgd:A, 6cgd:B, 6cgd:C, 6cgd:D, 6cgg:A, 6cgg:B, 6cgg:C, 6cgg:D, 6ch4:A, 6ch4:B, 6ch4:C, 6ch4:D, 5iqa:A, 5iqa:B, 5iqa:C, 5iqa:D, 5iqb:A, 5iqb:B, 5iqb:C, 5iqb:D, 5iqc:B, 5iqc:C, 5iqc:D, 5iqd:A, 5iqd:B, 5iqd:C, 5iqd:D, 5iqe:A, 5iqe:B, 5iqe:C, 5iqe:D, 5iqf:A, 5iqf:B, 5iqf:C, 5iqf:D, 5iqg:A, 5iqg:B, 5iqg:C, 5iqg:D, 5iqh:A, 5iqh:B, 5iqh:C, 5iqh:D, 5iqi:A, 5iqi:B, 5iqi:C, 5iqi:D, 4ork:A, 4ork:B, 4ork:C, 4ork:D
4 3tdw:A 302 286 0.2953 0.2914 0.3077 3.17e-34 6ctz:A, 3tdv:A, 3tdv:B
5 5igi:A 300 222 0.1745 0.1733 0.2342 5.15e-08 5igj:A, 5igp:A, 5igr:A, 5igs:A, 5igt:A
6 7f0b:A 282 289 0.2013 0.2128 0.2076 9.33e-07 7f0c:A, 7f0f:A
7 6iy9:A 325 244 0.1477 0.1354 0.1803 6.26e-06 6iy9:B
8 7w15:A 294 202 0.1443 0.1463 0.2129 9.77e-05 7w15:B, 7w19:A, 7w19:B, 7w1a:B, 7w1a:A
9 5uxa:A 301 156 0.1275 0.1262 0.2436 1.02e-04 5igv:A, 5igw:A, 5igy:A, 5igz:A, 5ih0:A, 5ih1:A, 5iwu:A
10 4gki:A 272 214 0.1779 0.1949 0.2477 0.003 4ej7:A, 4ej7:B, 4ej7:C, 4feu:A, 4feu:B, 4feu:C, 4feu:D, 4feu:E, 4feu:F, 4fev:A, 4fev:B, 4fev:C, 4fev:D, 4fev:E, 4fev:F, 4few:A, 4few:B, 4few:C, 4few:D, 4few:E, 4few:F, 4fex:A, 4fex:B, 4fex:C, 4fex:D, 4fex:E, 4gkh:A, 4gkh:B, 4gkh:C, 4gkh:D, 4gkh:E, 4gkh:F, 4gkh:G, 4gkh:H, 4gkh:I, 4gkh:J, 4gkh:K, 4gkh:L, 4gki:B, 4gki:C, 4gki:D, 4gki:E, 4gki:F, 4gki:G, 4gki:H, 4gki:I, 4gki:J, 4gki:K, 4gki:L
11 3csv:A 322 143 0.1107 0.1025 0.2308 0.010
12 8cja:B 731 73 0.0738 0.0301 0.3014 0.16 8cjb:B, 8cjc:B, 8cmw:B, 7nyp:A, 7nyp:B, 7nys:A, 7nys:B, 7nz5:A, 7nz5:B, 7o0d:A, 1ru3:A, 7zkj:B, 7zkk:B, 7zkv:B
13 8i85:A 280 66 0.0503 0.0536 0.2273 0.35 8i82:A, 8i84:A, 8i86:A, 8i89:A, 8i8g:A, 8i8h:A
14 4xcz:A 397 205 0.1577 0.1184 0.2293 0.46 4xd0:A, 4xd1:A
15 6oid:A 289 110 0.0973 0.1003 0.2636 1.1 6oid:B
16 6bdn:A 307 41 0.0503 0.0489 0.3659 1.2
17 7opm:A 362 46 0.0503 0.0414 0.3261 1.7 8ao2:A, 8ao3:A, 8ao4:A, 8ao5:A, 8ao6:A, 8ao7:A, 8ao8:A, 8ao9:A, 8aoa:A, 8aob:A, 8aoc:A, 8aod:A, 8aoe:A, 8aof:A, 8aog:A, 8aoh:A, 8aoi:A, 8aoj:A, 7auv:A, 5ax3:A, 5bue:A, 5bui:A, 5buj:A, 3c9w:A, 3c9w:B, 6cpw:A, 6dcg:A, 6dmg:A, 3erk:A, 4erk:A, 6fi3:A, 6fi6:A, 6fj0:A, 6fjb:A, 6fjz:A, 6fle:A, 6flv:A, 4fmq:A, 6fma:A, 6fn5:A, 6fq7:A, 6fr1:A, 6frp:A, 4fux:A, 4fuy:A, 4fv0:A, 4fv1:A, 4fv2:A, 4fv3:A, 4fv4:A, 4fv5:A, 4fv6:A, 4fv7:A, 4fv8:A, 4fv9:A, 6fxv:A, 2fys:B, 2fys:A, 6g54:A, 4g6n:A, 4g6o:A, 6g8x:A, 6g91:A, 6g92:A, 6g93:A, 6g97:A, 6g9a:A, 6g9d:A, 6g9h:A, 6g9j:A, 6g9k:A, 6g9m:A, 6g9n:A, 6gdm:A, 6gdq:A, 6ge0:A, 6gjb:A, 6gjd:A, 1gol:A, 2gph:A, 4gt3:A, 4gva:A, 4h3p:A, 4h3p:D, 4h3q:A, 5hd4:A, 5hd7:A, 3i5z:A, 4i5h:A, 3i60:A, 4iz5:A, 4iz5:B, 4iz5:C, 4iz5:D, 5k4i:A, 5ke0:A, 5lcj:A, 5lck:A, 4n0s:A, 4n4s:A, 4n4s:B, 6nbs:A, 5ngu:A, 5nhf:A, 5nhh:A, 5nhj:A, 5nhl:A, 5nho:A, 5nhp:A, 5nhv:A, 4nif:B, 4nif:E, 7nqq:A, 7nqw:A, 7nr3:A, 7nr5:A, 7nr8:A, 7nr9:A, 4o6e:A, 3o71:A, 2ojg:A, 2oji:A, 2ojj:A, 6opg:A, 6oph:A, 6opi:A, 6opk:A, 1pme:A, 8psr:A, 8pst:A, 8psw:A, 8psy:A, 8pt0:A, 8pt1:A, 8pt3:A, 8pt5:A, 6q7t:A, 6qa1:A, 6qa3:A, 6qa4:A, 6qag:A, 6qah:A, 6qal:A, 6qaq:A, 6qaw:A, 4qp1:A, 4qp1:B, 4qp2:A, 4qp3:A, 4qp3:B, 4qp4:A, 4qp4:B, 4qp6:A, 4qp6:B, 4qp7:A, 4qp7:B, 4qp8:A, 4qp8:B, 4qp9:A, 4qpa:A, 4qpa:B, 4qta:A, 4qte:A, 3qyw:A, 3qyz:A, 4qyy:A, 6rq4:A, 4s32:A, 4s33:A, 4s34:A, 3sa0:A, 6slg:A, 3tei:A, 1tvo:A, 5u6i:A, 8u8j:A, 8u8k:A, 7ugb:A, 5v60:A, 5v61:A, 5v62:A, 3w55:A, 7w5o:A, 7w5o:B, 5wp1:A, 1wzy:A, 7x4u:A, 7xc1:A, 7xc1:B, 4xj0:A, 4xj0:B, 4xne:A, 4xoy:A, 4xoz:A, 4xp0:A, 4xp2:A, 4xp3:A, 4xrj:A, 4xrl:A, 2y9q:A, 2z7l:A, 8zjv:A, 4zxt:A, 4zzm:A, 4zzn:A, 4zzo:A
18 5uxd:A 300 55 0.0436 0.0433 0.2364 1.7 5uxc:A, 5uxd:B
19 1kob:A 352 35 0.0436 0.0369 0.3714 3.2
20 2zoq:A 352 46 0.0503 0.0426 0.3261 3.3 6ges:A, 6ges:B, 4qtb:A, 4qtb:B, 2zoq:B
21 5gt9:B 263 25 0.0403 0.0456 0.4800 4.6 5gt9:A
22 5u9c:A 288 86 0.0805 0.0833 0.2791 5.3 5u9c:C
23 6iit:B 100 63 0.0537 0.1600 0.2540 7.1 6iiq:A, 6iiq:B, 6iir:A, 6iir:B, 6iis:B, 6iis:A, 6iit:A
24 3en9:A 519 37 0.0503 0.0289 0.4054 7.3 3en9:B, 3enh:A, 3enh:B, 5jmv:A, 5jmv:B, 5jmv:C, 2vwb:A, 2vwb:B
25 4n02:A 332 41 0.0470 0.0422 0.3415 8.2
26 8w7a:B 804 37 0.0403 0.0149 0.3243 8.3
27 8wgo:A 869 37 0.0403 0.0138 0.3243 9.1 8w7j:A, 8wgo:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218